BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G61050.1
Length=1895
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg486573 jgi|Araly1|486573|fgenesh2_kg.5__2565__AT3G61050.2 2881 0.0
> Ahg486573 jgi|Araly1|486573|fgenesh2_kg.5__2565__AT3G61050.2
Length=1866
Score = 2881 bits (1560), Expect = 0.0
Identities = 1762/1857 (95%), Gaps = 24/1857 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 29 TCTCACTCTCTGGCCTACCAAAAATACTTCAATGCGTTCTTAATTTTGTTCTGATTCTCC 88
|||| |||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1 TCTCTCTCTCTGGCCTACCGAAAATACTTGAATGCATTCTTAA-TTTGTTCTGATTCT-C 58
Query 89 CCACTTGACCA-ACCCCGTGAGGATAAACTGTTGCCGACGCTTCTCGCCGATAACACC-G 146
||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 59 CCACTTGACCATTCCCC-TGAAGATAAACCGTTGCCGACGCTTCTCGCCGATAAC-CCAG 116
Query 147 --GTTTTGTTGT-GACGGAAAGGAAAAATGGGTTTGATTTCTGGGATTCTGTTCGGGATT 203
|| ||| | || | || | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 117 ACCTTCGGTTTTGGA--GTAACG-AAAATGGGTTTGATTTCTGGAATTCTGTTCGGGATT 173
Query 204 ATCTTCGGCGTAGCTCTAATGGCTGGCTGGAGTCGTATGATGACTCACCGATCGTCCAAG 263
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 174 ATCTTCGGCGTAGCTCTAATGGCTGGCTGGAGTCGTATGATGACTCACCGATCGTCCAAG 233
Query 264 CGAGTCGCCAAGGCAGTTGATATGAAACTACTAGGCTCTCTTAGCAGAGACGATTTGAAG 323
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 234 CGAGTCGCCAAGGCAGTTGATATGAAACTTCTAGGCTCTCTTAGCAGAGATGATTTGAAG 293
Query 324 AAAATTTGTGGTGATAATTTCCCTCAATGGATATCGTTTCCAGCATTTGAACAGGTCAAA 383
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 294 AAAATTTGTGGTGATAATTTTCCTCAATGGATATCGTTTCCAGCATTTGAACAGGTCAAG 353
Query 384 TGGCTGAATAAACTACTGAGCAAGATGTGGCCATATATTGCAGAGGCAGCAACAATGGTA 443
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 354 TGGCTGAATAAACTACTGAGCAAGATGTGGCCTTATATTGCAGAGGCAGCAACTATGGTA 413
Query 444 ATAAGAGATTCTGTTGAACCTCTGCTTGAAGATTACAGACCACCAGGAATTACTTCCCTG 503
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 414 ATAAGAGATTCTGTTGAACCTCTGCTTGAAGATTACAGACCACCAGGAATTACTTCCCTG 473
Query 504 AAGTTCAGCAAATTGACGTTGGGTAACGTAGCACCAAAGATTGAAGGTATTCGTGTTCAA 563
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 474 AAGTTCAGCAAATTGACTTTGGGTAACGTAGCACCAAAGATTGAAGGTATTCGTGTTCAA 533
Query 564 AGTTTCAAGGAAGGTCAAGTCACAATGGACGTTGATCTTCGATGGGGTGGTGATCCAAAT 623
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 534 AGTTTCAAGGAAGGTCAAGTCACAATGGATGTTGATCTTCGATGGGGTGGTGATCCAAAT 593
Query 624 ATTGTTTTAGGTGTGACAGCACTTGTTGCCTCCATACCCATTCAGTTGAAGGATCTTCAA 683
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 594 ATTGTTTTAGGTGTTACAGCACTTGTTGCTTCCATACCCATTCAGTTGAAGGATCTTCAA 653
Query 684 GTTTTCACAGTTGCACGTGTTATCTTTCAACTTGCGGATGAGATTCCTTGTATATCTGCT 743
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 654 GTTTTCACAGTTGCACGTGTTATCTTTCAACTTGCGGATGAGATTCCTTGTATATCTGCT 713
Query 744 GTTGTTGTTGCTCTACTTGCTGAGCCAAAACCAAGAATTGATTACACTCTGAAGGCTGTT 803
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 714 GTTGTTGTTGCTCTACTTGCTGAGCCAAAACCAAGAATTGATTACACTCTGAAGGCTGTC 773
Query 804 GGTGGAAGCTTAACAGCAATTCCTGGACTATCTGATATGATTGATGATACTGTTGATACT 863
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 774 GGTGGAAGCTTAACAGCGATTCCTGGACTATCTGATATGATTGATGATACTGTTGATACG 833
Query 864 ATCGTCAAAGACATGCTTCAGTGGCCTCATAGAATTGTTGTTCCCATTGGTGGTATTCCT 923
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 834 ATCGTCAAAGACATGCTTCAGTGGCCTCACAGAATTGTTGTTCCCATTGGTGGTATTCCT 893
Query 924 GTTGATTTAAGTGATTTGGAGCTTAAGCCACAGGGAAAGCTTATAGTAACAGTTGTGAAA 983
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 894 GTTGATTTAAGTGATTTGGAGCTTAAACCACAGGGAAAGCTTATAGTAACAGTAGTGAAA 953
Query 984 GCAACTAACTTGAAGAATAAGGAATTGATTGGAAAATCTGACCCTTATGCTACCATCTAC 1043
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 954 GCAACTAACTTGAAGAATAAGGAATTGATTGGAAAATCTGACCCTTATGCTACCATCCAC 1013
Query 1044 ATTCGTCCTGTATTCAAGTATAAAACAAAGGCAATCGAGAACAATCTGAATCCTGTCTGG 1103
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1014 ATTCGTCCTGTATTCAAGTATAAAACAAAGGCAATCGAGAACAATCTGAATCCTGTTTGG 1073
Query 1104 GATCAAACATTCGAATTGATTGCAGAGGACAAAGAAACCCAGTCGCTCACTGTAGAGGTA 1163
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 1074 GATCAAACATTCGAATTGATTGCAGAGGACAAAGAAACTCAGTCCCTCACTGTAGAGGTA 1133
Query 1164 TTTGATAAAGACGTAGGTCAAGATGAGCGCCTTGGACTTGTGAAACTTCCCTTAAGCAGT 1223
||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1134 TTTGATAAAGACGTAGGCCAAGATGAGCGTCTGGGACTTGTGAAACTTCCCTTAAGCAGT 1193
Query 1224 TTGGAAGCCGGAGTTACAAAAGAACTGGAGCTAAATCTGTTGTCTTCACTTGATACTTTG 1283
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1194 TTGGAAGCCGGAGTAACAAAAGAACTGGAGCTAAATCTGTTATCTTCACTTGATACTTTG 1253
Query 1284 AAAGTAAAAGATAAGAAAGATAGAGGAAGCATAACTCTTAAGGTACATTATCATGAGTTC 1343
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1254 AAAGTAAAAGATAAGAAAGATAGAGGAAGTATAACTCTTAAGGTACATTATCATGAGTTC 1313
Query 1344 AACAAAGAGGAGCAAATGGCTGCGTTGGAAGACGAGAAGAAGATCATGGAAGAAAGGAAG 1403
||||||||||||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1314 AACAAAGAGGAGCAATTGGCTGCATTAGAAGAGGAGAAGAAGATCATGGAAGAAAGGAAG 1373
Query 1404 AGACTGAAGGAAGCAGGAGTGATAGGTAGCACAATGGATGCAGTCGGGATGGTGGGAAGT 1463
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1374 AGACTGAAGGAAGCAGGAGTGATAGGTAGCACGATGGATGCAGTTGGGATGGTGGGAAGT 1433
Query 1464 GGGCTCGGTGCTGGTGTAGGAATGGTTGGGACCGGTATTGGCACAGGAGTCGGATTGGTT 1523
||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1434 GGGCTTGGTGCTGGTGTAGGAATGGTTGGGACAGGGATTGGGGCAGGAGTCGGATTGGTT 1493
Query 1524 GGAAGCGGTGTGAGCTCGGGTGTTGGGATGGTTGGTAGCGGTTTTGGAGCGGTCGGTAGT 1583
|||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1494 GGAACCGGAGTGAGCTCGGGTGTTGGGATGGTTGGTAGCGGTTTTGGAGCGGTCGGTAGC 1553
Query 1584 GGATTGAGCAAAGCAGGGAGATTTATGGGAAGAACAATCACAGGTCAGTCTAGCAAACGT 1643
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1554 GGATTGAGCAAAGCAGGGAGATTCATGGGAAGAACAATCACAGGTCAGTCTAGCAAACGT 1613
Query 1644 AGTGGCTCCTCAACACCTGTGAATACCGTTCCAGAAAACGATGGTGCAAAACAGCAGTGA 1703
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| |
Sbjct 1614 AGTGGCTCCTCAACACCTGTGAATACAGTTCCAGAGAACGATGGTGCGAAACAGCAGTAA 1673
Query 1704 GTAAACTTTGGGTTTAAGCAA-GATT-TGTGATCATGACTT-CGTTTTTACTCTTTATTG 1760
||||||||||||||||||| | ||| | ||| || || | ||||||||||||||||
Sbjct 1674 GTAAACTTTGGGTTTAAGCCATGATCATAACATCGTG--TTAC-TTTTTACTCTTTATTG 1730
Query 1761 TTCTGttttt-ttCCCCTTTAACTCTCTCGAACTTGATTTCTGGATTCACTGCAGTAATT 1819
|| | ||||| |||| |||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1731 TT-T-TTTTTATTCC--TTTACCTCTCTGGAATTTGATTTCTGGATTCACTGCAGTAATT 1786
Query 1820 TGTTTTCGTTGTGAGCCTTCAAATTAAAA-TCTTGTACAAAAGTCATTTGCTTAATC 1875
|||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1787 TGTTTTCGTTGTGAGCTTTCAAATTCAAAGTCTTGTACAAAAGTCATTTGTTTAATC 1843
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 71190667905
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5