BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G60860.1
Length=5594
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg486560 jgi|Araly1|486560|fgenesh2_kg.5__2552__AT3G60860.1 9099 0.0
> Ahg486560 jgi|Araly1|486560|fgenesh2_kg.5__2552__AT3G60860.1
Length=5558
Score = 9099 bits (4927), Expect = 0.0
Identities = 5331/5527 (96%), Gaps = 24/5527 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCTTCCTCGGAAGCTGATTCCCGATTGAGTCGAGTCGTAACACCAGCTTTAGAGAAG 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCTTCCTCGGAAGCTGATTCCCGATTGAGTCGAGTCGTAACACCAGCTTTAGAGAAG 60
Query 61 ATCGTCAAGAACGCGTCGTGGCGTAAACACTCGAAGCTAGCTAACGAATGCAAAGCTGTT 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 61 ATCGTCAAGAACGCGTCGTGGCGTAAACACTCGAAGCTCGCAAACGAATGCAAAGCTGTT 120
Query 121 ATCGAGCGGCTAAATTCGCTGCAGAAATCACCACCTCCTTCGTCCTCTGCTGCTACTGAC 180
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 121 ATCGAGCGGCTAAATTCGCTGCAGAAATCACCACCTCCTTCGTCCTCTGCTGCTGCTGAC 180
Query 181 TCCGAGTCTGAATCCTCTGTTCCCGGTCCACTTAACGACGGTGGTTCGATCGAGTACTCG 240
|||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TCCGAGCCTGATTCCTCTGTTCCCGGTCCACTTAACGACGGTGGTTCGATCGAGTACTCG 240
Query 241 CTCGCCGATTCGGAACTCATCTTCAGCCCTCTGATCAATGCCTGTGGCACTGGCCTCGCC 300
||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CTCGCCGATTCTGAATTCATCTTCAGCCCTCTGATCAATGCCTGTGGCACTGGCCTCGCC 300
Query 301 AAGATCATCGAACCTGCTATTGACTGCATTCAGAAACTTATCGCGCATGGTTACATTCGT 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 301 AAGATCATCGAACCTGCTATTGACTGCATTCAGAAGCTTATCGCGCATGGCTACACTCGT 360
Query 361 GGTGAATCGGACCCGTCCGGTGGAGCGGAGTCCCTTCTCCTTTTTAAATTGATCGATTCC 420
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 361 GGTGAATCGGACCCGTCCGGTGGAGCGGAGTCCCTTCTCCTTTTTAAATTGATCGAGTCC 420
Query 421 GTTTGTAAATGCCATGATTTGGGAGATGAATCCATTGAATTACCTGTGTTAAAGACTCTG 480
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||
Sbjct 421 GTTTGTAAATGCCATGATTTAGGAGACGAATCCATTGAATTGCCTGTGTTAAAGACTATG 480
Query 481 TTATCTGCCATTAACTCCATCTCGCTGAGGATCCATGGCAAATGCTTGCTCCTAG-TTGT 539
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| | | ||||
Sbjct 481 TTATCTGCCATTAACTCCATCTCGCTGCGGATCCATGGCGAATGCTTGCTCAT-GATTGT 539
Query 540 TCGTACTTGCTACGACATTTACTTGGGAAGCAAAAACGTGGTGAATCAGACGACTGCCAA 599
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 ACGAACTTGCTACGACATTTACTTGGGAAGCAAAAACGTGGTGAATCAGACGACTGCCAA 599
Query 600 GGCTTCGCTGATCCAGATTCTGGTGATTGTTTTCCGGAGAATGGAGGCGGATTCGTCAAC 659
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 GGCTTCGCTGATCCAGATACTGGTGATTGTTTTCCGGAGAATGGAGGCGGATTCGTCAAC 659
Query 660 GGTTCCAATTCAGCCGATTGTAGTGGCTGAGCTCATGGAGCCACTCGAAAAATCAGATGC 719
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 AGTTCCAATTCAGCCGATCGTAGTGGCTGAGCTCATGGAGCCACTCGAAAAATCAGATGC 719
Query 720 GGATGGGACAATGACGCAGTTTGTTCAGGGTTTCATCACCAAAATCATGCAAGATATTGA 779
||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 GGATGGGACAATGACAAAGTTTGTGCAGGGTTTTATCACCAAAATCATGCAAGATATTGA 779
Query 780 CGGAGTGTTGAACCCGACAATGTCAGGATCAGGATCAGGATCAGGGTCAGGAGGCCAAGA 839
||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 780 CGGCGTGTTGAACCCGACAATGCCAGGATCAGGATCAGGATCAGGCTCAGGGGGCCAAGA 839
Query 840 TGGGGCATATGGGACTACCACAGTGGAGACTACGAATCCTACGGATTTGTTGGACTCCAC 899
||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 840 TGGGGTATATGGGACTACCACAGTGGTGACTACGAATCCTACTGATTTGTTGGACTCCAC 899
Query 900 TGATAAGGACATGTTGGACGCTAAGTACTGGGAGATCAGTATGTACAAGTCAGCTCTAGA 959
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 TGATAAGGACATGTTGGACGCTAAGTATTGGGAGATCAGTATGTACAAGTCAGCTCTAGA 959
Query 960 GGGAAGGAAGGGGGAGCTAACT-GACGGAGACGCT--GAGAGA-GATGATGATTTAGAAG 1015
|||||||||||||||||| | | |||||||||| | |||||| ||||||||||||||||
Sbjct 960 GGGAAGGAAGGGGGAGCT-AGTAGACGGAGACGTTGAGAGAGATGATGATGATTTAGAAG 1018
Query 1016 TTCAGATAGAGAATAAGCTGCGGAGAGATGCC-TGCCTGGTTTTCAGGGCGCTTTGTAAG 1074
||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1019 TTCAGATTGAGAATAAGCTGCGGAGAGATGCCTTG-ATGGTTTTCAGGGCGCTGTGTAAG 1077
Query 1075 CTCTCCATGAAGGCGCCGCCAAAGGAGTCTTCGGCAGATCCGCAGTCGATGAGAGGGAAG 1134
||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1078 CTCTCCATGAAGGCGCCTCCAAAGGAGTCTTCGACAGATCCGCAGTCAATGAGAGGGAAG 1137
Query 1135 ATTCTGGCTCTTGAGCTGTTAAAGATCTTGTTGGAAAATGCTGGAGCTGTCTTTAGAACA 1194
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1138 ATTCTGGCTCTTGAGCTGTTGAAGATCTTGTTGGAAAATGCTGGAGCTGTCTTTAGGACC 1197
Query 1195 AGCGAGAAGTTTTCAGC-TGATATCAAACAGTTTTTGTGTTTGTCGTTGTTGAAGAACAG 1253
||||||| ||||||| | ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 AGCGAGAGGTTTTCA-CGTGATATCAAACGGTATTTGTGTTTGTCGTTGTTGAAGAACAG 1256
Query 1254 TGCTTCTACTCTTATGATTATCTTCCAGCTTTCTTGCTCTATTTTCATCAGTCTGGTTGC 1313
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1257 CGCTTCTACTCTTATGATTATCTTCCAGCTCTCTTGCTCTATTTTCATTAGTCTGGTTGC 1316
Query 1314 AAGATTCCGGGCTGGATTAAAGGCCGAAATTGGAGTGTTT-TTTCCAATGATTGTTCTTA 1372
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||
Sbjct 1317 AAGATTCCGGGCTGGATTAAAGGCCGAAATTGGAGT-TTTCTTCCCAATGATTGTTCTTA 1375
Query 1373 GAGTCGTGGAGAATGTAGCTCAACCTAATTTTCAACAAAAGATGATTGTTCTTCGGTTTC 1432
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 GAGTTGTGGAGAATGTAGCTCAACCTAATTTTCAACAGAAGATGATTGTTCTTCGGTTTC 1435
Query 1433 TTGACAAACTTTGTTTGGATTCACAAATCCTAGTTGATATATTCTTGAACTACGATTGCG 1492
||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 1436 TTGACAAGCTTTGTTTGGATTCCCAAATCCTAGTTGATATTTTCTTGAACTACGATTGTG 1495
Query 1493 ATGTCAATTCATCAAATATCTTTGAGAGGATGGTCAATGGTCTCCTTAAAACGGCTCAAG 1552
|||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 ATGTGAATTCATCAAATATTTTTGAGAGGATGGTCAATGGTCTCCTTAAAACGGCTCAAG 1555
Query 1553 GGGTTCCTCCTGGTACAGCTACAACATTGATGCCACCACAGGAGGCAGCTATGAAACTTG 1612
||||| ||||||||||||||||||| ||| | ||||| ||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1556 GGGTTACTCCTGGTACAGCTACAACGTTGTTACCACCTCAGGAGGCAGCTACGAAACTTG 1615
Query 1613 AAGCCATGAAATGCTTAGTGGCCATATTGAAATCAATGGGAGATTGGTTGAACAAGCAGT 1672
|||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 AAGCCATGAAATGCCTAGTAGCCATATTGAAATCAATGGGAGATTGGTTGAACAAGCAGT 1675
Query 1673 TGCGCCTGCCAGTTTCTAATTCATTGAATAAATCTGACGTAATTGAGATTGATTTGGGAC 1732
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||| ||| ||||||
Sbjct 1676 TGCGCCTGCCAGTTTCTAATTCATTGAATAAATCTGAAGCAGTTGAGATCGATCTGGGAC 1735
Query 1733 CCGGAAGTCCCCAGTTGGCAAATGGAAATGCTGATGAGTCTGCTGACGGATCAGATACTT 1792
||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||| | |
Sbjct 1736 CCGGAAGTCCCCAATTGGCTAATGGAAATGCTGATGAGACTGCTGACAAATCAGATTCCT 1795
Query 1793 ATTCTGAATCTTCAGGAGGTACATCTGATGCTCTAGCTATCGAGCAGCGCCGGGCTTACA 1852
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1796 ATTCTGAATCTTCAGGAGGTACATCAGATGCTCTAGCTATCGAGCAGCGCCGGGCTTACA 1855
Query 1853 AACTCGAGCTTCAGGAAGGTATTTCTCTTTTTAATCGGAAGCCAACTAAAGGTATTGAGT 1912
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1856 AACTCGAACTTCAGGAAGGTATTTCTCTTTTTAATCGGAAGCCAACTAAAGGTATTGAGT 1915
Query 1913 TTCTCATCAATGCGGGTAAGGTGGGTGAATCTCCTGAAGAAATAGCAGGTTTTCTCAAAG 1972
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1916 TTCTCATCAACGCGGGTAAGGTGGGTGAATCTCCTGAAGAAATAGCAGGTTTTCTCAAAG 1975
Query 1973 ACGCGTCAGGGTTAAATAAAACTTTGATAGGCGACTATCTTGGAGAAAGAGAAGATTTAG 2032
| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1976 ATGCGTCAGGGTTAAATAAAACTTTGATAGGTGATTATCTTGGAGAAAGAGAAGATTTAC 2035
Query 2033 CTCTCAAGGTGATGCATGCATATGTGGATTCTTTTGATTTCCGAGGCATGGAATTTGATG 2092
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2036 CTCTCAAGGTGATGCATGCATATGTGGATTCTTTTGATTTCCAAGGCATGGAATTTGATG 2095
Query 2093 AGGCAATTAGAACCTTTCTTGAAGGTTTTAGGCTGCCAGGAGAAGCACAAAAGATTGACC 2152
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2096 AGGCAATTAGAACCTTTCTTGAAGGTTTTAAGCTGCCAGGAGAAGCACAAAAGATTGATC 2155
Query 2153 GAATCATGGAAAAGTTTGCTGAACGTTACTGCAAGTGTAATCCTAAGGTGTTTACTAGCG 2212
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2156 GAATCATGGAAAAGTTTGCTGAACGTTACTGCAAGTGTAATTCTAAGGTGTTTACTAGCG 2215
Query 2213 CAGATTCAGCTTATGTTCTTGCATATTCTGTGATCATGCTCAATACTGATGCCCACAACC 2272
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2216 CAGATACAGCTTATGTTCTTGCATATTCTGTGATCATGCTCAATACTGATGCCCACAACC 2275
Query 2273 CCATGGTGAAGAACAAGATGTCTGCTGATGACTTTATCAGAAACAATCGTGGAATAGACG 2332
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2276 CCATGGTGAAGAACAAGATGTCTGCTGATGACTTTATCAGAAACAATCGTGGAATAGACG 2335
Query 2333 ACGGAAAAGATTTACCTGCGGACTACATGAGATCGCTGTATGAAAGGATAACAAAGCATG 2392
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2336 ACGGAAAAGATTTACCTGCGGACTACATGAGATCGCTGTATGAAAGGATAACAAAGCATG 2395
Query 2393 AGATAAAGATGAAAGAAGATGATTTACGTTTGCAACAGAAACAGTACGCAAACTCAAACA 2452
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2396 AGATAAAGATGAAAGAAGATGATTTACCTTTGCAACAGAAACAGCACGCAAACTCAAACA 2455
Query 2453 GAATGCTTGGTTTGGATGGTATATTAAACATAGTGATCCGTAAGCAGTGGGGAGATTCAT 2512
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2456 AAATGCTTGGTTTGGATGGTATATTAAACATAGTGATCCGTAAGCAATGGGGAGATTCAT 2515
Query 2513 ATGCGGAAACAAGTGATGATCTGATGAAGCATATGCAAGAGCAATTTAAGGAAAAAGCTC 2572
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2516 ATGCGGAAACAAGTGATGATCTGATGAAGCATATGCAAGAGCAATTTAAGGAAAAAGCTC 2575
Query 2573 GTAAATCAGAGTCAACCTACTATGCTGCTACAGATGTGGTTATTCTCAGATTTATGATTG 2632
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2576 GTAAATCAGAGTCAACCTACTATGCTGCTACAGATGTGGTTATTCTCAGATTTATGATTG 2635
Query 2633 AGGCTTGTTGGGCTCCTATGCTTGCTGCATTCAGTGTGCCGCTAGACCAGAGTGATGATT 2692
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2636 AGGCTTGTTGGGCTCCTATGCTTGCTGCATTCAGTGTGCCGCTAGACCAGAGTGATGATT 2695
Query 2693 TGATAGTGATCAACATATGTCTTGAAGGCTTCCACCATGCAATCCATGCCACTTCGTTGA 2752
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2696 TGATAGTGATCAACATATGTCTTGAAGGCTTCCACCATGCAATCCATGCCACTTCGTTGA 2755
Query 2753 TGTCAATGAAGACCCATAGAGATGCTTTTGTGACTTCACTAGCGAAGTTCACTTCACTTC 2812
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2756 TGTCAATGAAGACCCATAGAGATGCTTTTGTGACTTCACTAGCGAAGTTCACTTCACTTC 2815
Query 2813 ACTCCCCAGCTGATATCAAGCAGAGAAATATTGAAGCCATTAAGGCGATTCTCAGACTTG 2872
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2816 ACTCCCCAGCTGATATCAAGCAGAGAAATATCGAAGCCATTAAGGCGATTCTCAGACTTG 2875
Query 2873 CTGATGAAGAGGGCAACTATTTGCAAGATGCCTGGGAGCATATACTAACTTGTGTTTCCC 2932
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2876 CTGATGAAGAGGGCAACTATTTGCAAGATGCCTGGGAGCATATTCTAACTTGTGTTTCCC 2935
Query 2933 GTTTTGAGCAACTACATCTCTTGGGAGAAGGTGCTCCTCCAGATGCCACtttttttGCTT 2992
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2936 GTTTTGAGCAACTACATCTCTTGGGAGAAGGTGCTCCTCCAGATGCCACTTTTTTTGCTT 2995
Query 2993 CCAAGCAAAATGAGTCAGAGAAATCAAAGCAACCCAAACAGTATATACTTCCTGTTCTGA 3052
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2996 CCAAGCAAAATGAGTCAGAGAAATCAAAGCAACCCAAACAATATATACTTCCTGTTCTGA 3055
Query 3053 AAAGGAAGGGTCCTGGGAAAAGTCAATATGCAGCTACAGGTGTCTTGAGGGGTTCATATG 3112
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3056 AAAGGAAGGGTCCTGGGAAAAGTCAATATGCAGCTACAGGTGTCTTGAGGGGTTCATACG 3115
Query 3113 ACAGCATGAGTCTTGGCGGAAAAGGTTCTAAGAACGTGAGACAAGAACAGATGAGCAGTA 3172
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3116 ACAGCATGAGTCTTGGCGGAAAAGGTTCTAAGAACGTGAGACAAGAACAAATGAGCAGTA 3175
Query 3173 TAGTCTCAAATTTGAACTTGTTGGAGCAGGTTGGTGAAATGAATCAAGTATTTTCTCAGA 3232
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3176 TAGTCTCAAATTTGAACTTGTTGGAGCAGGTTGGTGAAATGAATCAAATATTTTCTCAGA 3235
Query 3233 GTCAGAAATTAAACAGTGAAGCTATAATAGACTTTGTTAAAGCTCTCTGCAAAGTTTCTA 3292
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3236 GTCAGAAACTAAACAGTGAAGCTATAATAGACTTTGTTAAAGCTCTCTGCAAAGTTTCTA 3295
Query 3293 TGGATGAGTTGCGGTCTCCTTCTAATCCACGCGTTTTTAGCCTCACAAAGATTGTTGAGA 3352
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3296 TGGATGAGTTGCGGTCTCCTTCTAATCCACGCGTTTTTAGCCTCACGAAGATTGTTGAGA 3355
Query 3353 TAGCGCATTATAACATGAATCGCATAAGGCTTGTTTGGTCAAGCATCTGGCAAGTGCTAT 3412
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3356 TAGCGCATTATAACATGAACCGCATAAGGCTTGTTTGGTCAAGCATCTGGCAAGTTCTAT 3415
Query 3413 CAGGTTTCTTTGTGACCATTGGATGCTCAGAGAATCTTTCTATTGCAATATTTGCAATGG 3472
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3416 CGGGTTTCTTTGTGACCATTGGATGCTCAGAGAATCTTTCTATTGCAATATTTGCAATGG 3475
Query 3473 ATTCTCTCCGCCAGTTGTCAATGAAATTTCTGGAACGGGAGGAGTTGGCTAATTACAACT 3532
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3476 ATTCTCTGCGCCAGTTGTCAATGAAATTCCTGGAACGGGAGGAGTTGGCTAATTACAACT 3535
Query 3533 TCCAAAATGAATTTATGACACCTTTTGTCATTGTTATGCGTAGAAGTAATGATGTTGAGA 3592
||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3536 TCCAAAACGAGTTTATGACACCTTTTGTCATCGTTATGCGTAGAAGTAATGATGTTGAGA 3595
Query 3593 TCAGAGAACTTATCATCCGATGTGTTTCTCAGATGGTATTGTCACGTGTAAATAATGTTA 3652
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3596 TCAGAGAACTTATCATCCGGTGTGTTTCTCAGATGGTATTGTCGCGTGTAAATAATGTTA 3655
Query 3653 AGTCAGGATGGAAAAGCATGTTTATGGTTTTTACCACAGCGGCATATGACGACCACAAAA 3712
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 3656 AGTCAGGATGGAAAAGCATGTTTATGGTTTTTACCACAGCGGCGTATGATGACCACAAAA 3715
Query 3713 ATATTGTGTTTTTGTCCTTTGAAATTATCGAGAAGATTATTCGAGAATATTTCCCATACA 3772
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3716 ACATTGTGTTTTTGTCCTTTGAAATTATCGAGAAGATTATTCGAGAATATTTCCCATACA 3775
Query 3773 TCACTGAGACAGAAACCACCACTTTTACAGATTGTGTGAATTGCCTAGTTGCATTCACCA 3832
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3776 TCACTGAGACAGAAACCACCACTTTTACAGATTGTGTGAATTGCCTAATTGCATTCACCA 3835
Query 3833 ATAACAGATTTAGCAAGGATATCAGTCTCAGTTCTATAGCTTTCCTCCGGTATTGTGCAA 3892
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3836 ATAACAGATTTAGCAAGGATATCAGTCTCAGTTCTATAGCTTTCCTCCGATATTGTGCAA 3895
Query 3893 CAAAGCTTGCAGAAGGAGATCTTAACTCGCCATCAACAAACAAATACAAGGGAACTTCTG 3952
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| || |||||
Sbjct 3896 CAAAGCTTGCAGAAGGAGATCTTAACTCGCTATCAACAAACAAAGACAAGGAAAATTCTG 3955
Query 3953 GAAAGATTCCTCAGTCATCTCTCCACAGTGGAAAAAGTGGGAAACAAGAGAACGGAGAGA 4012
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3956 GAAAGATTCCTCAGTCATCTCTCCACAGTGGAAAAAGTGGGAAACAAGAGAACGGAGAGA 4015
Query 4013 TTGTAAACAACAATCATC-T-T-TATTTTTGGTTTCCCTTACTATCAGGTTTATCAGAGC 4069
|||||||||||||| ||| | | || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 4016 TTGTAAACAACAATAATCATCTCTACTTTTGGTTTCCCTTACTATCAGGCTTATCAGAGC 4075
Query 4070 TTAGTTTCGATCCAAGACCAGAAATCAGGAAAAGCGCACTACAGATTATGTTTGATACCT 4129
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4076 TTAGTTTCGATCCAAGACCAGAAATCAGGAAAAGCGCACTACAGATTATGTTTGATACCT 4135
Query 4130 TACGCAACCATGGCCATTTATTTTCTCTGCCGTTATGGGAAAAAGTATTCGAGTCTGTAT 4189
|||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 4136 TACGCAACCACGGCCATTTATTTTCTCTACCATTATGGGAAAAAATATTCGAGTCTGTAT 4195
Query 4190 TATTTCCTATATTCGACTACGTACGCCATTCTATTGATCCTTCTGGCGAAGACGAATCTG 4249
|||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4196 TATTTCCTATATTCGATTACGTACGGCATTCTATTGATCCTTCTGGCGAAGACGAATCTG 4255
Query 4250 CTGATCAAGGAAGTTCTGGTGGTGAAGTGGATGAGCTAGATCATGACGCCTGGCTCTACG 4309
||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 4256 CTGATCAAGGAAGTTATGGTGGCGATGTGGATGAGCTAGATCATGATGCCTGGCTCTACG 4315
Query 4310 AGACCTGTACATTAGCACTACAGCTTGTAGTGGATCTCTTTGTCAAATTTTACACTACAG 4369
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4316 AGACCTGTACATTAGCACTACAGCTTGTAGTGGATCTCTTTGTCAAATTTTACACTACAG 4375
Query 4370 TCAATCCACTTCTAGAGAAAGTACTAATGCTTCTTGTAAGCTTCATAAAGAGACCTCACC 4429
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 4376 TCAATCCACTTCTAAAGAAAGTACTAATGCTTCTTGTGAGCTTCATAAAGAGACCTCACC 4435
Query 4430 AGAGCCTTGCAGGAATTGGTATTGCTGCGTTTGTTCGTCTGATGAGCGATGCTGATGGCT 4489
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4436 AAAGCCTTGCAGGGATTGGTATTGCTGCGTTTGTTCGTCTGATGAGCGATGCTGATGGCT 4495
Query 4490 TGTTCTCTGAAGAAAAGTGGTTAGAGGTGGTGTCAGCTTTAAAAGAAGCGGCGAAAACAA 4549
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 4496 TGTTCTCTGAAGAAAAGTGGTTAGAGGTGGTGTCAGCTTTAAAAGAAGCGGCAAAAACAA 4555
Query 4550 CTTGCCCAGATTTTTCGTATTTCCTTAGCGAAGAATATGTAGCAAGAAGCCAGAGAAGTG 4609
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 4556 CTTGCCCAGATTTTTCGTATTTCCTTAGCGAAGAATATGTAGAAAGAAGCCAGAGAAATG 4615
Query 4610 CTCTCAACATTCAGAACAGTAATGCTGAGTCTGCTGCTCCAACTGCTACCGATGGCAATG 4669
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 4616 CTCTCAACATTCAGAACAGTAATGCTGAGTCTGCTGCGCCAACTGCTACCGATGGTAATG 4675
Query 4670 AAGAGAGTCAGAGAACAGCAACCCATCTTTACGCTGCTATCTCTGATGCTAAGTGCCGAG 4729
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4676 AAGAGAGTCAGAGAACAGCAACCCATCTTTACGCCGCTATCTCTGATGCTAAGTGCCGAG 4735
Query 4730 CCGCTGTTCAACTTTTGTTGATCCAGGCTGTGATGGAGATTTACAACATGTACAGACCTC 4789
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4736 CCGCTGTTCAACTTTTGTTGATCCAGGCTGTGATGGAGATTTACAACATGTACAGACCTC 4795
Query 4790 AGCTTTCAGCGAAAAACACATTAGTCCTCGTAGATGCATTGCACGGTGTAGCTTTACATG 4849
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4796 AGCTTTCAGCGAAAAACACATTAGTCCTCTTAGATGCATTGCACGGTGTAGCTTTACATG 4855
Query 4850 CTCACGGAATAAACAGTAACACAATACTTCGTTCAAGACTACAAGAGCTAGGACCCATGA 4909
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4856 CTCACGGAATAAACAGTAACACAATACTTCGTTCAAGACTACAAGAGCTAGGACCCATGA 4915
Query 4910 CACAGATGCAAGATCCTCCACTACTTCGTCTTGAAAACGAGTCTTACCAAATCTGCCTGA 4969
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4916 CACAGATGCAAGATCCTCCACTACTTCGTCTCGAAAACGAGTCTTACCAAATCTGCCTGA 4975
Query 4970 CATTCTTACAGAATCTTGTTGCAGACAAAACCAAAAaagaagaagaagaagaagaagaGG 5029
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 4976 CATTCTTACAGAATCTTGTTGCAGACAAAACCAAAAAAGAAGAAGAAGAAGA-G--GA-- 5030
Query 5030 AAATAGAATCACTTCTAGTCAACATCTGTCAAGAAGTTCTCAACTTCTACATCGAGACTT 5089
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5031 AA-TAGAATCACTTCTAGTCAACATCTGTCAAGAAGTTCTCAACTTCTACATCGAGACTT 5089
Query 5090 CTTCTTCTGCGAAAAAATTACAATCAGAATCATCACGGGCCAGCGAATACCGATGGAGAA 5149
|| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5090 CTGCTTCTGCGAAAAAACAACAATCAGAATCATCAAGGGCCAGCGAATACCGATGGAGAA 5149
Query 5150 TACCTTTGGGATCAGGAAAACGAAGAGAACTATCAGCAAGAGCTCCTCTTATAGTTGCAA 5209
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5150 TACCTTTGGGATCAGGAAAACGAAGAGAACTAGCAGCAAGAGCTCCTCTTATAGTTGCAA 5209
Query 5210 CACTTCAAGCAATGTGTACATTGGATGAGGCATCATTTGAGAAGAACCTGAAATGTCTAT 5269
||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5210 CACTTCAAGCAATATGTACATTAGAAGAGGCATCATTTGAGAAGAACCTGAAATGTCTAT 5269
Query 5270 TTCCACTTCTGGCTAACTTGATTAGCTGCGAACACGGCTCTAACGAGGTTCAGACTGCTC 5329
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 5270 TTCCACTTCTGGCTAGCTTGATTAGCTGCGAACACGGGTCTAACGAGGTTCAGACTGCTC 5329
Query 5330 TTGCTGACATGCTTGGCCTATCGGTTGGCCCGGTTTTACTCCAATGGTGCTGAttttttt 5389
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 5330 TTGCTGACATGCTTGGCTTATCGGTTGGCCCGGTTTTACTCCAGTGGTGCTGATTTTTG- 5388
Query 5390 CTCTCTTTTCTTATTGGCTTTCATCTTTGACTTTGGCTTGTCATGTTAATACTTGCCTTT 5449
|||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 5389 CTCTCTTTTCTTTTTGGCTTTCGTCTTTCACTTTGGCTTGTGATGTTAATGCTTGCCTTT 5448
Query 5450 ATAGAGTTCTCTCTT-AATTCATAGCGGTTCAATATAACAAGCGTTTAATGGACCTGATG 5508
|||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||
Sbjct 5449 ATAGAGTTCTCTTTTTAATTCATAGCGGTTCTATATAACACTCGTTTAATGGACTTGATG 5508
Query 5509 GGCTTAA 5515
|||||||
Sbjct 5509 GGCTTAA 5515
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 211866508891
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5