BLASTN 2.2.26+


Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.



Database: halleri_transcript_ahg.fa
           32,672 sequences; 38,939,717 total letters



Query= AT3G60910.1

Length=978
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

  Ahg486567 jgi|Araly1|486567|fgenesh2_kg.5__2559__AT3G60910.1        1520    0.0  


> Ahg486567 jgi|Araly1|486567|fgenesh2_kg.5__2559__AT3G60910.1
Length=924

 Score = 1520 bits (823),  Expect = 0.0
 Identities = 897/931 (96%), Gaps = 11/931 (1%)
 Strand=Plus/Plus

Query  24   agaAAGATGCAGAGGGACGTGTCGAGCTGCAACACTTACAACTATGGAGACGCTCTCTAT  83
            ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1    AGAGAGATGCAGAGGGACGTGTCGAGCTGCAACACTTACAACTATGGAGACGCTCTCTAT  60

Query  84   TGGGACGCTCGTTACGTGCAAGACGCGCTTTCTTTCGACTGGTACCAATGTTACTCTTCT  143
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct  61   TGGGACGCTCGTTACGTGCAAGACGCGCTTTCTTTCGACTGGTACCAACGTTACTCTTCT  120

Query  144  CTCCGCCCTTTTGTCCGCAGCTTCGTCTCTACTTCTTCACGAGTCCTCATGGTTGGCTGT  203
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  121  CTCCGCCCTTTTGTCCGCAGCTTCGTCTCTACTTCTTCACGAGTCCTCATGGTTGGCTGT  180

Query  204  GGCAACTCCCTGATGTCAGAGGATATGGTGAAGGATGGGTATGAGGACATCATGAATGTT  263
            |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct  181  GGCAACTCCCTGATGTCAGAGGATATGGTGAATGATGGGTATGAGGACATTATGAATGTT  240

Query  264  GATATCTCTTCAGTGGCTATTGAGATGATGCAAACCAAATATGCATCTGTTCCTCAGCTC  323
            |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  241  GATATCTCCTCAGTGGCTATTGAGATGATGCAAACCAAATATGCATCTGTTCCTCAGCTC  300

Query  324  AAATATATGCAAATGGATGTTAGAGATATGAGTTACTTTGAAGACGATTCCTTTGACACT  383
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||
Sbjct  301  AAATATATGCAAATGGATGTTAGAGATATGAGTTACTTTGCGGACGATTCCTTTGACACT  360

Query  384  ATTATTGATAAAGGAACCCTTGATTCATTGATGTGTGGCAGTGATGCTCTTCTAAGTGCT  443
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  361  GTTATTGATAAAGGAACCCTTGATTCATTGATGTGTGGCAGTGATGCTCTTCTAAGTGCT  420

Query  444  TCGAGAATGTTGGGTGAAGTTAGCAGGCTGATTAAACCTGGAGGGACCTACTTTTTGATA  503
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  421  TCGAGAATGTTGGGTGAAGTTAGCAGGCTGATTAAACCTGGAGGGACCTACTTTTTGATA  480

Query  504  ACCTACGGTGATCCGAAAGTGAGAATGCCTCATTTGACTCGTTCTGCGTACAACTGGAAG  563
            |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  481  ACCTACGGTGATCCCAAAGTGAGAATGCCTCATTTGACTCGTTCTGCGTACAACTGGAAG  540

Query  564  ATCTCCTTATACATTATACCAAGACCAGGATTTAAAAGGCCAGAAAGTTGCAGCTCGTCA  623
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct  541  ATCTCCTTATACATTATACCAAGACCAGGATTTAAACGGCCAGAAAGTTGCAGCTCGTCA  600

Query  624  GCAAAGTCTTGTATGGAAGCTATACCTATAACAAGTGAGGGAATGCTGCCACATGATTAT  683
            |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct  601  GCAAAGTCGTGTATGGAAGCTATACCTATAACAAGTGAGGGAATGTTGCCACATGATTAT  660

Query  684  GTTCTGGAGGATCCTGATTCCCATTTTATTTACATATGCAAGAAGAAGGATGAAGATGAA  743
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||  | 
Sbjct  661  GTTCTGGAGGATCCTGATTCCCATTTTATTTACATATGCAAGAAGATGGACGAAGA--A-  717

Query  744  GAAGCTCAACTACCCTCATACCCATTAATGGAGGATGTTTTGTAGTGATGGCACGCAGAG  803
            ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   ||||
Sbjct  718  GAAGCTCAACTACCCTCATACCCATTAATGGCGGATGTTTTGTAGTGATGGCAT--AGAG  775

Query  804  GCTCAAACAATGCAAAATTGTGCATGTGTGTTT--GTCTTTTTGATCCCCATTTAGACCA  861
            ||| ||||||||||||||||||||||| |||||  ||||| ||||||||||| |||| ||
Sbjct  776  GCTAAAACAATGCAAAATTGTGCATGTATGTTTTTGTCTTCTTGATCCCCATGTAGATCA  835

Query  862  GTCGATCTATTGTTGTATTTT--ATGTGTCTTGTGATCTTATCCCAATTGATAGGTCCGA  919
            | |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  836  GCCGATCTATTGTTGTATTTTGTATGTGTCTTGTGATCTTATCCCAATTGATAGGTCCGA  895

Query  920  GTCTCAGAATTGCTCTATAAACTCATAATAT  950
            |||   |||||||||||||||||||||||||
Sbjct  896  GTCG--GAATTGCTCTATAAACTCATAATAT  924



Lambda     K      H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda     K      H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 36331139901


  Database: halleri_transcript_ahg.fa
    Posted date:  Sep 25, 2014  2:02 AM
  Number of letters in database: 38,939,717
  Number of sequences in database:  32,672



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5