BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G60160.1
Length=4556
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg486482 jgi|Araly1|486482|fgenesh2_kg.5__2474__AT3G60160.1 5254 0.0
> Ahg486482 jgi|Araly1|486482|fgenesh2_kg.5__2474__AT3G60160.1
Length=4496
Score = 5254 bits (2845), Expect = 0.0
Identities = 3104/3230 (96%), Gaps = 13/3230 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 10 ATGTTCAAGCCCTTTGGTTTCGCAGCAGAAACTG-G-TTCTCATCTCCTGACG-ACGCAA 66
||||||||||||||||||| |||||||||||| | | ||| |||||||||| | ||||||
Sbjct 1 ATGTTCAAGCCCTTTGGTTCCGCAGCAGAAAC-GAGTTTC-CATCTCCTGA-GAACGCAA 57
Query 67 TGGTTGCAACTAGGAAACTCACTTTGCTTGAAGGAACGTATAAGCATCGCTATGCAAGTG 126
||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 58 TGGTTGCAACTAGAAAACTCGCTTTGCCTGAAGGAACGTATAAGCATCGCTACGCAAGTG 117
Query 127 ACTTTCCTCGCTTTCTTTCTTATTCATTTGGCACTTAAATGGTTTGGTGTAGTAAGAAAC 186
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 118 GCTTTCCTCGCTTTCTTTGTTATTCATTTGGCACTTAAATGGTTTGGTGTAGTGAGAAAC 177
Query 187 AGAGGATCTAATGATGTAGAAGAAGACTTGAAGAAGCAGAGCATAACTGTGAAGCAGAGC 246
||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 178 AGAGGATCTAACGATGTAGAAGAAGACATGAAGAAGCAGAGCATAACTGTGAAGCAGAGC 237
Query 247 TTCTCTTACAACATATCTCTTCTCTGCTCTGTTTCTATCTTAGGGACTCATTGCTTTATC 306
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 238 TTCTCTTATAACATATCTCTTCTCTGCTCTGTTTCTATCTTAGGGACTCATTGCTTTATC 297
Query 307 TTGCTTTTGCTGTTTCGAGACAGCGTGGTCTCACGGTGTGATTCCTCTGTTTCTGTCTTC 366
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 298 TTGCTTTTGCTGTTTCGAGACAGCGTGGTCTCACGGTGTGATTCCTCTGTTTCGGTCTTC 357
Query 367 TCCGCTGAGGTTTCGCAGTCTTTCTCGTGGTTGTTTGTTTCTGTTGTTGTGGTGAAGATC 426
||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 358 TCCGCTGAGATTTCGCAGGCTTTCTCGTGGTTGATTGTTTCTGTTGTTGTGGTGAAGATC 417
Query 427 AGAGAAAGGAGGCTTGTCAAGTTTCCTTGGATGTTAAGGTCATGGTGGCTCTGTAGTTTC 486
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 AGAGAAAGGAGGCTTGTTAAGTTTCCTTGGATGTTAAGGTCATGGTGGCTCTGTAGTTTC 477
Query 487 ATCTTATCCTTTTCCTTTGATGCTCATTTCATTACCGCGAAACACGAGCCTCTCGAGTTT 546
|||||||||||| ||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 478 ATCTTATCCTTTGCCTTTGAGGCTCATTTCGTAACCGCGAAACACGAGCCTCTCGGGTTT 537
Query 547 CAAGATTATGCCGACTTGACTGGTCTTCTTGCATCCTTGTTCCTGTTGGCTGTTTCAATC 606
|| |||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||
Sbjct 538 CAGGATTATGCTGACTTGATTGGTCTTCTTGCATCATTGTTCTTGCTGGCTGTTTCAATC 597
Query 607 AGAGGCAAAACCGGTTTTCATCTTCTTGAATCCAGCGGTAA-CACAGAGCCATTACTACT 665
||||| || |||||||||| ||||||||||||| |||| || |||||||||| | |||||
Sbjct 598 AGAGGGAACACCGGTTTTCGTCTTCTTGAATCCGGCGG-AATCACAGAGCCACTGCTACT 656
Query 666 TGGTGACCAAACAGAGCAGAACAAGAAAGATTCTTATTCTTCTTCTTCCCCATATGGAAA 725
|| || ||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||| |||||||| ||
Sbjct 657 TGATGGCCAAACAGAGCAGAACAAGAAAGATGC---TTCTTCTACTTCTCCATATGGGAA 713
Query 726 CGCTACTCTCTTCCAACGCATCACTTTCTCATGGATCAACCCTTTGTTCTCCCTTGGATA 785
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 714 CGCTACTCTCTCCCAACGCATCACTTTCTCATGGATCAACCCTTTATTCTCCCTCGGATA 773
Query 786 CAAGAGACCTCTAGAAAAAGATGATGTACCAGATATCGATGTGAAAGACTCCGCTCGATT 845
|||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 774 CAAGAGACCTCTCCAAAAAGACGATGTACCAGATATCGATGTGAAAGATTCTGCTCGATT 833
Query 846 TTGCTCTCATGCCTTTGACCAGAAACTGAAAACCACCAAAGAAAAAGAAGGACCTGGAAA 905
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 834 TTGCTCTCATGCCTTTGACCAGAAACTGAAAATCACCAAAGAAAAAGAAGGACCTGGAAA 893
Query 906 TGCTTTCTTCTATAACTCGGTTCTTCGCTATGTGTGGAGGAAAGCCGCAATCAACGCGGT 965
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 894 TGCTTTCTTCTATAACTCGGTTCTTCGCTATGTCTGGAGGAAAGCCGCGATCAACGCGTT 953
Query 966 ATTCGCAGTTGTAAACGCGAGCACAGCTTACATCGGACCATATCTCATCAATGACTTTGT 1025
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 954 ATTCGCAGTTGTAAACGCGAGCACAGCTTACATCGGACCATATCTCATCAATGACTTTGT 1013
Query 1026 AGAGTTTCTAAGTGAGAAACAATCCCAGAGCTTAAACCATGGTTACCTTCTTGCACTCGG 1085
|||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1014 AGAGTTTCTAGGTGAGAAACAATCGCAGAGCTTAAACCATGGTTACCTTCTTGCACTCGG 1073
Query 1086 GTTTCTAA-CTGCGAAAATCGTCGAGACAGTTACTCAAAGACAATGGATCTTTGGAGCTC 1144
|||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1074 GTTTCTAAGC-GCGAAAATCGTCGAGACAGTTACTCAAAGACAATGGATCTTTGGAGCTC 1132
Query 1145 GTCAGCTAGGACTACGTCTTCGAGCAGCTTTGATATCACATATCTACCAGAAAGGTTTAG 1204
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 1133 GTCAGCTAGGACTACGCCTTCGAGCAGCTTTGATATCGCATATATACCAAAAAGGTTTAG 1192
Query 1205 TTTTATCAAGTCAATCTCGGCAAAGCCACACGAGCGGAGAGATCATCAACTACATGAGTG 1264
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1193 TTTTATCAAGTCAATCACGGCAAAGCCACACGAGCGGAGAGATCATCAACTACATGAGTG 1252
Query 1265 TAGATGTTCAGAGAATCACTGACTTCATTTGGTATGTAAACAACATATGGATGTTACCAA 1324
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1253 TAGATGTTCAGAGAATCACGGACTTCATTTGGTATGTAAACAATATATGGATGTTACCTA 1312
Query 1325 TACAGATTTTCTCGGCGATTTATATCTTGCAAAAACATCTGGGACTTGGAGCTTTAGCTG 1384
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1313 TACAGATTTTCTCGGCGATTTATATCTTGCAAAAACATCTGGGACTTGGAGCTTTAGCTG 1372
Query 1385 CATTGGTCACAACTTTAATGGTGATGGCTTGCAACTACCCCCTGACAAGGCTTCAGAGAA 1444
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1373 CATTGGTCACAACTTTAATGGTGATGGCTTGCAATTACCCCCTGACAAGGCTTCAGAGAA 1432
Query 1445 ACTACCAATCAGATATCATGAATGCCAAAGATGATAGAATGAAAGCAACTTCAGAGATTC 1504
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1433 ACTACCAATCAGATATCATGAATGCCAAAGATGATAGAATGAAAGCAACGTCAGAGATTC 1492
Query 1505 TTAAAAACATGAAGATTCTGAAGCTTCAAGCATGGGATAACCAGTTTCTCAACAAGGTTA 1564
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1493 TCAAAAACATGAAGATTCTGAAGCTTCAAGCATGGGATAACCAATTTCTCAACAAGGTTA 1552
Query 1565 AAACATTAAGAAAGAAAGAGTATGATTGTTTATGGAAGTCTTTGAGGTTACAAGCTTTCA 1624
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1553 AAACATTAAGAAAGAAAGAGTATGATTGTTTATGGAAGTCTTTGAGGTTACAAGCTTTCA 1612
Query 1625 CAACTTTTATCCTTTGGGGAGCTCCTTCATTGATCTCTGTGGTGACTTTTGTTACTTGTA 1684
||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1613 CAACTTTCATCCTTTGGGGAGCTCCTTCACTGATCTCTGTGGTGACTTTTGTTACGTGTA 1672
Query 1685 TGTTAATGGGAGTGAAGCTAACAGCTGGAGCAGTCTTATCTGCTCTTGCAACGTTTCAAA 1744
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1673 TGTTAATGGGAGTGAAGCTAACAGCTGGAGCAGTCTTATCTGCTCTTGCAACGTTTCAAA 1732
Query 1745 TGTTACAAAGTCCGATTTTCGGTTTACCTGATCTCCTCTCAGCACTTGTTCAGAGCAAGG 1804
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 1733 TGTTACAAAGTCCGATTTTCGGTTTACCTGATCTCCTCTCAGCGCTTGTCCAGAGCAAGG 1792
Query 1805 TTTCTGCAGATAGAATAGCTTCTTACCTTCAACAAAGTGAGACTCAGAAAGATGCAGTTG 1864
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1793 TTTCTGCAGATAGAATAGCTTCTTACCTTCAACAAAGCGAGACTCAGAAAGATGCAGTTG 1852
Query 1865 AGTATTGCTCAAAGGATCATACAGAATTAAGTGTTGAAATAGAAAATGGAGCATTTAGTT 1924
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1853 AGTATTGCTCAAAGGATCATACAGAATTAAGTGTTGAAATAGAAAATGGAGCATTCAGTT 1912
Query 1925 GGGAACCTGAGTCAAGCAGACCGACTCTTGATGACATCGAACTGAAAGTAAAAAGCGGAA 1984
||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1913 GGGAACCTGAGCCAAGCAGACCGACTCTTGATGAGATAGAACTGAAAGTAAAAAGCGGAA 1972
Query 1985 TGAAAGTGGCGGTTTGTGGAGCTGTAGGATCAGGAAAATCAAGCTTACTCTCTTCAATCC 2044
||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1973 TGAAAGTGGCGATTTGCGGAGCTGTAGGATCAGGAAAATCAAGCTTACTCTCATCAATCT 2032
Query 2045 TAGGGGAGATTCAGAAGCTGAAGGGAACAGTCAGAGTCAGTGGTAAACAAGCTTATGTTC 2104
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2033 TAGGGGAGATTCAGAAGCTGAAGGGAACAGTCAGAGTCAGTGGTAAACAAGCTTATGTTC 2092
Query 2105 CACAATCACCATGGATACTAAGCGGGACTATAAGAGATAACATTTTGTTTGGAAGTATGT 2164
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 2093 CTCAATCGCCATGGATACTAAGCGGGACTATAAGAGATAACATTTTGTTTGGAAGCATTT 2152
Query 2165 ATGAAAGTGAGAAGTATGAGAGAACTGTTAAAGCATGTGCTTTGATAAAGGACTTTGAGC 2224
||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2153 ATGTAAGCGAGAAGTATGAGAGAACTGTTAAAGCATGTGCTTTGATGAAGGACTTTGAGC 2212
Query 2225 TTTTCTCGAATGGAGACTTGACAGAGATTGGAGAGAGAGGGATAAACATGAGTGGAGGTC 2284
||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2213 TTTTCTCTAATGGAGACCTGACAGAGATTGGAGAGAGAGGGATAAACATGAGTGGAGGTC 2272
Query 2285 AGAAGCAAAGGATACAGATTGCTCGAGCGGTTTATCAGAATGCTGATATATATCTACTTG 2344
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 2273 AGAAGCAAAGGATACAGATTGCTAGAGCGGTTTATCAGAATGCTGATATATATCTTCTCG 2332
Query 2345 ATGATCCTTTTAGCGCCGTTGATGCTCATACAGGAAGAGAACTCTTTGAAGATTGCTTAA 2404
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2333 ATGATCCTTTTAGCGCCGTTGATGCTCATACAGGAAGAGAACTCTTTGAAGAATGCTTAA 2392
Query 2405 TGGGGATACTGAAAGACAAAACTGTACTTTACGTCACACATCAAGTTGAGTTTCTTCCAG 2464
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2393 TGGGGATACTGAAAGACAAAACTGTACTTTACGTTACACATCAAGTCGAGTTTCTTCCAG 2452
Query 2465 CAGCAGATCTAATCCTGGTGATGCAAAACGGAAGAGTGATGCAAGCAGGCAAGTTTGAAG 2524
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 2453 CAGCAGATCTGATCCTGGTGATGCAAAACGGAAGAGTGATGCAAGCAGGCAAATTCGAAG 2512
Query 2525 AGCTTCTAAAGCAAAACATAGGTTTTGAAGTTCTTGTAGGAGCTCATAACGAAGCGCTGG 2584
|||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 2513 AGCTTCTAAAGCAAAAAATTGGTTTTGAAGTTCTTGTAGGAGCTCACAACGAAGCGCTAG 2572
Query 2585 ACTCAATTCTATCAATTGAAAAGTCAAGCAGAAACTTCAAAGAGGGATCAAAAGATGACA 2644
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 2573 ACTCAATCCTATCAATTGAAAAGTCAAGCAGAAACTTCAAAGAGGAACCAAAAGATGACA 2632
Query 2645 CAGCATCAATTGCAGAGAGTCTCCAGACACATTGTGACTCAGAGCATAACATTTCAACAG 2704
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2633 CAGCATCAATTGCAGAGAGTCTCCAGACACAGTGTGACTCAGAGCATAACATTTCAACAG 2692
Query 2705 AGAATAAAAAGAAAGAAGCAAAGCTAGTGCAAGATGAAGAAACAGAGAAAGGAGTAATTG 2764
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2693 AGAATAAAAAGAAAGAAGCAAAGCTAGTGCAAGATGAAGAAACAGAGAAAGGAGTAATTG 2752
Query 2765 GCAAAGAAGTTTACTTGGCATATTTAACAACGGTGAAAGGCGGATTGCTTGTGCCATTCA 2824
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2753 GCAAAGAAGTTTACTTGGCATATTTAACAACGGTGAAAGGCGGATTGCTTGTGCCACTCA 2812
Query 2825 TAATATTGGCTCAGTCTTGCTTCCAAATGCTACAGATTGCTAGCAATTACTGGATGGCAT 2884
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813 TAATATTGGCTCAGTCTTGCTTCCAAATGCTACAGATTGCTAGCAATTACTGGATGGCAT 2872
Query 2885 GGACTGCTCCTCCAACTGCTGAATCCATACCAAAGTTAGGAATGGGTCGGATTTTACTTG 2944
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2873 GGACTGCTCCTCCAACTGCTGAATCCATACCAAAGTTAGGAATGGATCGGATTTTACTTG 2932
Query 2945 TTTATGCACTTCTTGCTGCAGGAAGTTCACTTTGTGTTTTAGCACGGACTATTCTAGTCG 3004
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2933 TTTACGCACTTCTTGCTGCAGGAAGTTCACTTTGTGTTTTAGCACGGACTATTCTAGTCG 2992
Query 3005 CCATAGGTGGACTTTCAACAGCAGAGACGTTCTTCTCAAGGATGCTCTGCAGCATTTTCA 3064
| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2993 CGATAGGTGGACTTTTAACAGCAGAGACGTTCTTCTCAAGGATGCTCTGCAGCATTTTCA 3052
Query 3065 GAGCTCCAATGTCATTTTTCGATTCAACTCCAACAGGAAGAATCTTGAACAGGGCATCCA 3124
||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3053 GAGCTCCCATGTCATTTTTCGATTCAACTCCAACTGGAAGAATCTTGAACAGGGCATCCA 3112
Query 3125 CAGATCAAAGTGTCCTGGATTTGGAAATGGCAGTCAAACTAGGTTGGTGTGCTTTTTCGA 3184
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3113 CAGATCAAAGTGTCCTGGATTTGGAAATGGCAGTCAAACTAGGTTGGTGTGCGTTTTCGA 3172
Query 3185 TCATTCAGATTGTTGGAACCATCTTCGTCATGTCGCAAGTTGCTTGGCAA 3234
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3173 TCATTCAGATTGTTGGAACCATCTTCGTCATGTCGCAAGTTGCTTGGCAA 3222
Score = 2076 bits (1124), Expect = 0.0
Identities = 1227/1277 (96%), Gaps = 6/1277 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3283 AGATATTACACACCAACAGCAAGAGAACTGTCACGCATGTCAGGAGTAGAAAGAGCTCCA 3342
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3223 AGATATTACACACCAACAGCAAGAGAACTGTCACGCATGTCAGGAGTAGAAAGAGCTCCA 3282
Query 3343 ATTCTCCACCATTTCGCTGAATCGCTTGCTGGTGCAACAACAATACGTGCTTTTGATCAA 3402
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3283 ATCCTCCACCATTTCGCTGAATCGCTTGCTGGTGCAACAACAATACGCGCTTTTGATCAA 3342
Query 3403 CGAGATCGCTTCATTAGCTCAAACCTTGTTCTAATAGATAGCCATTCAAGGCCATGGTTC 3462
||||| |||||||||||||| |||||| ||||||| |||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 3343 CGAGAACGCTTCATTAGCTCGAACCTTATTCTAATTGATAACCATTCAAGGCCTTGGTTC 3402
Query 3463 CATGTTGCATCAGCAATGGAGTGGCTTTCCTTCAGGTTGAATTTGCTGTCTCATTTCGTC 3522
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 3403 CATGTTGCATCAGCAATGGAGTGGCTTTCCTTCAGATTGAATTTGCTTTCTCATTTTGTC 3462
Query 3523 TTTGCTTTTTCTTTGGTGTTACTTGTGACTCTCCCTGAAGGTGTCATCAATCCAAGTATT 3582
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3463 TTTGCTTTTTCCTTGGTGTTACTTGTGACTCTCCCTGAAGGTGTCATCAATCCAAGTATA 3522
Query 3583 GCTGGTCTTGGGGTCACATATGGCTTAAGTCTGAATGTTCTACAAGCCACAGTGATATGG 3642
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3523 GCTGGTCTTGGGGTCACATATGGCTTAAGTCTGAATGTTCTACAAGCCACAGTGATATGG 3582
Query 3643 AATATATGCAATGCAGAAAACAAGATGATTTCTGTAGAAAGAATTCTTCAGTACTCCAAA 3702
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3583 AACATATGCAATGCAGAAAACAAGATGATTTCTGTAGAAAGAATTCTTCAGTACTCCAAA 3642
Query 3703 ATCCCCAGTGAAGCACCTCTAGTAATTGATGGTCACAGACCTCTTGATAACTGGCCAAAT 3762
|||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3643 ATCCCCAGTGAAGCACCTCTAGTAATGGATGATCACAAACCTCTTGATAACTGGCCAAAT 3702
Query 3763 GT-AGGATCAATCGTCTTCAGAGACCTACAGGTCCGTTATGCAGAACATTTCCCAGCTGT 3821
| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3703 -TCAGGATCAATCGTCTTCAAAGACCTACAGGTCCGTTATGCAGAAAATTTCCCAGCTGT 3761
Query 3822 CTTGAAGAACATC-ACTTGTGAGTTTCCAGGAGGAAAAAAGATTGGAGTAGTAGGAAGAA 3880
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3762 CTTGAAGAACATCAAC-TGTGAGTTTCCAGGAGGAAAAAAGATTGGAGTTGTAGGAAGAA 3820
Query 3881 CAGGAAGCGGCAAATCAACTTTAATTCAGGCATTGTTTAGGATTGTAGAGCCAAGTCAAG 3940
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3821 CAGGAAGCGGCAAATCAACTTTAATACAGGCATTGTTTAGGATTGTAGAGCCAAGTCAAG 3880
Query 3941 GAACCATAGTTATTGATAATGTGGATATAACCAAGATAGGTCTACATGACCTGAGATCAA 4000
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3881 GAACCATAGTTATTGATAATGTGGATATAACCAAGATAGGTCTACATGACCTGAGATCAA 3940
Query 4001 GGCTTGGGATTATTCCTCAAGATCCTGCACTATTTGATGGAACAATCAGATTGAATCTAG 4060
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3941 GGCTTGGGATTATTCCTCAAGATCCTGCACTATTTGATGGAACAATCAGATTGAATCTAG 4000
Query 4061 ACCCTCTAGCTCAGTACACTGATCACGAAATATGGGAAGC-CATTGATAAATGCCAATTG 4119
||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| || | |||||||||||||||||
Sbjct 4001 ACCCTCTTGCTCAGTACACTGATCGCGAAATATGGGAGGCTC-TTGATAAATGCCAATTG 4059
Query 4120 GGAGATGTTATTCGTGCAAAGGATGAGAGGCTGGATGCTACAGTGGTTGAAAATGGAGAA 4179
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4060 GGAGATGTTATTCGTGCAAAGGATGAGAAGCTGGATGCTACAGTGGTTGAAAATGGAGAA 4119
Query 4180 AACTGGAGCGTAGGGCAGAGACAGTTAGTTTGTCTTGGGAGGGTGTTGTTGAAGAAAAGC 4239
|| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4120 AATTGGAGCGTAGGGCAAAGACAGTTAGTCTGTCTTGGGAGGGTGTTGTTGAAGAAAAGC 4179
Query 4240 AACATTCTGGTGCTTGATGAAGCCACTGCTTCTGTTGATTCTGCAACTGATGGTGTAATA 4299
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4180 AACATTCTGGTGCTCGATGAAGCCACTGCTTCAGTTGATTCTGCAACTGATGGTGTAATA 4239
Query 4300 CAAAAGATCATCAATCAAGAGTTTAAAGATCGGACAGTGGTGACTATTGCACACAGAATC 4359
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 4240 CAAAAGATCATCAATCAAGAGTTTAAAGATCGAACAGTGGTGACTATAGCACACAGAATC 4299
Query 4360 CACACAGTGATAGAGAGTGATCTTGTTCTGGTTCTGAGTGATGGACGAATCGCAGAGTTT 4419
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 4300 CACACAGTGATCGAGAGTGATCTTGTTCTGGTTCTGAGTGATGGACGAATCGCGGAGTTT 4359
Query 4420 GATTCACCTGCCAAACTGCTACAGAGAGAAGATTCTTTCTTCTCCAAACTCATAAAAGAG 4479
|| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 4360 GACTCACCTGCAAAACTGCTACAGAGAGAGGATTCTTTCTTCTCCAAACTCATTAAAGAG 4419
Query 4480 TATTCGCTGAGATCTAATCACTTTGCCGGCTCGAATGATCTTCTCAGCTAAACACCACTA 4539
||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | | |||||
Sbjct 4420 TATTCACTGAGATCTAATCACTTTACCGGCTCGAATGATCTTCTCAGCTGAGTATCACTA 4479
Query 4540 AAAGATGGATGATCTTT 4556
|||||||||||||||||
Sbjct 4480 AAAGATGGATGATCTTT 4496
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 172362748117
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5