BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G61170.1 Length=2352 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg486589 jgi|Araly1|486589|fgenesh2_kg.5__2581__AT3G61170.1 1927 0.0 Ahg486587 jgi|Araly1|486587|fgenesh2_kg.5__2579__AT3G61160.1 207 2e-52 > Ahg486589 jgi|Araly1|486589|fgenesh2_kg.5__2581__AT3G61170.1 Length=2304 Score = 1927 bits (1043), Expect = 0.0 Identities = 1166/1223 (95%), Gaps = 17/1223 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1131 AGGGATCATGGATTCAGCGTTGAAAGTGTTTGAAGGGATGATTGAGAAAGATGTGATATC 1190 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1098 AGGGATCATGGAGTCAGCGTTGAAAGTGTTTGAAGGGATGATTGAGAAAGATGTGATATC 1157 Query 1191 TTGGACAGCTCTTGTGACAGGAAATACACATAACGGATCTTATGATGAAGCACTGAAGTT 1250 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||| Sbjct 1158 TTGGACAGCTCTTGTCACAGGAAATACACATAACGGATTTTATGAAGAAGCACTAAAGTT 1217 Query 1251 GTTCTGTAACATGAGAGTTGGAGGCA-TTACTCCTGATAAGATTGTTACAGCGAGTGTAT 1309 |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| |||||||||||| Sbjct 1218 GTTCTGTAACATGAGAGTTGGAGGCATTTA-TCCTGATCAGATTGTAACAGCGAGTGTAC 1276 Query 1310 TAAGCGCCTCGGCGGAGTTAACTCTTTTGGAGTTTGGGCAACAGGTACATGGGAATTATA 1369 |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1277 TAAGCGCCTCAGCCGAGTTAACTCTTTTGGAGTTTGGGCAACAGGTACATGGGAATTATA 1336 Query 1370 TTAAATCTGGTTTTCCTTCATCTTTGTCAGTAAACAATTCTCTTGTGACAATGTACACAA 1429 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1337 TTAAATCTGGTTTTCCTTCATCTTTGTCAGTAAACAACTCTCTTGTGACAATGTACACAA 1396 Query 1430 AGTGTGGAAGCTTAGAAGACGCGAATGTTATATTCAACTCTATGGAAATCAGGGATTTAA 1489 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1397 AATGTGGAAGCTTAGAAGACGCGAATGTTATATTCAACTCTATGGAAATCAGGGATTTAA 1456 Query 1490 TAACATGGACTTGTCTTATTGTGGGTTACGCAAAAAACGGTCTCTTAGAAGATGCTCAAC 1549 |||||||||||||| ||| | | | | | |||||| ||||||| ||||||| Sbjct 1457 TAACATGGACTTGTATTA-T-T--G-T--G--------GGTCTCATAGAAGAAGCTCAAC 1501 Query 1550 GCTACTTTGATTCGATGAGAACAGTTTATGGAATCACACCAGGACCGGAACACTATGCCT 1609 | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1502 GATACTTTGATTCGATGAGAACAGTTTACGGAATCACACCAGGACCTGAACACTATGCCT 1561 Query 1610 GTATGATTGATCTCTTTGGTAGATCTGGTGATTTCGTAAAAGTAGAGCAATTGCTGCATC 1669 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| Sbjct 1562 GTATGATTGATCTCTTTGGTAGATCTGGTGATTTCGTAAAAGCAGAGGAATTGCTGCATC 1621 Query 1670 AAATGGAGGTTGAACCAGATGCTACTGTATGGAAAGCGATTTTGGCTGCAAGTAGGAAGC 1729 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1622 AAATGGAGGTTGAACCAGATGCAACTGTATGGAAAGCGATTTTGGCTGCAAGTAGGAAGC 1681 Query 1730 ATGGGAATATAGAAAACGGGGAAAGAGCAGCGAAAACTCTTATGGAATTGGAACCAAACA 1789 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| Sbjct 1682 ATGGGAATATAGAAAACGGGGAAAGAGCAGCGAAAACTCTCATGAAATTGGAACCAAACA 1741 Query 1790 ATGCTGTTCCTTATGTTCAGTTATCAAACATGTATTCTGCAGCGGGAAGACAAGACGAAG 1849 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1742 ATGCTGTTCCTTATGTTCTGTTATCAAACATGTATTCTGCAGCGGGAAGACAAGACGAAG 1801 Query 1850 CTGCAAATGTTCGTAGATTGATGAAATCTCGTAATATAAGCAAAGAACCTGGTTGCAGTT 1909 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1802 CTGCAAATGTTCGTAGATTGATGAAATCTCGTAATATAAGCAAAGAGCCTGGTTGCAGTT 1861 Query 1910 GGGTTGAAGAGAAAGGTAAAGTTCATAGCTTTATGTCTGAAGATAGAAGACATCCGAGAA 1969 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1862 GGGTTGAAGAGAAAGGTAAAGTTCATAGCTTTATGTCTGAAGATAGAAGACACCCGAGAA 1921 Query 1970 TGGTTGAGATATATTCCAAGGTTGATGAAATGATGCTTTTGATCAAAGAGGCTGGTTATT 2029 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1922 TGGTTGAGATATATTCCAAGGTTGATGAAATGATGCTTTTGATTAAAGAGGCTGGTTATT 1981 Query 2030 TCGCGGATATGAGTTTTGCTCTCCATGACTTAGATAAGGAAGGGAAGGAGCTAGGTTTGG 2089 | ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1982 TAGCGGATATGAGTTTTGCCCTCCATGACTTGGATAAGGAAGGCAAGGAGCTAGGTTTGG 2041 Query 2090 CTTACCATAGTGAGAAATTAGCTGTTGCGTTTGGTCTACTTGTTGTACCATCTGGAGCTC 2149 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2042 CTTACCATAGTGAGAAATTAGCTGTAGCGTTTGGTCTACTTGTTGTACCATCTGGAGCTC 2101 Query 2150 CAATCCGGATCATCAAGAACCTTCGCGTCTGTGGGGATTGCCACAGTGCAATGAAACTAT 2209 |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2102 CAATCCGGATAATCAAGAACCTCCGCGTCTGTGGGGATTGCCACAGTGCAATGAAACTAT 2161 Query 2210 TGGTAACATTTGCAATAGAAGGAAAACTCGGAAAATTCTGCATTTCTGTCTGCAACAATG 2269 |||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 2162 TGGTAACATTTGCATTAGAAGAAAAAATCGGAAAATTCTGCATTTCTGTCTGCAACAGTG 2221 Query 2270 AAAGCTACAAAGTTACAAACTTACAATTATACACTTTCAAACTGCTAGTCGATGTGGTTG 2329 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 2222 GAAGCTACAAAGTTACAAACTTACAATTATACACTTTCAAACTGCTAGTCCATGTGGTTG 2281 Query 2330 CAGAGGTCAGTGAGGGTTCATAA 2352 ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2282 CAGAGGTCAGTGAGGGTTCATAA 2304 Score = 1797 bits (973), Expect = 0.0 Identities = 1058/1099 (96%), Gaps = 6/1099 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGCACAGATTGAACTACAGAAAATGGCGCCTTCCTTTGAAACCGTTTGGT-A--GTTGT 57 ||| |||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| Sbjct 1 ATGTACAGATTGAAGTACAGAAAGTGGCGTCTTCCTTTGAAACCGCTTGGTCATTGTTGT 60 Query 58 ATTCACAGCTATGCTGATAGAACGAAGCTTCACTCGAATCTGCTT-TTGGGAGATTTGTC 116 ||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||| Sbjct 61 ATTCACAGCCATGCTGATCGAACAAAGCTTCACTCGAATCTG-TTGTTGGGAGATTTGTC 119 Query 117 TAAATCTGGTCGGGTCGATGAAGCCCGCCAAATGTTCGATAAAATGCCTGAGAGGGATGA 176 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 120 TAAATCTGGTCGGGTCGATGAAGCCCGCCAAATGTTCGATAAAATGCCTGAGAGGGATGA 179 Query 177 GTTTACATGGAACACGATGATCGTTGCTTACTCGAATTCAAGGCGACTTTCTGATGCAGA 236 |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || Sbjct 180 GTTTACCTGGAACACTATGATCGTTGCTTACTCGAATTCAAGGCGACTTGCTGATGCTGA 239 Query 237 AAAGCTTTTTCGTAGCAACCCAGTGAAGAATACAATCTCCTGGAATGCTCTTATCTCTGG 296 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 240 ACAGCTTTTTCGTAGCAACCCAGTGAAGAATACAATCTCCTGGAATGCTCTTATTTCTGG 299 Query 297 GTATTGCAAGTCTGGAAGTAAAGTTGAAGCTTTTAATTTGTTTTGGGAAATGCAGTCTGA 356 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 300 GTATTGCAAGTCTGGAAGTAAAGTTGAAGCTTTTAATCTGTTTTGGGAAATGCAGTCTGA 359 Query 357 TGGAATAAAACCTAACGAGTACACTTTGGGTAGTGTTCTTAGGATGTGTACTTCGCTTGT 416 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 360 TGGAATCAAACCTAACGAGTACACTTTGGGTAGTGTTCTTAGGATGTGTACTTCGCTTCT 419 Query 417 TTTGCTTCTGAGAGGTGAACAGATTCATGGGCATACAATAAAAACCGGGTTTGATTTGGA 476 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 420 TTTGCTTCTGAGAGGTGAACAGATTCATGGGCATACAATAAAAACCGGGTTTGATTTGGA 479 Query 477 TGTTAATGTGGTGAATGGCCTTCTTGCTATGTATGCACAATGCAAGCGTATCTCTGAAGC 536 ||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 480 TGTCAATGTCGTTAATGGCCTTCTTGCTATGTATGCACAATGCAAACGTATCTCTGAAGC 539 Query 537 TGAATACCTCTTTGAGACAATGGAAGGTGAGAAAAATAATGTTACATGGACTTCAATGCT 596 ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 540 TGAATACCTCTTTGATACAATGGCAGGTGAGAAAAATAATGTTACATGGACTTCAATGCT 599 Query 597 CACTGGTTACTCTCAAAATGGATTTGCTTTCAAGGCAATAGAGTGTTTTAGGGATTTGAG 656 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 600 CACTGGTTACTCTCAAAATGGTTTTGCTTTCAAGGCAATCGAGTGTTTTAGGGATTTGAG 659 Query 657 AAGAGAAGGAAATCAATCGAATCAATATACATTTCCTAGTGTTTTAACTGCTTGTGCCTC 716 |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 660 AAGAGACGGAAATCAATCGAATCAATACACATTTCCTAGTGTTTTAACTGCTTGTGCCTC 719 Query 717 GGTTTCTGCTTGCAGGGTAGGAGTCCAGGTACATTGCTGCATAGTTAAGAGTGGTTTCAA 776 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 720 GGTTTCTGCTTGCAGGGTAGGAGTCCAGGTACATGGCTGCATAGTTAAGAGTGGTTTCAA 779 Query 777 GACCAATATCTATGTTCAGAGCGCATTGATTGATATGTATGCTAAATGCAGAGAAATGGA 836 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 780 GACCAATATCTATGTTCAGAGCGCATTGATTGATATGTATGCTAAATGCAGAGACTTGGA 839 Query 837 ATCCGCAAGAGCTTTGTTAGAAGGTATGGAGGTTGATGATGTGGTATCTTGGAACTCGAT 896 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 840 ATCCGCAAGAGCTTTGTTAGAAGGTATGGAGGTTGATGATGTGGTATCTTGGAACTCGAT 899 Query 897 GATTGTAGGGTGTGTTAGACAAGGTCTTATTGGAGAAGCTCTGTCTATGTTTGGAAGAAT 956 ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 900 GATTGTAGGGTGTGTTAGACAAGGTCTTACAGAAGAAGCTCTGTCTATGTTTGGAAGAAT 959 Query 957 GCATGAGCGAGATATGAAAATAGATGATTTCACGATCCCATCCATCTTAAATTGTTTTGC 1016 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 960 GCATGAGCGAGATATGAAAATAGATGATTTCACGATCCCATCCATCTTAAATTGTTTTGC 1019 Query 1017 TTTGTCTAGGACAGAAATGAAGATAGCTTCTTCTGCACATTGTCTGATTGTGAAAACCGG 1076 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1020 TTCGTCTAGGACAGAAATGAAGATAGCTTCTTCTGCACATTGTCTGATTGTGAAA-CCGG 1078 Query 1077 GTATGCGACTTACAAACTT 1095 ||||||||||||||| ||| Sbjct 1079 GTATGCGACTTACAAGCTT 1097 > Ahg486587 jgi|Araly1|486587|fgenesh2_kg.5__2579__AT3G61160.1 Length=1850 Score = 207 bits (112), Expect = 2e-52 Identities = 122/127 (96%), Gaps = 0/127 (0%) Strand=Plus/Minus Query 2226 AGAAGGAAAACTCGGAAAATTCTGCATTTCTGTCTGCAACAATGAAAGCTACAAAGTTAC 2285 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| Sbjct 1850 AGAAGAAAAACTCGGAAAATTCTGCATTTCTGTCTGCAACAGTGGAAGCTACAAAGTTAC 1791 Query 2286 AAACTTACAATTATACACTTTCAAACTGCTAGTCGATGTGGTTGCAGAGGTCAGTGAGGG 2345 |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1790 AAACTTACAATTATACACTTTCAAACTGCTAGGCCATGTGGTTGCAGAGGTCAGTGAGGG 1731 Query 2346 TTCATAA 2352 ||||||| Sbjct 1730 TTCATAA 1724 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 88597909870 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5