BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G02010.1
Length=2722
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg943542 jgi|Araly1|943542|scaffold_604086.1 3661 0.0
> Ahg943542 jgi|Araly1|943542|scaffold_604086.1
Length=2218
Score = 3661 bits (1982), Expect = 0.0
Identities = 2140/2218 (96%), Gaps = 4/2218 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 350 CAAGAGAAAGTGTCGGTGATGTCGATTTTCTCACTCGCGAGCTCTTCTGATTCACAAAGA 409
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 3 CAAGAGAAAGTGTCGGTGATGTCTATTTTCTCACTCGCGAGCTCTTCTGGTTCGCAAAGA 62
Query 410 GATGA-CCTAATAATGGCGTTGAAGGCGGTGGTTATTGTATATTGTGTGGTTTCTCTCGT 468
||| | ||| ||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 63 GAT-ATCCTGATAATGGCGTTGAAGGCAGTGCTTTTTGTATATTGTGTGGTTTCTCTCGT 121
Query 469 CAGTGTTCAATTAGCTGATGCTCAACATGAAGGACTGCCAGTTTCACCAACGTTATCACC 528
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 122 CAGTGTTCTGTTAGCTGATGCTCAACATGAAGGACTGCCAATTTCACCAACGTTATCACC 181
Query 529 TTCAACTTCACCAGTTATCACTGATCTGCCCCTACCAGCTGAATTTCCGCGGTTTCACAG 588
|||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 182 TTCAACTTCACCAGCTATCTCTGATCTGCCCCTACCAGCTGAATTTCCGCGGTTTCACAG 241
Query 589 AAAGTATTTCGCACCACAACAAGCAGAAGCACCTCAGCATTCTCC-CCCTTATAGTCGTT 647
||| ||||||||||| |||||| ||||| |||| ||||| |||| |||| ||| ||||
Sbjct 242 AAAATATTTCGCACCGCAACAAACAGAAACACCGGAGCATCCTCCTTCCTT-TAGCCGTT 300
Query 648 TGGTCGCTTCTGATCATCCCCCTACCAGCTCACATTTCTCCAAACCTTCCATGAAAAGGA 707
|||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 301 TGGTCGCTTCTGTTCATCCCCCTACCAACTCACATTTCTCCAAACCTTCCATGAAAAAGA 360
Query 708 ATGCTCAGTCTCCTGGAGCCGGCTTGGCTGATATTGCTCCAGCACAATCTAGCAATGGTG 767
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 ATGCTCAGTCTCCTGGAGCCGGCTTGGTTGATATTGCTCCAGCACAATCTAGCAATGGTG 420
Query 768 TTCTTCCTGATGCCTTAACTCAGCCACCTTTGTCGCCCTCCATTTCAAATTGTTGCAAAT 827
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 CACTTCCTGATGCCTTAACTCAGCCACCTTTGTCCCCCTCCATTTCAAATTGTTGCAAAG 480
Query 828 CAGATATGGTGCTTAAACGAAGAAGTATTGGTTGCCACTGCGTGTATCCTATAAAACTGG 887
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 481 CAGATATGGTGCTTAAACGAAGAAGTATTGGTTGCCACTGTGTGTATCCTATAAAGCTGG 540
Query 888 ACATCCTTCTCTTGAATGTTTCAGAAACTCCTAGTTGGAACATGTTCTTGAACGAATTTG 947
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 ACATCCTTCTCTTGAATGTTTCAGAAACTCCTAGTTGGAACATGTTCTTGAACGAATTTG 600
Query 948 CTACCCAGCTTGGTCTCCTACCTCACCAAATCGAGCTGATTAACTTCTATGTGCTAAGCT 1007
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 CTACCCAGCTTGGCCTCCTACCTCACCAAATCGAGCTGATTAACTTCTATGTGCTAAGCT 660
Query 1008 TATCAAGGATGAACATATCGATGGATATCACCCCTCATTCTGGAATTAGTTTCTCAGCTA 1067
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 661 TATCAAGGATGAACATATCGATGGATATCACCCCTCATTCTGGAATTAGTTTTTCAGCGA 720
Query 1068 GTCAGGCATCCGCAATAAACTCTTCCCTTATCAGCCACAAGATTCAATTTAGCCCTACTT 1127
|||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 721 GTCAGGCATCAGCAATAAACTCTTCGCTTATCAGCCACAAGATTCAGTTTAGCCCTACTT 780
Query 1128 TGGTGGGAGATTACAAACTTCTAAACCTTACTTGGTTTGAGGCCCCTGCACCTTCGCAAG 1187
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 781 TGGTGGGAGATTACAAACTTCTAAACCTTACTTGGTTTGAGGCCCCTGCACCTTCTCAAG 840
Query 1188 CACCTCTAGTGGCTTCTTCACCTCATAAAGCACCATCACAAGGATCCTCAGCAACTACGT 1247
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 841 CACCTCTAGTGGCTTCTTCACCTCATAAAGCACCATCACAAGGATCCTCAGCATCTACGT 900
Query 1248 CAGTAAGATCTCCAGGGAAAAAGAGGCATCCCAATCTTATTCTTATCTTTTCTATAGCCG 1307
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 901 CAGTAAGATCTCCAGGGAAAAAGAAGCATCCCAATCTTATTCTTATCTTTGCTATAGCCG 960
Query 1308 CTGGTGTGCTTATACTTGCCATAATCACTGTACTTGTTATTTGTTCCCGCGCACTCCGAG 1367
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 961 CTGGTGTGCTTATACTTGCCATAATCACTGTACTTGTTATTTGTTCCTGCGCACTCCGAG 1020
Query 1368 AAGAGAAAGCTCCAGATCCTCACAAAGAAGCTGTAAAACCAAGGAACCTGGACGCTGGTT 1427
||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 AAGAGAAAGCTCCTGATCCACACAAAGAAACTGTAAAACCAAGGAACCTGGACGCTGGTT 1080
Query 1428 CATTTGGGGGATCTCTTCCTCACCCAGCAAGTACACGGTTTCTGTCATATGAAGAACTCA 1487
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 CAGTTGGGGGATCTCTTCCTCACCCAGCAAGTACACGGTTTCTGTCATATGAAGAACTCA 1140
Query 1488 AAGAGGCAACTAGCAATTTTGAATCTGCTAGCATTCTAGGAGAAGGTGGGTTTGGCAAGG 1547
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1141 AGGAGGCAACTAGCAATTTTGAATCTGCTAGCATTCTAGGGGAAGGTGGGTTTGGCAAGG 1200
Query 1548 TTTACAGAGGCATCTTAGCCGATGGTACTGCTGTAGCGATTAAGAAGCTCACAAGTGGTG 1607
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 1201 TATACAGAGGCATCTTAGCCGATGGTACTGCTGTAGCGATTAAGAAGCTAACAAGTGGAG 1260
Query 1608 GGCCACAAGGTGATAAAGAATTCCAGGTGGAGATTGATATGCTTAGCCGTCTTCATCATC 1667
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1261 GGCCACAAGGCGATAAAGAATTCCAGGTGGAGATTGATATGCTAAGCCGTCTTCATCATC 1320
Query 1668 GTAATCTTGTGAAACTTGTGGGTTACTATAGTAGTCGAGATTCTTCTCAGCACCTACTTT 1727
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 GTAATCTTGTGAAACTTGTGGGTTACTATAGTAGTCGAGATTCTTCTCAGCACCTACTTT 1380
Query 1728 GTTATGAGCTTGTTCCAAATGGCAGCCTCGAGGCTTGGCTCCATGGGCCTCTCGGGTTGA 1787
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1381 GTTATGAGCTTGTTCCAAATGGCAGCCTCGAGGCTTGGCTCCATGGGCCTCTAGGGTTGA 1440
Query 1788 ACTGTCCTCTTGATTGGGACACCAGAATGAAGATTGCACTTGATGCTGCAAGAGGACTTG 1847
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 ACTGTCCTCTTGATTGGGACACCAGAATGAAGATTGCACTTGATGCTGCAAGAGGACTTG 1500
Query 1848 CATACCTTCATGAAGACTCGCAACCCTCCGTTATACACAGAGATTTTAAAGCCTCTAATA 1907
||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 CATACCTTCATGAAGACTCACAACCGTCGGTTATACACAGAGATTTTAAAGCCTCTAATA 1560
Query 1908 TACTCCTTGAAAACAACTTCAACGCCAAAGTTGCAGATTTTGGCCTAGCCAAACAAGCTC 1967
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 TACTCCTTGAAAACAACTTCAACGCCAAAGTTGCAGATTTTGGCCTAGCCAAACAAGCTC 1620
Query 1968 CTGAAGGCAGGGGTAATCACTTATCTACTCGTGTTATGGGCACATTTGGATATGTTGCGC 2027
||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 1621 CTGAAGGCAGGGGTAATCACTTATCCACCCGTGTTATGGGCACATTTGGGTATGTAGCGC 1680
Query 2028 CTGAATATGCAATGACGGGACACCTACTCGTCAAGAGTGATGTTTATAGTTACGGTGTGG 2087
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1681 CTGAATATGCAATGACGGGACACCTACTCGTCAAGAGTGATGTTTATAGTTACGGTGTAG 1740
Query 2088 TCCTTCTCGAATTGTTAACTGGTAGAAAACCTGTGGATATGTCACAACCTTCAGGCCAAG 2147
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 TCCTTCTCGAGTTGTTAACTGGTAGAAAACCTGTGGATATGTCACAACCTTCAGGCCAAG 1800
Query 2148 AAAATCTCGTCACTTGGACAAGGCCAGTTTTAAGAGACAAAGACCGGTTAGAAGAACTAG 2207
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 AAAATCTCGTCACTTGGACAAGGCCAATTCTAAGAGACAAAGACCGGTTAGAAGAACTAG 1860
Query 2208 TCGATTCAAGACTTGAAGGAAAATACCCGAAAGAAGATTTCATAAGAGTATGCACAATCG 2267
|||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 1861 TCGATTCAAGGCTCGAAGGAAAATACCCAAAAGAAGATTTCATAAGAGTCTGTACAATCG 1920
Query 2268 CTGCAGCTTGTGTTGCACCTGAAGCTAGCCAGAGACCAACGATGGGCGAAGTGGTTCAGT 2327
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1921 CTGCAGCTTGTGTTGCACCTGAAGCTAGCCAGAGACCAACGATGGGTGAAGTGGTTCAGT 1980
Query 2328 CACTTAAAATGGTTCAACGGGTGGTTGAGTATCAAGACCCGGTTTTAAACACTTCAAATA 2387
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 CACTTAAAATGGTTCAACGGGTGGTTGAGTATCAAGACCCGGTTTTAAACACTTCAAATA 2040
Query 2388 AAGCTCGTCCTAACCGGAGACAATCATCAGCTACGTTCGAGTCAGAAGTAACCTCTTCTA 2447
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2041 AAGCTCGTCCTAACCGGAGACAATCATCAGCTACGTTCGAGTCAGAAGTAACATCTTCTA 2100
Query 2448 TGTTCTCTTCTGGTCCTTATTCTGGTCTAAGCGCTTTTGATCATGAAAATATTACACGAA 2507
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2101 TGTTCTCTTCTGGTCCTTATTCTGGTCTAAGCGCTTTTGATCATGAGAATATTACACGAA 2160
Query 2508 CAACTGTTTTCTCAGAAGATCTTCACGAAGGCCGATGATAGAAGCCAGGGTTTTCTTC 2565
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2161 CAACTGTTTTCTCAGAAGATCTTCACGAAGGCCGATGATAGAAGCCATGGTTTTCTTC 2218
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 102691300520
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5