BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G61740.1
Length=3777
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg939245 jgi|Araly1|939245|scaffold_503436.1 3969 0.0
Ahg939225 jgi|Araly1|939225|scaffold_503416.1 671 0.0
> Ahg939245 jgi|Araly1|939245|scaffold_503436.1
Length=3050
Score = 3969 bits (2149), Expect = 0.0
Identities = 2423/2551 (95%), Gaps = 36/2551 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 404 CGAGGATTGCTTAGGTAGGATATGATTTTGAAACGGACCTTGACGACATTCGAGAATCAG 463
||| ||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1 CGACGATTGCTGAGTTAGGACATGATTTTGAAACGTACCTT---GACATTCGAGAATCAG 57
Query 464 AATCTGAAGCGGTGCAAAATTGATTCAGAAATTGAGTATGGGAGGAAAAAGGGTGAGATT 523
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 58 AATCTGAAGCGGTGCAAAATTGATTCAGAAATTGAGTATGGGAGCAAAAAGGGTGAGATT 117
Query 524 ATAGTGTATAAGAAGAGACAAAGAGCAACCGTGGATCAACCATGTAGCAAAGAACCAGAA 583
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||
Sbjct 118 ATGGTGTATAAGAAGAGACAAAGAGCAACCGTGGATCAACCATGTAGTAGAGAACCCGAA 177
Query 584 CTTCTTACTAGTAGCTCAAGCTCCTTGACAAGCAAAGAAGAATCTCAACAAGTTTGCTCT 643
|||||||| |||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||| | |||||
Sbjct 178 CTTCTTACAAGTAGCTCAAGCTCCTTGACCAGC--A-AAGAATCTCAAC-CG--TGCTCC 231
Query 644 GACCAGTCCAAGTCTTCGCGTGGCAGAGTTCGAGCGGTTCCTTCTAGGTTCAAGGACTCC 703
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 232 GACCAGTCCAAGTCTTCGCGTGGCAGAGTTCGAGCGGTTCCTTCAAGGTTCAAGGACTCC 291
Query 704 ATTGTTGGTACATGGAAATCTAGCCGTCGCAAGGGAGAGTCGACGGAGTCTAGTCATGAT 763
||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 292 ATTGTTGGTTCATGGAAATCTGGCCGTCGCAAGGAAGAGTCGACGGAGTCTAGTCATGAT 351
Query 764 GACGACGACGTATCTCTGGGGAAGAAGGTCAAAGGTTTCAGTGGAAGCTCGAAATTGCAT 823
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 352 ---GACGACGTATCTCTGGGGAAGAAGGTCAAAGGTTTCAGTGGAAGCTCGAAATTGAAT 408
Query 824 CGCAGCAAAGACTCGAAGGTGTTTCCACGTAAGGATAACGGAGACAGCAGTGAAGTAGAT 883
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 409 CGCAGCAAAGACTCGAAGCTGTTTCCACGTAAGGATAACGGAGACAGCAGCGAAGTAGAT 468
Query 884 TGCGATTACTGGGATGTT-CAA-----A-----T-TTCCTACGACGATGCTAACTTTGGT 931
|||||||||||||||||| || | | ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 469 TGCGATTACTGGGATGTTAAAATTTCCATTTTGTCTTCCTCCGACGATGCTAACTTTGGT 528
Query 932 ATGCCGAAAAAGTCCGACGCCTCGCGTAAGGGCGTGTACAAACCAGAGGAATTTACGGTT 991
|| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 529 ATACCGAAAAAGCCCGACGCCACGCGTAAGGGCGTGTATAAACCAGAGGAATTTACAGTC 588
Query 992 GGCGATCTTGTGTGGGCCAAGTGTGGGAAAAGATTCCCAGCATGGCCGGCTGTGGTGATC 1051
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 589 GGCGATCTTGTCTGGGCCAAGTGTGGGAAAAGATTCCCAGCATGGCCGGCTGTGGTGATC 648
Query 1052 GATCCGATATCACAAGCGCCTGATGGGGTCTTGAAACATTGCGTCCCTGGCGCAATTTGT 1111
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 649 GATCCGATATCGCAAGCGCCTGATGGGGTCTTGAAACATTGCGTCCCAGGCGCAATATGT 708
Query 1112 GTCATGTTTTTTGGGTACTCCAAGGATGGAACTCAGAGGGACTATGCATGGGTAAGACAA 1171
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 709 GTCATGTTTTTTGGGTACTCCAAGGATGGAACTCAGAGGGACTATGCATGGGTCAGACAA 768
Query 1172 GGGATGGTGTATCCATTTACGGAATTTATGGACAAATTTCAGGATCAGACAAACTTGTTC 1231
|| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 769 GGAATGATGTATCCATTTACGGAATTTATGGATAAATTTCAGGATCAGACAAACTTGTAC 828
Query 1232 AATTACAAGGCAAGTGAATTTAACAAGGCACTAGAGGAAGCAGTTTTAGCAGAAAAT--G 1289
||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 829 AATTACAAGCCAATTGAATTTAAGAAGGCACTAGAGGAAGCAGTTTTAGCAGAAAATGGG 888
Query 1290 GT--A-----ATTTTGGAGATGCTGAAATCATCTCCCCAGATTCCTCTGCGACGGAATCC 1342
|| | |||||||||||| |||||| | || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 GTCGAGGGTGATTTTGGAGATGTTGAAATTAGCTGCCCAGATTCCTCTGCGACGGAATCC 948
Query 1343 GACCAGGACTATGGACCTGCTTCTAGATTTCAGGGTTCATATCATGAGGACATAAGGACA 1402
|||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||| |||||||
Sbjct 949 GACCAGGAGTATGGACCTGCTTCTAGAATTCAGGGTTTATGTCATGAGGACGTAAGGACC 1008
Query 1403 TGCGACGGTTGTGGCTCAGTAATGCCATTAAAATCTCTAAAAAGGACTAAAGACTCACAA 1462
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1009 TGCGACGGTTGTGGCTCAGTAATGCCATTAAAATCTCTAAAAAGGACTAAAGGCTCACAA 1068
Query 1463 CCGGAAGAGCTTTTATGCAAACACTGCTCAAAGTTGCGGAAATCCAATCAGTATTGTGGC 1522
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1069 CCGGAAGAGCTTTTATGCAAACACTGTTCAAAGTTGCGGAAATCCAATCAGTATTGTGGC 1128
Query 1523 ATCTGCAAGAGAATATGGCACCCTTCAGATGATGGAGATTGGGTTTGTTGTGATGGGTGT 1582
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1129 ATCTGCAAGAGAATATGGCACCCTTCAGATGATGGAGATTGGGTATGTTGTGATGGGTGT 1188
Query 1583 GACGTATGGGTACATGCTGAATGCGACAACATTACGAATGAACGCTTTAAGGAACTGGAG 1642
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1189 AACGTATGGGTACATGCTGGATGCGACAACATTACGAATGAGCGCTTTAAGGAACTGGAG 1248
Query 1643 CACAACAATTACTATTGCCCTGATTGTAAAGTCCAACACGAGCTTACGCCAACAATATTA 1702
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||
Sbjct 1249 CACAACAATTACTATTGCCCTGATTGTAAAGTCCAACATGAGCTTTCACCAACAATATTA 1308
Query 1703 GAAGAACAGAACTCAGTGTTTAAGTCTACAGAAAAGACAACAGAGACTGGGCTGCCTGAT 1762
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||
Sbjct 1309 GAAGAACAGAACTCAGTGTTCAAGTCTACAGAAAAGACGACAGAGACTGAGCTGCCTGAT 1368
Query 1763 GCGATTACTGTAGTCTGTAATGGCATGGAAGGGACATATATCAGAAAATTTCATGCAATT 1822
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1369 GCGGTTACTGTAGTCTGTAATGGCATGGAAGGGACATATATCAGAAAATTTCATGCAATT 1428
Query 1823 GAGTGCAAGTGTGGTTCATGTGGGTCAAGGAAGCAGTCACCAAGTGAATGGGAACGGCAT 1882
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1429 GAGTGCAAGTGTGGTTCATGTGGGTCAAGGAAGCAGTCACCAAGTGAATGGGAACGGCAT 1488
Query 1883 ACAGGCTGCAGAGCCAAAAAGTGGAAGTATAGTGTAAGAGTGAAAGACACAATGCTACCT 1942
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1489 ACAGGCTGCAGAGCCAAAAAGTGGAAGTATAGTGTAAGAGTGAAAGACACAATGCTACCT 1548
Query 1943 CTAGAAAAATGGATTGCAGAATTCAGTACCTATACTCTAGAAACCCAGATGTTGGATAAG 2002
||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1549 CTAGAAAAATGGATTGCAGAATTTAGTACCTACACTATAGAAACCCAGATGTTGGATAAG 1608
Query 2003 CAAAAGATGCTCTCTTTGCTAGAAGAAAAGTATGAGCCAGTCAGGGCTAAGTGGACGACT 2062
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1609 CAAAAGATGCTCTCTTTGCTGGAAGAAAAGTATGAGCCAGTCAGGGCTAAGTGGACGACT 1668
Query 2063 GAAAGGTGTGCTGTATGCAGATGGGTAGAAGACTGGGAAGAAAATAAAATGATCATCTGT 2122
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1669 GAAAGGTGTGCTGTATGCAGATGGGTAGAAGACTGGGAAGAAAATAAAATGATCATCTGT 1728
Query 2123 AACAGGTGTCAAGTGGCTGTGCACCAAGAATGTTATGGGGTAAGCAAATCTCAGGACCTC 2182
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1729 AACAGATGTCAAGTGGCTGTGCACCAAGAATGCTATGGGGTAAGCAAATCTCAGGACCTC 1788
Query 2183 ACTTCCTGGGTATGCAGAGCATGTGAAACACCAGACATTGAGAGAGATTGTTGTCTTTGT 2242
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 1789 ACTTCCTGGGTGTGCAGAGCATGTGAAACACCAGACATTGAAAGAGAGTGTTGTCTTTGT 1848
Query 2243 CCTGTAAAAGGTGGTGCTTTAAAACCAAGCGACGTTGAGGGTTTGTGGGTTCATGTAACA 2302
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1849 CCTGTAAAAGGCGGTGCTTTAAAACCAAGCGACGTCGAGGGTTTGTGGGTTCATGTAACA 1908
Query 2303 TGTGCTTGGTTCCGACCGGAAGTTGGGTTTTTGAATCATGAAAATATGGAGCCTGCTGTT 2362
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1909 TGTGCTTGGTTCAGACCGGAAGTTGGGTTTTTGAATCATGAAAATATGGAGCCTGCTGTT 1968
Query 2363 GGACTTTTCAAAATTCCAGCAAATTCATTTCTTAAGGTTTGCACAATTTGTAAGCAGACA 2422
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1969 GGACTTTTCAAAATTCCAGCAAATTCATTTCTTAAGGTTTGCACAATTTGTAAGCAGACA 2028
Query 2423 CATGGTTCCTGCGTTCATTGCTGCAAGTGTGCAACTCACTTCCACGCAATGTGTGCATCA 2482
|||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2029 CATGGTTCCTGCGTGCATTGCTGCAAGTGTGCCACTCACTTCCACGCAATGTGTGCGTCA 2088
Query 2483 CGGGCAGGTTACAACATGGAGTTGCACTGCCTGGaaaaaaaTGGTGTGCAGAGAACCAGG 2542
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2089 CGGGCAGGTTACAACATGGAGTTGCACTGCCTGGAGAAAAATGGTGTGCAGAGAACCAGG 2148
Query 2543 AAGTCAGTTTACTGTTCATTTCACAGAAAGCCAGATCCAGATAGTGTTGTAGTTGTGCAC 2602
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2149 AAGTCAGTTTACTGTTCATTTCACAGGAAGCCAGATCCAGATAGTGTTGTAGTTGTGCAC 2208
Query 2603 ACACCCTCAGGAGTATTTGGCTCTAGAAATTTGCTTCAGAATCAATATGGGCGCGCCAAA 2662
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||
Sbjct 2209 ACACCCTCAGGCGTATTTGGCTCTAGAAATTTGCTTCAGAATCAAAATCGGCGCACCAAA 2268
Query 2663 GGTTCAAGACTCGTTTTGACCAAGAAGATGAAGCTTCCAGGTTTCCAAACCCAAACCCAA 2722
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2269 GGTTCAAGACTCGTTTTGACCAAGAAGATGAAGCTTCCAGGTTTCGAAACCCAAACCCAA 2328
Query 2723 GCTGAACAGAGTCGTGTATTTGATTCTCTTTCTGCAGCAAGATGCCGTATCTATAGTAGA 2782
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2329 GCCGAACAGAGTCGTGTATTTGATTCTCTTTCTGCAGCAAGATGCCGTATCTATAGTAGA 2388
Query 2783 TCAAACACAAAGA---TTGATCTGGAGGCTATATCCCACAGGCTTAAGGGACCAAGCCAT 2839
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2389 TCAAACACAAAGAAGATTGATCTGGAGGCTATATCCCACAGGCTTAAGGGACCAAGCCAT 2448
Query 2840 CATTCTTTGAGTGCAATCGAGAATCTAAACTCTTTTAAGGCAAGTTTCTCATTCCGAGCT 2899
||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2449 CATTCTTTGGGTGAAATCGAGAATCGAAACTCTTTTAAGGCAAGTTTCTCATTCAGAGCT 2508
Query 2900 CCATTCATGTCAGTGTTTTGCTTTCTTGGGG 2930
|||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2509 CCATTCATGTCAATGTTTTGCTTTCTTGGGG 2539
Score = 881 bits (477), Expect = 0.0
Identities = 501/513 (98%), Gaps = 0/513 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2989 GGAAGCAGATTTTACATCATTCAGAGAACGGCTAAAACATTTGCAGAGGACAGAAAATTT 3048
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2538 GGAAGCAGATTTTACCTCATTCAGAGAACGGCTAAAACATTTGCAGAGGACGGAAAATTT 2597
Query 3049 TCGAGTCTGCTTTGGTAAATCTGGCATACATGGATGGGGTTTGTTTGCAAGGAAAAGTAT 3108
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2598 TCGAGTCTGCTTTGGTAAATCTGGCATACATGGTTGGGGTTTGTTTGCAAGGAATAGTAT 2657
Query 3109 TCAAGAAGGAGAAATGATCATCGAGTATCGTGGGGTGAAAGTTAGGAGAAGTGTTGCAGA 3168
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2658 TCAAGAAGGAGAAATGATCATCGAGTATCGTGGGGTGAAAGTTAGGAGAAGTGTTGCAGA 2717
Query 3169 TCTGAGAGAGGCAAACTATCGTTCGCAGGGCAAAGATTGTTACCTATTCAAGATAAGCGA 3228
||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2718 TCTTAGAGAGGCAAACTATCGTTCTCAAGGCAAAGATTGTTACCTATTCAAGATAAGCGA 2777
Query 3229 AGAGATAGTAATTGATGCCACAGACTCTGGGAACATCGCACGATTGATCAATCATTCATG 3288
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2778 AGAGATAGTAATTGATGCCACAGACTCTGGAAACATAGCACGATTGATCAATCATTCATG 2837
Query 3289 TATGCCCAATTGCTATGCTCGTATAGTGAGTATGGGTGATGGAGAAGACAACAGAATCGT 3348
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2838 TATGCCCAATTGCTATGCTCGTATAGTGAGTATGGGTGATGGAGAAGACAACAGAATCGT 2897
Query 3349 CCTCATTGCAAAAACCAATGTCGCAGCTGGGGAAGAGCTTACGTATGATTATCTCTTTGA 3408
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2898 CCTCATTGCAAAAACCAATGTCTCAGCTGGGGAAGAGCTTACGTATGATTATCTCTTTGA 2957
Query 3409 GGTTGATGAATCTGAAGAGATCAAAGTGCCCTGCCTTTGTAAAGCTCCAAACTGCCGCAA 3468
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2958 GGTTGATGAATCTGAAGAAATCAAAGTGCCCTGCCTTTGTAAAGCTCCAAACTGCCGCAA 3017
Query 3469 ATTCATGAACTAGAGCTCTCTTAAGTCTAAACC 3501
||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3018 ATTCATGAACTAGAGCTCTCTCAAGTCTAAACC 3050
> Ahg939225 jgi|Araly1|939225|scaffold_503416.1
Length=1980
Score = 671 bits (363), Expect = 0.0
Identities = 420/447 (94%), Gaps = 6/447 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 464 AATCTGAAGCGGTGCAAAATTGATTCAGAAATTGAGTATGGGAGGAAAAAGGGTGAGATT 523
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 75 AATCTGAAGCGGTGCAAAATTGATTCAGAAATTGAGTATGGGAGCAAAAAGGGTGAGATT 134
Query 524 ATAGTGTATAAGAAGAGACAAAGAGCAACCGTGGATCAACCATGTAGCAAAGAACCAGAA 583
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||
Sbjct 135 ATGGTGTATAAGAAGAGACAAAGAGCAACCGTGGATCAACCATGTAGTAGAGAACCCGAA 194
Query 584 CTTCTTACTAGTAGCTCAAGCTCCTTGACAAGCAAAGAAGAATCTCAACAAGTTTGCTCT 643
||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 195 GTTCATACAAGTAGCTCAAGCTCCTTGACCAGCAAAGAA---TCTCAACAAGTTTGCTCT 251
Query 644 GACCAGTCCAAGTCTTCGCGTGGCAGAGTTCGAGCGGTTCCTTCTAGGTTCAAGGACTCC 703
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 252 GACCACTCCAAGTCTTCGCGTGGCAGAGTTCGAGCGGTTCCTTCAAGGTTCAAGGACTCC 311
Query 704 ATTGTTGGTACATGGAAATCTAGCCGTCGCAAGGGAGAGTCGACGGAGTCTAGTCATGAT 763
||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 312 ATTGTTGGTTCATGGAAATCTAGCCGTCGCAAGGAAGAGTCGACGGATTCTAGTCATGAT 371
Query 764 GACGACGACGTATCTCTGGGGAAGAAGGTCAAAGGTTTCAGTGGAAGCTCGAAATTGCAT 823
||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 372 GACGACGT-GAATCT--GGGGAAGAAGGTCAAAGGTTTCAGTGGAAGCTCGAAATTGCAT 428
Query 824 CGCAGCAAAGACTCGAAGGTGTTTCCACGTAAGGATAACGGAGACAGCAGTGAAGTAGAT 883
|| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 429 CGAAGCAAAGACTCGAAGCTGTTTCCACATAAGGATAACGGAGACAGCAGCGAAGTAGAT 488
Query 884 TGCGATTACTGGGATGTTCAAATTTCC 910
|||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 489 TGCGATTACTGGGATGTTAAAATTTCC 515
Score = 638 bits (345), Expect = 0.0
Identities = 426/463 (92%), Gaps = 13/463 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 1494 AGTTGCGGAAATCCAATCAGTATTGTGGCATCTGCAAGAGAATATGGCACCCTTCAGATG 1553
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1003 AGTTGCGGAAATCCAATCAGTATTGTGGCATTTGCAAGAGAATGTGGCACCCTTCAGATG 1062
Query 1554 ATGGAGATTGGGTTTGTTGTGATGGGTGTGACGTATGGGTACATGCTGAATGCGACAACA 1613
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1063 ATGGAGATTGGGTTTGTTGTGATGGGTGTGATGTATGGGTACATGCTGGGTGCGACAACA 1122
Query 1614 TTACGAATGAA-CGCTTTAAGGAACTGGAGCACAACAATTACTATTGCCCTGATTGTAAA 1672
|| | ||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1123 TTTCAAAT-AAGCACTTTAAGGAACTGGAGCACAACAATTACTATTGCCCTAATTGTAAA 1181
Query 1673 GTCCAACACGAGCTTACGCCAACAATATTAGAAGAACAGAACTCAGTGTTTAAGTCTACA 1732
||||| || |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1182 GTCCAGCATGAGCTTGCGCCATCAATATTAGAAGAACAGAACTCAGTGTTCAAGTCTACA 1241
Query 1733 GAAAAGACAACAGAGACTGGGCTGCCTGATGCGATTACTGTAGTCTGTAATGGCATGGAA 1792
||||| | |||||||||| ||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1242 AAAAAGGCGACAGAGACTGAGCTGCGTGATGAGGTTACTGTAGTCTGTAATGGCATGGAA 1301
Query 1793 GGGACATATATCAGAAAATTTCATGCAATTGAGTGCAAGTGTGGTTCATGTGGGTCAAGG 1852
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1302 GGAACATATATCAGAAAATTTCATGCAATTGAGTGCAAGTGGGGTTCATGTGGGTCAAGG 1361
Query 1853 AAGCAGTCACCAAGTGAATGGGAACGGCATACAGGCTGCAGAGCCAAAAAGTGGAAGTAT 1912
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1362 AAGCAGTCACCAAGTGAATGGGAAAGGCATACAGGCTGCAGAGCCAAAAAGTG----TA- 1416
Query 1913 AGTGTAAGAGTGAAAGACACAATGCTACCTCTAGAAAAATGGA 1955
|| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1417 AG---A-G--TGAAAGACACAATGCTACCTCTAGAAAAATGGA 1453
Score = 492 bits (266), Expect = 9e-138
Identities = 330/359 (92%), Gaps = 11/359 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 1028 CCAGCATGGCCGGCTGTGGTGATCGATCCGATATCACAAGCGCCTGATGGGGTCTTGAAA 1087
||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 576 CCAGCATGGCCGGCTATGGTGGTCGATCCGATATCACAAGCGCCTGATGGGGTCTTGAAA 635
Query 1088 CATTGCGTCCCTGGCGCAATTTGTGTCATGTTTTTTGGGTACTCCAAGGATGGAACTCAG 1147
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 636 CATTGCGTCCCAGGCGCAATTTGTGTCATGTTTTTTGGGTACTCGAAGAATGGAACTCAG 695
Query 1148 AGGGACTATGCATGGGTAAGACAAGGGATGGTGTATCCATTTACGGAATTTATGGACAAA 1207
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 696 AGGGACTATGCATGGGTCAGACAAGGAATGGTGTATCCATTTACGGAGTTTATGGACAAA 755
Query 1208 TTTCAGGATCA-GACAAACTTGTTCAATTACAAGGCAAGTGAATTTAACAAGGCACTAGA 1266
|||||||| || ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 756 TTTCAGGA-CAAGACAAACTTGTACAATTACAAGCCAAGTGAATTTAAGAAGGCACTTGA 814
Query 1267 GGAAGCAGTTTTAGCAGAAAATGG--TA-A---T--TT-TGGAGATGCTGAAATCATCTC 1317
||||||||||||||||||||||| | | | || ||||||||||||||||| ||
Sbjct 815 TGAAGCAGTTTTAGCAGAAAATGGGGTCGAGGGTAATTGTGGAGATGCTGAAATCAGCTG 874
Query 1318 CCCAGATTCCTCTGCGACGGAATCCGACCAGGACTATGGACCTGCTTCTAGATTTCAGG 1376
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 875 CCCAGATTCCTCTGCGACGGAATCCGACCAGGACTATGGACCTGCTTCTAGAATACAGG 933
Score = 326 bits (176), Expect = 1e-87
Identities = 197/207 (95%), Gaps = 2/207 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2048 GCTAAGTGGACGACTGAAAGGTGTGCTGTATGCAGATGGGTAGAAGACTGGGAAGAAAAT 2107
|||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 GCTAAGTGGACG--TGAAAGATGTGCTGTATGCAGATGGGTAGAAGACTGGGAAGAAAAT 1556
Query 2108 AAAATGATCATCTGTAACAGGTGTCAAGTGGCTGTGCACCAAGAATGTTATGGGGTAAGC 2167
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1557 AAAATGATCATCTGTAACAGATGTCAAGTGGCTGTGCACCAAGAATGCTATGGGGTAAGC 1616
Query 2168 AAATCTCAGGACCTCACTTCCTGGGTATGCAGAGCATGTGAAACACCAGACATTGAGAGA 2227
||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1617 AAATCTCAGGACCTCACCTCCTGGGTGTGCAGAGCATGTGAAACACCAGATATTGAGAGA 1676
Query 2228 GATTGTTGTCTTTGTCCTGTAAAAGGT 2254
|| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1677 GACTGTTGTCTTTGTCCTGTTAAAGGT 1703
Score = 193 bits (104), Expect = 1e-47
Identities = 133/147 (90%), Gaps = 2/147 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1061 TCACAAGCGCCTGA-TGGGGTCTTGAAACATTGCGTCCCTGGCGCAATTTGTGTCATGTT 1119
|||||||||||| | || ||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||
Sbjct 1809 TCACAAGCGCCT-ACTGCGGTCTTGAAACATTGCGTCCCGGGCGCGATATGTGTCATGTT 1867
Query 1120 TTTTGGGTACTCCAAGGATGGAACTCAGAGGGACTATGCATGGGTAAGACAAGGGATGGT 1179
||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| ||| |
Sbjct 1868 TTTTGGGTACTTGAAGAATGGAACTCAGAGCGACTATGCAAGGGTCAGACAAGGAATGAT 1927
Query 1180 GTATCCATTTACGGAATTTATGGACAA 1206
|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1928 GTATCCATTTACGGAATTTATGGACAA 1954
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 142715898750
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5