BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G62470.1
Length=2075
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg939340 jgi|Araly1|939340|scaffold_503531.1 2784 0.0
> Ahg939340 jgi|Araly1|939340|scaffold_503531.1
Length=1927
Score = 2784 bits (1507), Expect = 0.0
Identities = 1747/1855 (94%), Gaps = 47/1855 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 93 CTAACCGCCGTCGAGCTTCCATGGCTGCTGCTCCATGGCTCCATCTCTCTAGGAGAAGAA 152
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 1 CTAATCGCCGTCGAGCTTCCATGGCTGCTGCTCCATGGCTCTATCTCTCTATGAGAAGAA 60
Query 153 GCTCCACTCAG-ACT--T--CA---TT-AA--G----A-AGCTTCCTCATTTGCTCTTCT 196
|||||| | || ||| | || || || | | || || ||||||||||||||
Sbjct 61 GCTCCA-TTAGAACTACTCACAGCTTTCAACGGCTTCATTGCCTCATCATTTGCTCTTCT 119
Query 197 TCATTCGATTCGGATGAATTCATTTCCAGTCAAAGCCGCGTAATCGGCGGGAGAGGAGAA 256
|| ||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 TCGTTCAATTCGGATGAATTCATTTCCGGTCAAAGTCGCGTAATCGGCGGGAGAGGAGAA 179
Query 257 GAGGAAGTACGATTTTCCG--G-T-GCTC--T--C-TTCTCTCGTATGATTCATTCTTCT 307
| ||||||||||||||||| | | |||| | | ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 180 GGGGAAGTACGATTTTCCGCTGCTAGCTCTTTGCCATTCTCTCGTATGATTCAATCTTCT 239
Query 308 ACTTATCATCCTTACCGTCAAATTCCATTGCCACACTCCTCTGTACAACTGCTTGATGCG 367
|||||||||||| |||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 ACTTATCATCCTCACCGTCAAGTTTCGTTGCCACACTCCTCTGTACAACTGCTTGATGCG 299
Query 368 AGTCTTGGGTGTAGAGGTTTCTCTAGTGGTAGTTCTAATGTTAGTGATGGATGTGATGAA 427
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | || | | ||||||||
Sbjct 300 AGTCTTGGGTGTAGAGGTTTCTCTAGTGGTAGTTC---TG--A-TG-T-TA-GTGATGAA 350
Query 428 GAAGTTGAATCTGAATGCGAT-A--ATGATGA-------A--GAAACTGGGGTCAGTTGT 475
||||||||||||||||||||| | ||||||| | |||| |||||||||||||
Sbjct 351 GAAGTTGAATCTGAATGCGATAATGATGATGATGTTGGTATTGAAATTGGGGTCAGTTGT 410
Query 476 GTTGAATCAAGTACTAATCCGGAAGAAGTAGAGAGAGTCTGCAAAGTGATTGATGAATTG 535
||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 411 GTTGATTCAAGTACTAATCCCGAGGAAGTAGAGAGAGTCTGCAAAGTGATTGATGAATTG 470
Query 536 TTTGCGTTAGATAGAAATATGGAAGCTGTTCTTGATGAAATGAAACTAGATTTATCACAT 595
||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 471 TTTGCGTTAGATAGAAACATGGAAGCTGTTCTTAATGAAATGAAACTAGAATTATCACAT 530
Query 596 GATCTCATCGTTGAGGTTTTAGAACGTTTTCGACATGCTAGGAAGCCTGCATTTAGGTTC 655
||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 531 GATCTGATCGTAAAGGTTTTAGAACGGTTTCGACATGCTAGGAAGCCTGCGTTTAGGTTC 590
Query 656 TTCTGTTGGGCTGCAGAGAGACAAGGATTTGCTCATGACTCAAGAACATATAACTCCATG 715
||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 591 TTCTGTTGGGCTGCAGAGAAACAAGGGTTTGCTCATGATTCAAGAACGTATAACTCCATG 650
Query 716 ATGAGTATTTTAGCAAAGACTAGACAGTTCGAGACGATGGTTTCGGTTCTCGAAGAGATG 775
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 651 ATGAGTATTTTAGCAAAGACTAGACAGTTTGAGACGATGGTTTCGGTTCTTGAAGAGATG 710
Query 776 GGTACGAAAGGTCTATTGACGATGGAGACATTCACTATCGCGATGAAAGCTTTCGCTGCT 835
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 711 GGTACGAAAGGGCTATTGACGATGGAGACATTCACTATCGCGATGAAAGCTTTCGCTGCT 770
Query 836 GCGAAAGAGAGGAAGAAAGCTGTTGGTATCTTTGAGTTGATGAAGAAGTACAAGTTTAAG 895
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 771 GCGAAAGAGAGGAAGAAAGCTGTTGGTATTTTTGAGTTGATGAAGAAGTACAAGTTTAAA 830
Query 896 ATTGGTGTTGAAACCATTAATTGCTTGCTTGATAGTCTTGGCAGGGCTAAGCTTGGAAAA 955
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 831 ATTGGTGTTGAAACCATTAATTGCTTGCTTGATAGTCTTGGCAGGGCTAAGCTTGGAAAA 890
Query 956 GAAGCTCAGGTTCTGTTTGATAAGCTGAAGGAGAGGTTTACACCTAATATGATGACTTAC 1015
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 891 GAAGCTCAGGTTCTGTTTGATAAGCTGAAGGAGAGGTTTACGCCTAATATGATGACTTAC 950
Query 1016 ACTGTTCTACTCAATGGTTGGTGCAGGGTGAGGAACTTGATAGAAGCAGCTAGAATCTGG 1075
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 951 ACTGTTCTACTCAATGGTTGGTGCAGGGTGAGGAACTTGATAGAAGCAGCTAGAATCTGG 1010
Query 1076 AATGATATGATTGATCAGGGATTGAAACCTGACATTGTAGCTCACAACGTAATGCTTGAA 1135
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 1011 AATGATATGATTGATCAGGGCTTGAAACCTGACATTGTAGCTCATAACGTTATGCTTGAA 1070
Query 1136 GGGTTGTTGAGGAGTAGGAAAAAATCAGATGCGATCAAATTGTTCCATGTTATGAAATCC 1195
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1071 GGGTTGTTGAGGAGTAGGAAAAAATCAGATGCGATCAAATTGTTCCATGTTATGAAATCT 1130
Query 1196 AAGGGACCTTGCCCTAATGTCCGTAGCTATACCATCATGATCCGTGACTTCTGCAAACAG 1255
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1131 AAGGGACCTTGCCCTAATGTCCGTAGCTATACCATCATGATCCGTGACTTCTGCAAACAG 1190
Query 1256 TCGAGCATGGAAACTGCCATTGAATACTTTGATGACATGGTTGATTCCGGGTTGCAACCT 1315
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1191 TCGAGCATGGAAACTGCCATTGAGTACTTTGATGACATGGTTGATTCCGGGTTGCAACCT 1250
Query 1316 GATGCAGCGGTTTACACGTGTCTGATCACGGGGTTTGGGACTCAGAAGAAGCTGGATACT 1375
||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1251 GATGCTGCGGTTTACACGTGTCTGATCACGGGATTTGGGACTCAGAGGAAGCTGGATACG 1310
Query 1376 GTTTACGAACTGCTCAAGGAGATGCAAGAAAAGGGACATCCTCCGGATGGCAAAACGTAT 1435
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1311 GTTTACGAACTGCTCAAGGAGATGCAAGAAAAGGGACATCCTCCGGATGGCAAAACGTAT 1370
Query 1436 AATGCGTTGATCAAACTGATGGCGAACCAGAAAATGCCGGAACATGCCACAAGGATCTAC 1495
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1371 AATGCGCTGATCAAACTGATGGCGAACCAGAAAATGCCGGAACATGCCACAAGGATCTAC 1430
Query 1496 AACAAGATGATCCAGAACGAAATTGAGCCATCGATACACACATTCAACATGATAATGAAA 1555
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1431 AACAAGATGATCCAGAACGAAATTGAGCCATCGATACACACATTCAACATGATAATGAAG 1490
Query 1556 TCATACTTCATGGCGAGAAACTATGAGATGGGGAGAGCAGTTTGGGAAGAGATGATCAAG 1615
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1491 TCATACTTCATGGCGAGAAACTATGAGATGGGGAGTGCAGTTTGGGACGAGATGATCAAG 1550
Query 1616 AAAGGGATTTGTCCTGACGATAACTCCTACACGGTTTTGATCAGAGGGCTTATAGGTGAA 1675
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1551 AAAGGGATTTGTCCTGACGATAACTCCTACACGGTTTTGATCAGAGGGCTTATAGGTGAA 1610
Query 1676 GGCAAGTCGAGAGAGGCATGCAGATACTTAGAGGAGATGCTTGACAAAGGAATGAAAACC 1735
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1611 GGGAAGTCCAGAGAGGCATGCAGATACTTAGAGGAGATGCTTGACAAAGGAATGAAAACC 1670
Query 1736 CCTTTGATTGATTATAACAAGTTTGCAGCTGATTTCCACAGAGGGGGGCAACCGGAGATA 1795
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 1671 CCTTTGATTGATTATAACAAGTTTGCAGCTGATTTTCACAAAGGGGGACAACCGGAGATA 1730
Query 1796 TTTGAGGAATTGGCACAGAGAGCTAAGTTCTCAGGTAAGTTTGCTGCAGCAGAGATCTTT 1855
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1731 TTTGAGGAATTGGCACAGAGAGCTAAGTTCTCCGGTAAGTTTGCTGCAGCAGAGATCTTT 1790
Query 1856 GCGAGATGGGCTCAGATGACTAGAAGGAGATTCAAACAGAGGTTCATGGAAGATT 1910
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1791 GCGAGATGGGCTCAGATGACTAGAAGGAGATGCAAACAGAGATTCATGGAAGATT 1845
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 78046912005
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5