BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G62330.1
Length=1829
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg908068 jgi|Araly1|908068|Al_scaffold_0002_1149 2318 0.0
Ahg324667 jgi|Araly1|324667|fgenesh1_pm.C_scaffold_5002211 2302 0.0
> Ahg908068 jgi|Araly1|908068|Al_scaffold_0002_1149
Length=1437
Score = 2318 bits (1255), Expect = 0.0
Identities = 1382/1443 (96%), Gaps = 9/1443 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 44 ATGGAAAGCACTAGATCAGATCCAGAGCTTGATGATGACTTTAGTGAAATCTACAAGGAG 103
||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGAGAGCACTAGATCGGACCCAGAGCTTGATGATGACTTTAGTGAAATCTACAAGGAG 60
Query 104 TATACTGGTCCTGCAAGTGCTGTGACCAACAACAATATCCAAGACAAAGACAAACCTGTC 163
|||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 61 TATACTGGTCCTGCAAGTACTGTGACCAACAACACTATCCAAGACAAAGACAAACCTATC 120
Query 164 AAACAACGTTCTGAAGAAAGATGTGATGAAGAAGAAGAGCAACTTCCTGATCCCAACTCT 223
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||
Sbjct 121 AAACAACGTTCTGAAGAAAGATGTGAT---GAAGAAGAGCAACTACCTGACCCCAATTCT 177
Query 224 GTACCAACTGATTTCACTAGCCGTGAAGCTAAGGTTTGGGAGGCTAAATCCAAAGCTACT 283
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 178 GTACCAACTGATTTCACTAGCCGAGAAGCTAAGGTTTGGGAGGCTAAATCCAAAGCTACT 237
Query 284 GAGAGGAATTGGAAGAAGAGGAAAGAGGAAGAGATGATCTGTAAAATTTGTGGCGAGTCT 343
|||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 238 GAGAGGAATTGGAAGAAGAGAAAAGAAGAAGAAATGATCTGTAAAATATGTGGCGAGTCT 297
Query 344 GGTCATTTTACTCAGGGATGTCCATCTACACTTGGTGCCAATAGGAAGTCTCAAGAATTC 403
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 298 GGTCATTTTACTCAGGGATGTCCATCTACACTTGGTGCCAACAGGAAGTCTCAAGAATTC 357
Query 404 TTTGAAAGGGTACCAGCTAGGGACAATAATGTGAGAGTTTTGTTTACTGAGAAAGTTATG 463
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 358 TTTGAAAGGGTACCAGCTAGGGACAATAATGTGAGAGTTTTGTTTACTGAGCAAGTTATA 417
Query 464 GAAAGTATTGAAAGGGAGACCAGCTGCAAGATTAAATTGGATGAGAAGTTCATAATTGTT 523
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 GAAAGTATTGAAAGGGAGACCGGCTGCAAGATTAAAATGGATGAGAAGTTCATAATTGTT 477
Query 524 AGTGGCAAGGACAGATTGATCTTGAGGAAAGGTGTTGATGCTGTTCACAAGGTTAAGGAG 583
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 AGTGGCAAGGACAGATTAATCTTGAGGAAAGGTGTTGATGCTGTTCACAAGGTTAAGGAG 537
Query 584 GATGGTGAGATGAAAAGTTCTTCTGTTTCTCACAGGAGCAGATCCAGGTCACCTAGGCGA 643
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 538 GATGGTGAGATGAAAAGTTCTTCTGTTTCCCACAGGAGCAGATCGAGGTCACCTAGGCGA 597
Query 644 ACTTCTGTTGGACCATCACGTGCTCGAAACTCTGAACCTCAAAGGCAGCA-GCTGCCATC 702
||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 598 ACTTCTGTTGGTCCACCACGTGCTCGAAACTCTGAACCTCAAAGGCAGCACCCT-CCATC 656
Query 703 ACATGGTTCGTCAAGTTTCCCAGAGCGCTCTGGAAGGCAAGATAAGTTTGTGGATAATCG 762
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 657 ACATGGTTCATCAAGTTTCCCAGAGCGCTCTGGAAGGCAAGATAAGTTTGTGGATAATCG 716
Query 763 TTTCCGCGAAGAGACTCGTGTTCGTGAGAATCAGAGAAACG-TTCCTCGAGGATCACCAC 821
| | |||||||||| |||| | |||||||||||| |||| | |||| |||||||||||||
Sbjct 717 TGTGCGCGAAGAGAATCGTATACGTGAGAATCAGCGAAATGTTTCC-CGAGGATCACCAC 775
Query 822 AAGCTTATGGTAGTGACAGAGCTCGGAGTCGTTCTACACATTCGAAATCTCCAGGGAGAC 881
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 776 AAGCTTATGGTAGTGACAGAGCTCGGAGTCGTTCCACACATTCGAAATCTCCAGGGAGAC 835
Query 882 CTCGTTATAGTGGATGGGATAAACCGTATGATAGGCAAAAGCCTGAGGTGAGTGGTTATA 941
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 836 CACGTTATAGTGGATGGGATAAACCGTATGATAGGCAAAAGTCTGAGGTGAGTGGTTATA 895
Query 942 GGTCTGAAAGATGGGATCAAGAGAGAATGGGTGGCTCCAGCGATATTCAGGTGAGTCATC 1001
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 896 GGTCTGAAAGATGGGATCAGGAGAGAATGGGTGGCTCCAGCGATATTCAGGTGAGACATC 955
Query 1002 AGTTTGAACGCCCTCCTTTCCCACAAACGTTAGAAGAACTAGAATTGGAATATACGAGGG 1061
||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 956 AGTTTGAACGCCCTCCTTTCCCACAGACTTTAGAAGAACTAGAATTGGAATATACGAGGG 1015
Query 1062 ATGCATTGGAGCTTGAAAAGAAA-CGCGATAAGGAAGAAGATGAGGAGAACAACAAGCAT 1120
||||| ||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1016 ATGCAATGGAGCTTGAAAA-AAAGTGCGATAAAGAAGAAGATGAGGAGAACATCAAGCAT 1074
Query 1121 CGTGAGACAATCCGGGAACTGAGAGAGAGTTACATGAAGAAACTGGCTGGACTAAGGGGT 1180
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1075 CGTGAGACAATCCGGGAACTGAGAGAGAGTTACATGAAGAAACTGGCTGGGCTAAGGGGT 1134
Query 1181 ATGAATGCTAAACAATGGGATGACTTCCTTCAACTCGATGCTCAGAGACGTCAACAGCAA 1240
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1135 ATGAATGCTAAACAATGGGATGAATTCCTTCAACTGGATGCTCAGAGACGTCAACAGCAA 1194
Query 1241 GCACGGCAGCAAAACTCTGGTCTGAGTTATGGTAACTATAGACAGTTTCCTCCTTATGCT 1300
|||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1195 GCACGGCAGCAAAACTCTGGCCTGAATTATGGTAACTATAGACAGTTTCCTCCTTATGCT 1254
Query 1301 GAGTTTGATGATGGCTACTCTTCAAATCCTCCTCCCTATGGTGGAAACAATATGCCAATG 1360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1255 GAGTTTGATGATGGCTACTCTTCAAATCCTCCTCCCTATGGTGGAAACAATGTGCCAATG 1314
Query 1361 GATTCCAAGGGAAGATATCCAAATCATGGAGATAACTATTCTTCAAGGCATCAAGACAAC 1420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1315 GATTCCAAGGGAAGATATCCAAATCATGGAGATAACTATTCTTCAAGGCATCAAGACAAC 1374
Query 1421 AATTATGGTGGGTTCCAACGCCAGAGACGTGAAGAATATGGAAAAGCCTACAATCGTTAT 1480
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1375 AATTATGGTGGGTTCCAACGCCAGAGACGTGAGGACTATGGAAAAGCCTACAATCGTTAT 1434
Query 1481 TAG 1483
|||
Sbjct 1435 TAG 1437
> Ahg324667 jgi|Araly1|324667|fgenesh1_pm.C_scaffold_5002211
Length=1437
Score = 2302 bits (1246), Expect = 0.0
Identities = 1380/1444 (96%), Gaps = 11/1444 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 44 ATGGAAAGCACTAGATCAGATCCAGAGCTTGATGATGACTTTAGTGAAATCTACAAGGAG 103
||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGAGAGCACTAGATCGGACCCAGAGCTTGATGATGACTTTAGTGAAATCTACAAGGAG 60
Query 104 TATACTGGTCCTGCAAGTGCTGTGACCAACAACAATATCCAAGACAAAGACAAACCTGTC 163
|||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 61 TATACTGGTCCTGCAAGTACTGTGACCAACAACACTATCCAAGACAAAGACAAACCTATC 120
Query 164 AAACAACGTTCTGAAGAAAGATGTGATGAAGAAGAAGAGCAACTTCCTGATCCCAACTCT 223
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||
Sbjct 121 AAACAACGTTCTGAAGAAAGATGTGAT---GAAGAAGAGCAACTACCTGACCCCAATTCT 177
Query 224 GTACCAACTGATTTCACTAGCCGTGAAGCTAAGGTTTGGGAGGCTAAATCCAAAGCTACT 283
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 178 GTACCAACTGATTTCACTAGCCGAGAAGCTAAGGTTTGGGAGGCTAAATCCAAAGCTACT 237
Query 284 GAGAGGAATTGGAAGAAGAGGAAAGAGGAAGAGATGATCTGTAAAATTTGTGGCGAGTCT 343
|||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 238 GAGAGGAATTGGAAGAAGAGAAAAGAAGAAGAAATGATCTGTAAAATATGTGGCGAGTCT 297
Query 344 GGTCATTTTACTCAGGGATGTCCATCTACACTTGGTGCCAATAGGAAGTCTCAAGAATTC 403
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 298 GGTCATTTTACTCAGGGATGTCCATCTACACTTGGTGCCAACAGGAAGTCTCAAGAATTC 357
Query 404 TTTGAAAGGGTACCAGCTAGGGACAATAATGTGAGAGTTTTGTTTACTGAGAAAGTTATG 463
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 358 TTTGAAAGGGTACCAGCTAGGGACAATAATGTGAGAGTTTTGTTTACTGAGCAAGTTATA 417
Query 464 GAAAGTATTGAAAGGGAGACCAGCTGCAAGATTAAATTGGATGAGAAGTTCATAATTGTT 523
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 GAAAGTATTGAAAGGGAGACCGGCTGCAAGATTAAAATGGATGAGAAGTTCATAATTGTT 477
Query 524 AGTGGCAAGGACAGATTGATCTTGAGGAAAGGTGTTGATGCTGTTCACAAGGTTAAGGAG 583
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 AGTGGCAAGGACAGATTAATCTTGAGGAAAGGTGTTGATGCTGTTCACAAGGTTAAGGAG 537
Query 584 GATGGTGAGATGAAAAGTTCTTCTGTTTCTCACAGGAGCAGATCCAGGTCACCTAGGCGA 643
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 538 GATGGTGAGATGAAAAGTTCTTCTGTTTCCCACAGGAGCAGATCGAGGTCACCTAGGCGA 597
Query 644 ACTTCTGTTGGACCATCACGTGCTCGAAACTCTGAACCTCAAAGGCAGCA-GCTGCCATC 702
||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 598 ACTTCTGTTGGTCCACCACGTGCTCGAAACTCTGAACCTCAAAGGCAGCACCCT-CCATC 656
Query 703 ACATGGTTCGTCAAGTTTCCCAGAGCGCTCTGGAAGGCAAGATAAGTTTGTGGATAATCG 762
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 657 ACATGGTTCATCAAGTTTCCCAGAGCGCTCTGGAAGGCAAGATAAGTTTGTGGATAATCG 716
Query 763 TTTCCGCGAAGAGACTCGTGTTCGTGAGAATCAGAGAAACG-TTCCTCGAGGATCACCAC 821
| | |||||||||| |||| | |||||||||||| |||| | |||| |||||||||||||
Sbjct 717 TGTGCGCGAAGAGAATCGTATACGTGAGAATCAGCGAAATGTTTCC-CGAGGATCACCAC 775
Query 822 AAGCTTATGGTAGTGACAGAGCTCGGAGTCGTTCTACACATTCGAAATCTCCAGGGAGAC 881
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 776 AAGCTTATGGTAGTGACAGAGCTCGGAGTCGTTCCACACATTCGAAATCTCCAGGGAGAC 835
Query 882 CTCGTTATAGTGGATGGGATAAACCGTATGATAGGCAAAAGCCTGAGGTGAGTGGTTATA 941
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 836 CACGTTATAGTGGATGGGATAAACCGTATGATAGGCAAAAGTCTGAGGTGAGTGGTTATA 895
Query 942 GGTCTGAAAGATGGGATCAAGAGAGAATGGGTGGCTCCAGCGATATTCAGGTGAGTCATC 1001
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 896 GGTCTGAAAGATGGGATCAGGAGAGAATGGGTGGCTCCAGCGATATTCAGGTGAGACATC 955
Query 1002 AGTTTGAACGCCCTCCTTTCCCACAAACGTTAGAAGAACTAGAATTGGAATATACGAGGG 1061
||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 956 AGTTTGAACGCCCTCCTTTCCCACAGACTTTAGAAGAACTAGAATTGGAATATACGAGGG 1015
Query 1062 ATGCATTGGAGCTTGAAAAGAAA-CGCGATAAGGAAGAAGATGAGGAGAACAA-CAAGCA 1119
||||| ||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 1016 ATGCAATGGAGCTTGAAAA-AAAGTGCGATAAAGAAGAAGATGAGGAGAA-AATTAAGCA 1073
Query 1120 TCGTGAGACAATCCGGGAACTGAGAGAGAGTTACATGAAGAAACTGGCTGGACTAAGGGG 1179
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1074 TCGTGAGACAATCCGGGAACTGAGAGAGAGTTACATGAAGAAACTGGCTGGGCTAAGGGG 1133
Query 1180 TATGAATGCTAAACAATGGGATGACTTCCTTCAACTCGATGCTCAGAGACGTCAACAGCA 1239
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1134 TATGAATGCTAAACAATGGGATGAATTCCTTCAACTGGATGCTCAGAGACGTCAACAGCA 1193
Query 1240 AGCACGGCAGCAAAACTCTGGTCTGAGTTATGGTAACTATAGACAGTTTCCTCCTTATGC 1299
||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1194 AGCACGGCAGCAAAACTCTGGCCTGAATTATGGTAACTATAGACAGTTTCCTCCTTATGC 1253
Query 1300 TGAGTTTGATGATGGCTACTCTTCAAATCCTCCTCCCTATGGTGGAAACAATATGCCAAT 1359
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1254 TGAGTTTGATGATGGCTACTCTTCAAATCCTCCTCCCTATGGTGGAAACAATGTGCCAAT 1313
Query 1360 GGATTCCAAGGGAAGATATCCAAATCATGGAGATAACTATTCTTCAAGGCATCAAGACAA 1419
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1314 GGATTCCAAGAGAAGATATCCAAATCATGGAGATAACTATTCTTCAAGGCATCAAGACAA 1373
Query 1420 CAATTATGGTGGGTTCCAACGCCAGAGACGTGAAGAATATGGAAAAGCCTACAATCGTTA 1479
||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1374 CAATTATGGTGGGTTCCAACGCCAGAGACGTGAGGACTATGGAAAAGCCTACAATCGTTA 1433
Query 1480 TTAG 1483
||||
Sbjct 1434 TTAG 1437
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 68676711735
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5