BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G61940.1
Length=1313
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg486699 jgi|Araly1|486699|fgenesh2_kg.5__2691__AT3G61940.1 2063 0.0
> Ahg486699 jgi|Araly1|486699|fgenesh2_kg.5__2691__AT3G61940.1
Length=1313
Score = 2063 bits (1117), Expect = 0.0
Identities = 1252/1317 (95%), Gaps = 9/1317 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2 TTTGACTCTCTGTTATGGTATGAGTATGTTGTCATATCATTTAATGTGAA-TTTTTGGTT 60
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||
Sbjct 1 TTTGACTCTCTGTTATGGTATGAATATGTTGTCATATCAATTAATGTGAATTTTTTGGTT 60
Query 61 TGCTCGCATCCTTGTGTAGTTGTGGGATGCATGTCTCTGTTTTTTCCACCTTTA-AAAAT 119
|||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 61 TGCTCGCATCTTTGTGTAGTTGTGCGATGCATTTCTCTGTTTTTTCCACCTTTAGAAGA- 119
Query 120 CTCCTTCAAGTCTCAAACTCTAACACCTTACTCCTGAATTGAGTTTCTACTATCTTG-TT 178
|||||||| |||| ||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 120 CTCCTTCATGTCTTAAACTATAA-ACCTTACTCTTGAATTGAGTTTCTACTATCTTGTTT 178
Query 179 GTAAGATGGATTCAAGAAGAAGTAAAGTTTGTGGAGAAACAGCTTGTGGGTTTTCAACAT 238
|| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 179 GTCAGATGGAGTCAAGAAGAAGTAAAGTCTGTGGAGAAACAGCTTGTGGGTTTTCAATAT 238
Query 239 CTTCAAGTGATGCT-AAGAAACGAGCTGCTTCAATGCGAAAGCTCTGTTTCGTTGTGGTG 297
| ||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 239 CGACAAGTGATGCTAAAG-AACGAGCTGCTTCGATGCGAAAGCTCTGTTTCGTTGTGGTG 297
Query 298 TTATGTCTTTTGTTCATGAGCATAGAAGTTGTTTGTGGCATTAAGGCTAACAGTTTGGCT 357
| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 298 TCGTGTCTTTTGTTCATGAGCATAGAAGTTGTTGGTGGCATCAAGGCTAATAGTTTGGCT 357
Query 358 ATATTAGCAGATGCAGCTCATTTGCTCACTGATGTTGGTGCTTTTGCTATCTCTATGCTC 417
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 358 ATATTAGCAGATGCAGCTCATTTACTCACTGATGTTGGTGCTTTTGCTATCTCTATGCTC 417
Query 418 TCCTTGTGGGCTTCTTCTTGGGAAGCAAATCCGCGACAGAGTTATGGGTTCTTCAGGATA 477
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 418 TCCTTGTGGGCTTCTTCTTGGGAAGCAAATCCGCGACAGAGTTATGGATTCTTCAGGATT 477
Query 478 GAGATTTTAGGCACTCTTGTCTCAATCCAGCTCATTTGGTTACTCACTGGGATTTTGGTC 537
|||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 GAGATTTTGGGCGCTCTTGTCTCAATCCAGCTCATTTGGTTACTCACTGGGATTTTGGTC 537
Query 538 TACGAAGCCGTAACTAGACTCGTTCAAGAGACCAATGATGATGTTGATGGTTTCTTTATG 597
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 TATGAAGCCGTAACTAGACTCGTTCAAGAGACCAATGATGATGTTGATGGTTTCTTTATG 597
Query 598 GTTCTTGTTGCTGCTTTTGGTTTAGTTGTAAACATCATAATGATTGTTGTGCTTGGACAT 657
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 598 GTTCTTGTTGCTACTTTTGGTTTACTTGTAAACATCATAATGATTGTAGTGCTTGGACAT 657
Query 658 GATCACGGACATGGGCATGATCATGGTCACAGTCATGATCATGGTCATAGTTATGGGGAA 717
||||| ||||||||||||| ||||||||| ||| || |||| |||||||| ||||||||
Sbjct 658 GATCATGGACATGGGCATGGTCATGGTCATTGTCGTGGTCATAGTCATAGTCATGGGGAA 717
Query 718 AGAGCTGAGCAGTTGTTGGAGAAATCCAAGGAAAT-AAGGAACATTAATGTGCAAGGGGC 776
| ||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 718 AAAGCTGAGCAATTGTTGGAGAAATCGAAGGAAATTAAG-AACATTAATGTGCAAGGGGC 776
Query 777 TTATCTTCATGTTCTTGGGGATTTAATTCAGAGCATTGGGGTAATGATTGGAGGGGGTAT 836
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 777 TTATCTTCATGTTCTTGGGGATTTAATCCAGAGCATTGGAGTAATGATTGGAGGGGGTAT 836
Query 837 GATTTGGTATAACCCTAAATGGAAAGTAATTGACTTGATATGCACGTTATTCTTTTCAGT 896
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 837 GATTTGGTATAACCCTAAATGGAAAGTAATTGACTTGATATGCACGTTAGTCTTTTCAGT 896
Query 897 TATTGTTTTAGGGACAACCATTAAGATGCTTCGAAGCATACTTGAAGTTCTAATGGAGAG 956
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 TATTGTTTTAGGGACAACCATTAAGATGCTTCGAAGCATACTTGAAGTTCTAATGGAGAG 956
Query 957 CACACCGAGAGAGATAGACGCGAGGCAGCTCGAAAAGGGATTGATGGAAATTGAGGAAGT 1016
|||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 957 CACACCAAGAGAGATTGACGCGAGGCAGCTCGAAAAGGGATTGATGGAAATTGAAGAAGT 1016
Query 1017 TGTGGATGTTCATGAGCTGCACATATGGGCAATTACAGTTGGAAAAGCTCTGTTTTCTTG 1076
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1017 TGTGGATGTTCATGAGCTGCACATATGGGCAATTACAGTTGGTAAAGCTCTGTTTTCTTG 1076
Query 1077 TCATGTCAAGGTTAGACCAGAAGCTGGTGATGAAATGGTGCTGAACAAAGTGATCGATTA 1136
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 TCATGTCAAGGTTAGACCAGAAGCTGATGATGAAATGGTGCTGAACAAAGTGATCGATTA 1136
Query 1137 CATCTGGAGAGAGTATCGTATCAGTCACGTTACGATACAAATCGAGCGTTAAAACAACAA 1196
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 CATCTGGAGAGAGTATCGTATCAGTCATGTTACGATACAAATCGAGCGTTAAAACAACAA 1196
Query 1197 AAGGGTTCATTTCTCTGGTTTTCTGTCATTTTCATGATCAAAGTTAAATCTTTTTTCGCT 1256
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 AAGAGTTCATTTCTCTGGTTTTCTGTCATTTTCATGATCAAAGTTAAATCTTTTTTCGCT 1256
Query 1257 TTCTCGTATGCTCTCATTACCTTGTTGTGACATATGCCATTGTCTTTCTTGTTTATG 1313
||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1257 TTCTCGTGTGCTCTCATTACATTGCTGTGACATATGCCATTGTATTTCTTGTTTATG 1313
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 49102317096
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5