BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G01570.1
Length=2469
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg490420 jgi|Araly1|490420|fgenesh2_kg.6__3554__AT4G01570.1 3770 0.0
> Ahg490420 jgi|Araly1|490420|fgenesh2_kg.6__3554__AT4G01570.1
Length=2436
Score = 3770 bits (2041), Expect = 0.0
Identities = 2316/2449 (95%), Gaps = 17/2449 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AGTGGTCACTATGCGATGCGCCATGGAAGAGGAAGCGCCGTATCAGCTGCAATTTCCGGT 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AGTGGTCACTATGCGATGCGCCATGGAAGAGGAAGCGCCGTATCAGCTGCAATTTCCGGT 60
Query 61 CTATCACCGGCGAAGAATTCACCGTTTCCACAGCTCTGCAATGTCCTTCTCGTCGCGTCT 120
||||| ||||||| |||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||
Sbjct 61 CTATCTCCGGCGACTAATTCACCTTTTCCTCAGCTTTGTAATGTCCTTCTCGTCGCTTCT 120
Query 121 TTGTCCAAGACCTTGTCTCAGTCCGGTACACGAAGCCTCGACGCGAATTCGATACCGATT 180
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 121 TTGTCCAAGACCTTGTCTCAGTCCGGTACACGGGGCCTCGACGCGAATTCGATCCCGATT 180
Query 181 TCGGAACCTGTGGTTCTCCAGATCCTTCGTAGAAACTCCATAGATCCATCGAAGAAGCTA 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TCGGAACCTGTGGTTCTCCAGATCCTTCGTAGAAACTCCATAGATCCATCGAAGAAGCTA 240
Query 241 GATTTCTTCCGATGGTGTTATTCTCTTCGTCCTGGATACAAACATTCAGCGA-CAGCTTA 299
|||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 241 GATTTCTTCCGATGGTGTTATTCTCTCCGTACTGGATACAAACATTCAG-TATCAGCTTA 299
Query 300 CTCTCAGATATTTCGCACTGTTTGTCGGACAGGGCTTCTCGGAGAAGTTCCCGATTTGCT 359
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 CTCTCAGATATTTCGCACTGTTTGCCGGACAGGGCTTCTCGGAGAAGTTCCCGATTTGCT 359
Query 360 TGGTTCAATGAAGGAAGATGGAGTTAACTTGGACCAGACGATGGCGAAGATACT-TCTAG 418
| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 360 TTGTTCAATGAAGGAAGATGGCGTTAACTTGGACCAGACGATGGCGAAGATACTGT-TAG 418
Query 419 ATTCTCTAATCCGTTCGGGTAAGTTCGAATCAGCGTTAGGAGTTTTGGATTACATGGAGG 478
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 ATTCTCTAATCCGTTCGGGTAAGTTCGAATCAGCGTTGGGAGTTTTGGATTACATGGAGG 478
Query 479 AATTAGGAGATTGCTTAAATCCTAGTGTATATGATTCTGTTCTTATTGCTCTGGTGAAGA 538
| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 AGTTAGGAGATTGCTTAAATCCTAGTTTATATGATTCTGTTCTTATTGCTCTGGTGAAGA 538
Query 539 AACACGAATTGCGTCTTGCTCTGTCTATATTATTTAAGCTTTTAGAAGCTTCTGATAACC 598
|| ||||||||||||||||| |||| || || |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 539 AAAACGAATTGCGTCTTGCTTTGTCCATTTTCTTTAAGCTCTTAGAAGCTTCTGATAACC 598
Query 599 ATAGTGATGATGATACTGGTAGAGTTATTATTGTAAGTTATCTTCCTGGAACTGTTGCTG 658
||| | |||||||||| || | | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 599 ATA--G-TGATGATACTAGT-G-G-GGTTACTGTAAGTTATCTTCCTGGAACGGTTGCTG 652
Query 659 TTAATGAGCTCTTGGTTGGTCTAAGGAGAGCAGATATGAGGTCGGAGTTCAAAAGGGTAT 718
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 653 TTAATGAGCTCTTGGTTGGTCTAAGGAGAGCAGATATGAGGTCGGAGTTCAAAACGGTTT 712
Query 719 TTGAAAAGTTAAAGGGAATGAAAAGATTCAAGTTTGATACATGGAGTTATAACATTTGTA 778
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 713 TTGAAAAGTTAAAGGGAATGAATCGATTCAAGTTTGATACTTGGAGTTATAACATATGTA 772
Query 779 TTCATGGATTTGGTTGTTGGGGAGACTTGGATGCTGCATTGAGTTTGTTCAAGGAGATGA 838
|||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 773 TTCATGGACTTGGTTGTTGGGGAGATTTGGATGGTGCATTGAGTTTGTTCAAGGAGATGA 832
Query 839 AGGAGCGAAGTTCGGTCTATGGGTCTTCTTTTGGTCCTGATATATGCACATATAACAGCC 898
|||||| ||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 833 AGGAGCAAAGCTCGGTTTCTGGGTCTTCTTTTGGTCCTGATATCTGCACATATAATAGCC 892
Query 899 TGATTCATGTGTTGTGTTTATTTGGAAAAGCTAAAGATGCTTTGATTGTATGGGATGAGC 958
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 893 TGATTCATGTGTTGTGTTTATTTGGAAAAGCTAAAGATGCTTTGATTGTATGGGACGAAC 952
Query 959 TGAAGGTGTCTGGCCATGAGCCTGATAATTCGACATATCGTATACTGATTCAAGGATGTT 1018
|||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 953 TGAAAGTGTCTGGTCATGAGCCTGATAATTCAACATATCGGATACTGATTCAAGGATGTT 1012
Query 1019 GTAAATCTTACCGGATGGATGATGCAATGAGGATTTAT-GGTGAGATGCAGTATAACGGG 1077
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 1013 GTAAATCTTACCGGATGGATGATGCAATGAGGATTT-TCGGTGAGATGCAGTATAACGGG 1071
Query 1078 TTTGTCCCTGATACTATTGTGTATAATTGTCTTTTAGATGGGACACTCAAGGCAAGAAAA 1137
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1072 TTTGTCCCTGATACTATTGTGTATAATTGTCTTTTAGATGGGACAATCAAGGCAAGAAAA 1131
Query 1138 GTCACTGAGGCTTGTCAGTTGTTTGAGAAGATGGTTCAAGAAGGAGTTAGAGCTTCCTGC 1197
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1132 GTTACTGAGGCTTGTCAGTTGTTTGAGAAGATGGTTCAGGAAGGAGTTAGAGCTTCCTGC 1191
Query 1198 TGGACATACAACATTCTAATTGACGGGTTATTTAGGAACGGAAGAGCTGAGGCTGGGTTT 1257
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1192 TGGACATACAACATTTTAATTGACGGGTTATTTAGGAACGGAAGAGCTGAGGCTGGGTTT 1251
Query 1258 ACTCTGTTCTGTGACTTGAAGAAGAAGGGTCAGTTTGTCGATGCCATTACGTTTAGCATT 1317
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1252 ACTCTGTTCTGTGACTTGAAGAAGAAGGGTCAGTTTGTCGATGCCATTACGTTTAGCATT 1311
Query 1318 GTTGGGTTGCAGCTTTGCAGGGAAGGGAAGCTAGAAGGA-GCAGTAAAATTGGTAGAGGA 1376
|||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1312 GTTGTGTTGCAGCTTTGCAGGGAAGGGAAGCTAGA-GGAAGCAGTGAAATTGGTAGAGGA 1370
Query 1377 GATGGAGACTAGAGGTTTCTCTGTGGATTTGGTCACAATTAGTTCACTCTTGATCGGATT 1436
|||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1371 GATGGAAACTAGAGGTTTCACTGTGGATTTGGTTACAATTAGTTCACTCTTGATCGGGTT 1430
Query 1437 TCATAAACAAGGTAGGTGGGATTGGAAAGAGAAGTTGATGAAGCACATAAGGGAAGGTAA 1496
||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||| || ||||||| ||
Sbjct 1431 TCACAAACAAGGGAGGTGGGATTGGAAAGAGAAGCTGATGAAACACGTACGGGAAGGAAA 1490
Query 1497 CTTGGTGCCTAATGTTCTGAGATGGAACGCTGGAGTGGAAGCTTCACTAAAACGTCCACA 1556
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1491 CTTGGTGCCTAATGTTCTGAGATGGAACGCTGGAGTGGAAGCTTCACTAAAACGTCCACA 1550
Query 1557 GAGCAAAGATAAGGATTACACCCCAATGTTTCCAAGTAAAGGAAGCTTCCTAGATATTAT 1616
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1551 AAGCAAAGATAAGGATTACACCCCAATGTTTCCAAGTAAAGGAAGCTTCCTAGATATCAT 1610
Query 1617 GAGCATGGTAGGTTCGGAAGACGATGGAGCTAGTGCTGAGGAAGTATCACCAATGGAAGA 1676
||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1611 GAGCATGGTGGGTTTGGAAGACGATGGAGCTAGGGCTGAGGAAGTCTCACCTATGGAAGA 1670
Query 1677 TGACCCTTGGTCATCATCTCCATATATGGACCAATTAGCACACCAGAGAAATCAACCTAA 1736
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||| ||||||
Sbjct 1671 TGACCCTTGGTCATCATCTCCATATATGGACCAATTAGCCCATCAGAGCAATCGACCTAA 1730
Query 1737 GCCCTTGTTTGGTTTAGCAAGAGGACAGAGGGTCGAAGCAAAGCCAGATTCTTTTGACGT 1796
||||||||||||||| || ||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1731 GCCCTTGTTTGGTTTGGCCAGAGGTCAGAGAGTTGAAGCAAAGCCAGATTCTTTCGACGT 1790
Query 1797 AGACATGATGAACACGTTTCTATCTATATATCTGTCCAAAGGGGATCTCAGCTTAGCCTG 1856
|||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1791 TGACATGATGAACACTTTTCTATCTATCTATCTGTCCAAAGGGGATCTCAGCTTAGCCTG 1850
Query 1857 CAAATTGTTTGAGATATTCAATGGAATGGGTGTTACCGATCTCACGAGTTACACCTACAA 1916
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1851 CAAATTGTTTGAGATATTCAATGGAATGGGTGTGACCGATCTCACGAGCTACACCTACAA 1910
Query 1917 CTCCATGATGAGCTCGTTTGTCAAAAAGGGTTACTTCCAAACCGCCCGTGGAGTGCTTGA 1976
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1911 CTCCATGATGAGCTCGTTTGTCAAGAAGGGTTACTTCAAAACCGCCCGTGGAGTGCTTGA 1970
Query 1977 CCAAATGTTTGAGAACTTTTGTGCAGCAGACATAGCAACATACAATGTAATAATCCAAGG 2036
||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1971 CCAAATGGGTGAGAATTTTTGCGCAGCAGACATAGCAACATACAATGTAATAATCCAAGG 2030
Query 2037 ATTAGGAAAAATGGGAAGAGCAGACTTAGCCAGCGCGGTACTCGACAGACTCACAAAGCA 2096
||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2031 ATTAGGAAAAATGGGAAGAGCTGACTTAGCCGGCGCGGTACTCGACAGACTCACAAAGCA 2090
Query 2097 AGGAGGATATCTAGACATTGTAATGTACAACACATTGATCAACGCTCTGGGGAAAGCAAC 2156
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 2091 AGGAGGATATCTAGACATTGTAATGTACAACACATTGATCAACGCGCTTGGGAAAGCAAA 2150
Query 2157 CCGGTTAGATGAAGCCACACAACTGTTTGACCACATGAAGAGCAATGGAATAAACCCGGA 2216
||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 2151 CCGGTTAGATGAAGCAACCCAACTGTTTGATCACATGAAGAGCAACGGAATAAACCCAGA 2210
Query 2217 CGTTGTGAGTTACAACACGATGATCGAAGTGAATAGTAAAGCAGGGAAATTGAAAGAAGC 2276
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2211 TGTTGTGAGTTACAACACGATGATCGAAGTGAATAGCAAAGCAGGGAAACTGAAAGAAGC 2270
Query 2277 ATACAAGTACTTGAAAGCAATGTTAGATGCAGGTTGTTTACCTAACCACGTAACAGATAC 2336
|||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2271 ATACAAGTACTTGAAAGCGATGCTAGATGCAGGTTGTTTACCTAACCACGTAACCGATAC 2330
Query 2337 AATCCTGGATTATCTTGGGAAAGAGATGGAGAAAGCAAGATTCAAAAAAGCTTCTTTTGT 2396
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2331 AATCCTGGATTATCTTGGGAAAGAGATGGAGAAAGCAAGATTCAAAAAAGCTTCTTTTGT 2390
Query 2397 ACGAAACAAACCAAATAATAATAATATTTCCTCATAGTTTTAATGTAAT 2445
|||||||||| |||||||| ||| | | ||||||||||||||||||||
Sbjct 2391 ACGAAACAAAACAAATAATGATACT-T--CCTCATAGTTTTAATGTAAT 2436
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 93054468535
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5