BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G63510.1
Length=1378
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg486864 jgi|Araly1|486864|fgenesh2_kg.5__2856__AT3G63510.1 2034 0.0
> Ahg486864 jgi|Araly1|486864|fgenesh2_kg.5__2856__AT3G63510.1
Length=1303
Score = 2034 bits (1101), Expect = 0.0
Identities = 1249/1318 (95%), Gaps = 20/1318 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 19 AACAAACGGTTTCATTATCTTCTCCAAT--TCCAAATGTGGTGTCTACCATCTGTTCGAC 76
||| ||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1 AACCAACTGTTTCATTATCTTCTCCAATCCTCCTAATGTGGTGCCTACCATCTGTTCGAC 60
Query 77 CAAATGTCTCTGAGATGTTCTTCAAGTCCCCAATGCTCAAACCCACTGCTAGATTCTCCT 136
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CAAATGTCACTGAGATGTTCTTCAAGTCCCCAATGCTCAAACCCACTGCTAGATTCTCCA 120
Query 137 CCACTTCGTCTCCCTATCTTCCTCCTTCCTTCAGCGTCGCCCCGATGATGGATTGGACAG 196
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 121 CCACTTCTTCTCCCTATCTTCCTCCTTCCTTCAGCGTCGCCCCGATGATGGAGTGGACAG 180
Query 197 ATAATCATTACCGGACGCTTGCTCGTCTCATAACAAAGCACGCTTGGCTTTACACTGAAA 256
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 181 ATAATCATTACCGGACGCTTGCTCGTCTCATAACAAAGCATGCTTGGCTTTACACCGAAA 240
Query 257 TGATTGCAGCTGAAACCCTTGTTCACCAGCAGACCAATTTGGACAGGTTCTTAGCGTTTT 316
||||||| |||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 241 TGATTGCCGCTGAAACTCTTATTCACCAGCAGGCCAATTTGGACAGGTTCTTAGCATTTT 300
Query 317 CTCCCCAACAACATCCTATTGTTCTCCAACTTGGTGGTAGCAATGTGGAAAACCTTGCAA 376
|||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CTCCTCAACAACATCCTATTGTTCTTCAACTCGGTGGTAGCAATGTGGAAAACCTTGCAA 360
Query 377 AGGCTGCTAAGCTTTCTGATGCTTACGGATACGACGAAATTAATCTCAACTGCGGGTGCC 436
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 AGGCTGCTAAGCTTTCTGATGCTTACGGATACGACGAAATTAATCTCAACTGCGGGTGCC 420
Query 437 CCAGTCCTAAGGTAGCCGGTCATGGATGCTTTGGTGTTAGCCTCATGCTCAAACCTAAGC 496
||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 421 CCAGTCCTAAGGTAGCCGGCCATGGTTGCTTTGGTGTTAGCCTCATGCTCAAACCCAAGC 480
Query 497 TTGTTGGAGAGGCAATGTCTGCCATTGCTGCCAATACCAACGTCCCTGTTACTGTGAAAT 556
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TTGTTGGAGAGGCAATGTCTGCCATTGCTGCCAATACCAACGTCCCTGTTACTGTGAAAT 540
Query 557 GTCGAATTGGTGTAGACAATCATGATTCGTATGATGAGCTCTGTGACTTTATCTACAAGG 616
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GTCGAATTGGTGTAGACGATCATGATTCGTATGATGAGCTCTGTGACTTTATCTACAAGG 600
Query 617 TTTCTACTCTATCACCTACCAGACATTTCATTGTACATTCACGCAAGGCACTGCTCGGTG 676
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 601 TTTCTACTCTATCACCTACCAGGCATTTCATTGTACATTCTCGGAAGGCACTGCTCGGTG 660
Query 677 GGATAAGCCCTGCTGATAACCGGAGAATCCCACCTCTAAAGTATGAGTATTACTATGCCC 736
||||||||||||||| |||||||| ||| || ||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 661 GGATAAGCCCTGCTGCTAACCGGACAATTCCTCCTCTAAAGTATGAGTATTTCTATGCCC 720
Query 737 TCGTGCGTGACTTCCCGGACTTGAGATTCACTATTAATGGAGGCATTACTTCTGTTTCAA 796
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 721 TCGTGCGTGACTTCCCGGATTTGAGATTCACTATTAATGGTGGCATTACTTCTGTTTCGA 780
Query 797 AGGTAAACGCTGCACTGAAGGAAGGAGCTCATGGAGTCATGGTAGGACGTGCTGCATACA 856
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 AGGTAAACGCTGCACTGAAGGAAGGAGCTCATGGAGTCATGGTAGGACGTGCTGCATACA 840
Query 857 ACAACCCATGGCAGACGCTAGGACAAGTTGACACTGCAGTTTATGGTGTACCAAGCAGTG 916
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 ACAACCCATGGCAGACGCTAGGACATGTTGACACTGCAGTTTATGGTGTACCAAGCAGTG 900
Query 917 GCCTTACACGCCGACAGGTTCTTGAGCAATATCAAGTATATGGAGATTCTGTGTTAGGAA 976
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 901 GCCTTACACGCCGACAGGTTCTTGAGCAATATCAAGTATATGGAGACTCTGTGTTAGGAA 960
Query 977 CACATGGAAACGGGAGGCCTAATGTGAGGGATTTGGTGAAGCCTCTGCTAAACCTTTTCC 1036
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 961 TACATGGAAACGGGAGGCCTAATGTGAGGGATTTAGTGAAGCCTCTGCTAAACCTTTTTC 1020
Query 1037 ATTCAGAAAATGGAAATAGCTTGTGGAAGCGGAGAGCAGACGCAGCTTTCAAGGAGTGCA 1096
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 1021 ATTCAGAAAATGGAAATAGCTTGTGGAAGCGGAGAGCAGACGCAGCTTTCAAGCACTGCA 1080
Query 1097 GGAGTGTTGGATCGTTGCTGGAAGAAAGCTTGAGGGCGATCCCGGACTGTGTCTTAGATT 1156
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 GGAGTGTTGGATCGTTGCTGGAAGAAAGCTTGAGGGCGATCCCGGACTGTGTCTTAGATT 1140
Query 1157 CACCCATATCTGGGAGTCCAGAGAGCGGAGACGAAGATGTGTTCGCAGATGTGCACAATG 1216
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1141 CACCCATATCTGGGAGTCCAGAGAGTGGAGAAGAAGATGTGTTTGCAGATGTGCACAATG 1200
Query 1217 TATTGCCCCCACCATACGAAGC---TGGAGAAGAAATCATCTTATGCGCTTAGTTGTCGT 1273
||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||| | |
Sbjct 1201 TATTGCCCCCACCCTACGAAGCAGCTGGAGAAGGAATCATCTTATGTGCTTAGTTAT--T 1258
Query 1274 TTGTAATCTGTGTTTGTGATTGTCTCTGTCGATTAAAATTGTAAATTGAACGGGGCTT 1331
|| |||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 --GTC-TCTGTG------A----CTCTGTCTATTAAAATTGTAAATTGAACGGGGCTT 1303
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 51580306701
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5