BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G61170.1
Length=2352
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg486589 jgi|Araly1|486589|fgenesh2_kg.5__2581__AT3G61170.1 1927 0.0
Ahg486587 jgi|Araly1|486587|fgenesh2_kg.5__2579__AT3G61160.1 207 2e-52
> Ahg486589 jgi|Araly1|486589|fgenesh2_kg.5__2581__AT3G61170.1
Length=2304
Score = 1927 bits (1043), Expect = 0.0
Identities = 1166/1223 (95%), Gaps = 17/1223 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1131 AGGGATCATGGATTCAGCGTTGAAAGTGTTTGAAGGGATGATTGAGAAAGATGTGATATC 1190
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1098 AGGGATCATGGAGTCAGCGTTGAAAGTGTTTGAAGGGATGATTGAGAAAGATGTGATATC 1157
Query 1191 TTGGACAGCTCTTGTGACAGGAAATACACATAACGGATCTTATGATGAAGCACTGAAGTT 1250
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||
Sbjct 1158 TTGGACAGCTCTTGTCACAGGAAATACACATAACGGATTTTATGAAGAAGCACTAAAGTT 1217
Query 1251 GTTCTGTAACATGAGAGTTGGAGGCA-TTACTCCTGATAAGATTGTTACAGCGAGTGTAT 1309
|||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 1218 GTTCTGTAACATGAGAGTTGGAGGCATTTA-TCCTGATCAGATTGTAACAGCGAGTGTAC 1276
Query 1310 TAAGCGCCTCGGCGGAGTTAACTCTTTTGGAGTTTGGGCAACAGGTACATGGGAATTATA 1369
|||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1277 TAAGCGCCTCAGCCGAGTTAACTCTTTTGGAGTTTGGGCAACAGGTACATGGGAATTATA 1336
Query 1370 TTAAATCTGGTTTTCCTTCATCTTTGTCAGTAAACAATTCTCTTGTGACAATGTACACAA 1429
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1337 TTAAATCTGGTTTTCCTTCATCTTTGTCAGTAAACAACTCTCTTGTGACAATGTACACAA 1396
Query 1430 AGTGTGGAAGCTTAGAAGACGCGAATGTTATATTCAACTCTATGGAAATCAGGGATTTAA 1489
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1397 AATGTGGAAGCTTAGAAGACGCGAATGTTATATTCAACTCTATGGAAATCAGGGATTTAA 1456
Query 1490 TAACATGGACTTGTCTTATTGTGGGTTACGCAAAAAACGGTCTCTTAGAAGATGCTCAAC 1549
|||||||||||||| ||| | | | | | |||||| ||||||| |||||||
Sbjct 1457 TAACATGGACTTGTATTA-T-T--G-T--G--------GGTCTCATAGAAGAAGCTCAAC 1501
Query 1550 GCTACTTTGATTCGATGAGAACAGTTTATGGAATCACACCAGGACCGGAACACTATGCCT 1609
| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1502 GATACTTTGATTCGATGAGAACAGTTTACGGAATCACACCAGGACCTGAACACTATGCCT 1561
Query 1610 GTATGATTGATCTCTTTGGTAGATCTGGTGATTTCGTAAAAGTAGAGCAATTGCTGCATC 1669
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 1562 GTATGATTGATCTCTTTGGTAGATCTGGTGATTTCGTAAAAGCAGAGGAATTGCTGCATC 1621
Query 1670 AAATGGAGGTTGAACCAGATGCTACTGTATGGAAAGCGATTTTGGCTGCAAGTAGGAAGC 1729
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1622 AAATGGAGGTTGAACCAGATGCAACTGTATGGAAAGCGATTTTGGCTGCAAGTAGGAAGC 1681
Query 1730 ATGGGAATATAGAAAACGGGGAAAGAGCAGCGAAAACTCTTATGGAATTGGAACCAAACA 1789
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 1682 ATGGGAATATAGAAAACGGGGAAAGAGCAGCGAAAACTCTCATGAAATTGGAACCAAACA 1741
Query 1790 ATGCTGTTCCTTATGTTCAGTTATCAAACATGTATTCTGCAGCGGGAAGACAAGACGAAG 1849
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1742 ATGCTGTTCCTTATGTTCTGTTATCAAACATGTATTCTGCAGCGGGAAGACAAGACGAAG 1801
Query 1850 CTGCAAATGTTCGTAGATTGATGAAATCTCGTAATATAAGCAAAGAACCTGGTTGCAGTT 1909
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1802 CTGCAAATGTTCGTAGATTGATGAAATCTCGTAATATAAGCAAAGAGCCTGGTTGCAGTT 1861
Query 1910 GGGTTGAAGAGAAAGGTAAAGTTCATAGCTTTATGTCTGAAGATAGAAGACATCCGAGAA 1969
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1862 GGGTTGAAGAGAAAGGTAAAGTTCATAGCTTTATGTCTGAAGATAGAAGACACCCGAGAA 1921
Query 1970 TGGTTGAGATATATTCCAAGGTTGATGAAATGATGCTTTTGATCAAAGAGGCTGGTTATT 2029
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1922 TGGTTGAGATATATTCCAAGGTTGATGAAATGATGCTTTTGATTAAAGAGGCTGGTTATT 1981
Query 2030 TCGCGGATATGAGTTTTGCTCTCCATGACTTAGATAAGGAAGGGAAGGAGCTAGGTTTGG 2089
| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1982 TAGCGGATATGAGTTTTGCCCTCCATGACTTGGATAAGGAAGGCAAGGAGCTAGGTTTGG 2041
Query 2090 CTTACCATAGTGAGAAATTAGCTGTTGCGTTTGGTCTACTTGTTGTACCATCTGGAGCTC 2149
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2042 CTTACCATAGTGAGAAATTAGCTGTAGCGTTTGGTCTACTTGTTGTACCATCTGGAGCTC 2101
Query 2150 CAATCCGGATCATCAAGAACCTTCGCGTCTGTGGGGATTGCCACAGTGCAATGAAACTAT 2209
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2102 CAATCCGGATAATCAAGAACCTCCGCGTCTGTGGGGATTGCCACAGTGCAATGAAACTAT 2161
Query 2210 TGGTAACATTTGCAATAGAAGGAAAACTCGGAAAATTCTGCATTTCTGTCTGCAACAATG 2269
|||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2162 TGGTAACATTTGCATTAGAAGAAAAAATCGGAAAATTCTGCATTTCTGTCTGCAACAGTG 2221
Query 2270 AAAGCTACAAAGTTACAAACTTACAATTATACACTTTCAAACTGCTAGTCGATGTGGTTG 2329
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2222 GAAGCTACAAAGTTACAAACTTACAATTATACACTTTCAAACTGCTAGTCCATGTGGTTG 2281
Query 2330 CAGAGGTCAGTGAGGGTTCATAA 2352
|||||||||||||||||||||||
Sbjct 2282 CAGAGGTCAGTGAGGGTTCATAA 2304
Score = 1797 bits (973), Expect = 0.0
Identities = 1058/1099 (96%), Gaps = 6/1099 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCACAGATTGAACTACAGAAAATGGCGCCTTCCTTTGAAACCGTTTGGT-A--GTTGT 57
||| |||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| | |||||
Sbjct 1 ATGTACAGATTGAAGTACAGAAAGTGGCGTCTTCCTTTGAAACCGCTTGGTCATTGTTGT 60
Query 58 ATTCACAGCTATGCTGATAGAACGAAGCTTCACTCGAATCTGCTT-TTGGGAGATTTGTC 116
||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 61 ATTCACAGCCATGCTGATCGAACAAAGCTTCACTCGAATCTG-TTGTTGGGAGATTTGTC 119
Query 117 TAAATCTGGTCGGGTCGATGAAGCCCGCCAAATGTTCGATAAAATGCCTGAGAGGGATGA 176
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 TAAATCTGGTCGGGTCGATGAAGCCCGCCAAATGTTCGATAAAATGCCTGAGAGGGATGA 179
Query 177 GTTTACATGGAACACGATGATCGTTGCTTACTCGAATTCAAGGCGACTTTCTGATGCAGA 236
|||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||
Sbjct 180 GTTTACCTGGAACACTATGATCGTTGCTTACTCGAATTCAAGGCGACTTGCTGATGCTGA 239
Query 237 AAAGCTTTTTCGTAGCAACCCAGTGAAGAATACAATCTCCTGGAATGCTCTTATCTCTGG 296
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 240 ACAGCTTTTTCGTAGCAACCCAGTGAAGAATACAATCTCCTGGAATGCTCTTATTTCTGG 299
Query 297 GTATTGCAAGTCTGGAAGTAAAGTTGAAGCTTTTAATTTGTTTTGGGAAATGCAGTCTGA 356
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GTATTGCAAGTCTGGAAGTAAAGTTGAAGCTTTTAATCTGTTTTGGGAAATGCAGTCTGA 359
Query 357 TGGAATAAAACCTAACGAGTACACTTTGGGTAGTGTTCTTAGGATGTGTACTTCGCTTGT 416
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 360 TGGAATCAAACCTAACGAGTACACTTTGGGTAGTGTTCTTAGGATGTGTACTTCGCTTCT 419
Query 417 TTTGCTTCTGAGAGGTGAACAGATTCATGGGCATACAATAAAAACCGGGTTTGATTTGGA 476
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 TTTGCTTCTGAGAGGTGAACAGATTCATGGGCATACAATAAAAACCGGGTTTGATTTGGA 479
Query 477 TGTTAATGTGGTGAATGGCCTTCTTGCTATGTATGCACAATGCAAGCGTATCTCTGAAGC 536
||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 480 TGTCAATGTCGTTAATGGCCTTCTTGCTATGTATGCACAATGCAAACGTATCTCTGAAGC 539
Query 537 TGAATACCTCTTTGAGACAATGGAAGGTGAGAAAAATAATGTTACATGGACTTCAATGCT 596
||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TGAATACCTCTTTGATACAATGGCAGGTGAGAAAAATAATGTTACATGGACTTCAATGCT 599
Query 597 CACTGGTTACTCTCAAAATGGATTTGCTTTCAAGGCAATAGAGTGTTTTAGGGATTTGAG 656
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 600 CACTGGTTACTCTCAAAATGGTTTTGCTTTCAAGGCAATCGAGTGTTTTAGGGATTTGAG 659
Query 657 AAGAGAAGGAAATCAATCGAATCAATATACATTTCCTAGTGTTTTAACTGCTTGTGCCTC 716
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 AAGAGACGGAAATCAATCGAATCAATACACATTTCCTAGTGTTTTAACTGCTTGTGCCTC 719
Query 717 GGTTTCTGCTTGCAGGGTAGGAGTCCAGGTACATTGCTGCATAGTTAAGAGTGGTTTCAA 776
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 GGTTTCTGCTTGCAGGGTAGGAGTCCAGGTACATGGCTGCATAGTTAAGAGTGGTTTCAA 779
Query 777 GACCAATATCTATGTTCAGAGCGCATTGATTGATATGTATGCTAAATGCAGAGAAATGGA 836
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 780 GACCAATATCTATGTTCAGAGCGCATTGATTGATATGTATGCTAAATGCAGAGACTTGGA 839
Query 837 ATCCGCAAGAGCTTTGTTAGAAGGTATGGAGGTTGATGATGTGGTATCTTGGAACTCGAT 896
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 ATCCGCAAGAGCTTTGTTAGAAGGTATGGAGGTTGATGATGTGGTATCTTGGAACTCGAT 899
Query 897 GATTGTAGGGTGTGTTAGACAAGGTCTTATTGGAGAAGCTCTGTCTATGTTTGGAAGAAT 956
||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 GATTGTAGGGTGTGTTAGACAAGGTCTTACAGAAGAAGCTCTGTCTATGTTTGGAAGAAT 959
Query 957 GCATGAGCGAGATATGAAAATAGATGATTTCACGATCCCATCCATCTTAAATTGTTTTGC 1016
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 GCATGAGCGAGATATGAAAATAGATGATTTCACGATCCCATCCATCTTAAATTGTTTTGC 1019
Query 1017 TTTGTCTAGGACAGAAATGAAGATAGCTTCTTCTGCACATTGTCTGATTGTGAAAACCGG 1076
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1020 TTCGTCTAGGACAGAAATGAAGATAGCTTCTTCTGCACATTGTCTGATTGTGAAA-CCGG 1078
Query 1077 GTATGCGACTTACAAACTT 1095
||||||||||||||| |||
Sbjct 1079 GTATGCGACTTACAAGCTT 1097
> Ahg486587 jgi|Araly1|486587|fgenesh2_kg.5__2579__AT3G61160.1
Length=1850
Score = 207 bits (112), Expect = 2e-52
Identities = 122/127 (96%), Gaps = 0/127 (0%)
Strand=Plus/Minus
Query 2226 AGAAGGAAAACTCGGAAAATTCTGCATTTCTGTCTGCAACAATGAAAGCTACAAAGTTAC 2285
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 1850 AGAAGAAAAACTCGGAAAATTCTGCATTTCTGTCTGCAACAGTGGAAGCTACAAAGTTAC 1791
Query 2286 AAACTTACAATTATACACTTTCAAACTGCTAGTCGATGTGGTTGCAGAGGTCAGTGAGGG 2345
|||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1790 AAACTTACAATTATACACTTTCAAACTGCTAGGCCATGTGGTTGCAGAGGTCAGTGAGGG 1731
Query 2346 TTCATAA 2352
|||||||
Sbjct 1730 TTCATAA 1724
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 88597909870
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5