BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G01210.1
Length=3537
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg943625 jgi|Araly1|943625|scaffold_604169.1 3927 0.0
> Ahg943625 jgi|Araly1|943625|scaffold_604169.1
Length=3098
Score = 3927 bits (2126), Expect = 0.0
Identities = 2331/2431 (96%), Gaps = 9/2431 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 404 GAGTTGCATGTATAGAAATGGGTTCTTTGGAATCTGGGATTCCGACGAAGCGAGATAACG 463
|||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 4 GAGTTGCATGTAGAGAAATGGGTTCTCTGGAATCTGGGATTCCGACGAAGAGAGATAACG 63
Query 464 GCGGCGTAAGAGGTGGAAGacagcaacaacagcaacagcaacagcaacagTTCTTCTTGC 523
|||||| ||| ||||||||||||| | | | | ||| | ||| ||||||||||||||||
Sbjct 64 GCGGCGGGAGAAGTGGAAGACAGCAGC-A-A-CTACAACTACAACAACAGTTCTTCTTGC 120
Query 524 AGAGAAACAGATCGAGACTCTCCAGATTCTTTCTATTGAAGAGTTTTAATTACCTCCTAT 583
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 121 AGAGAAACAGATCGAGACTCTCCAGATTCTTTCTATTGAAGAGTTTTAATTACCTTCTAT 180
Query 584 GGATTT-CTATAATTTGTGTCTTCTTCTTCTTCGCTGTGCTGTTCCAGATGTTTTTGCCG 642
|||||| || ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 181 GGATTTCCT-CAATTTGTGTGTTCTTCTTCTTCGTTGTGCTGTTCCAGATGTTTTTACCA 239
Query 643 GGTTTGGTGATTGATAAATCGGATAAACCATGGATTAGTAAGGAGATTTTGCCACCTGAT 702
||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 GGTCTGGTGATTGATAAATCTGATAAACCATGGAATAGTAAGGAGATTTTGCCACCTGAT 299
Query 703 TTGGTTGGTTTTAGGGAGAAAGGGTTTTTGGATTTTGGTGATGATGTTAGAATTGAGCCC 762
||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 300 TTGGTGGGTTTTAGAGAGAAAGGGTTTTTGGATTTCGGTGATGATGTTAGATTTGAGCCC 359
Query 763 ACCAAGCTTCTGATGAAATTCCAAAGAGATGCTCATGGTTTTAATTTTACATCTTCTTCT 822
||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| ||||| ||||| ||||||
Sbjct 360 ACCAAGCTTCTGATGAAATTCCAGAGAGAGGCTAATGGTTTGAATTTCACATCATCTTCT 419
Query 823 CTCAATACCACTCTGCAGCGTTTTGGATTCAGAAAGCCTAAGCTAGCTCTGGTTTTTGGC 882
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
Sbjct 420 CTCAATACGACTCTGCAGCGTTTTGGATTCAGAAAGCCCAAGCTAGCTCTGGTTTTTGCC 479
Query 883 GATTTGTTAGCTGATCCAGAACAGGTGTTAATGGTGTCTCTCTCCAAGGCACTGCAAGAG 942
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 480 GATTTGTTAGCTGATCCAGAACAGGTGTTAATGGTGTCTCTCTCCAAGGCACTTCAAGAG 539
Query 943 GTTGGCTATGCAATTGAGGTTTACTCGCTTGAAGATGGTCCAGTGAATAGTATTTGGCAG 1002
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 540 ATTGGCTATGCAATTGAGGTTTACTCGCTTGAAGACGGTCCAGTGAATAGTATTTGGCGG 599
Query 1003 AAAATGGGAGTTCCAGTCACAATACTCAAGCCTAATCAGGAATCGAGTTGTGTTATCGAC 1062
|||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 600 AAAATGAGAGTTCCTGTCACAATACTCAAGACTAATCATGCATCGAGTTGTGTTATCGAC 659
Query 1063 TGGCTCTCCTATGATGGCATAATTGTGAACTCTCTCCGAGCTAGGAGTATGTTTACTTGC 1122
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 660 TGGCTGTCCTATGATGGCATAATTGTGAACTCTCTCCGAGCTAAGAGTATGTTTACTTGC 719
Query 1123 TTCATGCAAGAACCTTTCAAATCTTTGCCTCTTATTTGGGTCATCAATGAAGAAACTCTT 1182
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 720 TTCATGCAAGAACCTTTCAAATCTTTGCCTCTTATTTGGGTCATCAACGAAGAAACTCTT 779
Query 1183 GCTGTTCGGTCTAGACAGTACAACTCAACAGGGCAGACTGAACTCCTCACTGACTGGAAA 1242
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 GCTGTTCGGTCTAGACAGTACAACTCAACAGGGCAGACTGAACTCCTCACTGACTGGAAA 839
Query 1243 AAGATTTTCAGCCGGGCATCGGTTGTAGTCTTCCATAATTATCTCCTTCCGATACTCTAC 1302
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 AAGATTTTTAGCCGGGCATCGGTCGTAGTCTTCCATAATTATCTCCTTCCGATACTCTAC 899
Query 1303 ACCGAGTTTGATGCTGGCAACTTCTATGTGATTCCCGGATCTCCTGAAGAAGTATGTAAA 1362
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 900 ACCGAGTTCGATGCTGGCAACTTCTATGTGATTCCCGGATCTCCTGAAGATGTATGGAAA 959
Query 1363 GCAAAGAATCTAGAGTTTCCTCCACAGAAAGATGATGTGGTCATTTCCATTGTGGGAAGT 1422
||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 GCAAAGAATCTGGAGTTTCCTCCACAGAAAAATGATGTGGTCATTTCCATTGTGGGAAGT 1019
Query 1423 CAGTTCTTGTACAAGGGTCAATGGCTGGAACATGCCCTGCTTCTGCAAGCTCTACGGCCT 1482
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 CAGTTCTTGTACAAGGGTCAATGGCTGGAACATGCCCTGCTTCTGCAAGCTCTACGGCCG 1079
Query 1483 TTATTTTCGGGCAATTACCTTGAAAGTGATAATTCCCATCTCAAGATCATAGTTTTAGGT 1542
|||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1080 TTATTTCCAGGCAATTACCTTGAAAGTGATACTTCCCATCTCAAGATCATTGTTTTAGGT 1139
Query 1543 GGAGAGACAGCGTCCAACTACAGCGTAGCTATTGAGACAATTTCCCAGAACTTGACATAT 1602
|||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 GGAGAGTCAGCTTCCAACTACAGTGTAGCTATTGAGACAATTTCCCAGAACTTGACATAT 1199
Query 1603 CCAAAAGAGGCTGTGAAGCACGTAAGAGTTGCGGGGAATGTTGATAAGATTCTTGAAAGT 1662
|||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1200 CCAAAAGATGCTGTGAAGCACGTAAGCGTCGCGGGGAATGTTGATAAGATACTTGAAAGT 1259
Query 1663 TCTGATCTTGTTATATATGGATCATTTCTTGAGGAGCAGTCTTTTCCAGAAATTTTGATG 1722
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 TCTGATCTTGTTATATATGGATCATTTCTTGAGGAGCAGTCTTTTCCAGAAATTTTGATG 1319
Query 1723 AAGGCCATGTCCTTGGGGAAACCTATAGTTGCACCAGACCTCTTCAACATTAGAAAATAT 1782
||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1320 AAGGCCATGTCCTTGGGAAAACCTATAGTTGCGCCAGACCTCTTCAACATTAGAAAACAT 1379
Query 1783 GTTGACGACAGGGTTACTGGGTATCTCTTCCCCAAGCAGAATCTTAAAGTTCTATCGCAA 1842
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 1380 GTTGACGACAGGGTTACTGGGTATCTCTTCCCCAAGCAGGATCTTAAGGTTCTATCGCAA 1439
Query 1843 GTTGTGCTTGAAGTGATAACAGAAGGGAAGATATCTCCATTGGCTCAGAAGATTGCCATG 1902
|||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 ATTGTGCTTGAAGTGATAACAGAAGGGAAAATATCTTCATTGGCTCAGAAGATTGCCATG 1499
Query 1903 ATGGGGAAAACAACTGTTAAAAATATGATGGCTCGGGAAACCATAGAAGGTTATGCAGCT 1962
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 ATGGGGAAAACAACTGTTAAAAATATGATGGCTCGGGAAACCATAGAAGGTTATGCAGCT 1559
Query 1963 CTACTAGAGAATATGCTCAAGTTTTCTTCGGAAGTTGCTTCTCCTAAGGATGTACAAAAA 2022
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 CTACTAGATAATATGCTCAAGTTTTCTTCGGAAGTTGCTTCTCCTAAGGATGTACAAAAA 1619
Query 2023 GTTCCTCCAGAACTGAGAGAAGAGTGGAGTTGGCATCCGTTTGAAGCTTTTATGGATACA 2082
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1620 GTTCCTCCAGAACTGAGAGAAGAGTGGAGTTGGCATCCGTTTGAAGCTTTTCTGGATACA 1679
Query 2083 TCGCCT-AATAATAGAATAGCAAGAAGTTATGAGTTCTTAGCGAAGGTTGAGGGGCATTG 2141
||| || |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 TCG-CTAAATAATAGAACAGCAAGAAGTTATGAGTTTTTAGCGAAGGTTGAGGGGCATTG 1738
Query 2142 GAATTATACCCCAGGAGAAGCTATGAAATTTGGAGCTGTTAATGATGATTCGTTCGTGTA 2201
||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 GAACCATACCCCAGGAGAAGCTATGAGATTTGGAGCTGTTAATGATGATTCGTTCGTGTA 1798
Query 2202 TGAAATTTGGGAAGAAGAGAGATATCTTCAAATGATGAATAGTaaaaaaaGACGAGAAGA 2261
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 TGAAATTTGGGAAGAAGAGAGATATCTTCAAATGATGAATAGTAAAAAAAGACGAGAAGA 1858
Query 2262 CGAGGAGCTGAAAAGCAGAGTCTTGCAGTATCGTGGGACATGGGAAGATGTATATAAAAG 2321
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1859 CGAGGAGCTGAAAAGCAGAGCCTTGCAGTATCGTGGGACATGGGAAGAAGTTTATAAAAG 1918
Query 2322 CGCCAAAAGGGCAGACCGAAGTAAGAATGATCTACATGAGAGGGATGAAGGGGAGCTGCT 2381
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 CGCCAAAAGGGCAGACCGAAGTAAGAATGATCTACATGAGAGGGATGAAGGGGAGCTGCT 1978
Query 2382 AAGAACCGGTCAACCTTTATGCATATATGAACCCTATTTTGGTGAAGGAACCTGGTCGTT 2441
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 AAGAACCGGTCAACCTTTATGCATATATGAACCCTATTTTGGTGAAGGAACCTGGTCGTT 2038
Query 2442 TCTACATCAAGATCCCCTCTATCGTGGGGTTGGCCTGTCAGTTAAAGGACGTAGACCTAG 2501
|||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2039 TCTACATCAATATCCCCTCTATCGGGGGGTCGGCCTGTCAGTTAAAGGACGGAGACCTAG 2098
Query 2502 GATGGATGATGTCGATGCATCATCACGTCTTCCGCTTTTCAACAATCCGTACTATCGCGA 2561
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2099 GATGGATGATGTCGATGCATCATCACGTCTTCCGCTTTTCAACAATCCATACTATCGCGA 2158
Query 2562 TGCTCTTGGTGACTTTGGAGCtttttttGCAATCTCAAACAAGATTGATCGGTTACACAA 2621
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2159 TGCTCTTGGTGACTTTGGAGCATTTTTTGCAATCTCAAACAAGATTGATCGTTTACACAA 2218
Query 2622 GAATTCATGGATTGGGTTTCAGTCCTGGAGAGCGACTGCCAGGAAGGAATCTTTATCCAA 2681
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2219 GAATTCATGGATTGGGTTTCAGTCCTGGAGAGCGACTGCCAGGAAGGAATCTTTATCCAA 2278
Query 2682 GATTGCTGAAGA-CGCATTACTTAATGCTATACAAACACGAAAACACGGAGATGCCTTAT 2740
||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 2279 GATTGCTGA-GAACGCATTACTTAATGCTATACAAACACGGAAACATGGAGATGCCTTAT 2337
Query 2741 ATTTTTGGGTTCGCATGGACAAAGATCCCAGAAATCCTCTGCAGAAACCCTTTTGGTCGT 2800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2338 ATTTTTGGGTTCGCATGGACAAAGATCCCAGAAATCCTCTGCAGAAACCCTTTTGGTCGT 2397
Query 2801 TCTGTGATGCCATAAATGCTGGGAATTGCAG 2831
|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2398 TCTGTGATGCCATAAATGCTGGGAATTGCAG 2428
Score = 1136 bits (615), Expect = 0.0
Identities = 654/673 (97%), Gaps = 1/673 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2865 CAGTATCAAGAACTTGGACTCATTGCCACCAATGCCCGAGGATGGGGATACATGGTCTGT 2924
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2426 CAGTGTCAAGAACTTGGACTCACTGCCACCAATGCCCGAGGATGGGGATACATGGTCTGT 2485
Query 2925 GATGCAGAGCTGGGCATTGCCAACAAGATCCTTCTTAGAGTTTGTCATGTTCTCAAGGAT 2984
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2486 GATGCAGAGCTGGGCATTGCCAACAAGATCCTTCTTAGAGTTTGTCATGTTCTCAAGGAT 2545
Query 2985 GTTTGTGGATTCACTAGATGCACAGATATATGAAGAGCATCATCGAACAAACCGTTGCTA 3044
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2546 GTTTGTGGATTCACTGGATGCACAGATATATGAAGAGCATCATCGAACAAACCGTTGCTA 2605
Query 3045 TCTGAGTTTAACCAAAGACAAGCATTGCTATTCGCGGGTACTAGAGCTTCTGGTGAACGT 3104
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2606 TCTGAGTTTAACCAAAGACAAGCATTGCTATTCGAGGGTACTAGAGCTTCTGGTGAACGT 2665
Query 3105 ATGGGCTTACCACAGTGCAAGACGCATTGTCTACATAGATCCTGAGACTGGTTTGATGCA 3164
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 2666 ATGGGCTTACCACAGTGCAAGACGCATTGTCTACATAGATCCTGGGACTGGTTTGATGGA 2725
Query 3165 AGAGCAACACAAACAGAAGAACCGGCGAGGGAAAATGTGGGTGAAGTGGTTCGATTACAC 3224
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2726 GGAGCAACACAAACAGAAGAACCGGAGAGGGAAAATGTGGGTGAAGTGGTTCGATTACAC 2785
Query 3225 AACTCTGAAAACAATGGACGAAGATCTAGCTGAAGAAGCCGACTCAGACCGTCGTGTGGG 3284
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 2786 AACTCTGAAAACAATGGACGAAGATTTAGCTGAAGAAGCAGACTCGGACCGTCGTGTGGG 2845
Query 3285 TCACTGGCTATGGCCATGGACTGGCGAGATCGTGTGGCGCGGTACATTagagaaagagaa 3344
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2846 TCACTGGCTATGGCCATGGACTGGTGAGATCGTGTGGCGCGGTACATTAGAGAAAGAGAA 2905
Query 3345 gcaaaagaagaatttagagaaagaggagaagaagaagaagagtcgagataagctgagtag 3404
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||
Sbjct 2906 GCAAAAGAAGAATTTAGAGAAAGAGGAGAAGAAGAAGAAAAGTCGAGATAAGCAGACTAG 2965
Query 3405 aatgagaagtagaagtggtcgtcagaaagtGATCGGAAAATATGTAAAACCACCGCCTGA 3464
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2966 AATGAGAAGTAGAAATGGTCGTCAGAAAGTGATCGGAAAATATGTAAAACCCCCGCCTGA 3025
Query 3465 GAACGAAACTGTTACCGGAAATTCCACTTTGTTAAATGTAGTAGACGCATAAAAGAAAAC 3524
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3026 GAACGAAACTGTTACCGGAAATTCCACTTTGTTAAACGTAGTAGACGCATAAAA-AAAAC 3084
Query 3525 AAATTAAAATTGC 3537
|||||||||||||
Sbjct 3085 AAATTAAAATTGC 3097
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 133582081230
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5