BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G62010.1
Length=4268
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg486708 jgi|Araly1|486708|fgenesh2_kg.5__2700__AT3G62010.1 7059 0.0
> Ahg486708 jgi|Araly1|486708|fgenesh2_kg.5__2700__AT3G62010.1
Length=4239
Score = 7059 bits (3822), Expect = 0.0
Identities = 4116/4254 (97%), Gaps = 36/4254 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 10 TCTCTAACTTCGATTTTCCTTTTTCTCGCGCGAGAAAATTTCTGGATTTTGTCTGCGAAT 69
|||| |||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TCTCAAACTTCGATTTTCC-TTTTCTCGCGCGAGATATTTTCTGGATTTTGTCTGCGAAT 59
Query 70 CACGAATATTCCAGCGTTTCTTCGTCCCGCATTGGCGTAGGATTTTTGTCGTGTTTCCGG 129
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||
Sbjct 60 CACGAATATTCCAGCGTTTCTTCGTCCCGCATTGGCGCACGATTTTTGTCGTTTTTCCGG 119
Query 130 GATTCGAAGAACAGTTTAAAGAGTGAAGAAGAGTCGAGAGGTGTTTCG-GA-G-TCTT-G 185
|||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| | | ||| || | | || |
Sbjct 120 GATTCGAAGAACAGTTTATAGAGTGAAGAAGA----AGAAGAG--TCGAGAGGTTTTTCG 173
Query 186 GAAGAACAAGCGAGATCGTGttttttttGCATAGAATCTGCGAGGTTTCGAAGTTTCTC- 244
| || ||| ||| |||||||||| || |||||||| || ||| ||||||||||
Sbjct 174 G-AG-----TCGATATC--GTTTTTTTTGAATCGAATCTGCAAGTTTTTGAAGTTTCTCG 225
Query 245 ------TGTGGAG-TTTTTGTTGGATGAGAGATGTCGATACCGAAGGAGCCAGAGCAGGT 297
||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 226 GTGGTGTGTGGGGTTTTTTGTTGGATGAGATATGTCGATACCGAAGGAGCCAGAGCAGGT 285
Query 298 GATGAAGATGAGAGATGGATCGGTACTTGGTAAGAAGACGATTCTTAAGAGTGACCATTT 357
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 286 GATGAAGCTGAGAGATGGATCGGTACTTGGTAAGAAGACGATTCTCAAGAGTGACCATTT 345
Query 358 TCCAGGTTGTCAGAATAAGCGTATGACTCCTCAGATCGAAGGCGCTCCTAATTACCGTCA 417
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 346 TCCAGGTTGTCAAAATAAGCGTATGACTCCTCAGATCGAAGGCGCTCCCAATTACCGTCA 405
Query 418 GGCTGATTCACTACGTGTACATGGGGTGGCAATTCCAACTGCTGTGGGGATACGAAACGT 477
|||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 406 GGCTGATTCATTACGTGTACATGGGGTTGCAATTCCAACTGCTGTTGGGATACGAAACGT 465
Query 478 TCTTAGACACATTGGAGCTCACAAGGACGGTAAACAAGTAAAAGTTCTTTGGATTAGTCT 537
|||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 466 TCTTAGGCATATTGGAGCTCACAAAGACGGGAAACAAGCAAAAGTTCTTTGGATTAGTCT 525
Query 538 CAGGGAGGAACCGGTAGTATACATAAACGGGCGACCTTTTGTTCTACGTGATGTGGAGAA 597
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 526 CAGGGAGGAACCGGTAGTATACATAAACGGGCGACCTTTTGTTCTACGTGATGTGGAGAA 585
Query 598 ACCTTTCACCAATCTTGAGTACACGGGAATCAACAGGGTAAGGGTAGAGCAAATGGAAGC 657
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 586 ACCTTTCACTAATCTTGAGTACACGGGAATCAACAGGGTAAGGGTAGAGCAAATGGAAGC 645
Query 658 ACGATTAAAAGAAGATATTCTCATGGAGGCGTCGAGATATGGGAATAAGATACTTGTCAC 717
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 646 CCGGTTAAAAGAAGATATTCTCATGGAGGCGTCGAGATATGGGAATAAGATACTTGTCAC 705
Query 718 CGATGAACTGCCAGATGGTCAGATGGTGGACCAGTGGGAGCCAGTCTCAACTGATTCTTT 777
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 706 CGATGAACTGCCAGATGGTCAGATGGTGGACCAGTGGGAGCCAGTCTCAACTGATTCTTT 765
Query 778 GAAGACACTACTTGAGGTTTACGAAGAACTGCAAGCTGAAGGCTACCTTGTCGATTATGA 837
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 766 GAAGACACTACTTGAGGTTTACGAAGAACTGCAAGCTGAAGGCTACCTTCTCGATTATGA 825
Query 838 ACGTGTTCCTATAACGGATGAAAAGTCACCAAAAGAAACAGATTTTGATCTGTTGATTAG 897
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 826 ACGTGTTCCTATAACGGATGAAAAGTCGCCAAAAGAAACAGATTTTGATCTGTTGATTAG 885
Query 898 GAAGATATCTCAGGCTGACATTAATACGGAGATCATTTTCAATTGTCAAATGGGACGTGG 957
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 886 GAAGATATCTCAGGCTGACATTAATACGGAGATCATTTTCAATTGTCAAATGGGACGTGG 945
Query 958 ACGCACGACGACTGGAATGGTGATTGCAACCCTGGTCTATTTCAAACGTACTGGGGCATC 1017
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 946 ACGTACGACGACTGGAATGGTGATTGCAACCCTGGTCTATTTCAAACGTACTGGGGCATC 1005
Query 1018 AGATCAAGGATTCCCAAGAAACAACTCTTTTGGGAGAATCTTTAAAGCTGGTGAAAATAT 1077
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1006 AGATCAAGGATTCCCAAGAAACAACTCTTTTGGGAGAATCTTTAAAGCTGGTGAAAATAT 1065
Query 1078 TACTGTTAATCTGCCGAATTCGGAGGAGGCAATCCGTAGAGGGGAATATGCGGTCGTTAG 1137
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1066 TACTGTTAATCTGCCGAATTCGGAGGAGGCAATCCGTAGAGGGGAATACGCGGTCGTTAG 1125
Query 1138 AAGTTTAATTAGAGTCTTAGAGGGTGGTGTAGAAGGAAAAAGGCAAGTTGATAAAGTCAT 1197
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1126 AAGTTTAATTAGAGTCTTAGAGGGTGGTGTAGAAGGTAAAAGGCAAGTTGATAAAGTCAT 1185
Query 1198 CGACAAATGTGCATCCATGCAGAATCTACGAGAGGCAATTGCAACCTATCGCAGTAGTAT 1257
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1186 CGACAAATGTGCATCCATGCAGAATTTACGAGAGGCAATTGCAACCTATCGCAGTAGTAT 1245
Query 1258 TTTGCGTCAACCCGATGAAAAGAAGAGAGAGGCAGCACTCTCATTTTTTGTTGAGTACTT 1317
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1246 TTTGCGTCAACCCGATGAAAAGAAGAGAGAGGCAGCACTCTCATTTTTTGTTGAGTACTT 1305
Query 1318 GGAAAGATATTACTTCCTTATATGCTTTGCAGTATATCTTCATTCGGAGGGTGCTTTTCT 1377
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1306 GGAAAGATATTACTTCCTTATATGCTTTGCAGTATATCTTCATTCAGAGGGTGCTTTTCT 1365
Query 1378 CCAATCTGGTTCGCTTGGCCATGTCAGTTTTGCTGATTGGATGCGAGCTAGGCCAGAGCT 1437
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1366 CCAATCTGGTTCGCTTGGCCATGTCAGTTTTGCTGATTGGATGCGAGCTAGGCCAGAGCT 1425
Query 1438 CTATAGCATTCTTCGCAGGTTGCTCAGGAGAGATCCTATGGGTGCCCTTGGATATGCAGC 1497
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1426 CTATAGCATTCTTCGCAGGTTGCTCAGGAGAGATCCTATGGGTGCCCTTGGATATGCAGC 1485
Query 1498 TATGAAGCCTTCTTTGATAAAGATTGCAGAATCTACCGACGGGCGCCCTCACGAGATGAG 1557
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1486 TATGAAGCCTTCTTTGACAAAGATTGCAGAATCTACCGACGGGCGCCCTCACGAGATGAG 1545
Query 1558 TGTCGTTGCTGCGCTTAGAAGTGGGGCAGTTCTGGGAAGTCAAACTGTTCTAAAGAGTGA 1617
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1546 TGTCGTTGCTGCGCTTAGAAGTGGGGCAGTTCTGGGAAGTCAAACTGTTCTAAAGAGCGA 1605
Query 1618 TCACAGTCCTGGCTGTCAAATTTTAAATCTACCAGAGAGGGTGGAAGGAGCTCCGAATTT 1677
||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1606 TCATAGTCCTGGCTGTCAAATTTTAAGTCTACCAGAGAGGGTGGAAGGAGCTCCGAATTT 1665
Query 1678 TAGGGAGGTTCCAGGATTTCCTGTGTATGGTGTTGCAAATCCAACTATAGATGGTATTCG 1737
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1666 TAGGGAGGTTCCAGGATTTCCTGTATATGGTGTTGCGAATCCAACTATAGATGGTATTCG 1725
Query 1738 ATCTGTCATTGAAAGGGTTGGGAGTTCCAGAGGTGGTCGGCCAGTTTTTTGGCACAATAT 1797
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1726 ATCTGTCATTGAAAGGGTTGGGAGTTCCAGAGGTGGTCGGCCAGTTTTTTGGCACAATAT 1785
Query 1798 GAGAGAAGAACCTGTTATATATATCAACGGGAAACCATTTGTTCTACGAGAAGTTGAAAG 1857
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1786 GAGAGAAGAACCTGTTATATATATCAACGGGAAACCATTTGTTCTACGTGAAGTTGAAAG 1845
Query 1858 GCCATATAAGAACATGCTAGAATATACGGGAATTGATCGAGATAGAGTTGAAGGGATGGA 1917
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1846 GCCATATAAGAACATGCTAGAATATACGGGAATTGATCGAGATAGAGTGGAAGGAATGGA 1905
Query 1918 GGCTCGTCTAAAAGAGGATATTCTGAGAGAAGCTAAGCGATATGACGGTGCGATAATGGT 1977
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1906 GGCTCGTCTAAAAGAGGATATTCTGAGAGAAGCTAAGCGATATGACGGTGCGATAATGGT 1965
Query 1978 CATTCATGAAACCAAAGATGGACAGATTTTTGACTTATGGGAAAATGTAGATGCTGATTC 2037
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1966 CATTCATGAAACCAAAGATGGACAGATTTTTGATTTATGGGAAAATGTGGATGCTGATTC 2025
Query 2038 TGTTCAAACACCCCTCGAGGTTTACAAATGTTTAGAGGCTGATGGTTTTCCTATTAAGTA 2097
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2026 TGTTCAAACACCCCTCGAGGTCTACAAATGTTTAGAGGCTGATGGGTTTCCTATTAAGTA 2085
Query 2098 TGCACGTGTACCTATAACTGATGGTAAAGCCCCCAAAAGCTCAGACTTTGACACATTGAC 2157
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2086 TGCACGTGTACCTATAACTGATGGTAAAGCGCCCAAAAGCTCAGACTTTGACACATTGAC 2145
Query 2158 ATCTAATATTGCTTCTGCTTCCAAAGACACTGCTTTTGTCTTCAATTGCCAGATGGGGAG 2217
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2146 ATCTAATATTGCTTCTGCTTCCAAAGACACTGCTTTTGTCTTCAATTGCCAGATGGGGAG 2205
Query 2218 AGGTAGAACAACCACTGGAACTGTCATTGCCTGTCTAGTGAAGCTCCGCATTAATTATGG 2277
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2206 AGGTAGAACAACCACTGGAACTGTCATTGCCTGTCTAGTGAAGCTCCGCATCAATTATGG 2265
Query 2278 GAGACCTATCAAGGTTCTTTATGACGTTCTGACCCATGAAATTGTGGATGAAGATTCCTC 2337
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2266 GAGACCTATCAAGGTTCTTTATGACGTTCTGACCCATGACATTGTGGATGAAGATTCCTC 2325
Query 2338 AAGTGGTGGTGAAGAAACTGGAAGTAATAATGCTGAAGCAAGACCTCGTAATTCAGGACG 2397
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2326 AAGTGGTGGTGAAGAAACTGGAAGTAATAACGCTGAAGCAAGACCTCGTAATTCAGGACG 2385
Query 2398 AAGAACTGAGGAGGAACAAGGTCGTGCATTTGGAATGGATGACATCCTTTTGCTGTGGAA 2457
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2386 AAGAACTGAGGAGGAACAAGGTCGTGCATTTGGAATGGATGACATCCTTTTGCTGTGGAA 2445
Query 2458 AATCACTAGGTTATTCGATAATGGAGTTGAATCACGTGAGGCGTTAGATGCTGTGATTGA 2517
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2446 AATCACTAGGTTATTCGATAATGGAGTTGAATCCCGTGAGGCTTTAGATGCTGTGATTGA 2505
Query 2518 TAGATGTTCTGCATTGCAAAATATTCGTGAAGCTGTTCTGCAGTACAGGAAGGTTTTCAA 2577
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2506 TAGATGTTCTGCATTGCAAAATATTCGTGAAGCTGTTCTGCAGTACAGAAAGGTTTTCAA 2565
Query 2578 CCAACAACATGTTGAGCCACGAGTAAGGAGTGCTGCCTTGAAACGTGGCGCTGAATACTT 2637
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2566 CCAACAACATGTTGAGCCACGAGTAAGGAGTGCTGCCTTGAAACGTGGCGCTGAATATTT 2625
Query 2638 GGAGAGATACTTCCGCTTGATTGCCTTTGCAGCCTATCTAGGAAGCAAAGCTTTTGATGG 2697
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2626 GGAGAGATACTTCCGCTTGATTGCCTTTGCAGCCTATCTAGGAAGCAAAGCTTTTGATGG 2685
Query 2698 ATTCTTTGTGGAAGGAGAATCTAAGGTGACGTTCAAGAATTGGTTGCATCAGAGGCCTGA 2757
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2686 ATTCTTTGTGGAAGGAGAATCTAAGGTGACGTTCAAGAATTGGTTGAATCAGAGGCCTGA 2745
Query 2758 GGTGCAAGCAATGAAGTGGAGCATAAGGCTAAGACCTGGGCGATTTTTTACCATTCCTGA 2817
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2746 GGTGCAAGCAATGAAGTGGAGCATAAGGCTAAGACCTGGACGATTTTTTACCATTCCTGA 2805
Query 2818 GGAATTGCGGGCACAACATGAATCACAACACGGAGATGCAGTCATGGAGTCAATTGTCAA 2877
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2806 GGAATTGCGGGCACAACATGAATCGCAACACGGAGATGCAGTCATGGAGTCAATTGTCAA 2865
Query 2878 CGAACGTAGTGGTTCTGTCTTGAGCAAAGGTTCTATACTTAAAATGTACTTTTTCCCTGG 2937
|||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2866 CGAACGTAGTGGTTCTGTCTTGGGAAAAGGTTCTATACTTAAAATGTACTTTTTCCCTGG 2925
Query 2938 CCAAAGAACTTCAAGTCGTTTGCAAATTAACGGTGCACCTCACGTATACAAGGTCGATAG 2997
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2926 CCAAAGAACTTCAAGTCGTTTGCAAATTAACGGTGCACCTCACGTATACAAGGTCGATAG 2985
Query 2998 ATATCCTGTGTATAGCATGGCAACTCCCACAATTTCAGGCGCTaaaaaaaTGCTCGCCTA 3057
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2986 ATATCCTGTGTATAGCATGGCAACTCCCACAATTTCAGGCGCTAAAAAGATGCTCGCCTA 3045
Query 3058 TTTAGGCACCAAACTTAAGGAAGAAGGTGGGGGTTCAACAGAAAGAATAGTGGTAACAGA 3117
||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3046 TTTAGGCACCAAACTAAAGGAAGAAGGTGGGGTTTCAACAGAAAGAATAGTAGTAACAGA 3105
Query 3118 CTTGAGAGAAGAAGCGGTTGTTTACATCAATGGAACTCCATTTGTGTTGAGAGAATTGAG 3177
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3106 CTTGAGAGAAGAAGCGGTTGTTTATATCAATGGAACTCCATTTGTCTTGAGAGAATTGAG 3165
Query 3178 TAAACCTGTTGATACGCTTAAGCATGTTGGAATAACCGGTGCAGTGGTAGAAAGCTTAGA 3237
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3166 TAAACCTGTTGATACGCTTAAGCATGTTGGAATAACTGGTGCAGTGGTAGAAAGCATAGA 3225
Query 3238 AACACGGTTAAAAGAAGATATATTGGCTGAAGTTCGAGAGACTGGAGGCCGAATGCTATT 3297
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3226 ATCACGGTTAAAAGAAGATATATTGGCTGAAGTTCGAGAGACTGGAGGCCGAATGCTATT 3285
Query 3298 GCATCGTGAAGAATACAGCCCGGCATCAAATCAATCTCGGGTTATTGGATATTGGGAGAA 3357
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3286 GCATCGTGAAGAATACAGCCCGGCATCTAATCAATCTCGGGTTATTGGATATTGGGAGAA 3345
Query 3358 TATTCAACCAGAAAATGTGAAGACACCTGCAGAAGTATATGCTGCTCTGAAAGATGAAAA 3417
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3346 TATTCAACCAGATAATGTGAAGACACCTGCAGAAGTATATGCTGCACTGAAAGATGAAAA 3405
Query 3418 TTACAATATATCTTACCGGAGAATACCTTTAACCAGAGAAAAAGACGCATTAGCTTCCGA 3477
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3406 TTACAACATATCTTACCGCAGAATACCTTTAACCAGAGAAAAAGATGCATTAGCTTCCGA 3465
Query 3478 TGTAGACGCGATCCAGTACTGTAAAGACGATTCCGCTGGGAGTTACTTGTTTGTATCGCA 3537
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3466 TGTAGACGCGATCCAGTACTGTAAAGACGATTCCGCTGGGAGTTACTTGTTTGTATCGCA 3525
Query 3538 CACCGGTTTTGGAGGAGTTTCTTATGCAATGGCTATAACTTGTCTCCTACTTCAACCTGG 3597
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3526 CACCGGTTTTGGAGGAGTTTCTTATGCAATGGCCATAACTTGTCTCCTACTTCAACCTGG 3585
Query 3598 TCAGAACTTCACAGCTACACCAACCACAAATTCTTCTACCTTAGAAGAAGATGATTCGCC 3657
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3586 TCAGAACTTCACAGCTACACCAACCACAGATTCTTCTACCTTAGAAGAAGATGATTCGCC 3645
Query 3658 TTCAGGGGCTTGTGATGAAGAAGCGTTGAGTATGGGAGACTACCGCGACATACTGAGTCT 3717
|||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3646 TTCACGGGTTTGTGATGAAGAAGCGTTGAGTATGGGAGACTACCGCGACATACTGAGTCT 3705
Query 3718 CATAAGAGTGCTTTCTCATGGTCCTCAGAGCAAATCAGACGTAGATGGAATAGTCGAACT 3777
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3706 CATAAGAGTGCTTTCTCATGGTCCTCAGAGCAAATCAGACGTAGATGGAATAGTCGAACT 3765
Query 3778 GTGTGCTGGTGCAGGACATTTGCGAGAAGACATCGTTTACTACAGTAAAGAGCTGAACAA 3837
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 3766 GTGTGCTGGTGCAGGACATTTGAGAGAAGACATCGTTTACTACAGTAAAGAACTCAACAA 3825
Query 3838 ACTTCCTATTACAAAAGATGAAAACCGTTCATACATCATGGACATGGGTGTTAAAGCCTT 3897
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3826 GCTTCCTATTACAAAAGATGAAAACCGTTCATACATCATGGACATGGGTGTTAAAGCCTT 3885
Query 3898 AAGGCGCTACTTTTACCTGATAACATTCAGATCATACCTCTATAGCACGTCGCCGGAAGA 3957
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 3886 AAGGCGTTACTTTTACCTGATAACATTCAGATCATACCTCTATTGCACGTCACCGGAAGA 3945
Query 3958 AATGAAATTCTTGGATTGGATGAAGTCACGGCCGGAACTTGGACATCTCTGTCATAACCT 4017
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3946 AATGAAATTCTTGGATTGGATGAAGTCACGGCCGGAACTTGGACATCTCTGTAATAACCT 4005
Query 4018 CAGGATAGATAAATAAAAGTGTGATTTTGGGTTTCAGTGTCCATACATATAT--GTATAA 4075
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 4006 CAGGATAGATAAGTAAAAGTGTGATTTTGGGTTTCAGTGTCCATACATATATATGTATAA 4065
Query 4076 ATCTAGGCAAAGTTATGTTGTTTGGTTTATACAGAGCTTTTAGTGTATAAAAAATTGTAC 4135
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4066 -TCTAGGCAAAGTTATGTTGTTTGGTTTATACAGAGCTTTTAGTGTATAAAAAATTGTAC 4124
Query 4136 AGCCTTCTCTTC-TCCT-TCGTCTGCTTTGTAGAGAGATCTCTGTTTATAGGTTTGTAC- 4192
||| |||||| | || | | || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 4125 AGCTTTCTCTCCCTCGTCT-GTTTGCTTTGTAGAGAGATCTCTGTTTATAGGTTTGTGCT 4183
Query 4193 CTT-T-ATATGCATTGCTTAAAACCCTCCAGCTGATTCAGCAGGTTATTCTAAT 4244
||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 4184 CTTCTTATATGGATTGCTTAAAACCCTCCAGCTGATTCAGCAGGTTACTCTAAT 4237
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 161402167093
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5