BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G00800.1
Length=6044
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg943674 jgi|Araly1|943674|scaffold_604218.1 4318 0.0
Ahg327694 jgi|Araly1|327694|fgenesh1_pm.C_scaffold_6002914 3790 0.0
> Ahg943674 jgi|Araly1|943674|scaffold_604218.1
Length=3520
Score = 4318 bits (2338), Expect = 0.0
Identities = 2727/2908 (94%), Gaps = 53/2908 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 124 GAAGTCGCACATGGAACTTGATCTCGATTCGTTCCTCGTATCGGACTCAGACTCCGATTC 183
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 14 GAAGTCGCACATGGAACTCGATCTCGACTCGTTCCTCGTATCGGACTCAGATTCCGATTC 73
Query 184 CGATTTGGATTCTTCCTCCGTTCCTCACCGTACTGTCGACGAAATTCTCAACGCCTCCAG 243
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 74 CGATTTGGATTCTTCCTCCGTTCCTCACCGTACAGTCGACGAAATTCTCAACGCGTCAAG 133
Query 244 TTCTTCATCGGCTTCGTCTTCTCCTCCTTCC-TCACCACCGTCAATTAACCGGCGGAAAC 302
||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||| |||||
Sbjct 134 TTCTTCATCTCCTTCGTCTTCTCCTCC-TCCTTCACCGCCGTCAATTAACCGGCTGAAAC 192
Query 303 AAGACGATCCGAATCGCCGCTTATCAGAAGCCCTTACTAACGTTGCTGTATTGAGACCTG 362
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 193 AAGACGATCCGAATCGCCGCTTATCAGAAGCCCTTACTAACGTTGCCGTGGTGAGACCTG 252
Query 363 AATCTGAATTGCATCGCGGATTTCCTCCGACGCGGCGAAATTCGACTTCTTCTTCTTCGT 422
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 253 AATCTGAATTACATCGCGGATTTCCTCCGACGCGGCGAAATTCGACATCTTCTTCTTCTT 312
Query 423 TGAGACAGTTGCCTTTGCCTTCACTATTGGCAGGAGTAAGGTCGAATGTGAAGCCTGGTG 482
||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 313 TGAGACAGTTGCCTTTGCCGTCGCTATTCGCAGGAGTAAGGTCGAATGTGAAGCCTGGTG 372
Query 483 CTGCGCTTGCTGCGGCTGTGGCTGCTTCTAGATTGGTTCCTACACCACACGCTGCTATTA 542
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 373 CGGCGCTTGCGGCGGCTGTGGCTGCTTCTAGATTGGTTCCTACACCACACGCTGCTATTA 432
Query 543 TCAAGTCAAGGAGAGCTAGCAGTGCAAGTAGTGAATTGCTGCTGCAGGTTTCAAATCAAG 602
||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 433 TCAAGTCAAGGAGAGCTAGCAGTGCGAGTAGCGAATTGCTGCAGCAGGTTTCAAATCAAG 492
Query 603 AGGAAGATGATCACGAAGTACTTTCTTCTAATGGAGATTCTGTTGGAGTTGCTGCTGGAT 662
||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 493 AGGAAGAAGATCAGGAGGTACTTTCTTCTAATGGAGATTCTGTTGGAGTTGCTGCTGGAT 552
Query 663 CCGTTTCTGCTGATGATTTTCGTTCTTTTGGTGGAGAATCTCTGCTGGAGGATGAGGATA 722
||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 553 CCGTTTCTGTTGATGATTTTCGTTCTTTCGGTGGAGAATCTCGGATGGAGGATGAGGATA 612
Query 723 ATGGAGTTTCTGGTGTTGCAAGTCTAGAAGACGAAGCTAAAGTAAT-G--G----A---A 772
|||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| | | | |
Sbjct 613 ATGGAGTTGCTGGTGTGGCAAGTCAAGAAGACGAAGCTAAAGTAATGGAAGTTCAAGCTA 672
Query 773 G-----TT-C--A-AGC-TAG-TG--A----T-ATTACTGA-G--AGCTTAAACCCTGAC 811
| || | | ||| ||| || | | |||| ||| | | || ||| ||||||
Sbjct 673 GTCATATTACTGAGAGCTTAGTTGATACCCGTGATTA-TGAGGCAAACTCAAAGCCTGAC 731
Query 812 TTAGTCACTGTTTCCTCTGGTTTTGATTCTGAAGGAAACGTCTCTACAGAGAAAGAAGCG 871
|||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||| |||
Sbjct 732 TTAGTCACTGCCTCCTCTGGTTTTGATGCTGAAGGAAACGTCTCTGCAGAGCAAGATGCG 791
Query 872 GAGACCACAATGGAAGCCGGAAATGCTGCTATTGATGACGACACAGATGAGACAATGTTA 931
|||| |||| |||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 792 AAGACAACAACCGAAGCCGGAAATGCTGCTGTGGATGACGACAAAGATGAGACAATGTTA 851
Query 932 GTCGCTTCTTTGGTAGAGTCTTCAGAATCTCAACATTTGACTGATTCTGAGGGGAAGTGC 991
||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 852 ATCGCTTCTTTGGTGGAGTCTTCAGAATCTCAACGTTTGAATGATTCTGAGGGGAAGTGC 911
Query 992 GATGATGCTAAGGTAAGCAATGATGAGGAATCAAGTGTTGGAGATGTTAAGAGTGATAAA 1051
||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 912 TATGATGCTAAGGTAAGCAATGATGAAGACTCAAGTGTTATAGATGTTAAGAGTGATAAA 971
Query 1052 TCAGATATAATTATACCGGAATCTAAAAAAGAGGGAGGTGATGCTTTTATTCCTGATGAT 1111
|||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 972 TCAGATATAATTATACCGGATTCTAAAGAAGAGGGAGGTGATGCTTTTATCCCTGATGAT 1031
Query 1112 GGAAGCTCAATGTCTGGCATTTCAGAGCTTGTAGAAGAGAGGATTGCTGAGTTGGAAAAT 1171
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 1032 GGAAGCTCGATGTCTGGCATTTCAGAGCTTGTAGAAGAAAGGATTGTTGAGTTGGAAAAC 1091
Query 1172 GAAAGGATGAGTAAAAGAGAGAGATTAAAATCGCAATCTTTTAGGAAGCAGCTTGTGCTG 1231
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1092 GAAAGGATGAGTAAAAGAGAGAAATTAAAATCGCAATCTTTTAGGAAGCAGCTTGTGTTG 1151
Query 1232 GCTGAAGAGTTTGAGAAGAAACAAGCATATACTGGTTTGCATTGGGAGGAAGGGGCTGCT 1291
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1152 GCTGAAGAGTTTGAGAAGAAACAAGCATATACTGGTTTGCATTGGGAGGAAGGGGCTGCT 1211
Query 1292 GCTCAGCCAATGAGACTTGAGGGTGTTAAGATCGGTTCCACGAATTTAGGTTACTTTGAT 1351
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1212 GCTCAGCCAATGAGACTTGAGGGTGTTAAGATCGGTTCGACGAATTTAGGTTACTTTGAT 1271
Query 1352 GTTGATGCTGACAATGTCATCAGCCGGACCATTTCATCGCAGGCATTTAAGCGAGACCAT 1411
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1272 GTCGATGCTGACAATGTCATCAGCCGGACCATTTCATCGCAGGCATTTAAGCGAGACCAT 1331
Query 1412 GGTTCTCCTCAGGTTTTGGCTGTTCATTTGAATTACATTGCAGTGGGTACGTCCAAAGGG 1471
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1332 GGTTCTCCTCAGGTTTTGGCTGTTCATTTGAATTACATTGCAGTGGGTACGTCCAAGGGG 1391
Query 1472 GTCATTGTCGTTGTACCAAGTAAATATTCTTCTGATCA-TGCAGATCAAATGGAATCAAA 1530
|||||||||||| |||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 1392 GTCATTGTCGTTATACCAAGTAAATATTCCTCTGAT-ACTGCAGATCAAATGGAATCAAA 1450
Query 1531 GATGATTTGGCTTGGTTTACAAGGAGAAAGGTCCCAGTCCCCGGTTACCTCAGTTTGCTT 1590
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1451 GATGATTTGGCTTGGTTTACAAGGAGAGAGGTCCCAGTCCCCGGTTACCTCAGTTTGCTT 1510
Query 1591 CAATCAGATAGGGAGCCTTCTGCTAGCAGGTTATGGTGATGGACATGTTACAGTTTGGGA 1650
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1511 CAATCAGATAGGGAGCCTCCTGCTAGCAGGTTATGGTGATGGACATGTTACAGTTTGGGA 1570
Query 1651 CATGCAGAGAGCGTCGATAGCAAAAGTGATCACTGAACATACTGCACCAGTAGTATATGC 1710
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1571 CATGCAGAGAGCGTCGATAGCAAAAGTGATCACTGAACATACTGCACCAGTAGTATATGC 1630
Query 1711 CTTTTTTCTAGGCCGGGATTCTCAGGGTTCTCGCCA-ATTTAAAGTTATTACAAGTGATA 1769
|||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1631 CTTTTTTCTAGGCCGGGATTCTCAGGGTTCTCGC-ATATTTAAAGTTATTACAAGTGATA 1689
Query 1770 CTAAGGGTGTTGTTTTTAAACACAGTTTTTCTTATGCTCGGCTGTTGAACATGTATACGG 1829
|||||||||||||||| ||||||| |||||||| || | |||||||||||||||||| |
Sbjct 1690 CTAAGGGTGTTGTTTTCAAACACACTTTTTCTTGGGCCCTGCTGTTGAACATGTATACAG 1749
Query 1830 TGGAAACGCAGTGTCTTCTCGATGGACaaaaaaaTGGAACAGTCCTCTCGGCATCACCTT 1889
|| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1750 TGAAAACGCAGTGTCTCCTTGATGGACAAAAAAATGGAACAGTCCTCTCGGCATCACCTT 1809
Query 1890 TGCCTGATGAAAATTTTGGAAGCTCCTTGGTGTCTTCTAAGGGGGGTAACTCTGCAGTTC 1949
|||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1810 TGCCTGATGAAATTTTTGGAAGCTCCTTGGCCTCTTCTAAGGGGGGTAACTCTGCAGTTC 1869
Query 1950 CATCCAGCAGTATAAGTAGCATGATGGGAGGTGTTGTTGGGGTTGGTTCGACTTGGAAGC 2009
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 1870 CATCCAGCAGTATAAGTAGCATGATGGGAGGTGTTGTTGGGGTCGATTCGACTTGGAAGC 1929
Query 2010 TCTTTAATGAGGATTCAACTTCGGTGGAAGAAGGTGTTGTCATATTTGCCACCTATCAAA 2069
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1930 TCTTTAATGAGGATTCAATTTCGGTGGAAGAAGGTGTTGTCATATTTGCCTCCTATCAAA 1989
Query 2070 CTGGACTAGTGGTAAAGCTCATTCCAAATTTGGAGGTGTATGCACAACTTCCTAGGCCAG 2129
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1990 CTGGACTAGTGGTAAAGCTCATTCCAGATTTGGAGGTGTATGCACAACTTCCTCGGCCAG 2049
Query 2130 AAGGGGTTCGGGAAGGTTCCATGCCATACACTGCCTGGAGACGCTCAACAG--AA----- 2182
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||
Sbjct 2050 AAGGGGTTCGGGAGGGTTCCATGCCATACACTGCCTGGAAATGCTCAACAGGTAATTCTT 2109
Query 2183 ------AA--TTATTCGAAGGAGGCAGAAGATAGGGTTTCTTTTCTTGTCATTGCCTGGG 2234
|| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2110 CTCCTGAAAATTATTCTAAGGAGGCAGAAGATAGGGTTTCTTTTCTTGTCATTGCCTGGG 2169
Query 2235 ATCGTCGAGTTCAGGTTGCCAAGTTGGTAAAATCAGACATAAAGGAATATGCCAAATGGT 2294
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2170 ATCGTAGAGTTCAGGTTGCCAAGTTGGTAAAATCAGACCTAAAGGAATATGCCAAATGGT 2229
Query 2295 CACTTGACAGCCCAGCTATTGGTGTTGTTTGGCTAGATGACCAGTTGCTGGTGATCCCAA 2354
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2230 CACTTGACAGTCCAGCTATTGGTGTGGTTTGGCTAGATGACCAGTTGCTGGTGATCCCAA 2289
Query 2355 CTGTGACGGGCCATTTGTATCTGTTCACAAGAGATGGTGTGGTAATTCACCAGACAAACT 2414
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2290 CTGTGACGGGGCATTTGTATCTGTTCACAAGAGATGGTGTGGTAATTCATCAGACAAACT 2349
Query 2415 TTTCAGTGGCTGGTTCTTCAGGGAATGACCTGATTTCCTATCATACGTACTTTACTAATG 2474
||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2350 TTTTGGTGGCTGGTTCTTCAGGGAATGACCTAATTTCCTATCATACGTACTTTACGAATG 2409
Query 2475 TCTTTGGAAATCCTGAGAAAGCTTATCACAACTCTATGGGTGTCAGAGGGGCTTCAGTGT 2534
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2410 TCTTTGGAAATCCTGAGAAAGCTTATCACAACTCTATGGGTGTCAGAGGGGCTTCAGTAT 2469
Query 2535 ACATTCTCGGGACTGCACATCTTGTTATCTCCAGACTTTTGCCGTGGAAGGAGCGGGTTG 2594
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2470 ACATTCTCGGGACTGGGCATCTTGTTATCTCCAGACTTTTGCCGTGGAAGGAGCGGGTTG 2529
Query 2595 ATGTGTTAAGGAGAGGAGGTGACTGGATGGGTGCATTTAACATGGCAATGTCACTCTTCA 2654
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 2530 ATGTGTTAAGGAGAGGAGGTGACTGGATGGGTGCATTTAACATGGCAATGTCACTTTTTA 2589
Query 2655 ATGGTCAAGCTCATGGAGTTGTTGACCTCCCCAAAACTGTGGATGCCATAAGGGAAGCCA 2714
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2590 ATGGTCAAGCTCATGGAGTTGTTGACCTCCCCAAAACTGTGGATGCTATAAGGGAAGCCA 2649
Query 2715 TAGCACCCAGTTTAGCAGAGTTGCTACTTTCCTATGTAGATGAAGTATTTTCTTATATTT 2774
||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2650 TAGCACCCAGTTTAGCAGATTTGCTGCTTTCCTACGTAGATGAAGTATTTTCTTATATCT 2709
Query 2775 CAATAGCATTTTCCAATCAGATTGAAAACAATGGAGTAACTCATGAGCCAAGTAGTGGAA 2834
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 2710 CAATAGCATTTTCCAATCAGATTGAAAAAAATGGAGTGACTCATGAGCCAAGCAGTGGAA 2769
Query 2835 TCAATAATGTCAATTTAGAGATAGAAGAACAATACAATCGTGTTGGTGGTGTTGCCGTTG 2894
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2770 CCAATAATGTCAATTTAGAGATAGAAGAACAATACAATCGTGTTGGTGGTGTTGCCGTTG 2829
Query 2895 AGTTCTGTGTTCATATTAACAGGATGGATTTGCTCTTTGATGAGATATTTTCCAGATTTG 2954
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2830 AATTCTGTGTTCATATTAACAGGATGGATTTGCTCTTTGATGAAATATTTTCCAGATTTG 2889
Query 2955 TTGCTGTACAACAAAGAGATACATTTTT 2982
| |||||||||||||||| || || |||
Sbjct 2890 TGGCTGTACAACAAAGAGGTATATATTT 2917
Score = 462 bits (250), Expect = 1e-128
Identities = 269/278 (97%), Gaps = 2/278 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 3009 GGGATATGCTCGGATCTCTTCCTCCAGAGATCATGCAAGCGCTGGTAGAACATTATAGTA 3068
|||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3124 GGGATATGCTTGGATCTCTTCCTCCAGAGATTATGCAAGCGCTGGTAGAACATTATAGCA 3183
Query 3069 GGAAAGGATGGCTACAAAGAATTGAGCAGTGTGTT-TTGCACATGGATATTTCTTCCTTG 3127
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 3184 GGAAAGGATGGCTACAAAGAATTGAGCAGTGTGTTCTT-CACATGGATATTTCTTCCTTA 3242
Query 3128 GATTTCAATCAGGTAGTCAGAATTTGCCGTGAGCATGGGCTTTATGGGGCCTTGCTCTAT 3187
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3243 GATTTCAATCAGGTAGTCAGAATTTGCCGTGAGCATGGGCTTTATGGGGCCTTGCTCTAT 3302
Query 3188 CTTTTCAACAAAGGGTTGGATGATTTCAGGTCACCTCTGGAGGAACTCTTGATTGTCTTA 3247
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 3303 CTTTTCAACAAAGGGTTGGATGATTTCAGGTCACCTCTGGAGGAGCTCTTGATTGTATTA 3362
Query 3248 CGGAACAGTGAGAAACAAAGGGCTACAGCCATTGGGTA 3285
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3363 CGGAACAGTGAGAAACAAAGGGCTATAGCCATTGGGTA 3400
> Ahg327694 jgi|Araly1|327694|fgenesh1_pm.C_scaffold_6002914
Length=2403
Score = 3790 bits (2052), Expect = 0.0
Identities = 2292/2408 (95%), Gaps = 16/2408 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 3482 ATGGATACTGAAGCCACTTTAGATGTCCTAAGATATGCATTTGTAGAAAATGAAATGGTG 3541
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGATACTGAAGCCACTTTAGATGTCCTAAGATATGCATTTGTAGAAAATGAAATGGTG 60
Query 3542 AAGCATGAGAGTCACCTTCTGGAGTACGGTGAAGTAAGTGTAGAGTCCAAGACTGATGGC 3601
|||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AAGCATGAAAGTCACCTGCTGGAGTCCGGTGAAGTAAGTTTAGAGTCCAAGACTGATGGC 120
Query 3602 AGTTTACCCGAAGTTAGCAACGATATACTAATCCAGAATCTTGTAGATGCTCTAGTTCAT 3661
||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 121 AGTTTACCCGAAGTTAGCAACAATAGACTAATCCAGAATCTTATAGATGCTCTAGTTCAT 180
Query 3662 GTTCCCGACTGGGGCGTAAGCAA---TGA-G--TCTGGCGATCCAATTGATTCAAAATCA 3715
|||| ||| ||||| ||||||| ||| | ||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 181 GTTCTTGACGGGGGCTTAAGCAAGGCTGATGAATCTGGCGATCCAAATGATTCAAAATCA 240
Query 3716 GATAAAAATTGGCCTTCCAAGGAGGATACAAGTCATCTATTTGAGTTTGTTGCATATTAT 3775
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GATAAAAATTGGCCTTCCAAGGAGGATACAAGTCATCTATTTGAGTTTGTTGCATATTAT 300
Query 3776 GCAGCACGTGGTAGAGTGAGTATTTCCAAGAGCGTATTGGCACAGATTTTAGATTACTTA 3835
||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GCAGCACTTGGTAGAGTTAGTATTCCCAAGAGCGTATTGGCACAGATTTTAGATTACTTA 360
Query 3836 ACATCAGACCACATTCTTCCAACTTATAACGTGTCTTCTAAGATGAGAGAGAACCAATTA 3895
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 361 ACATCAGATCACATTCTTCCAACTTATAACGTGTCTTCTAAAATGAGAGAGAACCAATTA 420
Query 3896 CTAAACCTTCTGAAAGCTGTCCCGGAGACTGATTGGGATGCAGATTATGTATCACAGCTT 3955
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||
Sbjct 421 CTAAACCTTCTGAAAGCTGTTCCGGAGACTGATTGGGATGTAGATGATGTAACACAGCTT 480
Query 3956 TGTGAGAAAGCACATTTTTATCAGGTTTGTGGCTATATTCATATTATCGATCGAAGGTAC 4015
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 481 TGTGAGAAAGCACATTTTTATCAGGTTTGTGGCTATATTCATATTATCGGTGGAAGGTAC 540
Query 4016 GTTGCAGCTTTGGATAGCTACGTGAAAGAGGCAGATGAACCCATACATTTGTTTTGCTAT 4075
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 541 GTTGCAGCTTTGGATAGCTACATGAAAGAGGCAGATGAACCCATACATTCGTTTTGTTAT 600
Query 4076 GTGAACAAGATGCTGTCACAGTTGAGTGGAGATGAATTCACTGCCTTTCAATCTGCAATA 4135
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 601 GTGAACAAGATGCTGTCACAGTTGAGTGGAGATAAATTCACTGCCTTTCAATCTGCAGTT 660
Query 4136 ATTTCTAGGATTCCCGAGCTCCTTGATTTGAGCAGACAAGGAGCATTCTTCCTGATTATT 4195
||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |
Sbjct 661 ATTTCTAAGATTCCCGAGCTTCTTGAATTGAGCAGACAGGGAGCATTCTTCCTGATTA-T 719
Query 4196 TG-TAATTTGAAAGACACCATTAAACGCATTCAAGAGCAGCTCCATTCTCATCCAAGAAG 4254
|| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TGATAATTTGAAAGACAACATTACACGCATTCAAGAGCAGCTCCATTCTCATCCAAGAAG 779
Query 4255 CTTGTTCCTGTATCTCAAGACTGTTATTGAGGTTTACTTGTCTGGGAGTCTTGATTTTTC 4314
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 CTTGTTCCTGTATCTCAAGACTGTTATTGAGGTTCACTTGTCTGGGAGTCTTGATTTTTC 839
Query 4315 TCGTCTAAGAAAACATGAAGCTGTAGATAGCTCGGGTGAAAACATTAGAAGGGATATACC 4374
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 840 TCGTCTAAGAAAACATGAAGCTGTAGATAATTCGGGTGAAAACATTAGAAGGGAAATACC 899
Query 4375 CAAAGAGGCGAAGATTTATTTGGAAGGACTCAATGACTTTCCCAAATTCATCCAAGATAA 4434
|||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 CAAAGAGGCGGAGATTTATTTGGAAGGACTCAATGGCTTTCCCAAATTCATCCAAGATAA 959
Query 4435 TCCAGTCAATGTGACTGATGACATGATTGAGCTTTACGTGGAGCTATTATGCAAGTACGA 4494
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 960 TCCAGTCAATGTGACTGATGACATGATTGAGCTTTACTTGGAGCTACTATGCAAGTACGA 1019
Query 4495 ACCGAAGTCCGTCTTGAAATTTCTGGAAACCTTTGACAGCTACAGGGTGGAACACTGTCT 4554
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 ACCGAAGTCCGTCTTGAGATTTCTGGAAACCTTTGACAGCTACAGGGTGGAACACTGTCT 1079
Query 4555 TCGCCTCTGCCAGGAATATGGAATTGTCGATGCAGCAGCATTTCTCTTGGAAAGGGTGGG 4614
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1080 ACGCCTCTGCCAGGAATATGGAATTGTAGATGCAGCAGCATTTCTCTTGGAGAGGGTGGG 1139
Query 4615 TGATGCAGGAAGTGCTTTGTCACTTACACTCTCTGGACTCAATGAAAAATATGTCGAGCT 4674
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 TGATGCAGCAAGTGCTTTGTCACTTACACTCTCTGGACTCAATGAAAAATATGTCGAGCT 1199
Query 4675 TGAAATTGCAGTGGAATGCCTAATGTCAGAAATGAAATTGGGTGCTAGCGAAGGAGCCAG 4734
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 TGAAATTGCAGTGGAATGCCTAATGTCAGAAATGAAATTGGGTGCTAGCGAAGGAGCCAG 1259
Query 4735 CT-TGGAACACTTCAGTAGTGCCTTAGAGTTGAAAGAGGTACATGACATACAAGGTGTTT 4793
| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 -TGTGGAACAATTCAGTAGTGCTTTAGAGTTGAAAGAGGTACATGACATACAAGGTGTTC 1318
Query 4794 TGCAAGCCTGTATAGGATTGTGTCAGCGCAACACTCCTCGTCTTAATCCGGAGGAGTCAG 4853
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 TGCAAGCCTGTGTAGGATTGTGTCAGCGCAACACTCCTCGTCTTAATCCGGAGGAGTCAG 1378
Query 4854 AGATACTCTGGTTTCGCTTCCTTGACACTTTCTGTGAACCTTTGATGGAATCATACCGGG 4913
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 1379 AGATACTTTGGTTTCGCTTTCTTGACACTTTCTGTGAACCTTTGATGGATTCATATCGGG 1438
Query 4914 AACCGAAGAACACCGATGGAATAAACAAAGGTTCTTTAGGTGTTAAATCATTGGAACGTC 4973
|||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1439 AACCGAGGAACACCGATGGAAGAAACAAAGGTCCTTTAGGTGTTAAATCATTGGAACTTC 1498
Query 4974 ATGTCAATGAATCAGATGTTGCAATTAAGTGGAGGATTCCAAGATCTGATACGGCAGCG- 5032
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 1499 ATGTCAATGAATCAGACGTTGCAATTAAGTGGAGGATTCCAAGATCTGATACGGCGG-GT 1557
Query 5033 ACACACATCCTGAGAAAGCTCATATCTCAATTTATCAAAGAGATTGTTGAAGGAATGATA 5092
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 ACACACATCCTGAGAAAGCTCATATCTCAATTTATCAAAGAGATTGTTGAAGGAATGATA 1617
Query 5093 GGATATGTTCGTCTTCCAACAATCATGACAAAACTCCTTTCTGACAATGGTACTCAAGAG 5152
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||||
Sbjct 1618 GGATATGTTCGTCTTCCAACAATCATGACAAAACTCCTCTCCGAAAACGGTACTCAAGAG 1677
Query 5153 TTTGGTGATTTTAAACTTACAATACTGGGAATGCTTGGAACATATGGCTTCGAACGGAGA 5212
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 TTTGGTGATTTTAAACTTACAATATTGGGAATGCTTGGAACATATGGCTTCGAACGGAGA 1737
Query 5213 ATACTAGATACTGCAAAGTCTTTAATCGAAGATGATACATTCTACTCCATGAACTTACTT 5272
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1738 ATACTGGATACTGCAAAGTCTTTAATCGAAGATGATACATTCTACTCCATGAACTTACTC 1797
Query 5273 AAGAAAGGTGCTTCTCACGGGTATGCACCCAGAAGTTTGCTTTGTTGTATATGCAGTTGC 5332
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 AAGAAAGGTGCTTCTCACGGGTATGCACCAAGAAGTTTGCTTTGTTGTATATGCAGTTGC 1857
Query 5333 CCTCTCACCAAGACATTTTCTGCTCTTCGTGTACGTGTTTTCAACTGTGGCCACGCAACA 5392
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 CCTCTCACCAAGACATTTTCTGCTCTGCGTGTGCGTGTTTTCAACTGTGGCCACGCAACA 1917
Query 5393 CATCTTCAATGTGAACCTTCAGAGAATGAGACGTCAACATCGGCGTCATCAATTCATGTC 5452
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| | |||||||||||||||
Sbjct 1918 CATCTTCAATGTGAACCTTTAGAGAATGAGATGTCGTCATCGTCATCATCAATTCATGTC 1977
Query 5453 TCCTCATCAGGCTGTCCTGTCTGTATGACCAAGAAGACCAGCAAAAGCTCTT-TAAAAGG 5511
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||
Sbjct 1978 TCCTCGTCAGGCTGTCCTGTCTGTATGACCAAGAAGACGAGCAAAAGCTCTGCTAAA-GG 2036
Query 5512 TAAATCGTTCTACCGAGATTATGGACTGATAAGCACAGTTTCGTCAAACGCCGGGTCTTC 5571
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 2037 TAAATCGTTCTACCTAGATTATGGACTGATAAGCACAATTTCGTCAAATGCCGGGTCTTC 2096
Query 5572 ACAACGTGCTTCGCCTTACTCACACGAGAATGAAATGAGCGATCATTCTCATAACCAACA 5631
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 2097 ACAACGTGCTTCGCCTTACTCACACGAGAATGAAACGAGCGATCATTCTCATAGCCAGCA 2156
Query 5632 -ACTTTCACGGTTTGAAATCTTAACCAACCTTCAGAAAGATCAGAGATTGGTACAGATAG 5690
| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2157 TA-TATCACGGTTTGAAATCTTAACCAACCTTCAGAAAGATCAGAGATTGGTACAGATAG 2215
Query 5691 AGAGCTTGCCTCGATTAAGGCTTGCACCTCCGGCTGTGTACCATGAAAAAGTGAGCAGGC 5750
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 2216 AGAGCTTGCCTCGATTAAGGCTTGCACCTCCGGCCGTGTACCACGAAAAAGTGAGCAGAC 2275
Query 5751 TCTCGGGTTTTACCCCGGGAGAGAGTAGCGGTAAAGACACAAAACCTGTAAAAACCGGAC 5810
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2276 TCTCGGGTTTTACCCCGAAAGAGAGTAGCGGTAAAGACACAAAACCTGTAAAAACCGGAC 2335
Query 5811 AGGGTAAGAAGCCGAAAACAAAAGGATCGATATTTGGGTCAACATTTGGTAAATCTTTTC 5870
|||||||||| |||||| ||||||||||||| ||| |||||| ||||||||| |||||||
Sbjct 2336 AGGGTAAGAAACCGAAAGCAAAAGGATCGATGTTTCGGTCAAGATTTGGTAAGTCTTTTC 2395
Query 5871 TTTAATAG 5878
||| ||||
Sbjct 2396 TTTTATAG 2403
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 228992416741
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5