BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G61650.1
Length=1425
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg939221 jgi|Araly1|939221|scaffold_503412.1 2471 0.0
Ahg487365 jgi|Araly1|487365|fgenesh2_kg.6__499__AT3G61650.1 2222 0.0
> Ahg939221 jgi|Araly1|939221|scaffold_503412.1
Length=1465
Score = 2471 bits (1338), Expect = 0.0
Identities = 1390/1416 (98%), Gaps = 0/1416 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 10 GAGATAATTACGCTTCAGGTTGGACAATGTGGGAATCAGATCGGTATGGAGTTCTGGAAA 69
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 30 GAGATTATTACGCTTCAGGTTGGACAATGTGGGAATCAGATCGGTATGGAGTTCTGGAAA 89
Query 70 CAGCTTTGCCTCGAGCACGGTATCAGTAAAGATGGTATTCTCGAGGACTTCGCTACTCAG 129
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 90 CAGCTTTGCCTCGAGCACGGTATCAGTAAGGATGGTATTCTCGAGGACTTCGCTACTCAG 149
Query 130 GGAGGTGATAGAAAAGATGTGtttttttACCAAGCGGATGACCAACACTATATCCCACGA 189
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 150 GGAGGTGATAGAAAAGATGTGTTTTTTTACCAAGCGGATGACCAACACTATATCCCACGA 209
Query 190 GCTCTCCTCATTGATTTGGAGCCTAGAGTCATCAATGGTATTCAGAATGGTGATTACCGC 249
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 210 GCTCTCCTCATTGATTTGGAGCCTAGAGTCATCAATGGTATCCAGAATGGTGATTACCGC 269
Query 250 AATCTCTATAATCACGAGAATATCTTCGTTGCTGACCATGGTGGTGGTGCTGGTAATAAC 309
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 270 AATCTCTATAATCATGAGAATATCTTCGTTGCTGACCATGGTGGTGGTGCTGGTAATAAC 329
Query 310 TGGGCCAGTGGTTATCACCAGGGGAAGGGTGTTGAAGAGGAAATCATGGACATGATTGAT 369
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 330 TGGGCCAGTGGTTATCACCAGGGGAAAGGTGTTGAAGAGGAAATCATGGACATGATTGAT 389
Query 370 CGAGAAGCTGATGGAAGTGACAGTCTTGAGGGTTTTGTTCTTTGCCACTCTATTGCTGGA 429
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 390 CGAGAAGCTGATGGAAGTGACAGCCTTGAGGGTTTTGTTCTTTGCCACTCTATTGCTGGA 449
Query 430 GGCACTGGCTCAGGTATGGGATCTTATTTGTTGGAGACTTTGAATGATCGCTACAGCAAG 489
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 450 GGCACTGGCTCAGGTATGGGATCTTATTTATTGGAGACTTTGAATGATCGCTATAGCAAG 509
Query 490 AAGTTGGTTCAGACATACAGTGTCTTTCCCAATCAGATGGAAACGAGTGACGTTGTTGTC 549
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 510 AAGTTGGTTCAGACATACAGTGTATTTCCCAATCAGATGGAAACGAGTGACGTTGTTGTC 569
Query 550 CAGCCCTACAACTCACTTTTGACGCTTAAGCGGCTTACATTAAATGCTGATTGTGTTGTT 609
||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 570 CAGCCATACAACTCACTGTTGACGCTTAAGCGGCTTACGTTAAATGCTGATTGTGTTGTT 629
Query 610 GTCCTTGACAACACTGCTTTGGGAAGGATTGCTGTGGAGCGTCTACATCTGACAAATCCT 669
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 630 GTCCTTGACAACACTGCTTTGGGAAGGATAGCTGTGGAGCGTCTACATCTCACCAATCCT 689
Query 670 ACCTTTGCTCAAACGAATTCTCTAGTGTCTACTGTGATGTCTGCTAGCACAACAACACTG 729
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 690 ACCTTTGCTCAAACGAATTCTCTTGTGTCTACTGTGATGTCTGCTAGCACAACAACACTG 749
Query 730 CGTTATCCAGGATACATGAATAACGACCTCGTTGGCTTGCTTGCATCTTTGATCCCAACA 789
||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 750 CGTTATCCAGGATACATGAATAACGACTTGGTTGGCTTGCTTGCATCTTTGATCCCAACA 809
Query 790 CCAAGGTGTCACTTCCTCATGACTGGATATACACCATTGACTGTTGAGCGCCAGGCAAAT 849
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 810 CCAAGGTGTCACTTCCTCATGACAGGATATACACCATTGACTGTTGAGCGCCAGGCAAAT 869
Query 850 GTCATTCGTAAAACTACTGTGCTGGATGTTATGAGAAGACTTCTACAGACAAAAAATATC 909
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 870 GTCATCCGTAAAACTACTGTGCTGGATGTTATGAGAAGACTTCTACAGACAAAAAATATC 929
Query 910 ATGGTTTCGTCTTATGCTAGAAACAAAGAAGCTAGTCAGGCAAAGTATATATCAATATTG 969
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 930 ATGGTTTCGTCTTATGCTAGAAACAAAGAAGCTAGTCAGGCAAAGTACATATCAATATTG 989
Query 970 AATATAATTCAAGGAGAAGTCGATCCCACTCAGGTGCATGAGAGTTTGCAGAGGATACGA 1029
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 990 AATATAATTCAAGGAGAAGTCGATCCCACTCAGGTGCATGAGAGTTTGCAGAGGATACGA 1049
Query 1030 GAAAGAAAGCTTGTTAATTTCATTGAGTGGGGACCTGCAAGCATACAGGTTGCTCTTTCC 1089
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1050 GAAAGAAAGCTTGTTAATTTCATTGAGTGGGGACCTGCAAGCATACAGGTTGCTCTTTCC 1109
Query 1090 AAGAAGTCCCCATATGTTCAAACTGCCCATAGGGTCAGTGGTCTTATGTTAGCAAGCCAC 1149
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1110 AAGAAGTCCCCATATGTTCAAACTGCCCATAGGGTCAGTGGTCTTATGTTAGCAAGCCAC 1169
Query 1150 ACTAGTATCAGGCACCTATTCAGCAAATGTTTGAGCCAATATGATAAGTTGAGGAAGAAG 1209
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1170 ACTAGTATCAGGCACCTATTCAGCAAATGTTTGAGCCAATATGATAAGTTGAGGAAGAAG 1229
Query 1210 CAAGCTTTTCTAGACAATTACCGGAAGTTTCCCATGTTTGCTGACAATGATCTTTCAGAG 1269
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1230 CAAGCTTTTCTTGACAATTACCGGAAGTTTCCCATGTTTGCTGACAATGATCTTTCAGAG 1289
Query 1270 TTTGACGAATCAAGGGACATAATTGAGAGTTTGGTAGATGAATACAAGGCCTGTGAGTCT 1329
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1290 TTTGATGAATCAAGGGACATAATTGAGAGTTTGGTAGATGAATATAAGGCCTGTGAGTCA 1349
Query 1330 CCAGATTACATCAAATGGGGAATGGAGGACCCTGAACAGCTTATGACTGGTGAAGGCAAT 1389
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1350 CCAGATTACATCAAATGGGGAATGGAGGACCCTGAACAGCTTATGACTGGTGAAGGCAAT 1409
Query 1390 GCTTCAGGAGTTGTTGATCCGAAGTTGGCGTTCTGA 1425
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1410 GCTTCAGGAGTTGTTGATCCAAAGTTGGCGTTCTGA 1445
> Ahg487365 jgi|Araly1|487365|fgenesh2_kg.6__499__AT3G61650.1
Length=1425
Score = 2222 bits (1203), Expect = 0.0
Identities = 1353/1427 (95%), Gaps = 4/1427 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCCTCGGGAGATAATTACGCTTCAGGTTGGACAATGTGGGAATCAGATCGGTATGGAG 60
||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1 ATGCCGAGGGAGATAATTACGCTGCAGGTGGGACAATGTGGGAACCAGATCGGTATGGAG 60
Query 61 TTCTGGAAACAGCTTTGCCTCGAGCACGGTATCAGTAAAGATGGTATTCTCGAGGACTTC 120
|| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TTTTGGAAACAGCTTTGCCTCGAGCACGGCATCAGCAAAGATGGTATTCTCGAGGACTTC 120
Query 121 GCTACTCAGGGAGGTGATAGAAAAGATGTGtttttttACCAAGCGGATGACCAACACTAT 180
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 121 GCTACTCAGGGAGGTGATAGAAAAGATGTGTTTTTTTACCAAGCTGATGACCAACACTAT 180
Query 181 ATCCCACGAGCTCTCCTCATTGATTTGGAGCCTAGAGTCATCAATGGTATTCAGAATGGT 240
|| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 181 ATACCACGAGCTCTACTTATTGATTTGGAGCCTAGAGTTATCAATGGCATTCAGAATGGT 240
Query 241 GATTACCGCAATCTCTATAATCACGAGAATATCTTCGTTGCTGACCATGGTGGTGGTGCT 300
|| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||| || | |||||||| |||||||||
Sbjct 241 GAATACCGGAATCTTTATAATCATGAGAATATCTTCCTTTCCGACCATGGCGGTGGTGCT 300
Query 301 GGTAATAACTGGGCCAGTGGTTATCACCAGGGGAAGGGTGTTGAAGAGGAAATCATGGAC 360
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GGTAATAACTGGGCCAGTGGATATCACCAGGGGAAAGGTGTTGAAGAGGAAATCATGGAC 360
Query 361 ATGATTGATCGAGAAGCTGATGGAAGTGACAGTCTTGAGGGTTTTGTTCTTTGCCACTCT 420
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 ATGATTGATCGAGAAGCTGATGGAAGTGATAGCCTTGAGGGTTTTGTTCTTTGCCACTCT 420
Query 421 ATTGCTGGAGGCACTGGCTCAGGTATGGGATCTTATTTGTTGGAGACTTTGAATGATCGC 480
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 421 ATTGCTGGAGGCACTGGCTCAGGTATGGGGTCTTATTTACTGGAGACTTTGAATGATCGC 480
Query 481 TACAGCAAGAAGTTGGTTCAGACATACAGTGTCTTTCCCAATCAGATGGAAACGAGTGAC 540
|| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TATAGCAAGAAGTTGGTTCAGACATACAGTGTATTTCCCAATCAGATGGAAACGAGTGAC 540
Query 541 GTTGTTGTCCAGCCCTACAACTCACTTTTGACGCTT-AAGCGGCTTACATTAAATGCTGA 599
|||||||| ||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 541 GTTGTTGTTCAGCCCTACAACTCACTGTTGACG-TTGAAGCGGCTTACGTTAAATGCTGA 599
Query 600 TTGTGTTGTTGTCCTTGACAACACTGCTTTGGGA-AGGATTGCTGTGGAGCGTCTACATC 658
|||||||||||| || ||||||||||| || | | || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TTGTGTTGTTGTTCTGGACAACACTGCGTT-GAATAGAATTGCTGTGGAGCGTCTACATC 658
Query 659 TGACAAATCCTACCTTTGCTCAAACGAATTCTCTAGTGTCTACTGTGATGTCTGCTAGCA 718
||||||||||||| |||||||| ||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 659 TGACAAATCCTACTTTTGCTCAGACGAATTCTTTGGTGTCAACTGTGATGTCTGCTAGCA 718
Query 719 CAACAACACTGCGTTATCCAGGATACATGAATAACGACCTCGTTGGCTTGCTTGCATCTT 778
|||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 719 CAACAACATTGCGTTATCCAGGATACATGAATAATGACTTGGTTGGCTTGCTTGCATCTT 778
Query 779 TGATCCCAACACCAAGGTGTCACTTCCTCATGACTGGATATACACCATTGACTGTTGAGC 838
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 TGATCCCAACACCCAGGTGTCACTTCCTCATGACTGGATATACACCATTGACTGTTGAGC 838
Query 839 GCCAGGCAAATGTCATTCGTAAAACTACTGTGCTGGATGTTATGAGAAGACTTCTACAGA 898
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 839 GCCAGGCAAATGTCATTCGTAAAACTACTGTGTTGGATGTTATGAGGAGACTTCTACAGA 898
Query 899 CAAAAAATATCATGGTTTCGTCTTATGCTAGAAACAAAGAAGCTAGTCAGGCAAAGTATA 958
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 899 CAAAGAATATCATGGTTTCGTCTTATGCTAGAAACAAAGAAGCTAGTCAGGCAAAGTACA 958
Query 959 TATCAATATTGAATATAATTCAAGGAGAAGTCGATCCCACTCAGGTGCATGAGAGTTTGC 1018
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 TATCAATATTGAATATAATTCAAGGAGAAGTCGATCCTACTCAGGTGCATGAGAGTTTGC 1018
Query 1019 AGAGGATACGAGAAAGAAAGCTTGTTAATTTCATTGAGTGGGGACCTGCAAGCATACAGG 1078
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 AGAGGATACGAGAAAGAAAGCTTGTTAATTTCATTGACTGGGGACCTGCAAGCATACAGG 1078
Query 1079 TTGCTCTTTCCAAGAAGTCCCCATATGTTCAAACTGCCCATAGGGTCAGTGGTCTTATGT 1138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 TTGCTCTTTCCAAGAAGTCCCCATATGTTCAAACTGCTCATAGGGTCAGTGGTCTTATGT 1138
Query 1139 TAGCAAGCCACACTAGTATCAGGCACCTATTCAGCAAATGTTTGAGCCAATATGATAAGT 1198
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |
Sbjct 1139 TAGCAAGCCACACTAGTATCAGGCACCTTTTCAGCAGATGTTTGAGCCAATATGACAAAT 1198
Query 1199 TGAGGAAGAAGCAAGCTTTTCTAGACAATTACCGGAAGTTTCCCATGTTTGCTGACAATG 1258
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 TGAGGAAGAAGCAAGCTTTTCTTGACAATTACCGAAAGTTTCCCATGTTTGCTGACAATG 1258
Query 1259 ATCTTTCAGAGTTTGACGAATCAAGGGACATAATTGAGAGTTTGGTAGATGAATACAAGG 1318
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 1259 ATCTTTCAGAGTTTGATGAATCAAGGGACATAATTGAGAGTTTGGTAGACGAATATAAGG 1318
Query 1319 CCTGTGAGTCTCCAGATTACATCAAATGGGGAATGGAGGACCCTGAACAGCTTATGACTG 1378
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1319 CCTGTGAATCTCCAGATTACATCAAATGGGGAATGGAGGACCCTGGACAGCTTATGACTG 1378
Query 1379 GTGAAGGCAATGCTTCAGGAGTTGTTGATCCGAAGTTGGCGTTCTGA 1425
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||
Sbjct 1379 GTGAAGGCAATGCTTCAGGAGTTGTGGATCCTAAGTTAGCGTTCTGA 1425
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 53288252755
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5