BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G60750.1
Length=2839
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg486548 jgi|Araly1|486548|fgenesh2_kg.5__2540__AT3G60750.1 4673 0.0
Ahg927965 jgi|Araly1|927965|scaffold_300422.1 165 2e-39
> Ahg486548 jgi|Araly1|486548|fgenesh2_kg.5__2540__AT3G60750.1
Length=2844
Score = 4673 bits (2530), Expect = 0.0
Identities = 2748/2851 (96%), Gaps = 23/2851 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 5 GTAATAAAAATAGCGAAAGGCATAGAGGATCACTAAACTCTTAGCCTTAATCAGCGGTCA 64
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 1 GTAATAAAAATAGCGAAAGGCATAGATGATCACTAAACTCTTAGCCTTAATCAACGGT-A 59
Query 65 A-GATTATACCTTTTAGTGAGATCCAACGGTCATATTTGATCCAAGTTGTCCCTTAGTGA 123
| ||||||||| || |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 ACGATTATACCCTTCAGTGAGATCCAACGGTCAGATATGATCCAAGTTGTCCCTTAGTGA 119
Query 124 AAACGAAGAGATGGCGAAATTTTGTTTGATTGGCTAAAAATCAACACACTGATAAAATAA 183
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||
Sbjct 120 AGACGAAGAGATGGCGAAATTTTGTTTGATTGGCTAAAAATCATCTTGCTCATAAAATAA 179
Query 184 GAGTTGCAGAGAGAGtctctcatcttcttcatttcttcaccaccatcatcacaca-c--c 240
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | |
Sbjct 180 GAGTTGC--AGAGAGTCTCTCATCTTCTTCATTTCTTCACCATCATCA-CACACACCTTC 236
Query 241 ttcttcttcttct-tct-tctctctctATCACAAGAGA--G-TCAAATCCATGGCTTCTA 295
||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| | ||| | ||||||||||
Sbjct 237 TTCTTCTTCTTCTCTCTCTCTCTCTCTATCACAAGAGAGCGAAAAAAACTATGGCTTCTA 296
Query 296 CTTCTTCCCTCGCTCTCTCTCAAGCTCTCCTAGCTCGTGCAATCTCTCACCATGGTTCTG 355
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 297 CTTCTTCCCTCGCTCTCTCTCAAGCTCTCCTAGCTCGTGCAATCTCTCACCATGGCTCTG 356
Query 356 ACCAACGTGGATCTTTACCAGCTTTCTCTGGACTCAAATCCACCGGTTCACGCGCCTCAG 415
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 357 ACCAACGTGGATCTTTACCAGCTTTCTCTGGACTCAAATCCACCGGTTCACGTGCCTCTG 416
Query 416 CTTCGTCTCGTCGACGTATCGCTCAATCCATGACCAAAAACCGATCTCTCCGTCCTCTTG 475
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 417 CTTCGTCTCGTCGACGTATCGCTCAATCCATGAACAAAAACCGTTCTCTCCGTCCTCTTG 476
Query 476 TTCGCGCTGCAGCTGTTGAGACTGTTGAGCCAACCACTGATTCGTCGATTGTGGACAAAT 535
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 477 TTCGCGCTGCAGCTGTTGAGACTGTTGAGCCAACCACTGATTCGTCGATTGTTGACAAAT 536
Query 536 CGGTCAACTCGATTAGGTTTTTGGCTATCGATGCGGTGGAGAAGGCCAAATCAGGTCATC 595
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 537 CGGTCAACTCGATTAGGTTTTTGGCTATCGATGCGGTGGAGAAGGCGAACTCAGGTCATC 596
Query 596 CTGGTCTTCCTATGGGTTGTGCTCCGATGGCTCACATTTTGTATGATGAGGTCATGAGGT 655
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 597 CTGGTCTTCCTATGGGTTGTGCTCCGATGGCTCACATTTTGTATGATGAGGTCATGAGGT 656
Query 656 ATAACCCCAAGAACCCTTATTGGTTCAACCGTGACCGATTCGTTCTATCTGCTGGACATG 715
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 657 ATAACCCCAAGAACCCTTATTGGTTCAACCGTGACCGATTCGTTCTATCTGCTGGACATG 716
Query 716 GATGTATGTTGCTCTACGCGTTGCTTCATCTTGCCGGCTACGACAGCGTCCAGGAGGAAG 775
||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 717 GATGTATGTTGCTTTACGCGTTGCTTCATCTTGCTGGCTACGACAGTGTCCAGGAGGAAG 776
Query 776 ATTTGAAGCAGTTCCGTCAATGGGGAAGCAAGACACCAGGACATCCTGAGAATTTCGAGA 835
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 ATTTGAAGCAGTTCCGTCAATGGGGAAGCAAGACACCAGGACATCCTGAGAATTTCGAGA 836
Query 836 CTCCTGGAATTGAAGTCACTACTGGTCCTCTTGGACAAGGAATCGCTAATGCTGTTGGTT 895
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 CTCCTGGAATTGAAGTCACTACTGGTCCTCTTGGACAAGGAATCGCTAATGCTGTTGGTT 896
Query 896 TAGCTCTTGCTGAGAAGCATTTGGCTGCTAGATTCAACAAACCTGATGCTGAAGTAGTCG 955
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 897 TAGCTCTTGCTGAGAAGCATTTGGCTGCTAGATTCAACAAACCTGATGCTGAAGTTGTCG 956
Query 956 ACCACTACACATATGCGATCCTTGGAGATGGTTGTCAGATGGAGGGTATTTCTAATGAAG 1015
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 ACCACTACACATATGCGATCCTTGGAGATGGTTGTCAGATGGAGGGTATTTCTAATGAAG 1016
Query 1016 CTTGCTCTCTAGCTGGCCATTGGGGACTTGGAAAGCTCATTGCTTTCTACGATGACAATC 1075
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 CTTGCTCTCTAGCTGGCCACTGGGGACTTGGAAAGCTCATTGCTTTCTACGATGACAATC 1076
Query 1076 ACATTTCTATAGATGGAGACACAGAAATTGCCTTCACTGAGAACGTGGACCAGCGATTT- 1134
||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1077 ACATTTCCATTGATGGAGACACAGAAATTGCCTTCACTGAGAACGTGGACCAGCG-TTTC 1135
Query 1135 GAAGCCCTTGGATGGCATGTTATCTGGGTGAAGAATGGAAACACTGGGTATGACGAGATC 1194
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1136 GAAGCCCTTGGATGGCATGTTATCTGGGTGAAGAATGGAAACACTGGGTATGACGAGATC 1195
Query 1195 CGTGCTGCCATTAAGGAAGCTAAAACTGTTACTGACAAGCCTACTTTGATCAAGGTCACT 1254
|||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1196 CGTGCTGCCATTAAGGAAGCTAAAGCTGTTACAGACAAGCCTACATTGATCAAGGTCACT 1255
Query 1255 ACTACCATTGGTTATGGGTCTCCCAACAAGGCGAACTCATACAGTGTCCATGGAGCTGCA 1314
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1256 ACTACCATTGGTTATGGGTCTCCCAACAAGGCGAACTCATACAGTGTCCATGGTGCTGCA 1315
Query 1315 CTTGGCGAGAAGGAAGTTGAGGCTACCAGAAATAACCTTGGATGGCCGTATGAGCCGTTC 1374
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1316 CTTGGCGAGAAGGAAGTTGAGGCTACCAGAAATAACCTTGGATGGCCGTATGAGCCTTTC 1375
Query 1375 CAGGTACCTGACGATGTAAAAAGCCACTGGAGTCGTCATACACCTGAAGGAGCTACTCTT 1434
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 CAGGTACCTGACGATGTTAAAAGCCACTGGAGTCGTCATACACCTGAAGGAGCTACTCTT 1435
Query 1435 GAATCTGACTGGAGTGCAAAGTTTGCAGCATATGAAAAGAAGTACCCAGAGGAAGCTTCT 1494
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1436 GAATCTGACTGGAGTGCAAAGTTTGCAGCATATGAAAAGAAGTACCCAGAGGAAGCTGCT 1495
Query 1495 GAGTTGAAATCTATTATCACTGGTGAATTACCTGCTGGCTGGGAGAAGGCTCTACCTACA 1554
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 GAGTTGAAATCTATTATCACGGGTGAATTACCTGCTGGCTGGGAGAAGGCTCTACCTACA 1555
Query 1555 TACACACCAGAGTCTCCAGGTGATGCCACCAGAAACCTGTCACAGCAATGTCTTAACGCC 1614
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1556 TACACACCAGAGTCTCCAGGTGATGCCACCAGAAACCTGTCACAGCAATGTCTTAACGCC 1615
Query 1615 CTTGCTAAAGTTGTTCCCGGTTTCCTTGGTGGAAGTGCTGACCTTGCATCATCCAACATG 1674
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 CTTGCTAAAGTTGTTCCCGGTTTCCTTGGTGGAAGTGCTGACCTTGCATCATCCAACATG 1675
Query 1675 ACATTGCTGAAAGCCTTTGGCGACTTCCAAAAGGCCACACCTGAAGAAAGAAATCTTAGG 1734
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 ACATTGCTGAAAGCCTTTGGCGACTTCCAAAAGGCCACACCTGAAGAAAGAAATCTTAGG 1735
Query 1735 TTTGGTGTTAGGGAGCACGGAATGGGAGCCATCTGCAATGGCATTGCCCTTCACAGCCCC 1794
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 TTTGGTGTTAGGGAGCACGGAATGGGAGCCATCAGCAACGGCATTGCCCTTCACAGCCCT 1795
Query 1795 GGTCTTATCCCTTACTGTGCGACGTTCTTTGTCTTCACCGACTACATGAGAGGTGCCATG 1854
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1796 GGTCTTATCCCTTACTGTGCGACTTTCTTTGTCTTCACTGACTACATGAGAGGTGCCATG 1855
Query 1855 AGAATCTCAGCTTTGTCTGAAGCTGGTGTTATCTATGTTATGACCCATGATTCCATTGGT 1914
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1856 AGAATCTCGGCTTTGTCTGAAGCTGGTGTTATCTATGTTATGACCCATGACTCTATTGGT 1915
Query 1915 CTTGGAGAAGATGGACCAACCCATCAGCCCATTGAGCACATTGCAAGTTTCCGTGCTATG 1974
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1916 CTTGGTGAGGATGGACCAACCCATCAGCCCATTGAGCACATCGCAAGTTTCCGTGCTATG 1975
Query 1975 CCCAACACTCTTATGTTCCGTCCTGCTGATGGAAATGAAACAGCCGGTGCATACAAGATC 2034
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1976 CCCAACACTCTTATGTTCCGTCCTGCGGATGGAAACGAAACAGCGGGTGCATACAAGATC 2035
Query 2035 GCTGTCACCAAGCGCAAGACACCATCTATCTTAGCTCTGTCTAGGCAAAAGCTGCCTCAT 2094
||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2036 GCTGTCACCAAACGAAAGACCCCATCTATCTTAGCTCTGTCTAGGCAAAAGCTGCCTCAG 2095
Query 2095 CTTCCAGGTACATCCATCGAAGGAGTGGAAAAGGGTGGATATACAATTTCTGACGACTCT 2154
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2096 CTTCCAGGTACATCCATTGAAGGAGTCGAAAAGGGTGGATATACAATTTCTGACGACTCT 2155
Query 2155 TCAGGCAACAAACCCGATGTGATCTTGATTGGAACTGGTTCTGAGCTAGAGATTGCTGCA 2214
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2156 TCAGGCAACAAACCCGATGTGATCTTGATTGGAACTGGATCTGAGCTAGAGATTGCTGCA 2215
Query 2215 CAGGCTGCGGAGGTGCTCAGGAAAGACGGCAAAACCGTTAGAGTTGTTTCTTTCGTGTGC 2274
|||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2216 CAGGCTGCAGAGGTGCTGAGGAAAGAAGGCAAAACCGTTAGAGTTGTTTCTTTCGTGTGC 2275
Query 2275 TGGGAACTATTTGACGAGCAATCAGATGAATACAAGGAGAGTGTGTTGCCATCGGATGTA 2334
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2276 TGGGAACTATTTGACGAGCAGTCAGATGAATACAAGGAGAGTGTGTTGCCATCTGATGTA 2335
Query 2335 TCAGCTAGAGTTAGCATTGAAGCAGCTTCGACTTTCGGATGGGGAAAGATTGTTGGAGGC 2394
||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2336 TCAGCTAGAGTCAGTATCGAAGCAGCTTCGACTTTCGGATGGGGAAAGATTGTTGGAGGC 2395
Query 2395 AAAGGAAAGTCCATTGGTATTAATTCATTCGGAGCCAGCGCACCAGCACCCTTACTCTAC 2454
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2396 AAAGGAAAGTCCATTGGTATTAATTCATTCGGGGCCAGCGCACCAGCACCCTTACTCTAC 2455
Query 2455 AAGGAGTTTGGTATCACCGTTGAAGCTGTTGTTGATGCGGCCAAGTCATTCTTCTAAGAG 2514
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2456 AAGGAGTTTGGTATCACCGTTGAAGCTGTTGTTGATGCGGCCAAGTCATTCTTCTAAGAG 2515
Query 2515 ATTTAAGATCGGACCATTCTCTCTGAGGGGGTTTTGTCTGAAACTTGATTTGGAAACAA- 2573
||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2516 ATTTAAGATCGGACCATCCTCTCTGTGGGG-TTTTGTCTGAAACTTGATTTGGAAACAAA 2574
Query 2574 GGCTATTCACAACATTGTCTCATATCTCGAAATAAAGTGCAACAAGACACAAAGACTTTC 2633
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2575 GGCTATTCACAACATTGTCTCATATCTCGAAATAAAGTGCAACAAGACACAAAGACTTTC 2634
Query 2634 ACTTTCttttttgtttttgt-ttt-ttGTACTTCAGGTCAAGATAGGTTTTCGGTTTGAG 2691
|| || |||||||||||| | ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2635 ACCTT-TTTTTTGTTTTTTTGTTTATTGTACTTCAGGTCAACATAGGTTTTCGGTTTGAG 2693
Query 2692 AAGAGAAACAAATTAGAAAGACAATGTAAAACTCCCATGATCATTCGTGTAATGCTAAAT 2751
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2694 AAGAGAAACAAATTAGAAAGACAATGTAAAACTCCCATGATCATTCGTGTAATGTTAAAT 2753
Query 2752 GCTTGAATTTCAGCAAAACTTTCTAGCATTTGTTTCTTGGGGTGTAGACTAAA-T-T-AC 2808
||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| | | ||
Sbjct 2754 GCTCGAATTTCAGCAAAACTTTCTAGCAATTGTTTCTTGGGATGTAGACTAAAATATTAC 2813
Query 2809 CTACATAAGCAGACATAAGCATTGGGTGGAC 2839
|||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2814 CTACATAAACAGACATAAGCATTGGGTGGAC 2844
> Ahg927965 jgi|Araly1|927965|scaffold_300422.1
Length=258
Score = 165 bits (89), Expect = 2e-39
Identities = 168/204 (82%), Gaps = 14/204 (7%)
Strand=Plus/Plus
Query 1745 GGGAGC-ACGGAATGGGAGCCATCTGCAATGGCATTGCCCTTCACAGCCCCGGTCTTATC 1803
|||| | |||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 24 GGGATCTACGGTATGGGAGCTATCTGCAACGGCATTGCCCTTCACAGCCCCGGTTTTA-C 82
Query 1804 C-CTTACTGTGCGACGTTCTTTGTCTTCACCGACTACATGAGAGGTGCCATGAGAATCTC 1862
| | ||||| || || |||||| | || | | ||| | | | | ||||||||||
Sbjct 83 CACATACTGCGCAACTTTCTTTTTGTTTA-C--TTAC-T-ACA---G---TGAGAATCTC 131
Query 1863 AGCTTTGTCTGAAGCTGGTGTTATCTATGTTATGACCCATGATTCCATTGGTCTTGGAGA 1922
||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 132 GGCTTTGTCTGAAGCTTCTGTTATATACGTTATGACCCATGACTCCATTGGTCTTGGAGA 191
Query 1923 AGATGGACCAACCCATCAGCCCAT 1946
||||||||||||||| || |||||
Sbjct 192 AGATGGACCAACCCACCAACCCAT 215
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 107147859185
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5