BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G01810.1
Length=3121
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg490398 jgi|Araly1|490398|fgenesh2_kg.6__3532__AT4G01810.1 4691 0.0
> Ahg490398 jgi|Araly1|490398|fgenesh2_kg.6__3532__AT4G01810.1
Length=3041
Score = 4691 bits (2540), Expect = 0.0
Identities = 2851/2995 (95%), Gaps = 46/2995 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 13 GAAAATAGAATCGAGAGGAGTAGTACTGGGTGAGAGGGATCGTAAGCTACGATTCAATGC 72
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GAAAATAGAATCGAGAGGAG-AGTACTGGGTGAGAGAGATCGTAAGCTACGATTCAATGC 59
Query 73 GAGTCAAAAATTCGTCTACGAATTTG-CTTCTTCTTCTTCTTCCTAATTTCTCGAATCGT 131
||||||||||||||||| | || | ||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 60 GAGTCAAAAATTCGTCT--G-CTTCGTCTTCTTCTTCTTCTTCCTAATTTCTCGAATCAT 116
Query 132 CTCTCCGATT-A---A--G--ATTCTTGATCTGGACACAGTTCAAGGCTGTTTCAGCTTG 183
|||| |||| | | | |||||||||||||| |||||||||| || |||||||||
Sbjct 117 TTCTCTGATTAAGGTATCGCAATTCTTGATCTGGAAACAGTTCAAGACT-ATTCAGCTTG 175
Query 184 TGAATTGTGATCTTACTTTGTTTGGATTAAGTAGAAACTTCGGAATCCGATGGCTAACTT 243
|| ||||||||||| ||| | | || || ||||||||||| ||||
Sbjct 176 CGAGTTGTGATCTTA----------ATT---T-G----TT-GGGATCCGATGGCTGACTT 216
Query 244 ACCG-A-A-ATCGTCGGTTAATTACCCGGGAACTCTCACTCCTCTAGAGCCAAATAGGCC 300
|||| | | | ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 217 ACCGCAGAGAACGTCGGTTAATTACCCGGGCACTCTCACTCCTATAGAGCCAAATAGACC 276
Query 301 ATCACCACAGCCAGATAGAACCCCGGTCCCTCATTCTCCTCCAGTAGTAGCTTCACCTAT 360
||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 277 ATCGCCACAGCCAGATAGAACCCCAGTCCCTCATTCTCCTCCAGTAGTAGCTTCACCTAT 336
Query 361 ACCTCCTAGGTTTCCTCAACCAAGTTTTAGACCAGATCAGATGTCTTCACCGTCGATGAA 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 337 ACCTCCTAGGTTTCCTCAACCAAGTTTTAGACCAGATCAGATGTCTTCACCGTCGATGAA 396
Query 421 ATCCCC-AAGTTTGTTGTCACCTGCGAATGGTATCAGAACCGGAAGTCCCATTCCTCGCT 479
|||||| || | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 397 ATCCCCGAA-TCTGTTGTCACCTGCTAATGGTATCAGAACCGGAAGTCCTATTCCTCGTT 455
Query 480 TGAGTACTCCGCCTGGTCCTCCTGTCTTTAATACTCCGGTTAAACCAGCTGCTGTGCCTT 539
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 456 TGAGTACTCCGCCTGGTCCTCCAGTCTTTAATACTCCGGTTAAACCAGCTGCTGTGCCTT 515
Query 540 TCCGTACCTCTCCAGCTACTCCTCAGCCTATGGCATACTCTTCAGCTA-A--TTCTTCTC 596
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 516 TCCGTACCTCTCCAGCTACTCCTCAGCCTATGGCATACTCTTCAGCTACAGCTTCTTCTC 575
Query 597 TGCCCGTATCTACACCTTCCTTTTACTCAAACGGGTCATCTGTTGGATCTCAGCGTGATC 656
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||
Sbjct 576 TGCCAGTATCTACACCTTCCTTTTACTCAAACGGATCATCAGTTGGAACGCAGCGTGATC 635
Query 657 TTCCAGATGTTGTTAGAATGGAAGAACCAATAGCTGCAGACTCACCTTATGTTTTGTTTT 716
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 636 TTCCAGATGTTGTTAGAATGGAGGAACCAATAGCTGCAGACTCACCTTATGTTTTGTTTT 695
Query 717 CAGCAAATAAGGTTTTAAAGCAGAAGAAGCTAGCAAATGTTGCTAGCTTGGGGTTTGGAG 776
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 696 CTGCAAATAAGGTTTTAAAGCAGAAGAAGCTAGCAAATGTTCCTAGCTTGGGGTTTGGAG 755
Query 777 CAATAGTTTCTGCTGGGAGGGAGATTAGTCCTGGTCCTCAGATTATCCAACGTGATCCAC 836
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 756 CAATAGTTTCTGCAGGGAGGGAGATTAGTCCTGGTCCTCAGATTATCCAACGTGATCCAC 815
Query 837 ATCGCTGTTTGAACTGTGGAGCATATTCAAATCCCTATAGCTCCATATTAATTGGCTCAG 896
|||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 816 ATCGCTGTCTGAACTGTGGAGCGTATTCAAATCCCTATAGCTCCATATTAATTGGCTCAG 875
Query 897 GCCAATGGCAGTGTGTCATCTGCGAGAACATGAATGGAAGTAAAGGTGAATATGTGGCTT 956
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 876 GCCAATGGCAGTGTGTCATCTGCGAGAACATGAATGGAAGTAAAGGTGAATATGTGGCTT 935
Query 957 CGAGCAAGAATGAGTTGCAAAACTTTCCAGAGCTTTCATTGCCTCTGGTTGATTATGTAC 1016
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 936 CGAGCAAGAATGAGTTGCAAAACTTTCCAGAGCTTTCATTGCCTCTGGTTGATTATGTTC 995
Query 1017 AGACTGGAAACAAGAGACCTGGGTTTGTTCCTGCCTCTGATTCGCGGACATCTGCACCTG 1076
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 996 AGACTGGAAACAAGAGGCCTGGGTTTGTTCCTGCCTCTGATTCTCGGACATCTGCACCTG 1055
Query 1077 TCGTCCTTGTTATTGATGAGTGTTTAGATGAACCACATCTTCAGCACTTGCAGAGCTCTT 1136
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 1056 TTGTCCTTGTTATTGATGAGTGTTTAGATGAACCACACCTTCAGCACTTGCAAAGCTCTT 1115
Query 1137 TGCATGCATTTGTAGACTCGCTTCCACAAACTACCAGGCTTGGGATTATACTGTATGGTC 1196
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1116 TGCATGCATTTGTAGACTCGCTTCCTCAAACTACCAGGCTTGGGATTATACTGTATGGTC 1175
Query 1197 GTACTGTTTCAATATATGATTTCTCTGAAGATTCCGTTGCTTCTGCGGATGTTATTTCTG 1256
|||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1176 GTACAGTTTCAATATATGATTTCTCTGAAGAATCCGTTGCTTCAGCGGATGTTATTTCTG 1235
Query 1257 GTGCAAAATCACCATCTGCAGAGTCGATGAAAGCGCTGATTTATGGGACCGGTGTATACT 1316
|| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1236 GTTCAAAATCACCATCTGCAGAGTCGATGAAATCGCTGATTTATGGGACTGGTGTATACT 1295
Query 1317 TGTCACCAATGCATGCATCACTAAAGGTAGCGCATGAGATATTCTCGTCCTTAAGACCAT 1376
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1296 TGTCACCAATGCATGCATCGCTAAAGGTAGCACATGAGATATTCTCGTCCTTAAGACCAT 1355
Query 1377 ACACATTGAATGTACCTGAAGCCTCTAGAGATAGGTGCCTTGGAACTGCCGTTGAGGCTG 1436
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1356 ACACATTGAATGTACCTGAAGCATCTAGAGATAGGTGCCTTGGAACTGCCGTTGAGGCTG 1415
Query 1437 CTCTGGCTATAATCCAAGGACCATCAGCCGAAATGTCTCGGGGAGTGGTCAGAAGAGCAG 1496
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1416 CTCTGGCTATAATCCAAGGACCATCAGCCGAAATGTCTCGGGGAGTGGTCAGAAGAGCTG 1475
Query 1497 GAGGTAACAGTAGAATCATAGTTTGCGCTGGTGGTCCCATTACATATGGTCCTGGATCGG 1556
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1476 GAGGTAACAGTAGAATCATAGTTTGCGCTGGTGGACCCATTACATATGGTCCTGGATCAG 1535
Query 1557 TACCTCATTCAATGAGTCATCCAAATTATCCATATATGGAAAAGACAGCCATAAAATGGA 1616
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1536 TACCTCATTCGATGAGTCATCCAAATTATCCATACATGGAAAAGACAGCCATAAAATGGT 1595
Query 1617 TGGAAAATTTGGGGCGTGAAGCTCACAGGCACAATACGGTCGTCGACATATTGTGCGCTG 1676
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1596 TGGAAAATTTGGGGCGAGAAGCTCACAGGCACAATACAGTCGTCGACATATTGTGCGCTG 1655
Query 1677 GAACTTGCCCTCTCAGAGTTCCTATCCTGCAGCCACTTGCAAAAGCTTCAGGTGGTGTTT 1736
||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1656 GAACTTGCCTTCTCAGAGTTCCTGTCCTGCAGCCACTTGCAAAAGCTTCAGGTGGTGTTT 1715
Query 1737 TGGTTCTTCACGATGATTTTGGTGAAGCCTTTGGTGTGGACTTGCAGAGGGCAGCCACTA 1796
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1716 TGGTTCTTCACGATGATTTTGGTGAAGCCTTTGGTGTGGACTTGCAAAGGGCAGCCACTC 1775
Query 1797 GGGCAGCAGGTTCACATGGTCTGCTTGAAGTACGATGTTCAGATGATATTCTTATAACTC 1856
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1776 GGGCAGCAGGTTCACATGGTCTGCTTGAAGTACGGTGTTCAGATGATATTCTTATAACTC 1835
Query 1857 AGGTGATTGGACCTGGCGAAGAAGCACATTCAGAAACTCACGAGACGTTTAAGAGTGATG 1916
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1836 AAGTGATTGGACCTGGCGAAGAAGCACATTCAGAAACTCACGAGACGTTTAAGAGTGATG 1895
Query 1917 CGGCTCTCTCTATTCAGATGCTGAGTGTTGAAGAAACACAAAGCTTCTCTCTCTCAATGG 1976
| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1896 CAGCTCTCTGTATTCAGATGCTGAGTGTTGAAGAAACACAAAGCTTCTCTCTCTCGATGG 1955
Query 1977 AGAATAAGAGGGACATCAAAAGCGATCATGTATTTTTCCAGTTTGCTTTCCATTATTCGG 2036
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1956 AGAATAAGAGGGACATCAAAAGCGATCATGTCTTTTTCCAGTTTGCTTTCCATTATTCGG 2015
Query 2037 ATGTTTATCAAGCAGATGTGTCTCGGGTAATTACGTTCAAATTGCCAACTGTTGATAGCA 2096
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2016 ATGTTTATCAAGCAGATGTGTCTCGGGTAATTACGTTCAAATTGCCAACTGTTGATAGTA 2075
Query 2097 TCTCAGCATATCTTCAGAGTGTTGAGGACGAAGCTTCTGCGGTCCTCATCTCCAAGAGAA 2156
| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2076 TTTCAGCATATCTTCAGAGTGTTGAGGATGAAGCTTCTGCGGTCCTCATCTCCAAAAGAA 2135
Query 2157 CTCTTTTATTAGCGAAAAATCAGAAGGACGCAGTCGATATGCGTGCTACAGTAGACGAAA 2216
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2136 CTCTTTTATTAGCGAAAAATCAGAAGGACGCAGTCGATATGCGTGCTACTGTAGACGAAA 2195
Query 2217 GAATCAAAGACATTGCTTTGAAATTCGGATCACAAGTGCCAAAATCAAAGCTTTATAGCT 2276
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2196 GAATCAAAGACATTGCTTTGAAATTCGGATCACAAGTGCCAAAATCAAAGCTTTATAGCT 2255
Query 2277 TCCCTAAGGAACTATCATCCCTCCCAGAACTCCTCTTCCATCTTAGAAGGGGTCCTTTAC 2336
|||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2256 TCCCCAAGGAGCTATCATCCCTTCCAGAACTCCTCTTCCATCTTAGAAGGGGTCCTTTAT 2315
Query 2337 TGGGAAACATCATTGGTCATGAAGATGAAAGATCGGTGCTACGAAATTTGTTTCTAAACG 2396
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 2316 TGGGAAACATCATTGGTCATGAAGATGAAAGATCGGTGCTACGGAATTTGTTTCTAAATG 2375
Query 2397 CATCTTTCGATCTGTCTCTTCGTATGGTAGCACCCCGTTGCTTGATGCACCAAGAAGGTG 2456
|||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2376 CATCTTTCGATCTGTCTCTTAGAATGGTAGCACCCCGTTGCTTGATGCACCAAGAGGGTG 2435
Query 2457 GTACATTCGAGGAACTACCAGCGTATGATCTCTCTATGCAATCAGATAAGGCTGTTATTC 2516
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2436 GTACATTCGAGGAACTACCAGCATATGATCTCTCTATGCAATCAGATAAGGCTGTTATTC 2495
Query 2517 TTGACCATGGCACAGATGTATTTATTTGGTTGGGAGCCGAACTGTCAGCTGACGAGGTGA 2576
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 2496 TTGACCATGGCACAGATGTATTTATTTGGTTGGGAGCCGAACTGTCTGCTGATGAGGTGA 2555
Query 2577 AGAGTGCTGCAGTCTTAGCAGCTTGCAGAACGTTAGCTGAAGAGCTAACTGAATTCCGGT 2636
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2556 AGAGTGCTGCAGTCTTAGCAGCTTGCAGAACGTTAGCTGAAGAACTAACTGAATTCCGGT 2615
Query 2637 TTCCAGCTCCACGTATTCTCGCATTCAAGGAAGGAAGTTCCCAAGCTAGATATTTTGTTT 2696
||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2616 TTCCAGCCCCCCGTATTCTCGCGTTCAAGGAGGGAAGTTCCCAGGCTAGATATTTTGTTT 2675
Query 2697 GCCGGCTTATACCAGCACATAAAGACCCTCCTTATGAGCAGGAAGCAAGATTTCCACAGA 2756
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2676 GCCGGCTTATACCAGCACATAAAGACCCTCCTTATGAGCAGGAAGCAAGATTTCCACAGA 2735
Query 2757 TAAGAACATTGACGACAGAGCAAAGAATGAAACTAAAGAGTAGTTTTATAGAGTTTGATG 2816
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2736 TAAGAACATTGACGACAGAGCAAAGAATAAAACTAAAGAGTAGTTTTATAGAGTTTGATG 2795
Query 2817 AAGCCAGTTTCTGCGAATGGATGAGGAGTTTGAAAGTAGTGCCTCCTGAGCCCAGGTAGT 2876
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2796 AAGCCAGTTTCTGCGAATGGATGAGGAGTTTGAAAGTAGTGCCTCCTGAGCCCAGGTAGT 2855
Query 2877 CATACATTTTATTCT-TGCTTCATCGttttttttc-cgccttttactgtcagaacatttt 2934
||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| | |||||||||||| ||||||||
Sbjct 2856 CATACATTT-ATTCTCTGCTTCATAGTTTTTTTTTTCATCTTTTACTGTCA-AACATTTT 2913
Query 2935 ttttgttctctg-tgagtcttttgtttttAGGATTCTCTTTATATGATCTCCAGT 2988
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2914 TTTTGTTCTCTGGTGAGTCTTTTGTTTTTAGGATTCTCTTTATATGATCTCAAGT 2968
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 117889308275
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5