BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G00570.1
Length=2253
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg943696 jgi|Araly1|943696|scaffold_604240.1 3009 0.0
> Ahg943696 jgi|Araly1|943696|scaffold_604240.1
Length=1864
Score = 3009 bits (1629), Expect = 0.0
Identities = 1775/1847 (96%), Gaps = 3/1847 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 108 TGAGTGATATTTCGAGACCGATGATGTGGAAGAACATTGCTGGGTTGTCGAAGGCAGCGG 167
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |
Sbjct 2 TGAGTGAT-TTTCGAGACCGATGATGTGGAAGAACATTGCTGGGTTCTCTAAGGCTGCCG 60
Query 168 CAGCGGCAAGAACACACGGATCTCGGCGGTGCTTTTCCACAGCGATTCCTGGTCCTTGCA 227
| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 61 CTGCGGCAAGAACCCACGGATCTCGGCGGTGCTTTTCCACAGCGATTCCTGGTCCTTGTA 120
Query 228 TCGTCCACAAGCGTGGTGCTGATATTCTTCACGATCCATGGTTCAATAAGGACACAGGTT 287
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TCGTCCACAAGCGTGGTGCTGATATTCTTCACGATCCATGGTTCAATAAGGACACAGGTT 180
Query 288 TTCCTTTGACTGAGAGAGATAGATTAGGGATACGAGGCTTGCTTCCTCCTCGTGTTATGA 347
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TTCCTTTGACTGAGAGAGATAGATTGGGGATACGAGGCTTGCTTCCTCCTCGTGTTATGA 240
Query 348 CCTGTGTACAGCAATGTGATCGTTTCATTGAGTCGTTTCGTTCGCTAGAGAACAACACAA 407
|||||| |||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| || |||
Sbjct 241 CCTGTGAACAGCAATATGATCGTTTTATTGAGTCTTTTCGTTCGCTAGAGAGGAATACAG 300
Query 408 AAGGAGAGCCTGAAAACGTTGTTG-CATTAGCTAAATGGAGGATGTTGAATAGATTGCAT 466
|||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 301 CAGGACAGCCTGAAAACGTTG-TGTCATTAGCTAAATGGAGGATCTTGAATAGATTGCAT 359
Query 467 GACCGTAATGAGACTTTGTACTACCGAGTTCTTATTGATAACATCAAAGATTTTGCCCCC 526
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 GACCGTAATGAGACTTTGTACTACCGAGTCCTTATTGATAACATCAAAGATTTTGCCCCC 419
Query 527 ATTATATACACTCCTACGGTTGGACTTGTTTGTCAGAACTATTCTGGTTTGTATAGAAGA 586
|||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 420 ATTATATACACTCCCACGGTTGGACTGGTTTGTCAGAACTATTCGGGTTTGTATAGAAGA 479
Query 587 CCAAGAGGAATGTACTTCAGCGCCAAAGACAAAGGAGAGATGATGTCTATGATTTATAAC 646
|| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 480 CCGCGAGGAATGTACTTCAGTGCCAAAGACAAAGGAGAGATGATGTCTATGATATATAAC 539
Query 647 TGGCCTGCTCCGCAGGTAGATATGATTGTCATCACTGATGGTAGCCGTATTTTGGGCTTA 706
||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TGGCCAGCTCAGCAGGTTGATATGATTGTCATCACTGATGGTAGCCGTATTTTGGGCTTA 599
Query 707 GGAGACCTTGGAGTACAGGGAATTGGGATTCCTATTGGAAAGCTCGACATGTATGTCGCT 766
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 600 GGAGACCTTGGAGTCCAGGGAATTGGGATTCCTATCGGAAAGCTCGACATGTATGTGGCT 659
Query 767 GCTGCAGGAATCAATCCACAGAGAGTTTTGCCAATTATGTTGGATGTAGGCACAAATAAT 826
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 660 GCAGCAGGAATCAATCCACAGAGAGTTTTGCCAATTATGTTGGATGTGGGCACAAATAAT 719
Query 827 GAAAAGCTCCTACAGAATGATCTCTATTTAGGAGTCAGACAACCTAGGTTGGAAGGAGAG 886
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 720 GAAAAGCTCCTACAGAATGATCTCTATTTAGGAGTCAGACAGCCTAGGTTGGAAGGAGAG 779
Query 887 GAGTACCTTGAGATTATTGATGAATTTATGGAAGCTGCATTTACACGTTGGCCAAAGGCC 946
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 GAGTACCTTGAGATTATTGATGAATTTATGGAAGCTGCATTTACACGTTGGCCAAAGGCC 839
Query 947 GTCGTACAGTTCGAAGATTTCCAAGCGAAATGGGCTTTCGGAACATTGGAAAGATATCGG 1006
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||
Sbjct 840 GTCGTACAGTTCGAAGATTTCCAAGCGAAATGGGCTTTCGAAACATTGGATAGATATCGG 899
Query 1007 AAGAAATTTTGCATGTTCAATGATGATGTCCAGGGAACTGCTGGTGTTGCACTGGCTGGA 1066
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 AAGAAATTTTGCATGTTCAATGATGATGTCCAGGGAACTGCTGGTGTTGCACTGGCTGGA 959
Query 1067 CTATTGGGAACTGTAAGAGCTCAAGGTCGGCCGATATCCGACTTTGTGAACCAAAAGATT 1126
|||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 CTATTGGGAACTGTAAGAGCCCAAGGTCGTCCTTTATCCGACTTTGTGAACCAAAAGATT 1019
Query 1127 GTTGTGGTGGGAGCTGGAAGTGCTGGGCTTGGTGTAACTAAGATGGCAGTACAGGCAGTT 1186
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 GTTGTGGTGGGAGCTGGAAGTGCAGGGCTTGGTGTAACTAAGATGGCAGTACAGGCAGTT 1079
Query 1187 GCCAGAATGGCAGGTATCAGCGAGAGTGAAGCAACAAAAAACTTTTACCTGATAGATAAA 1246
|| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1080 GCAAGAATGGCAGGTATCAGCGAGATTGAAGCAACAAAAAACTTTTACCTAATAGATAAA 1139
Query 1247 GATGGTCTTGTCACCACGGAGAGGACAAAACTTGACCCAGGAGCTGTACTTTTTGCCAAA 1306
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 GATGGTCTTGTCACCACGGAAAGGACAAAACTTGACCCAGGAGCTGTACTTTTTGCCAAA 1199
Query 1307 AATCCAGCTGAGATACGCGAGGGAGCAAGTATCGTTGAAGTGGTGAAGAAAGTGAGGCCA 1366
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 AATCCAGCTGAGATACGTGAGGGAGCAAGTATCGTTGAAGTGGTGAAGAAAGTGAGGCCA 1259
Query 1367 CATGTTCTTCTTGGTTTATCTGGAGTTGGTGGTATCTTTAATGAAGAAGTTCTCAAGGCG 1426
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 CATGTTCTTCTTGGTTTATCTGGAGTTGGTGGTATCTTCAATGAAGAAGTTCTCAAGGCG 1319
Query 1427 ATGCGAGAATCTGACTCATGCAAGCCTGCCATTTTTGCCATGTCGAATCCCACTTTGAAT 1486
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 1320 ATGCGAGAATCTGACTCATGCAAGCCTGCCATTTTTGCTATGTCGAATCCCACCTTGAAT 1379
Query 1487 GCCGAGTGCACTGCTGCTGATGCTTTCAAACACGCCGGAGGAAACATTGTCTTTGCAAGT 1546
|||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1380 GCCGAGTGCACTGCTGTTGATGCTTTCAAGCACGCCGGAGGAAACATAGTCTTTGCAAGT 1439
Query 1547 GGAAGTCCATTTGAGAACGTTGAACTTGAGAATGGTAAAGTAGGACATGTGAATCAGGCT 1606
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 GGAAGCCCATTTGAGAACGTTGAACTTGATAATGGTAAAGTAGGACATGTGAATCAGGCT 1499
Query 1607 AACAACATGTATTTATTCCCGGGGATCGGGCTAGGGACTCTTCTCTCTGGTGCACGTATC 1666
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 AACAACATGTACCTATTCCCGGGGATCGGGCTAGGGACTCTTCTCTCTGGTGCACGTATC 1559
Query 1667 GTAACTGATGGAATGCTACAAGCAGCTTCTGAATGCCTTGCGTCCTACATGACCGATGAA 1726
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||
Sbjct 1560 GTAACTGATGGAATGCTGCAAGCAGCTTCTGAATGCCTTGCTTCGTACATGACCGACGAA 1619
Query 1727 GAAGTCCAAAAAGGCATCCTTTACCCTTCAATCAACAACATCCGACACATAACAGCTGAA 1786
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 GAAGTCCAAAAAGGCATACTTTACCCTTCAATCAACAACATCCGACACATAACAGCTGAA 1679
Query 1787 GTCGGGGCAGCTGTTCTACGAGCTGCGGTGACTGATGACATTGCAGAAGGACATGGTGAT 1846
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 GTCGGGGCAGCTGTTCTACGAGCTGCGGTTACTGATGACATTGCAGAAGGACATGGTGAT 1739
Query 1847 GTTGGTCCCAAAGATCTCAGCCACATGTCTAAGGAGGATACAGTGAATTACATTACACGC 1906
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 1740 GTTGGTCCCAAAGATCTCGGCCACATGTCTAAGGAGGACACAGTGAATTACATCACACGC 1799
Query 1907 AACATGTGGTTCCCTGTTTACAGCCCTCTCGTTCACGAGAAATAGAC 1953
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 AACATGTGGTTCCCAATTTACAGCCCTCTCGTTCACGAGAAATAGAC 1846
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 84826975615
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5