BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G01860.1
Length=4337
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg490392 jgi|Araly1|490392|fgenesh2_kg.6__3526__AT4G01860.2 6098 0.0
> Ahg490392 jgi|Araly1|490392|fgenesh2_kg.6__3526__AT4G01860.2
Length=4374
Score = 6098 bits (3302), Expect = 0.0
Identities = 3800/4037 (94%), Gaps = 47/4037 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GAACTCAAGTCGGAGTCGGAGCCGCACTGTCGTAGCAAAGCTATGGCGGAAGAAAACAGC 60
|||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 1 GAACTCAAGTCGGAGTCGGAGCCGCATTGTTGAAGCAAAGCCATGTCGGAAGAAAACAGC 60
Query 61 CGCCGGAAGTGGAACCCTCACGCCGGTCCATATCTAGGAGAAGTCTCTTCTCTAGCTTTC 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CGCCGGAAGTGGAACCCTCACGCCGGTCCATATCTCGGAGAAGTCTCTTCTCTAGCTTTC 120
Query 121 CTCAATCTTCCTCAACATGTTTCTTCAATTCCTTATCTTCTCGCCGGTTCCGGTTCGGAG 180
|||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CTCAATCTCCCTCTACATGTTTCTTCAATTCCTTATCTTCTCGCCGGTTCCGGTTCGGAG 180
Query 181 ATTCTGCTTTACGATTTGAGTTCCGGGGAATTGATTCGATCGTTTCAAGTGTTTGAGGGA 240
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 181 ATTCTTCTTTACGATTTGAGTTCCGGGGAATTGATTCGCTCGTTTCAAGTGTTTGAGGGA 240
Query 241 GTTCGCGTCCATGGAACTGTTTGTAGCAAAAGCTTTGTTCATTCGGCGGAAAGATATACG 300
||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||| ||||||||
Sbjct 241 GTTCGTGTCCATGGAACTGTTTGTAGCAACAGCTTTATTCATTCAACGGACCGATATACG 300
Query 301 TATAAACTTGTAATATTTGGAGAGAAGAAAGTGAAGATCTTTTCATTGATTGTTGAATTA 360
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TATAAACTTGTTATATTTGGAGAGAAGAAAGTGAAGATCTTTTCATTGATTGTTGAATTA 360
Query 361 GCTTCGAGCTCTGGTGAAATCTCCGTGAATTTGGAAAATTTTGAATCTTTGCCTAGGCTT 420
|| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||
Sbjct 361 GCCTCGGGCTCTGGTGAAATCTCTGTGAATTTGGAAATTTTTGATTCTTTGCCGAGGCTT 420
Query 421 AGCAATTGGGTCTTCGACGTTTGTTTCTTACAGGACTCTACTGGTTCGTTGGAAGAAGAA 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||
Sbjct 421 AGCAATTGGGTCTTCGACGTTTGTTTCTTACAGGACTCTACTGGTTCCTTGGGAGATGAA 480
Query 481 GATAAGCTTCTAGCTATTGGTTGTAGTGATAATTCCCTCAGCATTTGGGATGTTAAAGAA 540
|| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GACAAGCTTCTAGCTATTGGTTGTAGTGATAACTCTCTCAGCATTTGGGATGTTAAAGAA 540
Query 541 TCACGCATGGCTTTTGAAATTCAGTCACCAGAAAGGTGTCTACTGTATACTATGCGGTTA 600
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 541 TCACGCATGGCTTTTGAAATTCAGTCACCTGAAAGGTGTCTACTGTATACTATGAGGTTA 600
Query 601 TGGGGCGACAGTATTTCGACTCTCCGTATTGCTTCCGGCACTATTTTCAATGAGATCATT 660
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TGGGGCGACAGTATTTCGACTCTCCGCATTGCTTCTGGCACTATTTTCAATGAGATCATT 660
Query 661 GTTTGGAGGGCAGTTGGCCTTGATGGTGACAATGTCGACCATGGGCATTATTCTGCTTCC 720
||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 661 GTTTGGAGGACAGTTGGCTTTGATGGTGACAATGCCGACCATGGACATTATTCTGCTTCC 720
Query 721 CATATGCTTAGACTTACTGGACATGAGGGTTCAATATTTCGCATTGTCTGGTCTTTGGAT 780
| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 721 CCTATGCTTAGACTTGCTGGACATGAGGGTTCAATATTTCGCATTGTATGGTCTTTGGAT 780
Query 781 GGATCAAAAATAGTCTCCGTCTCTGATGATCGTAGTGCTAGGATATGGGAAATTGACTCG 840
||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 781 GGATCGAAACTAGTCTCCGTCTCTGATGATCGTAGTGCTAGGATATGGGAAATTGATTCG 840
Query 841 CAGGAGGTCGTTGGCCCTGTGCTGTTTGGTCACAGTGTTAGGGTTTGGGACTGCTGCATC 900
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 CAGGAGGTCGTTGGCCCTGTGCTTTTTGGTCACAGTGTTAGGGTTTGGGACTGCTGCATC 900
Query 901 TCAGATTCTTTGATTGTCACTGCTGGTGAGGACTGTACATGCCGTGTCTGGGGCGTGGAT 960
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 901 TCAGATTCTTTTATTGTCACTGCTGGTGAGGACTGTACATGCCGTGTCTGGGGTGTGGAT 960
Query 961 GGTACCCAGCTGGAAGTGATAAAAGAACATATTGGAAGAGGCATATGGAGATGTTTGTAT 1020
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 GGTACCCAGCTGGAAGTGATAAAGGAACATATTGGAAGAGGCATATGGAGATGTTTGTAT 1020
Query 1021 GATCCGAACTCATCCCTTCTTGTTACTGCTGGATTTGACTCTGCAATCAAAGTACATCAA 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 GATCCGAACTCATCCCTTCTTGTTACTGCTGGATTTGACTCTGCAATCAAAGTACATCAA 1080
Query 1081 TTGCATAATCGTGGGTCTGAAACATC-GTTAGATGCTGTAGGAGTGCTTAATTCACCAGA 1139
||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 TTGCATAATCGTGGGTCTGAAAC-GCTGTTAGATGCTGTAGGAGTGCTTAATTCACCAGA 1139
Query 1140 TAAATTGGAATATTTTTCAACCTGTCTCCCAAATTCAACGAAGCATACTGGTCTAACGGA 1199
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| || ||
Sbjct 1140 TAAATTGGAATATTTTTCAACCTGCCTCCCAAATTCGACGGAGCATACTGGTCTCACTGA 1199
Query 1200 CAGCAAGAGTGAGTATGTACGTTGCTTGCAGTTCACACAGGAAGATACCATTTATGTGGC 1259
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 CAGCAAGAGTGAGTATGTACGTTGCATGCAGCTCACACAGGAAGATACCATTTATGTGGC 1259
Query 1260 CACAAACCATGGTTGCTTGTACCACGCAAGGTTATTGTCATCTGGAAATGTAAGGTGGAC 1319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 CACAAACCATGGTTGCTTGTACCACGCAAGGTTATTGTCATCTGGAAATGTAAGGTGGAC 1319
Query 1320 TGAATTAGTTCGCATACCTGAAGAAGGGCCTATTATTACCATGGATGTCATGTCTGGTGG 1379
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1320 TGAATTAGTTCGAATACCTGAAGAAGGGCCTATTATTACCATGGATGTCATGTCTGGCGG 1379
Query 1380 AAAGGTACGCGAGTCTTGTGCATTAGACGATTGGGTTGCTCTTGGAGATGGCAAAGGAAA 1439
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 AAAGGTACGCGAGTCTTGTGCATTAGATGATTGGGTTGCTCTTGGAGATGGCAAAGGAAA 1439
Query 1440 TATGACAATTGTTCGGGTTATTGGTGATATGTATAACCCACATGCTGGCTTGAATCAAAG 1499
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 TATGACAATTGTTCGGGTTATTGGTGATATATATAACCCACATGCTGGCTTGAATCAAAG 1499
Query 1500 TTGGAAGGCTAGCCCAGAGAGACAACTTCTAGGGGCATTCTGGTGCAAATCATTAGGCTA 1559
||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 TTGGAAGGCTAGCCCTGAGAGACAACTTCTGGGGGCTTTCTGGTGCAAATCATTAGGCTA 1559
Query 1560 TAGGTTTGTTTTTTCTTGCAATCCTAGAGGACTCTTGAAGCTATGGAAACTATCCGGTTC 1619
||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 1560 TAGGTTTGTTTTTTCATGCAATCCTAGAGGACTATTGAAGCTGTGGAAACTATCCGGTCC 1619
Query 1620 TTTAGAA---------TC---TGCTGCTGAAACTTATGATGTCTCCCTCTTGGCTGAATT 1667
|| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 TTCAGAATCTGCTGCTTCTAGTGCTGCTGAAACTTATGATGTCTCCCTCTTGGCTGAATT 1679
Query 1668 CTCCTCTGGTTTTGGAAAGCGAATAATGTGTGTTGACGCATCAGTAGAGGATGAGGTGAT 1727
||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1680 CTCCTCTTGTTTTGGAAAGCGAATAATGTGTGTTGATGCATCAGTAGAAGATGAGGTGAT 1739
Query 1728 TCTGTGTGGAGATTTACGTGGCAATATCACACTCTTTCCTCTGACAAAGGACATGCTGCA 1787
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1740 TCTGTGTGGAGATTTACGTGGCAATATCACACTCTTTCCTCTGTCAAAGGACATGCTGAA 1799
Query 1788 CGGAGTTTCTGTTTCTTCAGAATTGAAGATACCATCACTAAAATATTTCAAAGGTGCCCA 1847
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 CGGAGTTTCTGTTTCTTCAGAATTGAAGATACCTTCATTAAAATATTTCAAAGGTGCCCA 1859
Query 1848 TGGGATTTCAACTGTTTCCAGTCTTTCAGTTGCTAGATTAACTTCGAACAAAGCTGAAAT 1907
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1860 CGGGATTTCAAGTGTTTCCAGTCTTTCAGTTGCTAGATTAACTTCCAACAAAGCTGAAAT 1919
Query 1908 ATGCTCGACTGGAGCAGATGGTTGCATATGCTATTTCGAATATGACAGAGAGATGCAGAC 1967
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1920 ATGCTCGACTGGCGCAGATGGTTGCATATGCTATTTCGAATATGACAGAGAGAGGCAGAC 1979
Query 1968 TTTAGAGTTCATGGGTTTGAAACAACTGAAAGAATTGAACTTAGTTCAATCTGTTTGTCA 2027
||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 TTTAGAGTTCATGGGTTTGAAACAATTGAAAGAGTTGAACTTAGTTCAATCTGTTTGTCA 2039
Query 2028 AGGGGTGCAATTTTCCGAAGACCATCCAAACAATGACTATGCAGCCGGATTTGCGTCAAC 2087
||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 AGGGGTGCAGTTTTCCAAAGACCACCCAAACAATGACTATGCAGCCGGATTTGCGTCAAC 2099
Query 2088 AGATTTCATACTGTGGAATTTAACAGCTGAAACAAAGGTTACACAAATCTCATGTGGTGG 2147
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2100 AGATTTCATATTGTGGAATTTAACAGCTGAAGCAAAGGTTACACAAATCACATGTGGTGG 2159
Query 2148 CTGGCGCCGACCCCATTCCTTTTATCTCGGGGAAATCCCTGAGTGGCAAAACTGTTTTGC 2207
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 ATGGCGCCGACCCCATTCCTTTTATCTCGGGGAAATCCCTGAGTGGCAAAACTGTTTTGC 2219
Query 2208 ATATGTGAAGGATGATGTCATTCATATTCATAGACACTGGGTTG-GAGGACAGAAGACCA 2266
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||
Sbjct 2220 ATATTTGAAGGATGATGTCATTCATATTCATAGACACTGGGTTGTG-GGAAAGAAGACCA 2278
Query 2267 AAGTCTTTCCTCTAAATTTGCATACACAGTTTCATGGCAGAGAATTGCATTCCTTATGCT 2326
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2279 AAGTTTTTCCTCTAAATTTGCATACACAGTTTCATGGCAGAGAATTGCATTCGTTATGCT 2338
Query 2327 TCATCTCTACAGATACAAAAG-CGGGATTCGATTCTGAAGAAAGTAAAATATCTGATCGG 2385
|||||||| |||||||||||| |||| ||||| | ||||||||| |||||||||||
Sbjct 2339 TCATCTCTGCAGATACAAAAGCCGGG-TTCGA---T---GAAAGTAAATTATCTGATCGG 2391
Query 2386 TCTAGTTGGATTGCAACAGGGTGTGAAGATGGATCTGTGAGATTGAGTAGGTATGCATCT 2445
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||
Sbjct 2392 TCTAGTTGGATTGCAACAGGGTGTGAAGATGGATCTGTAAGATTGACAAGGTATGTATCT 2451
Query 2446 GAGTTTGGAAATTGGTCAACATCAGAGCTTTTAGGAGAACATGTTGGAGGCTCAGCTGTG 2505
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2452 GAGTTTGGAAACTGGTCAACATCAGAGCTATTAGGAGAACATGTTGGAGGCTCAGCTGTG 2511
Query 2506 AGATCAGTTTGCTGCGTATCAAATATGCACATGATGTCTTCGGACGTACCTAACTTACCA 2565
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||| |||||
Sbjct 2512 AGATCAGTTTGCTGCGTATCAAATATGCACATGATTTCTTCGGACATGCCTAACGTACCA 2571
Query 2566 GACATGTGCGATCAAGACTATGCAGTGGATGATTGCGAAAGTCCTCGCTTACTGATTTCT 2625
||| |||| || ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2572 GACGTGTGTGAACAAGACTCTGCAGTGGATGATAGCGAAAGTCCTTGCTTACTGATTTCT 2631
Query 2626 GTTGGAGCCAAGCGTGTTGTAACCTCTTGGCTCCTAAGGAATGGTAGACACAAGAAAAAG 2685
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 2632 GTTGGAGCCAAGCGTGTTGTAACCTCTTGGCTCCTAAGGAATGGTAGACAAAATAAAAAG 2691
Query 2686 GGAGAATCTTGTATTAGTGATAATGGACACAATAGAGCGTCATCGGAAGTGTCTCCAGTG 2745
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||
Sbjct 2692 GGAGAACCTTGTATTAGTGATAATGGACACAATAGAGCTTCATCGGAAGTGTCTTCAGTG 2751
Query 2746 ACGTTCCAATGGCTTGCTACTGACATGCCCACCAAATATCGTCCTTGTGGAAAGATCGAG 2805
|| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2752 ACATTCCAATGGCTTGCTACTGACATGCCAACCAAATCTCGTCCTTGTGGAAAGACCGAG 2811
Query 2806 AAATCTCCAAAACTGGAAGGAGTTGAAGAAGATACTTCTGCCAACGTCACAAAGTTAGGA 2865
|||||||||||| |||| |||||||| ||||||||| |||| ||| |||||||||||||
Sbjct 2812 AAATCTCCAAAATTGGACGGAGTTGATGAAGATACTACTGCTAACATCACAAAGTTAGGG 2871
Query 2866 TCTAATACGTATAATGAGCGAGAAAACTATGAAGATGACTGGAGATACATGGCTGCCACT 2925
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2872 TCTAATACGTATCATGAGCGAGAAAACTATGAAGATGACTGGAGATACATGGCTGCCACT 2931
Query 2926 GCATTTCTTGTCAAATGTGTTGGTTCTAGGCTAACTATCTGTTTTATCGCGGTGGCTTGT 2985
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2932 GCATTTCTTGTCAAATGTGTTGGTTCCAGGCTAACTATCTGTTTTATCGCTGTGGCTTGC 2991
Query 2986 TCTGATGCCACCCTTACCTTACGTGCTCTAGTCTTGCCACATAGATTATGGTTTGATGTT 3045
||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2992 TCTGATGCCACCCTTACATTACGGGCCCTAGTCTTACCACATCGATTATGGTTTGATGTT 3051
Query 3046 GCATCCTTGGTTCCTCTAAAATCTCCAGTTTTGTCATTACAACACGCCGTTGTGCCTCTG 3105
||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3052 GCATCGTTGGTTCCTCTAAAATCTCCAGTTCTGTCATTACAACACGCTGTTGTGCCTCTG 3111
Query 3106 GATCCCCCTCATGAAGGTAATACACCATATAGTGATGTTTATCTGCTCATCAGTGGGGCC 3165
||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3112 CATCCCCCACATGAAGGTAATACATCATCTAGTGATGTTTATCTCCTCATCAGTGGGGCC 3171
Query 3166 ACAGATGGAAGCATAGGCTTTTGGGATGTAACTAAATGTGTAGAAGCTTTTGTAAAGCAA 3225
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3172 ACAGATGGAAGCATAGCCTTTTGGGATGTAACTAAATGTGTAGAAGCTTTTGTAAAGCAA 3231
Query 3226 GTATCTAGCATCCATATTGAGAAGTACATTGATTGTCAGTTACGACCACGGACTGGAAGA 3285
||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3232 GTATCCAGCATCCATATTGAGAAGTTCATTGATTGTCAGTTACGACCACGAACTGGAAGA 3291
Query 3286 GGAAGTCAAGGTGGTAGGAAATGGAAACTGTTAGGCTCCAAAATTTCTAAGAGAGCC-CA 3344
|| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||
Sbjct 3292 GGGAGTCAAGGTGGTAAGAAATGGAAACTGTTAGGCTCCAAAATTTCTAAGAAA-CCACA 3350
Query 3345 AGAGAACAGCAACTCAGTTGGTGAAGCTGCAGAAGAAGATCCAGCCTCGTCTTTGGAACT 3404
|||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| | ||||||||||||
Sbjct 3351 AGAGAACAGCAACTCAGTTGGTGACGCTGCAG--------CCA-C---GTCTTTGGAACT 3398
Query 3405 CACAAATGACCATCCTCAGGAAAATGGTAAAAACGAAGATGCAGATTCTCTTCCCGAGAC 3464
|||||||| | |||||||||||| | || |||||| ||||||||||| || ||||||
Sbjct 3399 CACAAATGGCGTTCCTCAGGAAAACCATGAATACGAAGGTGCAGATTCTCCTCTCGAGAC 3458
Query 3465 AAGCGAGATAAAGACTTCACATGTTGTGAAGAATGCTCATCAATCTGGAGTTAATTGCCT 3524
||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3459 AAGCGAGATAAAGCCTTCACATGTCGTGAAGAATGCTCATCAATCTGGAGTTAATTGCCT 3518
Query 3525 TCATGTTTCTCGCTCAAACAGTTCTCCGAGTTATGGCAATGGTTTGATGTTCAATGTGAT 3584
| ||||||||||||| | ||||||||| ||| |||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 3519 TTATGTTTCTCGCTCGAGCAGTTCTCCAAGTAATGGCAATAGCTTGATGTTCAATGTGAT 3578
Query 3585 TAGCGGGGGTGATGATCAAGCCCTTCATTGTCTTAGCTTCAACATCCTCAGTAGTAGTAA 3644
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3579 TAGCGGGGGTGATGATCAAGCCCTTCATTGTCTTAGCTTCAACATCCTCAGTAGTAGTAA 3638
Query 3645 TAATCGAGCCACAATATCTGAAATCATGGATCTAAACCAAACCCCAAGTTACAGAATCAT 3704
|| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3639 TAGTCCAGCCAAAAAATCTGAAATCATGGATCTAAACCAAACCCCAAGTTACAGAATCAG 3698
Query 3705 GCTCACAGACCGTGGAGGTATTGCATCAGCTCATAGCTCTGCCATCAAAGGCGTGTGGAT 3764
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 3699 GCTCGCAGACCGTGGAGGTATTGCATCAGCTCATAGCTCTGCCATAAAAGGCGTATGGAT 3758
Query 3765 GGACACGAACTGGGTGTTCTCGACAGGTCTTGATCAACGTGTTCGATGTTGGTTTCTCGA 3824
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3759 GGACATGAACTGGGTGTTCTCGACAGGTCTTGATCAACGTGTACGATGTTGGTTTCTCGA 3818
Query 3825 AAAAGATGGTAAACTGATCGAGCACGCTCATATAGTCATCAGCGTGCCCGAGCCAGAGGC 3884
|||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3819 CAAAGATAGTAAACTGATCGAGCACGCTCATATAGTTATCAGCGTGCCCGAGCCAGAGGC 3878
Query 3885 ACTAGATGCTAAAGCCATTGATGAAAACCGATACCAAATAGCTGTTGCGGGACGCGGGAT 3944
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3879 GCTAGATGCTAAAGCCATTGATGAAAACCGATACCAAATAGCTGTTGCGGGACGCGGGAT 3938
Query 3945 CCAAATGGTTGAATTCTCCGGTTAACAAAAGCTTGGTTCAGAACCCTGTTTTTGATTCCA 4004
|||||||||||||||||||||||| | | | | |||||||||| || |||||| |||
Sbjct 3939 CCAAATGGTTGAATTCTCCGGTTA-CTA--G---G-TTCAGAACCCAGTATTTGAT-CCA 3990
Query 4005 GTTTTTGAGGTAATTTG 4021
||||||||||| ||||
Sbjct 3991 TTTTTTGAGGTA-TTTG 4006
Score = 213 bits (115), Expect = 9e-54
Identities = 180/209 (86%), Gaps = 14/209 (7%)
Strand=Plus/Plus
Query 4138 TTTGATCTGAGAACTGAGCTTTTGTCGGTGCTCTACtttttttgtttttGGCCGAAGTCG 4197
||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| | | || || | || ||||
Sbjct 4003 TTTGATC--AGAACTGTGCTTTTGTCGGTGCTCTACTTTATCTATTATTAGTCGCCGTCG 4060
Query 4198 GTGCTCTGCTAAA------T-TC--TGGTATGTATCATGTTTCTGAACCCAATTTGATAG 4248
||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4061 GTGCTCTGCTAAATTCTGGTATCAGTGGTATGTATCATGTTTCTGAACCCAATTTGATAG 4120
Query 4249 TAACGTTATTATTGCTCAAGATTTTGGTTATGGAATTGTGCCAATGTGGGACCTTTATGA 4308
|||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 4121 TAACATTATTATTGCTCA---TTTGGGTTATGGAATTGTGCCCATGTGGGACCTTTATGA 4177
Query 4309 GAGAAATATCAACACTTCACATGACCTTA 4337
|||||| |||||| ||||||||||| |||
Sbjct 4178 GAGAAAGATCAACTCTTCACATGACATTA 4206
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 164028139630
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5