BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G01030.1
Length=2702
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg327675 jgi|Araly1|327675|fgenesh1_pm.C_scaffold_6002895 3280 0.0
Ahg943647 jgi|Araly1|943647|scaffold_604191.1 300 4e-80
> Ahg327675 jgi|Araly1|327675|fgenesh1_pm.C_scaffold_6002895
Length=3918
Score = 3280 bits (1776), Expect = 0.0
Identities = 2134/2311 (92%), Gaps = 8/2311 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTATCGGTTTCTGGGTTTAACTATCCATGGTGGTTTGATCAAGAGAGGGCTTGATAAT 60
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1612 ATGTATCGGTTTCTGGGTTTCACTATCCATGGTGGTTTGATCAAGAGAGGCCTCGATAAT 1671
Query 61 TCAGACACACGAGTGGTTTCTGCGTCGATGGGTTTTTATGGAAGATGTGTGAGTTTGGGT 120
||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1672 TCAGACACACGAGTGGTTTCTGCGTTGATGGGTTTCTATGGAAGATGTGTGAGTTTGGAT 1731
Query 121 TTTGCTAACAAGTTATTCGATGAAATGCCTAAAAGAGATGATCTTGCATGGAACGAGATC 180
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1732 CTTGCTAACAAGATATTCGATGAAATGCCTAAAAGAGATGATCTTGCATGGAACGAGATC 1791
Query 181 GTAATGGTAAACTTGCGGAGTGGGAATTGGGAAAAGGCTGTGGAACTTTTCAGAGAGATG 240
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||
Sbjct 1792 GTGATGGTAAACTTGCGGAGTGGGAATTGGGAAAAGGCTGTGAAACTGTTCAGAGTGATG 1851
Query 241 CAGTTTTCTGGTGCTAAAGCTTATGATAGCACAATGGTTAAGCTTTTGCAAGTTTGTAGC 300
| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1852 CGGTTTTCTGGTGCAAAAGCTTATGATAGTACAATGGTTAAGCTTTTGCAAGTTTGTAGC 1911
Query 301 AATAAGGAAGGTTTTGCAGAAGGGAGACAGATTCATGGGTATGTTCTGAGACTCGGGCTT 360
|| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||
Sbjct 1912 AACAAGGAAGGTTTTGCACAAGGGAGACAGATTCATGGGTATGTTCTGAGATTGGGGTTT 1971
Query 361 GAATCAAATGTGTCTATGTGTAACTCTTTGATTGTCATGTATTCGAGGAATGGCAAGCTT 420
|||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1972 GAATCAAATGTGTCCATGTGTAACTCCTTGATTGTCATGTACTCGAGGAATGGCAAGCTT 2031
Query 421 GAATTATCCAGGAAAGTTTTTAACTCGATGAAAGACCGGAATTTGTCTTCGTGGAACTCG 480
|||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2032 GAATCATCCAGGAAAGTTTTTAATTCGATGGTAGACCGGAATTTGTCTTCGTGGAACTCG 2091
Query 481 ATTTTATCGAGTTATACGAAACTTGGTTATGTAGATGATGCTATCGGTCTCCTGGACGAG 540
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2092 ATTGTATCGAGTTATACGAAACTTGGTTATGTAGATGATGCTATGGGTCTCCTGGACGAG 2151
Query 541 ATGGAGATATGTGGTCTGAAGCCAGATATAGTGACATGGAACTCTCTTTTGTCAGGTTAT 600
||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2152 ATGGAGACATGTGGTCTGAAACCAGATATAGTGACATGGAACTCTCTTTTGTCAGGTTTT 2211
Query 601 GCTTCTAAAGGCTTATCCAAAGATGCCATTGCTGTATTGAAGAGAATGCAAATTGCTGGT 660
|||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2212 GCTTCTAAAGCCTTATCCAGAGATGCCATTGCGGTATTGAAGAGAATACAAATTGCTGGT 2271
Query 661 CTGAAGCCAAGCACGAGCTCAATTAGTAGTCTTCTTCAAGCTGTAGCTGAACCGGGGCAT 720
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |
Sbjct 2272 CTGAAGCCAAACACGAGCTCAATTAGTAGTCTTCTTCAAGCTGTTTATGAACCAGGGCTT 2331
Query 721 CTTAAACTTGGGAAAGCGATCCACGGATACATATTAAGAAATCAGCTTTGGTACGATGTG 780
||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2332 CTTAAACTTGGAAAAGCGATTCACGGATATGTAATAAGAAATCAGCTTTGGTACGATGTG 2391
Query 781 TATGTAGAAACCACCTTGATCGACATGTATATTAAAACTGGCTACTTGCCTTACGCCCGG 840
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2392 TATGTAGAAACCACATTGATTGACATGTATATTAAAACTGGCTACTTGCCTTACGCCCGG 2451
Query 841 ATGGTTTTTGATATGATGGATGCGAAGAACATTGTTGCTTGGAATTCACTCGTCTCGGGA 900
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2452 ATGGTTTTTGATATGATGGATGAGAAGAACATTGTTGCTTGGAATTCACTCATCTCGGGA 2511
Query 901 CTTTCGTACGCTTGTCTTCTAAAGGATGCTGAAGCTTTGATGATTAGAATGGAGAAGGAA 960
||||||||| | |||| |||||||| |||||||| || || | ||||||||| ||||||
Sbjct 2512 CTTTCGTACACCGGTCTGCTAAAGGAAGCTGAAGCGTTAATAAGTAGAATGGAAAAGGAA 2571
Query 961 GGGATCAAACCTGATGCTATTACATGGAACAGTCTTGCTTCTGGGTATGCGACTTTGGGG 1020
|||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2572 GGGATCAAACCTGATGCTGTTACATGGAACAGTCTGGTTTCTGGGTATGCGAC-TTGGGG 2630
Query 1021 -AAACCTGAGAAGGCATTAGATGTGA-TAGGGAAGATGAAGGAGAAAGGTGTGGCCCCTA 1078
||| ||||||| || || | ||| | ||||||||||||| |||| || |||| ||||
Sbjct 2631 AAAAACTGAGAAAGCTTTGGCTGT-AGTAGGGAAGATGAAAAAGAACGGGGTGGAGCCTA 2689
Query 1079 ACGTGGTTTCATGGACAGCCATTTTTTCAGGATGTTCCAAAAATGGAAACTTCAGGAATG 1138
| |||||||||||||| ||||| || || || |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2690 ATGTGGTTTCATGGACTGCCATCTTGTCGGGGTGTTCCAAAAATGGAAACTTTGGGAATG 2749
Query 1139 CTCTCAAAGTTTTCATTAAAATGCAGGAAGAAGGTGT-TGGTCCGAACGCAGCAACTATG 1197
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||| ||| |||| || ||
Sbjct 2750 GTCTCAAAGTTTTCATGAAAATGCAGGAAGAAGGTGTCT-CTCCAAACTCAGCTACCATA 2808
Query 1198 TCCACCTTGCTTAAGATATTAGGTTGCTTAAGTCTACTACACAGTGGCAAAGAGGTTCAC 1257
|||| |||||||| ||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 2809 TCCAGCTTGCTTAGGATATTAGGTTACTTGAGTCTATTATACAGTGGCAAAGAGGTTCAC 2868
Query 1258 GGTTTCTGTTTGAGGAAAAATTTGATCTGCGATGCATATGTTGCAACTGCACTAGTAGAT 1317
| |||||| | | ||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2869 AGCTTCTGTCTAAAGAACAATTTGATCCACGATGCACATGTTGCAACTGCACTAGTAGAT 2928
Query 1318 ATGTATGGAAAATCAGGGGATCTGCAAAGTGCGATTGAGATTTTCTGGGGCATTAAGAAC 1377
||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2929 ATGTACGCAAAATCAGGGGATCTGCAAAGCGCGGCTGAGATTTTCTGGGGCATTAAGAAC 2988
Query 1378 AAATCGCTAGCTTCTTGGAACTGTATGCTCATGGGTTATGCCATGTTTGGGCGAGGCGAA 1437
||| | |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2989 AAACCACTAGCTTCTTGGAATTGTATGATCATGGGTTATGCCATGTTTAGGCGAGGCGAA 3048
Query 1438 GAAGGGATCGCGGCTTTCAGTGTGATGCTTGAAGCGGGCATGGAACCAGATGCTATAACG 1497
|||||||| |||| ||| | || ||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||
Sbjct 3049 GAAGGGATTGCGGTTTTTACTGCAATGCTTGAAGCGGGCATTGAACCTGATGTTATAACG 3108
Query 1498 TTTACCTCTGTCTTGTCTGTCTGTAAGAACTCAGGTCTTGTCCAAGAAGGGTGGAAATAC 1557
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 3109 TTTACCTCTGTCTTGTCTGTTTGTAAGAACTCAGGTCTTGTCCGAGAAGGATGGAAATAC 3168
Query 1558 TTTGATCTTATGAGGTCTCGTTATGGTATAATCCCGACCATCGAACACTGCTCTTGCATG 1617
||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3169 TTTGATCTTATGAGGTCTCATTATGGTGTTATCCCGACTATCGAACACTGCTCTTGCATG 3228
Query 1618 GTAG-ATCTGCTCGGGAGATCGGGTTATCTTGATGAAGCCTGGGACTTCATTCAAACAAT 1676
|||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||
Sbjct 3229 GTAGAAT-TGCTCGGGAGATCGGGTTATCTTGATGAAGCCTGGGACTTTATCCGAACAAT 3287
Query 1677 GTCATTAAAACCCGATGCAACTATTTGGGGTGCTTTTCTTTCATCTTGTAAGATTCATAG 1736
| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3288 GCCATTAAAACCCGATGCAACTATTTGGGGTGCATTTCTTTCATCTTGTAAGATCCATAG 3347
Query 1737 AGACCTAGAACTCGCGGAAATCGCTTGGAAGAGGCTTCAAGTACTAGAACCACACAATTC 1796
||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3348 AGACCTAGAACTCGCTGAAATCTCTTGGAAGAGGCTTCAAGTACTAGAACCACACAATTC 3407
Query 1797 AGCTAACTACATGATGATGATAAACTTGTACAGTAATTTGAACAGATGGGAAGATGTTGA 1856
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3408 AGCTAACTACATGATGATGATAAACTTGTACAGTAATTTGAACAGATGGGGAGATGTTGA 3467
Query 1857 ACGTATACGGAACTTAATGAGGAATAACAGGGTGAGAGTCCAGGATCTGTGGAGCTGGAT 1916
|| |||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3468 ACACATACGGAACTCAATGAGCAATAATAGGGTGAGAGTCCAGGATCTGTGGAGCTGGAT 3527
Query 1917 TCAGATAGATCAAACGGTTCACATCTTCTATGCGGAGGGAAAAACACATCCTGATGAAGG 1976
|||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 3528 TCAGATCGATCAAACGGTTCACATCTTCTATGCAGAGGGAAAAGCACATCCGGATGAAGG 3587
Query 1977 AGATATATACTTTGAGCTGTACAAATTAGTCTCTGAGATGAAGAAATCAGGTTATGTGCC 2036
||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3588 AGAGATATACTTTGAGCTATACAAATTAGTCTCTGAGATGAAGAAATCAGGTTATATGCC 3647
Query 2037 AGACACAAGCTGTATACACCAAGACATAAGTGATTCAGAGAAAGAGAAGCTGCTTATGGG 2096
||||||||| ||| |||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3648 AGACACAAGATGTGTACATCAAAACATAAGTGAATCAGAGAAAGAGAAGCTGCTTATGGG 3707
Query 2097 ACATACAGAGAAGTTAGCAATGACGTATGGCCTTATCAAGAAGAAAGGCTTAGCTCCTAT 2156
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3708 ACATACAGAGAAGTTAGCAATGACTTATGGCCTTATCAAGAAGAAAGGCATAGCTCCTAT 3767
Query 2157 AAGAGTGGTCAAAAACACGAATATATGTTCTGATAGCCACACCGTAGCCAAATACATGTC 2216
|||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 3768 AAGAGTGGTCAAAAACACAAATCTATGTTCTGATTGCCACACTGTAGCCAAATACATATC 3827
Query 2217 GGTTTTGAGAAACCGTGAGATTGTTTTACAAGAAGGGGCAAGGGTTCATCATTTCAGAGA 2276
|||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3828 GGTTTTAAGAAACCGTGAAATTGTTTTACAAGAGGGGGCAAGAGTTCATCATTTCAGAGA 3887
Query 2277 CGGAAAATGTTCCTGCAACGACTCTTGGTGA 2307
|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3888 CGGAAAATGTTCCTGCAACGACTCTTGGTGA 3918
> Ahg943647 jgi|Araly1|943647|scaffold_604191.1
Length=672
Score = 300 bits (162), Expect = 4e-80
Identities = 172/177 (97%), Gaps = 0/177 (0%)
Strand=Plus/Minus
Query 2526 CCAAATCTTCAAAGGTTGGTTTCTGTATGATTCTTCTCTCTGTATCCATTGGAAGCGTTA 2585
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||
Sbjct 659 CCAAATCTTCAAAGGTTGGTTGCTGTATGATTCTTCTCTCTGTATCCGTTGGAAGTGTTA 600
Query 2586 CAGAAAGTTGCGATGGAATTGGTAATGTCTTGAGCAGCCAATCTTTCAGAGACACAAGCC 2645
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 CAGAAAGTGGCGATGGAATTGGTAATGTCCTGAGCAGCCAATCTTTCAGAGACACAAGCC 540
Query 2646 AAGGATTTGAGGTTACACTTTATGAGTGATTCCACGAAGTAACATGTATCATCTTTG 2702
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 AAGGATTTGAGGTTACACTTTATGAGTGATTCCACGAAGTAACATGTATCATCTTTG 483
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 101929495620
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5