BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G59920.1
Length=1729
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg486456 jgi|Araly1|486456|fgenesh2_kg.5__2448__AT3G59920.1 2477 0.0
Ahg483530 jgi|Araly1|483530|fgenesh2_kg.4__2590__AT2G44100.1 1592 0.0
> Ahg486456 jgi|Araly1|486456|fgenesh2_kg.5__2448__AT3G59920.1
Length=1527
Score = 2477 bits (1341), Expect = 0.0
Identities = 1446/1495 (97%), Gaps = 13/1495 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 36 TCTCTAtttttttGCTTCTTCTAATAGACTTCTTCGTC-ACTGATCTCCCACGACGATCT 94
|||||||||||||||||| ||||||||| |||| | || || |||||||| |||||||||
Sbjct 17 TCTCTATTTTTTTGCTTCCTCTAATAGAATTCTCCCTCGAC-GATCTCCCTCGACGATCT 75
Query 95 CCCAAACTCATTTCTCTACGTTCATCGATCTCTCTCTTTCTCGTTTGCTCTACG-AA--- 150
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||
Sbjct 76 CCCAAACTCATTTCTCTGCGTTCATCGATCTCTCTCTCTCGCGTTTGCTCTACGAAACTT 135
Query 151 ----AATCAGCCATGGATGAAGAGTACGAGGTTATTGTTCTCGGCACCGGTCTCAAGGAG 206
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 136 TCGGAATCAGCCATGGATGAAGAGTACGAGGTTATTGTTCTCGGCACCGGTCTCAAGGAG 195
Query 207 TGTATCCTCAGCGGTCTCCTTTCCGTCGATGGTGTCAAGGTGCTTCACATGGACAGGAAT 266
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 196 TGTATCCTCAGCGGTCTCCTTTCCGTCGATGGTGTCAAGGTGCTTCACATGGACAGGAAT 255
Query 267 GACTACTATGGTGGAGAATCAACTTCCCTTAATCTCAATCAGCTTTGGAAGAAGTTCAGG 326
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 256 GACTACTATGGTGGAGAATCAACTTCGCTTAATCTCAATCAGCTTTGGAAGAAGTTCAGG 315
Query 327 GGAGAAGAGAAGGCTCCTGAGCATTTAGGCGCTAGCCGGGATTACAATGTTGACATGATG 386
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 316 GGAGAAGAGAAGGCTCCTGAGCATTTAGGCGCTAGCCGGGATTACAATGTTGACATGATG 375
Query 387 CCTAAGTTTATGATGGGAAATGGCAAGCTTGTTCGTACCCTTATTCATACAGATGTTACA 446
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 376 CCTAAGTTTATGATGGGAAATGGCAAGCTTGTTCGTACCCTTATTCATACAGATGTTACA 435
Query 447 AAGTATTTGTCCTTCAAAGCTGTTGATGGAAGCTATGTTTTCGTCAAAGGAAAGGTTCAA 506
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 436 AAGTATTTGTCCTTCAAAGCTGTTGATGGAAGCTATGTTTTCGTTAAAGGGAAGGTTCAA 495
Query 507 AAGGTGCCAGCTACTCCTATGGAGGCCCTGAAATCTTCTCTCATGGGCATATTTGAGAAA 566
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 496 AAGGTGCCAGCTACTCCTATGGAGGCCCTGAAATCTTCTCTCATGGGTATTTTTGAGAAA 555
Query 567 CGTCGAGCCGGCAAGTTTTTCAGTTTTGTTCAAGAATACGATGAGAAGGACCCAAAAACA 626
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 556 CGTCGAGCCGGCAAGTTTTTCAGTTTTGTTCAGGAATACGATGAGAAGGACCCAAAAACA 615
Query 627 CACGATGGAATGGATTTGACCAGAGTTACAACAAAGGAACTGATTGCGAAATATGGTCTT 686
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 616 CACGATGGAATGGATTTGAGCAGAGTTACAACAAAGGAACTGATTGCGAAATATGGTCTT 675
Query 687 GATGGCAACACTATTGACTTTATTGGTCACGCAGTGGCACTTCACACGAATGACCAACAT 746
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 676 GATGGCAACACTATTGACTTTATTGGTCACGCAGTGGCACTTCACACGAATGACCAACAT 735
Query 747 CTCGACCAACCCGCCTTTGATACTGTAATGAGAATGAAGCTCTATGCGGAATCTCTTGCA 806
||||| ||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 736 CTCGATCAACCTGCCTTGGATACTGTACTGAGAATGAAGCTCTATGCGGAATCTCTTGCA 795
Query 807 CGTTTCCAAGGAACATCTCCATATATTTATCCTCTCTATGGGTTGGGAGAACTACCCCAG 866
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 796 CGTTTCCAAGGAACCTCTCCATATATTTATCCTCTCTATGGGTTGGGAGAACTACCCCAG 855
Query 867 GCATTTGCACGACTTAGTGCTGTCTATGGTGGCACATATATGTTGAACAAACCTGAGTGC 926
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 856 GCATTTGCACGACTTAGTGCTGTCTATGGTGGCACATATATGTTGAACAAACCTGAGTGC 915
Query 927 AAGGTAGAGTTTGACGAGGGAGGTAAGGTTATTGGTGTAACATCTGAGGGAGAGACTGCT 986
||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 916 AAGGTAGAGTTTGACGAGGAAGGTAAGGTTACTGGTGTAACATCTGAGGGAGAGACTGCC 975
Query 987 AAATGCAAAAAGATTGTGTGTGACCCTTCATACCTGCCGAACAAGGTTAGGAAGATTGGC 1046
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 976 AAATGCAAAAAGATTGTGTGTGACCCTTCCTACCTGCCGAACAAGGTTAGGAAGATTGGC 1035
Query 1047 AGGGTTGCTCGGGCCATCGCCATTATGAGCCACCCGATTCCGAACACCAATGATTCTCAC 1106
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 1036 AGGGTTGCTCGGGCCATCGCCATTATGAGCCACCCAATTCCAAACACCAACGATTCTCAC 1095
Query 1107 TCAGTGCAGGTCATCATACCCCAGAAACAGTTGGCCCGCAAATCGGATATGTATGTCTTC 1166
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1096 TCAGTGCAGGTCATCATACCCCAGAAACAGTTGGCCCGCAAATCTGATATGTATGTCTTC 1155
Query 1167 TGTTGTTCGTACTCCCACAACGTTGCTCCCAAGGGAAAATTCATTGCATTTGTGTCTACA 1226
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1156 TGTTGTTCGTACTCCCACAACGTTGCTCCCAAGGGGAAATTCATTGCATTTGTGTCTACA 1215
Query 1227 GATGCAGAGACTGATAACCCTCAAACCGAACTAAAGCCTGGAACTGATCTTTTGGGTCCT 1286
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1216 GATGCAGAGACTGATAACCCTCAAACCGAACTAAAGCCTGGAACTGATCTTTTGGGTCCT 1275
Query 1287 GTTGATGAGATATTCTTCGACATGTATGATAGATACGAGCCTGTCAACGAGCCAGAGTTG 1346
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1276 GTTGATGAGATATTCTTCGACATGTATGATAGGTACGAGCCTGTCAACGAGCCAGAGTTG 1335
Query 1347 GACAACTGCTTTATTTCAACGAGCTATGATGCTACAACACACTTTGAGACAACTGTTGCG 1406
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1336 GACAACTGCTTTATATCAACGAGCTATGATGCTACAACACACTTTGAGACAACTGTTGCG 1395
Query 1407 GATGTGTTGAACATGTATACCCTAATCACCGGAAAGCAACTGGACCTAAGTGTTGACCTG 1466
|||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1396 GATGTGTTGAACATGTATACTCTAATCACTGGAAAGCAACTTGACCTAAGTGTTGACCTG 1455
Query 1467 AGTGCCGCAAGTGCTGCAGAGGAATGAAGAATCATCACCAGATCGCTCCCTCTCT 1521
||||||||||||||||||||||||||| |||||| | | ||||||||| ||||||
Sbjct 1456 AGTGCCGCAAGTGCTGCAGAGGAATGAGGAATCA-C-C-AGATCGCTCTCTCTCT 1507
> Ahg483530 jgi|Araly1|483530|fgenesh2_kg.4__2590__AT2G44100.1
Length=2541
Score = 1592 bits (862), Expect = 0.0
Identities = 1186/1344 (88%), Gaps = 16/1344 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 154 CAGCCATGGATGAAGAGTACGAGGTTATTGTTCTCGGCACCGGTCTCAAGGAGTGTATCC 213
|||||||||||||||||||||| || || ||||| || || |||||||||||||| ||||
Sbjct 78 CAGCCATGGATGAAGAGTACGAAGTCATAGTTCTGGGAACTGGTCTCAAGGAGTGCATCC 137
Query 214 TCAGCGGTCTCCTTTCCGTCGATGGTGTCAAGGTGCTTCACATGGACAGGAATGACTACT 273
| || ||||| || |||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 138 TTAGTGGTCTTCTCTCCGTCGATGGTCTTAAGGTACTTCACATGGACAGGAATGACTACT 197
Query 274 ATGGTGGAGAATCAACTTCCCTTAATCTCAATCAGCTTTGGAAGAAGTTCAGGGGAGAAG 333
| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 198 ACGGTGGAGAGTCAACTTCGCTTAATCTTAATCAGCTGTGGAAGAAGTTCAGGGGAGAAG 257
Query 334 AGAAGGCTCCTGAGCATTTAGGCGCTAGCCGGGATTACAATGTTGACATGATGCCTAAGT 393
| |||||||||| ||||||||| ||||| | || |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 258 AAAAGGCTCCTGCTCATTTAGGCTCTAGCAGAGACTACAATGTTGACATGATGCCCAAGT 317
Query 394 TTATGATGGGAAATGGCAAGCTTGTTCGTACCCTTATTCATACAGATGTTACAAAGTATT 453
||||||||| ||| || |||||||||||| |||||||||||| ||||| || ||||| |
Sbjct 318 TTATGATGGCAAACGGAAAGCTTGTTCGTGTCCTTATTCATACGGATGTGACTAAGTACT 377
Query 454 TGTCCTTCAAAGCTGTTGATGGAAGCTATGTTTTCGTCAAAGGAAAGGTTCAAAAGGTGC 513
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 378 TGTCTTTTAAAGCTGTTGATGGAAGCTATGTTTTCGTCAAAGGCAAGGTCCAAAAGGTGC 437
Query 514 CAGCTACTCCTATGGAGGCCCTGAAATCTTCTCTCATGGGCATATTTGAGAAACGTCGAG 573
|||| ||||| ||||||||||| |||||| |||| ||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 438 CAGCAACTCCAATGGAGGCCCTCAAATCTCCTCTTATGGGTATTTTTGAGAAACGTCGAG 497
Query 574 CCGGCAAGTTTTTCAGTTTTGTTCAAGAATACGATGAGAAGGACCCAAAAACACACGATG 633
|||| ||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 498 CCGGAAAGTTTTTCAGTTATGTTCAGGAATACGACGAGAAGGACCCAAAAACACATGATG 557
Query 634 GAATGGATTTGACCAGAGTTACAACAAAGGAACTGATTGCGAAATAT-GGTCTTGATGGC 692
|||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||| | ||||||| | |
Sbjct 558 GAATGGATTTGAGGAGAGTTACAACTAAGGATTTGATTGCGAAAT-TCGGTCTTGGT-GA 615
Query 693 A-ACACTATTGACTTTATTGGTCACGCAGTGGCACTTCACACG-AATGACCAA-CATCTC 749
| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| ||| ||||||
Sbjct 616 AGATACTATTGACTTTATTGGTCATGCAGTGGCACTTCAC-TGTAATGA-CAATCATCTC 673
Query 750 GACCAACCCGCCTTTGATACTGTAATGAGAATGAAGCTCTATGCGGAATCTCTTGCACGT 809
| ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| || || || |||||||||
Sbjct 674 CATCAACCTGCCTATGATACTGTTATGAGAATGAAGCTCTACGCAGAGTCCCTTGCACGT 733
Query 810 TTCCAAGGAACATCTCCATATATTTATCCTCTCTATGGGTTGGGAGAACTACCCCAGGCA 869
|| |||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||| | || ||||||
Sbjct 734 TTTCAAGGAGGTTCACCATATATCTATCCTCTCTATGGGTTGGGAGAATTGCCTCAGGCA 793
Query 870 TTTGCACGACTTAGTGCTGTCTATGGTGGCACATATATGTTGAACAAACCTGAGTGCAAG 929
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 794 TTTGCACGACTTAGTGCTGTCTATGGTGGAACGTATATGTTGAACAAACCTGAGTGCAAG 853
Query 930 GTAGAGTTTGACGAGGGAGG-TAAGGTTATTGGTGTAACATCTGAGGGAGAGACTGCTAA 988
|||||||||||||||| ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 854 GTAGAGTTTGACGAGG-AGGGTAAGGTTACTGGTGTTACATCTGAGGGAGAGACTGCTAA 912
Query 989 ATGCAA-AAAGATTGTGTGTGACCCTTCATACCTG-CCGAACAAGGTTAGGAAGATTGGC 1046
|||||| |||| |||| ||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||
Sbjct 913 ATGCAAGAAAG-TTGTCTGTGATCCTTCTTACCTATCC-AACAAGGTCAGGAAGATTGGC 970
Query 1047 AGGGTTGCTCGGGCCATCGCCATTATGAGCCACCCGATTCCGAACACCAATGATTCTCAC 1106
|||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 971 AGGGTTGCTCGGGCGATTGCTATTATGAGCCACCCTATTCCAAACACCAATGATTCTCAC 1030
Query 1107 TCAGTGCAGGTCATCATACCCCAGAAACAGTTGGCCCGCAAATCGGATATGTATGTCTTC 1166
|| |||||||||||| ||||||| ||||| |||| ||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 1031 TCGGTGCAGGTCATCCTACCCCAAAAACAATTGGGCCGCAAATCAGACATGTATGTCTTC 1090
Query 1167 TGTTGTTCGTACTCCCACAACGTTGCTCCCAAGGGAAAATTCATTGCATTTGTGTCTACA 1226
||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1091 TGTTGTTCGTATTCACACAACGTTGCTCCCAAGGGAAAGTTCATAGCATTTGTGTCGACA 1150
Query 1227 GATGCAGAGACTGATAACCCTCAAACCGAACTAAAGCCTGGAACTGATCTTTTGGGTCCT 1286
|| || || ||||||||||||||||| || || |||||||||| ||| ||| ||||||||
Sbjct 1151 GACGCTGAAACTGATAACCCTCAAACTGAGCTCAAGCCTGGAATTGACCTTCTGGGTCCT 1210
Query 1287 GTTGATGAGATATTCTTCGACATGTATGATAGATACGAGCCTGTCAACGAGCCAGAGTT- 1345
||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || | ||
Sbjct 1211 GTTGATGAGCTATTCTTCGACATCTATGATAGATATGAGCCTGTCAACGAACCC-ACTTT 1269
Query 1346 GGACAACTGCTTTATTTCAACGAGCTATGATGCTACAACACACTTTGAGACAACTGTTGC 1405
|||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1270 GGACAACTGCTTCATATCAACGAGTTATGATGCTACAACACACTTTGACACAACTGTTGT 1329
Query 1406 GGATGTGTTGAACATGTATACCCTAATCACCGGAAAGCAACTGGACCTAAGTGTTGACCT 1465
||||||||||||||||||| | ||||| |||||| || |||| |||||||| || ||
Sbjct 1330 TGATGTGTTGAACATGTATAAATTGATCACTGGAAAGGAATTGGATCTAAGTGTGGATCT 1389
Query 1466 GAGTGCCGCAAGTGCTGCAGAGGA 1489
| || || ||||||||||||||
Sbjct 1390 TAACGCAGCTAGTGCTGCAGAGGA 1413
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 64867687235
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5