BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G63380.1
Length=3750
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg486846 jgi|Araly1|486846|fgenesh2_kg.5__2838__AT3G63380.1 5605 0.0
> Ahg486846 jgi|Araly1|486846|fgenesh2_kg.5__2838__AT3G63380.1
Length=3526
Score = 5605 bits (3035), Expect = 0.0
Identities = 3273/3387 (97%), Gaps = 20/3387 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 111 CCTTCTAAAAACTCTCTTTC-TTT-CACACAAATAAAGCATGAGGGACCTCAAGGAATAT 168
|||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1 CCTTCTAAAAACTCTCTTTCTTTTACACACAAATTAAGCATGAGAGACCTCAAGGAATAT 60
Query 169 GATTACAGTGCACTTTTGCTCAACCTTACCACCTCCAGCCTCAACAAGGCCCAGAGGCGT 228
| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GGTTACAGTGCTCTTTTGCTCAACCTTACCACCTCCAGCCTCAACAAGGCCCAGAGGCGT 120
Query 229 TGGCGTTTTGCCTACGCTGCCATCTACTCTATGAGGGCTATGCTCTCTCTTGTTAAGGAG 288
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 121 TGGCGTTTTGCCTACGCTGCCATCTACTCTGTGAGGGCTATGCTCTCTCTCGTTAAGGAG 180
Query 289 ATAGTTCCCGCAAGGATTGATCCCAAAACCTCAGATGCctctctctctctctcCTACACA 348
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 181 ATTGTTCCCGCAAGGATTGATCCCAAAACCTCAGATGCCCCTCTCTCTCTCTCCTACACA 240
Query 349 GCCCTCGAGTCCGGTGAGGGAGCAAAGATCAACTCTATGCCTCTCTCTTACGTTCCTGCC 408
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 241 GCCCTCGAGTCCGGTGATGGAGCAAAGATCAACTCTATGCCTCTCTCTTACGTTCCTGAC 300
Query 409 ATTGATCAAGAACAACTTGTGGAGATCATGAAGGGTAAGGACTTACCGGGCATCCAAGCG 468
|| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||
Sbjct 301 ATCGATCAAGAGCAACTTGTGGAGATCATGAAGGGTAAGGACTTGCCGCGCATCCTAGCG 360
Query 469 CTGGGCGGCGTGGAGGGTGTCGCCGCTTCCCTTAGGACTAACCCCACCAAAGGGATCCAC 528
||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 361 CTGGGCGGCCTGGAGGGTGTGGCCGCTTCCCTAAGGACAAACGCCACCAAAGGGATCCAT 420
Query 529 GGGAATGAGCAAGAAGTCAGTAGACGCCGTGACCTCTTTGGCTCTAACACCTACCATAAG 588
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GGGAATGAGCAAGAAGTCAGTAGACGCCGTGACCTCTTTGGCTCTAACACCTACCATAAG 480
Query 589 CCACCGCCTAAAGGACTTCTCTTCTTTGTGTATGAAGCTTTCAAAGA-CCTAACCATCTT 647
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 481 CCACCGCCTAAAGGACTTCTCTTCTTTGTGTATGAAGCTTTCAAAGATCC-AACCATCTT 539
Query 648 GATCTTGTTGGTCTGCGCTATTTTCTCCCTTGGCTTCGGTATCAAAGAACATGGCATCAA 707
|||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 540 GATCTTGTTGGTCTGCGCCACTTTCGCCCTTGGCTTCGGTATCAAAGAAAATGGCATCAA 599
Query 708 AGAAGGTTGGTATGAAGGCGGAAGCATCTTTGTAGCAGTCTTCTTGGTCATAGTTGTCTC 767
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 600 AGAAGGTTGGTATGAAGGCGGAAGCATCTTCGTAGCAGTCTTCTTGGTTATAGTTGTCTC 659
Query 768 TGCTCTCAGCAACTTTAGGCAGGAGAGACAGTTCGACAAGCTGTCCAAGATAAGCAATAA 827
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 TGCTCTCAGCAACTTCAGGCAGGAGAGACAGTTCGACAAGCTGTCCAAGATAAGCAATAA 719
Query 828 CATCAAAGTGGAAGTCCTTCGGGACAGCAGGCGGCAACATATCTCCATCTTTGACGTTGT 887
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TATCAAAGTGGAAGTCCTTAGGGACAGCAGGCGGCAACATATCTCCATCTTTGACGTTGT 779
Query 888 TGTTGGTGATGTTGTCTTCTTGAAGATCGGAGATCAGATTCCCGCTGATGGTCTGTTCTT 947
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 780 TGTTGGTGATGTTGTCTTCTTGAAGATCGGAGATCAGATTCCTGCTGATGGTCTGTTCTT 839
Query 948 GGAAGGGCATTCACTTCAGGTGGACGAGTCTAGTATGACAGGAGAGAGTGACCATCTTGA 1007
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 GGATGGGCATTCACTTCAGGTGGACGAGTCTAGTATGACAGGAGAGAGTGACCATCTTGA 899
Query 1008 AGTGGACCACAAGGATAATCCCTTCTTGTTCTCAGGGACAAAGATAGTCGATGGGTTTGC 1067
|||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 900 AGTGAATCACAAGGATAATCCCTTCTTGTTCTCTGGGACAAAGATAGTCGACGGGTTTGC 959
Query 1068 TCAAATGCTCGTTGTCTCTGTGGGTATGAGTACAACCTGGGGACAGACGATGAGCTCCAT 1127
||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 TCAGATGCTGGTTGTCTCTGTGGGTATGAGCACAACCTGGGGACAGACGATGAGCTCCAT 1019
Query 1128 AAATCAAGATTCCAGCGAGAGAACACCTTTGCAAGTCCGTCTTGACACGCTGACCTCCAC 1187
||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1020 AAACCAAGATTCCAGCGAGAGAACACCTTTGCAGGTCCGTCTTGACACGCTGACCTCTAC 1079
Query 1188 CATCGGAAAAATTGGTCTTACGGTGGCAGCACTTGTTCTGGTAGTTCTATTAGTCCGTTA 1247
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1080 CATCGGAAAAATTGGTCTTACGGTGGCAGCACTTGTTCTGGTAGTTTTATTAGTCCGTTA 1139
Query 1248 CTTCACTGGGAACACAGAGAAAGAGGGCAAAAGAGAATACAACGGGAGCAAAACACCTGT 1307
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 CTTCACTGGAAACACAGAGAAAGAGGGCAAAAGAGAATACAACGGGAGCAAAACACCTGT 1199
Query 1308 GGACACTGTGGTCAATTCCGTTGTGCGAATCGTGGCAGCTGCAGTAACCATTGTCGTAGT 1367
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1200 GGACACTGTGGTCAATTCCGTTGTGCGAATCGTGGCAGCTGCTGTAACCATTGTCGTAGT 1259
Query 1368 AGCTATCCCAGAAGGCTTGCCATTGGCTGTGACTCTGACGCTGGCTTACTCCATGAAGAG 1427
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1260 AGCTATCCCAGAAGGCTTGCCATTGGCCGTGACTCTGACGCTGGCTTACTCCATGAAAAG 1319
Query 1428 AATGATGTCTGATCAAGCTATGGTCAGAAAGCTCTCGGCATGCGAGACGATGGGCTCAGC 1487
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1320 AATGATGTCTGATCAAGCTATGGTCAGAAAGCTCTCGGCTTGCGAGACGATGGGCTCGGC 1379
Query 1488 GACAGTGATATGCACAGACAAAACAGGTACTTTAACACTGAACGAGATGAAGGTTACCAA 1547
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 GACAGTGATATGCACAGACAAAACAGGTACTTTAACACTGAACGAGATGAAGGTTACCAA 1439
Query 1548 GTTTTGGCTTGGCCAAGAGTCAATCCATGAAGACTCTACCAAAATGATCTCACCAGACGT 1607
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1440 GTTTTGGCTTGGCCAAGAGTCAATCCATGAAGACTCTACCAAAATGATCTCACCTGACGT 1499
Query 1608 TCTTGATCTGCTTTACCAAGGCACCGGTCTGAACACAACGGGAAGTGTCTGTGTGTCAGA 1667
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1500 TCTTGATCTGCTTTACCAAGGCACCGGTCTGAACACAACGGGAAGTGTCTGTGTATCAGA 1559
Query 1668 CTCAGGATCAACGCCTGAGTTCTCAGGCAGTCCAACAGAGAAGGCCCTCTTGTCTTGGAC 1727
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 CTCAGGATCAACGCCTGAGTTCTCGGGCAGTCCAACAGAGAAGGCCCTCTTGTCTTGGAC 1619
Query 1728 TGTGCTAAATCTGGGTATGGATATGGAGTCAGTAAAGCAGAAACATGAAGTTCTCCGCGT 1787
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1620 TGTGCTAAATCTGGGTATGGATATGGAGTCAGTAAAGCAGAAACATGAAGTTCTCCGTGT 1679
Query 1788 TGAAACTTTCAGTTCAGCAAAGAAAAGAAGCGGAGTTTTGGTCCGAAGAAAATCTGACAA 1847
||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 TGAAACTTTCAATTCAGCGAAGAAACGAAGCGGAGTTTTGGTCCGAAGAAAATCTGACAA 1739
Query 1848 TACAGTCCATGTACACTGGAAAGGAGCCGCTGAAATGGTCCTAGCTATGTGTTCTCACTA 1907
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 TACAGTCCATGTACACTGGAAAGGAGCCGCTGAAATGGTCCTAGCTATGTGTTCTCACTA 1799
Query 1908 CTACACAAGCACTGGGTCTGTTGACTTAATGGACTCCACCGCAAAGAGCAGAATTCAGGC 1967
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 1800 CTACACAAGCACTGGGTCAGTTGACTTAATGGACTCCACCGGAAAGAACAGAATTCAGGC 1859
Query 1968 AATAATCCAAGGTATGGCGGCCAGTAGCCTCAGATGCATAGCATTCGCTCATAAAATAGC 2027
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1860 AATAATCCAAGGTATGGCGGCCAGTAGCCTCAGATGCATAGCATTCGCTCATAAAGTAGC 1919
Query 2028 GTCAAATGACTCGGTATTAGAGGAAGATGGCTTGACCTTGATGGGAATAGTGGGTCTGAA 2087
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 GTCAAATGACTCGGTATTAGAGGAAGATGGCTTGACCTTGATGGGAATAGTGGGTCTGAA 1979
Query 2088 AGATCCTTGTCGACCTGGTGTCTCAAAAGCTGTGGAAACTTGCAAACTTGCAGGAGTCAC 2147
||||||||||||||||||||| |||||||| || | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 AGATCCTTGTCGACCTGGTGTTTCAAAAGCGGTAGTAACTTGCAAACTTGCAGGAGTCAC 2039
Query 2148 CATTAAGATGATAACGGGAGATAATGTTTTCACTGCAAAAGCTATCGCTTTTGAATGCGG 2207
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 CATTAAGATGATAACAGGAGATAATGTTTTCACTGCAAAAGCTATCGCTTTTGAATGCGG 2099
Query 2208 AATCCTCGACCACAATGACAAAGATGAAGAAGATGCTGTTGTAGAAGGTGTTCAATTCAG 2267
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 AATCCTCGACCACAACGACAAAGATGAAGAAGATGCTGTTGTAGAAGGTGTTCAATTCAG 2159
Query 2268 AAATTATACGGACGAAGAGAGAATGCAGAAAGTTGATAAGATCCGGGTCATGGCAAGGTC 2327
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2160 AAATTATACCGACGAAGAGAGAATGCAGAAAGTTGATAAGATCAGGGTCATGGCAAGGTC 2219
Query 2328 CTCTCCCTCCGACAAGCTTCTAATGGTCAAGTGTCTGAGACTTAAAGGCCATGTGGTAGC 2387
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2220 CTCTCCCTCCGACAAGCTTCTAATGGTAAAGTGTCTGAGACTTAAAGGCCACGTGGTAGC 2279
Query 2388 CGTCACAGGGGATGGCACCAACGATGCACCTGCACTAAAAGAAGCAGATATTGGACTCTC 2447
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2280 CGTCACAGGGGATGGCACCAACGATGCACCTGCACTAAAAGAAGCAGATATTGGACTTTC 2339
Query 2448 TATGGGAATTCAGGGCACTGAAGTGGCAAAAGAAAGCTCAGACATTGTAATTCTAGATGA 2507
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2340 TATGGGAATTCAGGGCACTGAAGTGGCAAAAGAAAGCTCAGACATTGTAATTCTAGATGA 2399
Query 2508 TAACTTCGCATCCGTTGCCACAGTCTTAAAATGGGGAAGGTGTGTCTACAACAATATCCA 2567
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2400 TAACTTTGCATCCGTTGCCACAGTCTTAAAATGGGGAAGGTGTGTCTACAACAATATCCA 2459
Query 2568 GAAATTCATTCAGTTTCAGCTAACAGTGAACGTTGCAGCTCTTGTGATCAATTTTATCGC 2627
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2460 GAAATTCATTCAGTTTCAGCTAACAGTGAACGTAGCAGCTCTTGTGATCAATTTTATCGC 2519
Query 2628 AGCAATTTCAGCCGGTGAGGTCCCTTTGACAGCAGTTCAACTGCTGTGGGTAAACCTCAT 2687
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2520 AGCAATTTCAGCCGGTGAGGTCCCTTTGACAGCAGTTCAACTGCTGTGGGTAAACCTCAT 2579
Query 2688 CATGGACACATTGGGAGCTCTGGCTCTCGCCACGGAGCGACCCACTAACGAGCTCCTGAA 2747
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2580 CATGGACACATTGGGAGCTCTGGCTCTCGCCACAGAGCGACCCACCAACGAGCTCCTGAA 2639
Query 2748 GAGAAAGCCAGTTGGCCGAACAGAGGCCCTGATAACAAATGTCATGTGGAGGAATCTCCT 2807
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2640 GAGAAAGCCAGTTGGCCGAACAGAGGCCCTGATAACAAATGTCATGTGGAGGAATCTCCT 2699
Query 2808 GGTTCAGTCATTATATCAAATAGCCGTACTCTTGATCTTACAATTCAAGGGTATGTCAAT 2867
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2700 GGTTCAGTCATTATATCAAATAGCCGTACTCTTGATCTTACAATTCAAGGGTATGTCAAT 2759
Query 2868 ATTCAGTGTTCGCAAGGAAGTGAAGGACACGCTCATATTCAACACTTTCGTGCTCTGTCA 2927
||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2760 ATTCAATGTGCGCAAGGAAGTGAAGGACACACTCATATTCAACACTTTCGTGCTCTGCCA 2819
Query 2928 AGTTTTTAACGAATTCAATGCGAGGGAGATGGAGAAGAAAAATGTGTTCAAAGGCCTTCA 2987
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2820 AGTTTTTAACGAATTCAATGCTAGGGAGATGGAGAAGAAAAATGTGTTCAAAGGCCTTCA 2879
Query 2988 CAGAAACAGGTTGTTCATTGGAATAATAGCGATAACTATTGTGCTTCAAGTCATTATGGT 3047
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2880 CAGAAACAGGTTGTTCATTGGAATCATAGCGATAACTATCGTGCTTCAAGTCATTATGGT 2939
Query 3048 GGAATTCCTAAAGAAGTTTGCGGATACAGTAAGGCTTAACGGGTGGCAATGGGGAACTTG 3107
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2940 GGAATTCCTAAAGAAGTTTGCGGATACAGTAAGGCTTAACGGGTGGCAATGGGGAACTTG 2999
Query 3108 CATAGCACTTGCATCCCTTTCATGGCCGATCGGCTTTTTCACAAAATTCATACCTGTTTC 3167
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3000 CATAGCAATTGCATCCCTTTCATGGCCGATCGGCTTTTTCACAAAATTCATACCTGTTTC 3059
Query 3168 TGAGACACCATTCCTCAGTTACTTTAAGAATCCAAGATCCTTATTTAAGGGTTCAAGAAG 3227
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3060 TGAGACACCGTTCCTCAGTTACTTTAAGAATCCAAGATCCTTAATTAAGGGTTCAAGAAG 3119
Query 3228 CCCATCTCTCAAGAAACCTTGAGAAGCCTACCATAGCAGATGCAGTTCTCTACGGATGGC 3287
|||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3120 CCCATCTCTCAAGAAACCTTAAGAAGCCAACCATAGCAGATGCAGTTCTCTACGGATGGC 3179
Query 3288 TGGATAATTGATGATCAGGAGCACAGAGTGGGACTCGTCTGATAAGATAACTTC-CAGCT 3346
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3180 TTGATAATTGATGATCAGGAGCACAGAGTGGGACTCGTCTGATAAGATAACTTTACAGCT 3239
Query 3347 CCCTTGAACGATCAAAAGGGTCAAATCTGAAACCTTGATGGTTCCCCACCAAGAGATGCT 3406
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 3240 CCCTTGAACGATCAAAAGATTCAAATCTTAAACCTTGATGGTTCCCCACCAA----T-CT 3294
Query 3407 TCTGCTTCTGATCAAAAGAGTCGTGGAACACGAGGTTATGTTCACTGGCTTCAAAGTTCT 3466
| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3295 ---G------ATCAAAAGAGTCGTTGAACACGAGGTTATGGTCACTGGCTTCAAAGTTCT 3345
Query 3467 TTCAAACTGCTGCAACAAGTTGGCTTT 3493
||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3346 TTCAAACTGCTGCAACAAGTTGG-TTT 3371
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 141688344279
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5