BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G00490.1
Length=2000
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg490517 jgi|Araly1|490517|fgenesh2_kg.6__3651__AT4G00490.1 2861 0.0
> Ahg490517 jgi|Araly1|490517|fgenesh2_kg.6__3651__AT4G00490.1
Length=1876
Score = 2861 bits (1549), Expect = 0.0
Identities = 1772/1876 (94%), Gaps = 29/1876 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 95 GTTTAGTGATGGCGATTAGGTTGAATCATAGTGTAATTCCAGTGAGCGTGAAGCTTGGAG 154
||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 18 GTTTAGTAATGGCGATTAGGTTGAATCATTGTGTAATTCCAGTGAGCGTGAAGCTTGGAG 77
Query 155 CTCCGACGAGAGTATCGGCTCGGAGCTCGTTACCGTTCAGCGTTGGAGATTGGCGTGGTG 214
||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 78 CTCCGGCGAGAGTATCAGCTCGGAGCTCGTTACCGTTTAGCGTTGGAGATTGGCGTGGTG 137
Query 215 TTTCTACATTTTCCGGTGCTAGGCC-T--TTGG-TTCTCGCGAAGGTGAAACTGAGAGCA 270
||||||||||||| ||||||||||| | |||| |||| || || ||||||| |||||||
Sbjct 138 TTTCTACATTTTCTGGTGCTAGGCCGTCGTTGGTTTCT-GCCAAAGTGAAACAGAGAGCA 196
Query 271 GAGAGTACTGAGGAAGATCGAGTTCCAATTGATGACGACGACGATTCTACTGATCAGCTC 330
|||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 197 GAGAGTACTGAGGAGGATCCAGTTCCAATTGAT---GACGACGATTCTACTGATCAGCTC 253
Query 331 GTTGATGAAGAAATTGTGCATTTCGAAGAGCGTGATTTTGCTGGCACAGCGTGTGTTCCT 390
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 254 GTTGATGAAGAAATTGTGCATTTTGAAGAGCGTGATTTTTCTGGCACAGCGCGTGTTCCC 313
Query 391 GTATATGTTATGCTACCACTGGGAGTGATTGATATGAACTCGGAAGTGGTGGAACCGGAG 450
|||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 314 GTATATGTTATGCTACCATTGGGAGTCATTGATATGAACTCGCAAGTGGTTGAACCGGAA 373
Query 451 GAGCTTTTGGATCAGTTAAGAACTTTAAAGTCGGTTAATGTTGATGGTGTTATGGTTGAC 510
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 374 GAGCTTTTGGATCAGTTAAGAACCTTGAAGTCGGTTAATGTTGATGGTGTTATGGTTGAC 433
Query 511 TGCTGGTGGGGAATTGTTGAGTCACATACACCACAGGTTTATAACTGGAGTGGTTACAAG 570
||||||||||||||||| ||| | |||||||||||| | ||||| |||||||||||||||
Sbjct 434 TGCTGGTGGGGAATTGTCGAGGCTCATACACCACAGCTCTATAATTGGAGTGGTTACAAG 493
Query 571 AAACTTTTTCAGATGATTCGTGAGCTTGGACTTAAGATTCAGGTTGTTATGTCGTTTCAC 630
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||
Sbjct 494 AAACTCTTTCAGATGATTCGTGAGCTTGGACTTAAGATACAGGTTGTTATGTCCTTCCAC 553
Query 631 GAATGTGGAGGCAATGTTGGAGATGATGTGCATATACAAATCCCTGAGTGGGTGAGAGAA 690
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 554 GAATGTGGAGGCAATGTTGGAGATGATGTGCATATACAAATCCCTGAGTGGGTTAGAGAA 613
Query 691 ATTGGTCAAAGCAATCCTGACATCTACTTCACTGACAGTGCTGGCAGGCGTAACACTGAA 750
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 614 GTTGGTCAAAGCAATCCTGACATATACTTCACTGACAGAGCAGGCAGGCGTAACACTGAA 673
Query 751 TGCCTTACTTGGGGAATTGACAAGCAACGTGTTTTAAGAGGACGGACTGCTCTTGAGGTT 810
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 674 TGCCTTACTTGGGGAATTGACAAGCAACGGGTTTTAAGAGGACGAACTGCTCTGGAGGTT 733
Query 811 TACTTTGATTACATGAGAAGCTTTCGTGTGGAATTTGATGAATTCTTTGAGGAGAAAATC 870
||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 734 TACTTTGATTACATGCGAAGCTTTCGGGTGGAATTTGATGAATTCTTTGAGGATAAAATC 793
Query 871 ATCCCTGAAATTGAAGTTGGACTAGGTCCATGTGGGGAGCTGAGGTATCCTTCATACCCT 930
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 794 ATCCCTGAAATTGAAGTTGGACTAGGTCCATGTGGGGAGCTGAGGTATCCTTCATACCCT 853
Query 931 GCACAATTTGGGTGGAAATACCCTGGTATTGGTGAATTCCAGTGTTATGATAAATATTTG 990
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 854 GCACAATTTGGGTGGAAATATCCTGGTATTGGTGAATTTCAGTGTTATGATAAATATTTG 913
Query 991 ATGAATAGCTTAAAGGAGGCTGCAGAAGTAAGAGGCCACAGCTTTTGGGGCAGAGGACCT 1050
||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 914 ATGAAGAGCCTAAAGGAGGCTGCAGAAGTAAGAGGCCACAGCTTTTGGGGCAGAGGACCT 973
Query 1051 GATAACACAGAGACTTATAATTCAACACCACATGGGACTGGATTTTTTCGCGATGGAGGC 1110
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 974 GATAACACAGAGACTTATAATTCAACACCACATGGGACCGGATTTTTTCGCGATGGAGGC 1033
Query 1111 GATTATGACAGCTACTATGGTAGATTCTTTCTTAATTGGTACTCAAGAGTTCTGATTGAC 1170
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1034 GATTATGACAGCTACTATGGTAGATTCTTTCTTAATTGGTACTCAAGAGTTCTGATTGAC 1093
Query 1171 CATGGTGATCGTGTTCTTGCTATGGCAAATTTGGCTTTCGAAGGAACTTGCATTGCTGCA 1230
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1094 CATGGTGATCGTGTTCTTGCTATGGCAAATTTGGCTTTCGAAGGAACTTGCATCGCTGCA 1153
Query 1231 AAGCTCTCAGGTATACACTGGTGGTATAAAACAGCTAGTCATGCTGCTGAACTCACTGCT 1290
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1154 AAGCTCTCAGGTATACACTGGTGGTATAAAACAGCTAGTCATGCTGCTGAACTCACTGCT 1213
Query 1291 GGCTTCTACAACTCCTCAAACCGTGATGGCTATGGTCCAATAGCTGCAATGTTTAAGAAA 1350
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1214 GGCTTCTACAACTCCTCAAACCGTGATGGCTATGGTCCAATAGCTGCAATGTTCAAGAAA 1273
Query 1351 CATGATGCTGCTCTCAACTTCACATGTGTGGAGTTACGGACACTTGATCAACATGAGGAT 1410
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1274 CATGATGCTGCTCTCAATTTCACATGTGTGGAGTTACGGACACTTGATCAACATGAGGAT 1333
Query 1411 TTCCCAGAGGCTCTGGCAGATCCAGAAGGTCTAGTTTGGCAGGTGCTGAATGCTGCTTGG 1470
|| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1334 TTTCCAGAGGCTCTGGCAGATCCAGAAGGCCTAGTTTGGCAGGTGCTGAATGCTGCTTGG 1393
Query 1471 GATGCTAGTATACCTGTTGCTAGTGAAAATGCTCTTCCTTGTTATGACAGAGAAGGTTAC 1530
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1394 GATGCTAGTATACCTGTTGCTAGTGAAAATGCTCTTCCTTGTTATGATAGAGAAGGTTAC 1453
Query 1531 AACAAGATACTTGAAAACGCAAAGCCCCTTACCGATCCTGATGGTCGCCACCTTTCATGT 1590
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1454 AACAAGATACTTGAAAACGCAAAGCCCCTTACCGATCCTGATGGTCGCCACCTTTCATGT 1513
Query 1591 TTCACTTACCTGAGGCTTAACCCAACTCTGATGGAGTCTCAAAACTTCAAAGAGTTTGAG 1650
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1514 TTCACTTACCTGAGGCTTAACCCAACTCTGATGGAGTCTCAAAACTTCAAAGAGTTTGAG 1573
Query 1651 AGATTCCTCAAACGAATGCATGGTGAAGCCGTTCCGGATCTTGGTTTGGCTCCAGGGACA 1710
|||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1574 AGATTCGTCAAACGAATGCATGGTGAAGCCGTTCCTGATCTTGGTTTGGCTCCAGGGACA 1633
Query 1711 CAAGAGACCAACCCCGAGTGAATATATATAGT-CCTCCA------CCATGCTACTAAAAA 1763
|||||||||||||||||||||| |||| |||| ||| || |||||||||||||||
Sbjct 1634 CAAGAGACCAACCCCGAGTGAACATAT-TAGTACCTTCATTAGATCCATGCTACTAAAAA 1692
Query 1764 CACTTATTAGCGCCTGGTTACATATAATAAGAACGTCTTGGCTTGGGTTTACCAATTCAG 1823
|||| ||||| |||||||| || | ||||||||| ||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 1693 CACTCATTAGTACCTGGTTA--TA-A-TAAGAACGTTTTGGCTTGGCTTTACCAATTAAG 1748
Query 1824 CATAGCTAAGTTGGAGGGAAT-CAAAACCAAGATTGTAAACTGAGCTTGTAAGTTGTAAG 1882
| |||| | |||| | ||| |||||||||||||||||| | ||||||||| ||
Sbjct 1749 CGTAGCCATGTTGAATA-AATTCAAAACCAAGATTGTAAAATTAGCTTGTAA-----AA- 1801
Query 1883 ATGAATAGTGTATAGAACAATATAAGTGGTATGTCCATTGATATTTCAGAAGAAATTGCT 1942
|||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1802 -TGAACAGTGTATATAACAATATAAGTGTTATGTCCATTGATATTTCAGAAGAAATTGCT 1860
Query 1943 AGCAACATTACAGGCT 1958
||||||||||||||||
Sbjct 1861 AGCAACATTACAGGCT 1876
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 75190143630
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5