BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G60850.1
Length=2209
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg486559 jgi|Araly1|486559|fgenesh2_kg.5__2551__AT3G60850.1 3236 0.0
> Ahg486559 jgi|Araly1|486559|fgenesh2_kg.5__2551__AT3G60850.1
Length=2125
Score = 3236 bits (1752), Expect = 0.0
Identities = 1979/2088 (95%), Gaps = 18/2088 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 129 gtc-tcgctg-ctacttcttctTCATCTTCCTGATGAATACTCACAAAACCGAAGAAGGT 186
||| |||| | || || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 49 GTCTTCGCCGTCTCCTCCTTCTTCATCTTCCTGATGAATCCTCACAAAACCGAAGAAGGT 108
Query 187 CTGTTCCACCATCATGATCTTGATCCGACGGCTGACATACTCGTTCAATCACCACCCTCC 246
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 109 CTGTTCCACCATCATGATCTTGATCCGACGGCGGACATACTCGTTCAATCTCAACCCTCC 168
Query 247 ATTCTCCACCACCACCACGACCACAATTCCGAAGTCGATCCCGCGTTTTCTCTCCCGGAA 306
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 169 ATTCTCCACCACCACCACGACCACAATTCCGAAGTCGATCCCGCTTTTTCTCTCCCGGAA 228
Query 307 TTCATACTCTTCCGCTCTTCTCCTTCCGGAGATTCTCCCGGTCTCTCCTCAGACGAGCAA 366
||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 229 TTCGTACTCTTCCGCTCCTCTCCCTCCGGAGATTCACCCGGTCACTCCTCAGACGAACAC 288
Query 367 GACGATTCCCTTACCGGAAACCCCCAAATTGCTGATTCGTCAAATTCTAGGGTTTCGAGT 426
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 289 GACGATTCCCTTACCGGAAACCCCCAAATTGATGCTTCGTCAAATTCTAGGGTTTCGAGT 348
Query 427 GCAGGAAGAGATGGGCTTTTCATCAGCCCCGATCCTCATATCTCATCTCAGTTCTACACA 486
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 349 GCAGGAAGAGATGGGCTTTTTATCAGCCCCGATCCTCATATCTCATCTCAGTTCTACACA 408
Query 487 TTCAACGCAGCTTCTCACTCTCTCATG-TGTCGCTGTCTCCGCGAGGGCCGTCTCGCTAC 545
||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 409 TTCAACGCAGCTTCTCACTCTCTCATGAT-TCGCTGTCTCCGCGAGGTCCGTCTCGCTAC 467
Query 546 TCCGGCGGAGATCCGTATCGCTACACCGAGGTCTGTCCTCAAGTCATGGCGCGCCGTTTG 605
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 468 TCCGGCGGAGATCCGTATCGCTACGCCGAGGTCTGTCCTCAAGTCATGGCGCGCCGTTTG 527
Query 606 GAAGGATCGTAACGAGGAAACGGCTTACCTCACCGCCTGGAAACGGATCCAGGATAAGCT 665
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 528 GAAGGATCGTAACGAGGAAACGGCTTACCTCACCGCCTGGAAACGGATCCAGGATAAGCT 587
Query 666 CACCTCTCGCCTCGACCCAGCCACCGGTAACGAATTTCTCTGCTTCAAGAATAATTCTCA 725
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 588 CACCTCTCGCCTCGACCCAGCCACCGGTAACGAATTTCTCTGCTTCAAGAATAATTCTCA 647
Query 726 GCAATTCGTCTCTCACATTAACCAGTGGCAAGATATAGTCATGGGGTTTCACGCTGATGG 785
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 648 GCAATTCGTCTCTCACATTAACCAGTGGCAAGATATAGTCATGGGGTTTCACGGTGATGG 707
Query 786 TGATTTGAAACACTTAGG-CCAGAAAGAGACTATTGATAGGATTAAGCAAGTTTGGACTG 844
|||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 708 TGATTTGAAACACTTAGGGCCT-AAAGAGACTATTGAGAGGATTAAGCAAGTTTGGACTG 766
Query 845 TTGGTGCTAAGCTCTATGGAATTCCCGAGAGCTTTATTAGGGTTTGTGTAGCGGCGTGTC 904
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 767 TTGGTGCTAAGCTCTATGGAATTCCCGAGAGCTTTATTAGGGTTTGTGTAGCGGCATGTC 826
Query 905 CTGTTTGCAATGCCGACTCTGGTTCTGCTTCGAGGAACAAACGCCGTCGATTTGAGTATA 964
||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 827 CTGTTTGCAATGCTGACTCTGGCTCTGGTTCGAGGAACAAACGGCGTCGATTTGAGTATA 886
Query 965 CGGAGTCTCTTGATGTGCCTGCCAAGGAAGTTCCCGATAGGTTGCAGCAACTGGCTGCTA 1024
| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 887 CTGAGTCTTTTGATGTGCCTGCCAAGGAAGTTCCCGATAGGTTGCAGCAACTGGCTGCTA 946
Query 1025 AGCACAAGGTTGTGCTCTGTATAAGGCAGAAGTATATTAGGTATAAGCCGTTTATGGCAG 1084
||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 947 AGCACAAGGTTGTCCTCTGCATTAGGCAGAAGTATATTAGGTATAAGCCATTCATGGCAG 1006
Query 1085 AGGTGAAGGATTATGCTTGTCACAGAGCTGGAGAGCCTGTATCAATTAAGAAGTCTAGGA 1144
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1007 AGGTGAAGGATTATGCTTGTCATAGAGCTGGAGAGCCTGTCTCAATTAAGAAGTCTAGGA 1066
Query 1145 TTTTGAAGAGGGAGCCTTATCAGTCAAAGAGATGCGGTTGTGGTTTTAGGATTAGAGCTA 1204
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1067 TTTTGAAGAGGGAGCCCTATCAGTCAAAGAGATGCGGTTGTGGTTTTAGGATTAGAGCTA 1126
Query 1205 TTGTTCCCATTGCTAACTACAGTGAAAAGACCAAAACTTTTGTATATCAGGAAGAAGGGA 1264
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1127 TTGTGCCCATTGCTAACTACAGTGAAAAGACCAAAACTTTTGTGTATCAGGAAGAAGGGA 1186
Query 1265 CAGCTGTTTTTAAGCTATACGCTGTCCATTCAGGGCATGAGCCGGGGGCTATGGATGGAA 1324
|||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1187 CAGCTGTTTTTAAGCTATACGCTGTCCATTCAGGACACGAGCCGGGGGCAATGGATGGAA 1246
Query 1325 ATGCGAGAATCATGCATCGGGTTGTTGGTCATAAGGGTTTTTTGATGGATCAAGAGACTG 1384
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 1247 ATGCGAGAATCATGCATCGGGTTGTTGGTCATAAGGGGTTTTTGATGGATCAAGAGACGG 1306
Query 1385 TCTACGGAGTGCGGGACGAAGACGTGGAAACCGAAGGGATGGGATTGACTGGGAAGGATG 1444
|||||||||||| ||| | ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1307 TCTACGGAGTGCAGGA--A-GACTTAGAAACCGAAGGGATGGGATTGACTGGGAAGGATG 1363
Query 1445 AACGTGCCGAGATGCAGTTTACTGTCTTGCATCAGGTGCAGGAACTAAGGAGCGAACTTG 1504
| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1364 ATGGTGCCGAAATGCAGTTTGCTGTCTTGCATCAGGTGCAGGAACTAAGGAGTGAACTTG 1423
Query 1505 GCACTCTAGAAGGAAAGATTGGGAATTTTTCACAAGAGATGTTGGGTTCAGTGTCCACAG 1564
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1424 GCACTCTAGAAGGAAAGATTGGGAATTTCTCACAAGAGATGTTGGGTTCAGTGTCCACAG 1483
Query 1565 AGTTGTTTGAGATGCTCAACAAGATCAGAAATATCGGCGTTGAGAGTGCCCAGGATACAA 1624
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1484 AGTTGTTTGAGATGCTCAACAAGATCAGGAATATCGGCGTTGAGAGTGTTAAGGATACAA 1543
Query 1625 CGGGCTTGGTTGCAGAGAAATCACACTCAGATGAAATACTTGTTGGAGATAACGATCTAG 1684
| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1544 CAGGCTTGGTTTCAGAGAAGTCACACTCAGATGAAATACTTGTTGGAGATAACGATCTAA 1603
Query 1685 TACATTGGAGTGACCATCACCACGAGCATTTATATGGAGATGGGAAGGATGCAGAACTTA 1744
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1604 CACATTGGAGTGACCATCACCACGAGCATTTATACGGAGATGGGAAGGATACAGAACTTA 1663
Query 1745 TTGAAGACGATGAGGACAGTTTTGAGAGGAGCCTTGATGATGTTGTTCCTTGGGAACAGA 1804
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1664 TTGAAGACGATGAGGACAGTTTTGAGAGGAGCCTTGATGATGTTGTTCCTTGGGAACAGA 1723
Query 1805 TAACGCCACCGTCAGATTGTACAAATCAAAAGGAGGATCTTTTGTCTGAGACATGTAAGC 1864
||| ||||||||| ||||||| || ||| ||||| ||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 1724 TAAGGCCACCGTCGGATTGTAGAAGTCAGAAGGA---TCTCTTGGCTGAGACATGTAAGC 1780
Query 1865 CTGAGAAATGGTTAAAGTGCAATGACTTTGATGAGAATAGCATTCTGAATAGCGAAGATT 1924
|||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1781 CTGATAAATGGCTAAAGTGCAATGACTTTGATGAGAATAGCATTCTGAATAGCGAAGATT 1840
Query 1925 CTAAATTAACAAAACCGATGAGCCACGATGGAGGTAGTATAGAAACAGATGTAGGTTTAG 1984
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1841 CTAAATTAACAAAACCGATGAACCACGATGGAGGTAGTATAGTAACAGATGTAGGTTTAG 1900
Query 1985 CTGGTATACAAGTCGAT-A--GCTTCTATCAAGAAAACTCGAAATGGTATGACTCTCCTT 2041
||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1901 CTGGTATACAAGTCGATGATAGCTTCTATCAAGAAAACTCCAAATGGTATGACTCTCCTT 1960
Query 2042 GTGGTTTGGATTCAAACACGGACGGTGAAGACACTGGATTCAGCAGACATGGGGAGATTT 2101
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | || ||||||||||
Sbjct 1961 GTGGTTTGGATTCAAACACGGACGGTGAAGACAATGGATTTAG-ACAC--GGGGAGATTT 2017
Query 2102 TGTAGAAACATGGTAAGGTTCTTCGATATAACCAATTTCTAACTTTCTATCTCACACATC 2161
|||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 2018 TGTAGAAACACGGTAAGGTTCTTCAATATAACGAATTTCTAACTCTCTATCTCATACATC 2077
Query 2162 TCGTTATGCATACCCTTCCCCAACTCATAAATGGGAACCAGATTGTAT 2209
| |||||||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 2078 TTGTTATGCATATCCTTTCCCAATTCATAAATGGGAATCAGGTTGTAT 2125
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 83151004835
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5