BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G00740.1
Length=2371
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg490495 jgi|Araly1|490495|fgenesh2_kg.6__3629__AT4G00740.1 3668 0.0
> Ahg490495 jgi|Araly1|490495|fgenesh2_kg.6__3629__AT4G00740.1
Length=2303
Score = 3668 bits (1986), Expect = 0.0
Identities = 2227/2336 (95%), Gaps = 46/2336 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 49 TTGCGAAATAGTAATATTTTATAATCGCCGAC-AAATTCTTCAGATCTCCAAAATTGAAT 107
||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | ||
Sbjct 1 TTGAGAAATAGTAATATTTTATAATCGCCGACAAAATTCTTCAGATCTCC-AAA-T--AT 56
Query 108 CTTATTATAAACCCTAAGATTTGCATCTGATCTGCTCTCGAAGACGAAAGCTTCGAGTAC 167
|| ||||||||||||||||||||||||| ||| | | || | |
Sbjct 57 -ATAATATAAACCCTAAGATTTGCATCTGA-----TCT-------G---G--TC---T-C 94
Query 168 TGGTTGAAGCTAAAGCTATGGGACACGTGAATCTACCTGCATCAAAGCGT-G--GTAACC 224
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| | |||| |
Sbjct 95 ----TGAAGCTAAAGCTATGGGACACCTGAATCTACCTGCATCGAAGCGTAGTAGTAATC 150
Query 225 CTCGTCAATGGCGTCTCCTCGACATCGTAACCGCTGCTTTCTTCGGTATCGTACTTCTCT 284
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 151 CTCGTCAATGGTGTCTCCTCGACATCGTAACCGCTGCTTTCTTCGGTATCGTTCTTCTCT 210
Query 285 TCTTCATCCTTTTATTCACTCCTCTTGGTGATTCCATGGCGGCTTCTGGTCGGCAAACGC 344
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 211 TCTTCATCCTTTTATTTACTCCTCTTGGTGATTCCATGGCTGCTTCTGGTCGGCAAACGC 270
Query 345 TGCTTCTCTCTACGGCGTCAGATCCGAGGCAACGGCAGCGATTAGTGACTTTGGTTGAAG 404
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 271 TGCTTCTCTCGACGGCGTCAGATCCGAGGCAACGGCAGCGATTGGTGACTTTGGTTGAAG 330
Query 405 CTGGTCAGCATTTGCAACCGATCGAGTATTGTCCTGCGGAAGCTGTTGCTCATATGCCTT 464
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 331 CTGGTCAGCATTTGCAGCCGATCGAGTATTGTCCTGCGGAAGCTGTTGCTCATATGCCTT 390
Query 465 GTGAGGATCCGAGAAGGAATAGTCAGCTTAGTAGAGAGATGAATTTCTATAGGGAGAGAC 524
|||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 391 GTGAGGATCCCAGGAGGAATAGTCAGCTTAGTAGAGAGATGAATTTCTATAGGGAGAGAC 450
Query 525 ATTGTCCTTTGCCTGAGGAGACTCCGCTCTGTTTGATTCCTCCGCCTTCTGGTTATAAAA 584
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 451 ATTGTCCTTTGCCTGAGGAGACTCCTCTCTGTTTGATTCCTCCGCCTTCTGGTTATAAAA 510
Query 585 TTCCTGTTCCGTGGCCTGAGAGTCTTCACAAGA---TTTGGCATGCAAACATGCCATATA 641
|||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 511 TTCCTGTTCCGTGGCCTGAGAGCCTTCACAAGATGCTTTGGCATGCAAACATGCCTTATA 570
Query 642 ACAAAATTGCTGACCGGAAAGGTCATCAAGGATGGATGAAAAGGGAAGGGGAATACTTTA 701
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 571 ACAAAATTGCTGACCGGAAAGGTCACCAAGGATGGATGAAAAGGGAAGGGGAATACTTCA 630
Query 702 CTTTCCCAGGCGGTGGCACGATGTTTCCTGGCGGAGCTGGCCAATACATTGAAAAGCTTG 761
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||
Sbjct 631 CTTTCCCAGGCGGTGGCACCATGTTTCCTGGCGGAGCAGGGCAATATATTGAAAAGCTTG 690
Query 762 CACAGTATATTCCGCTTAATGGTGGAACTTTGAGAACTGCTCTTGACATGGGATGCGGGG 821
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 691 CACAGTATATTCCGCTTAATGGTGGAACTCTGAGAACTGCCCTTGACATGGGATGCGGGG 750
Query 822 TAGCTAGTTTTGGAGGTACTCTACTATCTCAAGGCATTCTAGCCCTCTCATTTGCTCCAA 881
|||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 751 TAGCTAGTTTCGGAGGCACTCTACTATCTCAAGGCATTTTAGCCCTCTCATTTGCTCCAA 810
Query 882 GAGATTCACATAAATCTCAAATTCAGTTCGCTTTGGAAAGAGGAGTGCCTGCATTTGTTG 941
|||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 811 GAGATTCACATAAATCGCAAATACAATTCGCCCTGGAAAGAGGAGTCCCTGCATTTGTTG 870
Query 942 CCATGCTTGGCACTCGTAGACTCCCCTTTCCTGCATACTCCTTTGACCTGATGCACTGTT 1001
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 871 CCATGCTTGGCACTCGTAGACTCCCCTTTCCTGCATACTCCTTTGACCTGATGCATTGTT 930
Query 1002 CCCGATGTTTGATTCCTTTTACGGCTTACAATGCAACTTACTTCATCGAAGTAGATAGGT 1061
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 931 CCCGATGCTTGATTCCTTTTACGGCTTACAATGCAACTTACTTCATCGAAGTAGATAGGT 990
Query 1062 TACTGCGCCCTGGAGGATATCTTGTAATCTCTGGCCCACCTGTACAATGGCCTAAACAAG 1121
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 991 TACTGCGCCCTGGAGGATATCTTGTAATCTCTGGTCCACCTGTACAATGGCCTAAACAAG 1050
Query 1122 ACAAAGAATGGGCTGATCTTCAGGCGGTGGCTAGAGCTTTGTGCTATGAGCTAATTGCGG 1181
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1051 ACAAAGAATGGGCTGATCTTCAGGCAGTGGCTAGAGCTTTGTGCTATGAGCTAATTGCGG 1110
Query 1182 TTGATGGAAACACTGTCATCTGGAAGAAGCCTGTTGGAGATTCATGTCTACCTAGCCAGA 1241
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1111 TTGATGGAAACACTGTCATCTGGAAGAAGCCTGTTGGAGATTCATGTCTACCCAGCCAGA 1170
Query 1242 ATGAGTTTGGGCTTGAGTTGTGTGATGAGTCTGTTCCGCCAAGTGATGCATGGTATTTTA 1301
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1171 ATGAGTTTGGGCTTGAGTTGTGTGACGAGTCTGTTCCGCCAAGTGATGCATGGTATTTTA 1230
Query 1302 AATTGAAGAGGTGTGTTACCAGGCCATCATCCGTCAAAGGAGAACACGCTTTGGGAACTA 1361
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1231 AATTGAAGAGGTGTGTTACCAGGCCATCATCCGTCAAAGGAGAACATGCTTTGGGAACTA 1290
Query 1362 TATCCAAGTGGCCGGAGAGGCTTACTAAAGTTCCTTCTAGGGCCATTGTCATGAAAAACG 1421
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1291 TATCCAAGTGGCCGGAGAGGCTTACTAAAGTTCCTTCTAGGGCCATTGTCATGAAAAACG 1350
Query 1422 GATTGGATGTGTTTGAAGCAGATGCAAGGCGGTGGGCAAGACGCGTTGCTTATTACAGGG 1481
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1351 GATTGGATGTGTTTGAAGCAGATGCAAGGCGGTGGGCAAGACGCGTTGCTTATTACAGGG 1410
Query 1482 ATTCTCTTAACTTGAAGCTGAAATCTCCAACTGTCCGCAATGTCATGGACATGAACGCAT 1541
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1411 ATTCTCTTAACTTGAAGCTGAAATCTCCAACTGTCCGCAATGTCATGGATATGAACGCAT 1470
Query 1542 TCTTCGGAGGCTTTGCAGCAACCCTTGCATCTGATCCTGTGTGGGTTATGAATGTCATTC 1601
|||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1471 TCTTCGGAGGCTTTGCTGCAGCCCTTGCATCTGATCCTGTGTGGGTTATGAATGTCATTC 1530
Query 1602 CAGCTCGGAAGCCATTAACTCTTGACGTGATTTATGACAGAGGTCTCATCGGTGTTTACC 1661
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1531 CAGCTCGGAAGCCATTAACTCTTGACGTGATTTATGACAGAGGTCTCATCGGTGTTTACC 1590
Query 1662 ATGATTGGTGTGAACCATTTTCAACATATCCCCGCACGTATGATTTCATCCATGTATCAG 1721
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1591 ATGATTGGTGTGAACCATTTTCAACATATCCCCGCACGTATGATTTCATCCATGTATCAG 1650
Query 1722 GAATTGAATCACTGATAAAACGACAAGACTCAAGCAAATCGAGGTGTAGCCTAGTAGATC 1781
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 1651 GAATTGAATCACTGATAAAACGACAAGACTCAAGCAAATCGAGGTGCAGTCTAGTAGATC 1710
Query 1782 TAATGGTAGAGATGGACAGAATATTACGTCCAGAAGGAAAGGTTGTGATCCGAGACTCTC 1841
|||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1711 TAATGGTAGAGATGGATAGAATATTGCGTCCAGAAGGAAAGGTTGTGATCCGAGATTCTC 1770
Query 1842 CTGAGGTGCTAGATAAAGTCGCACGAATGGCTCATGCTGTAAGATGGTCTTCTTCCATAC 1901
|||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1771 CTGAAGTGCTAGACAAAGTCGCACGAATGGCCCATGCTGTAAGATGGTCTTCTTCTATAC 1830
Query 1902 ACGAGAAAGAACCTGAATCCCATGGAAGAGAGAAGATTCTTATCGCAACCAAATCTCTCT 1961
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1831 ACGAGAAAGAACCTGAATCCCATGGAAGAGAGAAGATCCTTATTGCAACCAAATCTCTCT 1890
Query 1962 GGAAATTGCCATCAAACTCCCACTGAAGACACaaaagaa-gaagaaaagaagaagCTCTT 2020
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 1891 GGAAATTGCCATCAAACTCCCACTGAAGACACAAA-GAAAGAAGAAAGGAAGAAGCTCTT 1949
Query 2021 CTCAATCTTGTAGGTACTGTCACTTGCTCTCCAGC-CCTCATCTGTCTGTCCCTAAGACA 2079
||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1950 CTCAATCTTGTAGGTACTGTCACTTTCTCTCCAGCACC-CATCTGTCTGTCCCTAAGACA 2008
Query 2080 CCAACCAGATGATATATACTTTTTTGTGT-T-CGTGACATTGCATCTGAATGTATTACAA 2137
|||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2009 CCAACCAGATGATATAC-CTTTTTTGTGTGTTCGTGACATTGCATCTAAATGTATTACAA 2067
Query 2138 TCGTATAATGTCCTGATATTGTTAATTCTTGGTCACACGTGGTTGTGTCAGTGATTTATG 2197
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2068 TCGTATAATGTCCTGATATTGTTAATTCTTGGTCACACGTGGTTGTGTCAGTGATTTATG 2127
Query 2198 TGAG-GGG-TCTACCTTTTAGAAGCAACTTGTGACCTACATGAGTAAAGTATGCATGTGA 2255
|||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2128 TGAGAGGGGTCTACCTTTGAGAAGCAACTTGTGACCTACATGAGTAAAGTATGCATGTGA 2187
Query 2256 CTCTGCGTATAGTTTTGTACTAGAGACCATGTATTAGTAGGTACACGTCCTGGATACGTA 2315
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2188 CTCTGCGTATAGTTTTGTACTAGAGACCATGTATTAGTAGGTGCACGTCCTGGATACGTA 2247
Query 2316 TTTATGTATTGAAAAACTCCCAACTTACTGACAATTCCTATGATTCAATGTTTTAG 2371
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2248 TTTATGTATTGAACAACTCCCAACTTACTGACAATTCCTATGATTCAATGTTTTAG 2303
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 89321624525
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5