BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G00900.1
Length=3299
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg490475 jgi|Araly1|490475|fgenesh2_kg.6__3609__AT4G00900.1 5081 0.0
> Ahg490475 jgi|Araly1|490475|fgenesh2_kg.6__3609__AT4G00900.1
Length=3241
Score = 5081 bits (2751), Expect = 0.0
Identities = 3081/3242 (95%), Gaps = 16/3242 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 61 ACAAGAAGAAAATAACCG-TTTT--G-AGTT--AAAGTAAAGCTTTT--GAACCAATGGA 112
|||||||||||| ||||| |||| | |||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1 ACAAGAAGAAAAGAACCGTTTTTGAGTAGTTACAAAGTAAAGCTTTTGAGAACCAATGGA 60
Query 113 GGAGGAGAAGTCGTTCTCGGCGTGGTCTTGGTCTGTTGAGCAATGTTTGAAAGAGTACAA 172
||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 61 GGAAGAGAAGTCGTTCTCTGCGTGGTCTTGGTCTGTTGAGCAATGTCTGAAAGAGTACAA 120
Query 173 GACAAGATTAGACAAGGGTTTAACTAGCGAAGATGTCCAAATCCGCCGTCAAAAGTACGG 232
||||||| |||||||||||||||| || |||||| ||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 121 GACAAGACTAGACAAGGGTTTAACCAGTGAAGATATCCGATTCCGCCGTCAAAAGTACGG 180
Query 233 TTTTAACGAGCTTGCTAAGGAGAAAGGCAAGCCTTTATGGCATCTTGTATTGGAACAATT 292
|| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 181 TTACAACGAGCTCGCTAAGGAGAAAGGCAAGCCCTTATGGCATCTTGTATTGGAACAGTT 240
Query 293 CGACGATACGCTTGTGAAGATTCTTCTCGGTGCTGCGTTTATCTCTTTCGTTTTAGCCTT 352
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TGACGATACGCTTGTGAAGATTCTTCTCGGTGCTGCGTTTATCTCTTTCGTTTTAGCCTT 300
Query 353 TTTAGGT------GAGGAACACGGCTCAGGTTCAGGGTTCGAGGCCTTTGTTGAGCCTTT 406
||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TTTAGGTGAAAGCGAGGAACATGGCTCAGGTTCAGGGTTCGAGGCCTTTGTTGAGCCTTT 360
Query 407 TGTGATTGTTTTGATTCTGATTTTAAACGCTGTGGTTGGTGTGTGGCAAGAGAGTAATGC 466
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TGTGATTGTTTTGATTCTGATTTTAAACGCTGTGGTTGGTGTGTGGCAAGAGAGTAATGC 420
Query 467 TGAGAAAGCACTTGAGGCTCTTAAAGAGATGCAATGTGAATCTGCAAAGGTTTTGAGAGA 526
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TGAGAAAGCACTCGAGGCTCTTAAAGAGATGCAATGTGAATCTGCAAAGGTTTTGAGAGA 480
Query 527 TGGGAATGTGTTGCCTAATTTGCCTGCTAGAGAGCTTGTTCCAGGGGATATTGTGGAGTT 586
||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 481 TGGGACCGTGTTACCTAATTTGCCTGCTAGAGAGCTTGTTCCAGGGGATATAGTGGAGTT 540
Query 587 AAATGTAGGAGATAAAGTCCCTGCTGATATGAGAGTTTCCGGTTTGAAAACATCCACTTT 646
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 541 AAATGTAGGAGATAAAGTCCCTGCTGATATGAGAGTTTCCGGTTTGAAAACATCGACTTT 600
Query 647 AAGAGTCGAGCAAAGCTCGTTAACCGGTGAAGCAATGCCGGTTTTGAAAGGAGCGAATCT 706
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 AAGACTCGAGCAAAGCTCGTTAACCGGTGAAGCAATGCCGGTTTTGAAAGGAGCGAATCC 660
Query 707 TGTAGTCATGGATGATTGTGAACTGCAAGGGAAAGAAAATATGGTTTTCGCTGGAACAAC 766
||| |||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 661 TGTTGTCACCGATGATTGTGAGCTGCAAGGGAAAGAGAATATGGTTTTCGCGGGAACAAC 720
Query 767 GGTTGTTAACGGAAGCTGCGTTTGCATTGTGACAAGTATAGGTATGGATACGGAGATCGG 826
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 721 GGTTGTTAACGGAAGCTGCGTTTGCATTGTGACGAGTATCGGTATGGATACGGAAATCGG 780
Query 827 GAAAATCCAGA-GACAGATTCACGAGGCGTCGCTTGAAGAGAGCGAGACTCCGTTAAAGA 885
||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 781 AAAAATACAGACG-CAGATTCACGAGGCGTCGCTTGAAGAGAGTGAGACTCCGTTAAAGA 839
Query 886 AGAAGCTAGACGAGTTTGGGAGTAGATTGACTACAGCTATTTGCATTGTCTGTGTTCTTG 945
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 840 AGAAGCTAGACGAGTTCGGGAGTAGATTGACTACAGCTATCTGCATTGTCTGTGTTCTTG 899
Query 946 TGTGGATGATAAACTACAAGAACTTTGTTTCTTGGGATGTTGTGGATGGCTATAAACCTG 1005
||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 TGTGGATTATTAACTACAAGAACTTTGTTTCTTGGGATGTTGTGGATGGCTATAAACCTG 959
Query 1006 TGAATATCAAGTTTTCATTCGAGAAATGTACTTACTACTTCAAAATCGCTGTTGCTCTCG 1065
||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 960 TGAATATCAGGTTTTCATTCGAGAAATGCACTTACTACTTCAAAATCGCGGTTGCTCTAG 1019
Query 1066 CAGTGGCAGCGATACCCGAGGGTTTACCCGCTGTGATCACGACATGTTTAGCTTTAGGGA 1125
| |||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1020 CCGTGGCAGCAATTCCTGAGGGTTTACCTGCTGTGATCACGACATGTCTAGCTTTAGGGA 1079
Query 1126 CGAGGAAAATGGCGCAGAAGAACGCGATAGTGAGGAAGCTCCCGAGTGTAGAGACACTCG 1185
| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1080 CAAAGAAAATGGCGCAGAAGAACGCAATAGTGAGGAAGCTTCCGAGTGTAGAGACACTCG 1139
Query 1186 GTTGCACAACTGTGATCTGTTCAGATAAAACCGGGACTTTAACAACAAACCAGATGTCTG 1245
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 GTTGCACAACTGTTATCTGTTCAGACAAAACCGGGACTTTAACAACAAACCAGATGTCTG 1199
Query 1246 CAACCGAATTCTTCACATTAGGCGGTAAAACAACGACTACTCGAGTGTTTTCAGTCAGTG 1305
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||
Sbjct 1200 CAACCGAATTCTTCACATTAGGCGGTAAAACAACGACTACTCGAGTCTTTTCTGTCAATG 1259
Query 1306 GTACGACTTATGATCCTAAAGATGGTGGAATTGTGGATTGGGGCTGCAACAATATGGATG 1365
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 1260 GTACGACTTATGATCCTAAAGACGGTGGAATTGTTGATTGGGGATCCAACAATATGGATG 1319
Query 1366 CTAACTTGCAAGCTGTTGCTGAGATATGTTCAATTTGTAATGATGCTGGAGTGTTCTATG 1425
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1320 CTAACTTGCAAGCTGTTGCTGAGATATGTTCAATTTGTAATGATGCTGGGGTGTTCTATG 1379
Query 1426 AAGGGAAGTTGTTTAGAGCAACAGGTTTGCCTACAGAAGCAGCATTGAAAGTTCTTGTTG 1485
|||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 1380 AAGGAAAGTTGTTTAGAGCAACGGGTTTGCCTACAGAAGCTGCCTTGAAAGTTCTTGTTG 1439
Query 1486 AGAAGATGGGTATCCCGGAGAAGAAGAACAGTGAGAACATCGAGGAAGTTACAAACTTTT 1545
||||||||||||| || |||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||
Sbjct 1440 AGAAGATGGGTATTCCAGAGAAGAAGAACGGTGAGAATATCGAGGAAGTTGCAAACTTTT 1499
Query 1546 CAGACAATGGTAGCTCAGTGAAGCTAGCTTGTTGCGATTGGTGGAACAAAAGATCGAAAA 1605
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 CAGACAATGGTAGCTCAGTGAAGCTAGCTTGTTGCGATTGGTGGAACAAAAGATCGAAAA 1559
Query 1606 AGGTAGCGACATTAGAGTTTGATCGCGTTCGTAAGTCCATGAGTGTTATTGTGAGCGAAC 1665
||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1560 AGGTAGCGACACTCGAGTTTGATCGCGTCCGTAAGTCCATGAGTGTTATTGTGCGCGAAC 1619
Query 1666 CAAATGGACAAAACCGGCTTCTCGTTAAGGGTGCTGCTGAGAGTATACTTGAGAGAAGTT 1725
|||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 CAAATGGAGAAAACCGGCTTCTCGTTAAGGGTGCAGCTGAGAGTATACTTGAGAGAAGTT 1679
Query 1726 CTTTTGCACAGCTTGCTGATGGATCTCTTGTAGCTTTAGATGAATCTAGCAGAGAAGTAA 1785
|||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1680 CTTTTGCACAACTCGCTGATGGATCTCTTGTCCCTTTAGATGATTCTAGCAGAGAAGTAA 1739
Query 1786 TCCTTAAGAAACATTCTGAAATGACTTCAAAAGGATTAAGATGTTTAGGATTAGCTTACA 1845
|||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1740 TCCTCAAGAAACATTCTGAAATGACTTCAAAGGGATTAAGATGTTTAGGATTGGCTTACA 1799
Query 1846 AAGACGAATTAGGAGAGTTTTCGGATTACTCTTCCGAAGAACATCCTTCACACAAGAAGC 1905
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 AAGACGAATTAGGAGAGTTTTCGGATTACTCTTCTGAAGAACATCCTTCACACAAGAAGC 1859
Query 1906 TTTTGGACCCTTCTAGCTATTCGAACATCGAAACAAATCTAATCTTTGTTGGAGTTGTTG 1965
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1860 TTTTAGACCCTTCTAGCTATTCGAACATCGAAACAAATCTAATCTTCGTTGGAGTTGTTG 1919
Query 1966 GTCTAAGAGATCCTCCGCGTGAAGAAGTTGGAAGAGCAATTGAAGATTGCAGAGACGCAG 2025
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1920 GTCTAAGAGATCCTCCGCGTGAAGAAGTTGGAAGAGCAATTGAAGATTGCAGAGACGCTG 1979
Query 2026 GGATAAGAGTAATGGTTATAACTGGAGATAACAAATCAACAGCTGAAGCTATTTGTTGTG 2085
|||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1980 GGATTAGAGTAATGGTGATAACTGGGGATAACAAATCAACAGCTGAAGCTATATGTTGTG 2039
Query 2086 AAATTAGATTGTTTTCGGAGAATGAAGATCTTTCGCAGAGTAGCTTCACTGGTAAAGAGT 2145
| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2040 AGATTAGATTGTTTTCAGAGAATGAAGATCTTTCGCAGAGTAGCTTCACCGGTAAAGAGT 2099
Query 2146 TTATGTCTCTTCCGGCTTCACGGAGATCCGAGATTCTGTCAAAATCTGGAGGGAAAGTGT 2205
|||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 TTATGTCTTTTCCGGCTTCACGGAGATCCGAAATTCTGTCAAAATCTGGAGGGAAAGTGT 2159
Query 2206 TCTCTCGAGCTGAGCCAAGGCATAAGCAAGAAATCGTTAGGATGCTTAAGGAAATGGGAG 2265
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2160 TCTCTCGAGCTGAGGCAAGGCATAAGCAAGAAATCGTTAGGATGCTTAAAGAAATGGGAG 2219
Query 2266 AAATAGTTGCCATGACAGGTGATGGTGTGAATGATGCTCCTGCTTTGAAACTTGCTGACA 2325
|||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 2220 AAATCGTTGCGATGACAGGTGATGGTGTGAATGATGCTCCTGCGTTGAAACTCGCTGACA 2279
Query 2326 TTGGTATCGCCATGGGAATCACTGGAACTGAGGTTGCCAAAGAAGCTTCGGATATGGTTC 2385
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2280 TTGGTATTGCCATGGGAATCACTGGAACTGAGGTTGCGAAAGAAGCTTCGGATATGGTTC 2339
Query 2386 TTGCAGATGATAATTTCAGTACTATAGTATCAGCTGTAGCAGAAGGTCGGTCCATTTACA 2445
||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2340 TTGCAGATGATAATTTCAGTACTATCGTCTCGGCTGTAGCAGAAGGTCGTTCCATTTACA 2399
Query 2446 ACAATATGAAAGCTTTTATCAGGTATATGATATCATCAAACGTTGGAGAAGTAATCTCCA 2505
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2400 ACAATATGAAAGCTTTTATCAGGTATATGATATCATCAAACGTTGGAGAAGTAATCTCCA 2459
Query 2506 TCTTCTTAACCGCGGCATTGGGGATACCGGAATGTATGATACCGGTTCAGCTTCTTTGGG 2565
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2460 TCTTCTTAACCGCGGCATTGGGGATACCGGAATGTATGATACCTGTTCAGCTTCTTTGGG 2519
Query 2566 TTAATCTTGTAACTGATGGTCCTCCTGCTACTGCGTTAGGCTTCAATCCAGCTGATATTG 2625
||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2520 TTAATCTGGTAACTGATGGTCCTCCAGCTACAGCGCTAGGCTTCAATCCAGCTGATATTG 2579
Query 2626 ATATCATGAAGAAGCCACCCCGCAAAAGCGATGATTGTCTCATTGATTCATGGGTTCTTA 2685
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2580 ATATTATGAAGAAACCACCCCGCAAAAGCGATGATTGTCTCATCGATTCATGGGTTCTTA 2639
Query 2686 TTCGATATCTAGTGATTGGTTCTTATGTTGGAGTTGCAACTGTTGGAATCTTTGTCTTGT 2745
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 2640 TTCGATATCTAGTGATTGGTTCTTATGTTGGAGTTGCAACTGTGGGAATATTTGTCTTGT 2699
Query 2746 GGTACACACAAGCTTCATTCCTTGGGATTAGCCTAATCTCAGATGGACACACATTGGTTA 2805
|||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2700 GGTACACACAAGCTTCTTTCCTCGGGATTAGCCTAATCTCAGATGGACACACATTGGTCA 2759
Query 2806 GCTTCACTCAGCTTCAGAACTGGTCAGAGTGTTCTTCGTGGGGAACGAACTTCACGGCGA 2865
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2760 GCTTCAATCAGCTTCAGAACTGGTCAGAGTGTTCTTCGTGGGGAACGAACTTCACTGCGA 2819
Query 2866 CTCCTTACACAGTCGCAGGTGGTCTTAGGACCATCGCGTTTGAGAACAATCCTTGCGATT 2925
||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2820 CTCCTTACACAATCGCAGGTGGTCTTAAGACCATCGCGTTTGAGAACAATCCTTGCGATT 2879
Query 2926 ACTTCACTCTCGGGAAAGTCAAGCCAATGACATTATCACTCACCGTTCTTGTGGCTATCG 2985
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||| |
Sbjct 2880 ACTTCACTCTTGGGAAAGTCAAGCCAATGACATTATCGCTCTCTGTTCTTGTGGCTATTG 2939
Query 2986 AAATGTTTAACTCGCTGAACGCGTTGTCTGAAGACAACAGTCTCTTAACGATGCCACCAT 3045
| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2940 AGATGTTTAACTCGCTGAACGCGTTGTCCGAAGACAACAGTCTCTTAACGATGCCACCAT 2999
Query 3046 GGAGAAACCCTTGGCTACTAGTGGCCATGACTGTCTCCTTTGCGCTACACTGTGTCATCC 3105
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||| || ||||
Sbjct 3000 GGAGAAACCCTTGGCTACTAGTGGCCATGACTGTCTCCTTGGGGCTTCACTGCGTGATCC 3059
Query 3106 TCTATGTTCCTTTCTTAGCTAATGTGTTTGGGATTGTGCCTTTGAGTTTCAGGGAATGGT 3165
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3060 TCTACGTTCCTTTCTTAGCTAATGTGTTTGGGATTGTGCCTTTGAGTTTCAGGGAATGGT 3119
Query 3166 TTGTGGTTATTCTTGTTTCCTTCCCTGTGATTCTGATCGATGAAGCTCTCAAGTTCATTG 3225
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3120 TTGTGGTTATTCTTGTTTCCTTCCCTGTGATTCTAATCGATGAAGCTCTCAAGTTCATTG 3179
Query 3226 GGAGATGCAGAAGGACAAGAATCAAGAAGAAGATCAAGACAATGTAAAAGTCTGATCAAC 3285
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3180 GGAGATGCAGAAGGACAAGAATGAAGAAGAAGATCAAGACAATGTAAAAGTCTGATCAAC 3239
Query 3286 AC 3287
||
Sbjct 3240 AC 3241
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 124524378856
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5