BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G02060.1
Length=2540
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg490375 jgi|Araly1|490375|fgenesh2_kg.6__3509__AT4G02060.1 3651 0.0
> Ahg490375 jgi|Araly1|490375|fgenesh2_kg.6__3509__AT4G02060.1
Length=2257
Score = 3651 bits (1977), Expect = 0.0
Identities = 2165/2256 (96%), Gaps = 12/2256 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATCTACAACCCTTTTACCGCCCAATTTTGCAGTCACTGGTTCATTCCTt--tc-tcttct 57
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || || |||
Sbjct 1 ATCTACAACCCTTTTACCGCCCAATTTCGCAGTCACTGGTTCATTCCTTCCTCTTCCTCT 60
Query 58 tc----ct--ct-tc-cactctctctctcGACCCAAGTTTTGAAACCATGAAAGACCACG 109
|| || || || | |||||||||| |||||| |||| |||||||||||||| | |
Sbjct 61 TCGAGTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTAAACCCAAATTTT-AAACCATGAAAGACTATG 119
Query 110 ATTTCGACGGCGACAAAGGGCTTGCCAAGGGATTTCTCGAGAATTTCGCCGACGCTAATG 169
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 ATTTCGACGGCGACAAAGTGCTTGCCAAGGAATTTCTTGAGAATTTCGCCGACGCTAATG 179
Query 170 GCAGATCTAAGTACATGGAGATTCTCCAAGAGGTTTCAAATCGTAAGATTCGAGCTATTC 229
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 GCAGATCTAAGTACATGGAGATTCTCCAAGACGTTTCAAATCGTAAGATTCGAGCTATTC 239
Query 230 AAGTCGATCTCGATGACTTATTCAATTATAAAGATGAAAGTGAGGAGTTTCTCGGACGGT 289
| |||||||| |||||||||||||||||||| | ||| | |||||| ||||| |||||||
Sbjct 240 AGGTCGATCTTGATGACTTATTCAATTATAAGGGTGATATTGAGGACTTTCTGGGACGGT 299
Query 290 TGACGGAAAACACTCGCCGATATGTTTCAATTTTCTCCGCCGCTGTTGACGAGTTGTTAC 349
|||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| | |||
Sbjct 300 TGACTGAAAACACTCGCCGATATGTTTCCATTTTCTCCGCTGCTGTTGACGAGCTCCTAC 359
Query 350 CCGAACCAACGGAAGCGTTTCCAGATGATGATCATGATATTCTCATGACTCAGAGAGCAG 409
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 360 CCGAGCCAACGGAAGCGTTTCCAGATGATGATCATGATATTCTGATGACTCAGAGAGCAG 419
Query 410 ATGATGGGACTGATAATCCAGATGTTTCTGATCCTCATCAGCAGATTCCTTCTGAGATTA 469
| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 AGGATGGGACTGATAATGCAGATGTTTCTGATCCGCATCAGCAGATTCCTTCTGAGATTA 479
Query 470 AAAGATATTATGAGGTTTATTTTAAAGCTCCTTCAAAGGGAAGGCCATCTACCATCAGGG 529
|||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 AAAGATTTTATGAGGTTTATTTTAAAGCTGCTTCAAAGGGAAGGCCATCTACCATCAGGG 539
Query 530 AGGTTAAGGCTTCACACATTGGGCAACTTGTTAGGATATCTGGTATTGTGACCCGTTGTT 589
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 AGGTTAAGGCTTCACACATTGGGCAACTTGTTAGGATATCTGGTATTGTGACCCGTTGTT 599
Query 590 CCGATGTCAAGCCATTGATGGCGGTTGCTGTTTACACATGTGAAGATTGTGGTCATGAGA 649
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |
Sbjct 600 CCGATGTCAAGCCATTGATGGCGGTTGCTGTTTACACATGCGAAGAATGTGGTCATGAAA 659
Query 650 TTTACCAGGAAGTTACATCTAGAGTCTTCATGCCTTTGTTTAAGTGTCCTTCTAGTCGCT 709
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || || || |
Sbjct 660 TTTACCAGGAAGTTACATCTAGAGTCTTCATGCCTTTGTTTAAGTGCCCCTCCAGCCGTT 719
Query 710 GTCGTCTTAATAGTAAAGCCGGGAATCCTATTCTTCAGCTCAGAGCATCAAAGTTTCTAA 769
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 720 GTCGTCTTAACAGTAAAGCCGGGAATCCTATTCTTCAGCTCAGAGCTTCAAAGTTTCTTA 779
Query 770 AGTTTCAGGAGGCCAAGATGCAAGAGTTGGCTGAACATGTTCCCAAAGGGCATATTCCGA 829
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 AGTTTCAGGAGGCCAAGATGCAAGAGTTGGCTGAACATGTTCCCAAAGGGCATATTCCGA 839
Query 830 GGTCTATGACTGTTCATCTAAGAGGAGAGTTGACAAGAAAGGTATCACCAGGTGATGTTG 889
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 840 GGTCTATGACTGTTCATCTAAGAGGAGAGTTGACAAGAAAGGTATCACCAGGTGACGTTG 899
Query 890 TTGAGTTCTCAGGGATTTTTCTTCCCATTCCTTACACTGGGTTTAAGGCACTTCGAGCTG 949
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 TTGAATTCTCAGGGATTTTTCTTCCCATTCCTTACACTGGGTTTAAGGCACTTCGAGCTG 959
Query 950 GCTTAGTAGCAGACACCTATCTGGAAGCAACGTCTGTTACTCATTTCAAGAAGAAATATG 1009
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 GCTTAGTAGCAGACACCTATCTGGAAGCAACGTCTGTTACTCATTTCAAGAAGAAATATG 1019
Query 1010 AGGAATATGAGTTTCAGAAAGATGAGGAAGAACAGATTGCACGTTTGGCTGAGGATGGTG 1069
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 AGGAATATGAGTTTCAGAAAGATGAGGAAGAACAGATTGCACGTTTGGCTGAGGATGGTG 1079
Query 1070 ACATATACAATAAGCTGTCGCGATCCCTGGCCCCTGAGATTTATGGACATGAAGATATTA 1129
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1080 ACATTTACAATAAGCTGTCGCGATCCCTGGCCCCTGAGATTTATGGACATGAAGACATTA 1139
Query 1130 AGAAAGCTTTGCTTCTCCTTCTTGTGGGTGCTCCTCACAGGCAATTAAAGGATGGAATGA 1189
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1140 AGAAAGCTTTGCTTCTCCTTCTTGTGGGTGCTCCTCACAGGCAATTAAAGGATGGGATGA 1199
Query 1190 AGATTAGAGGAGATGTGCATATCTGTCTGATGGGTGATCCTGGAGTTGCCAAGAGTCAGC 1249
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 1200 AGATTAGAGGAGATGTGCATATATGTCTGATGGGTGATCCTGGAGTTGCCAAAAGTCAAC 1259
Query 1250 TTCTCAAGCACATTATAAATGTTGCTCCAAGGGGAGTCTACACAACAGGCAAAGGTAGCA 1309
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1260 TTCTCAAGCACATTATAAATGTTGCTCCAAGGGGAGTCTACACAACCGGCAAAGGTAGCA 1319
Query 1310 GTGGAGTTGGTCTAACTGCCGCTGTTATGAGAGATCAAGTAACAAATGAGATGGTTTTAG 1369
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GTGGAGTTGGTCTAACTGCCGCTGTTATGAGAGATCAAGTAACAAATGAGATGGTTTTAG 1379
Query 1370 AAGGAGGAGCACTGGTGCTGGCTGACATGGGAATCTGTGCAATTGATGAGTTTGATAAGA 1429
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 AAGGAGGAGCACTGGTGCTTGCTGACATGGGAATCTGTGCAATTGATGAGTTTGATAAGA 1439
Query 1430 TGGATGAATCAGATCGTACTGCTATTCATGAGGTCATGGAGCAGCAAACTGTAAGCATTG 1489
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 TGGATGAATCAGATCGTACTGCAATTCATGAAGTCATGGAGCAGCAAACTGTAAGCATTG 1499
Query 1490 CAAAAGCTGGGATTACCACGTCTTTGAATGCTCGAACAGCTGTTCTTGCTGCAGCCAATC 1549
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1500 CAAAAGCTGGGATTACCACGTCTTTGAACGCTCGAACAGCTGTTCTTGCCGCAGCCAATC 1559
Query 1550 CAGCCTGGGGAAGATATGATTTGCGAAGAACTCCAGCTGAAAACATTAATCTTCCACCGG 1609
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1560 CAGCCTGGGGAAGATATGATTTGCGAAGAACTCCTGCTGAAAACATAAATCTTCCACCAG 1619
Query 1610 CCCTTCTTTCAAGATTCGATCTGCTGTGGTTGATCTTAGATCGAGCTGACATGGACAGTG 1669
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 CCCTTCTTTCAAGATTCGATCTGCTGTGGTTGATCTTAGATCGAGCTGACATGGACAGTG 1679
Query 1670 ACCTTGAATTGGCAAAGCATGTGCTTCACGTACATCAGACAGAAGAATCTCCTGCGCTTG 1729
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 ACCTTGAATTGGCTAAGCATGTGCTTCACGTACATCAGACAGAAGAATCTCCTGCGCTTG 1739
Query 1730 GTTTCGAGCCTCTGGAACCCAACATTCTCCGTGCATACATTTCAGCTGCAAGGAGATTAT 1789
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 1740 GTTTCGAGCCGCTGGAACCCAATATTCTCCGTGCATACATTTCAGCTGCGAGGAGACTAT 1799
Query 1790 CACCATACGTCCCAGCAGAGTTGGAGGAATATATAGCAACTGCTTATTCCAGCATCAGGC 1849
||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1800 CACCATATGTTCCAGCAGAGTTGGAGGAATATATAGCAACAGCTTATTCCAGCATCAGGC 1859
Query 1850 AAGAAGAAGCGAAATCAAATACTCCTCATTCTTACACAACAGTGAGGACACTGCTCAGCA 1909
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 AAGAAGAAGCGAGATCAAATACTCCTCATTCTTACACAACAGTGAGGACACTGCTCAGCA 1919
Query 1910 TTCTGCGCATATCCGCTGCATTAGCAAGGTTGAGATTTTCAGAATCAGTGGCACAGAGTG 1969
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 TTCTGCGCATATCCGCTGCATTAGCAAGGTTGAGATTCTCAGAATCAGTGGCACAGAGTG 1979
Query 1970 ATGTGGATGAGGCGCTTAGACTAATGCAGATGTCGAAAATATCATTGTATGCTGATGACC 2029
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1980 ATGTGGATGAGGCGCTTAGACTAATGCAGATGTCAAAAATATCATTGTATGCGGATGACC 2039
Query 2030 GACAAAAAGCAGGACTAGATGCAATATCAGACACATACTCAATCATAAGAGACGAAGCTG 2089
|||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 GACAGAAAGCAGGACTGGATGCAATATCAGACACATACTCAATCATAAGAGACGAAGCTG 2099
Query 2090 CAAGATCAAAAAAGACCCATGTGAGCTACGCAAATGCCCTGAACTGGATCTCCAGAAAGG 2149
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 CAAGATCAAACAAGACCCATGTGAGCTACGCAAATGCTCTGAACTGGATCTCCAGAAAGG 2159
Query 2150 GATACAGTGAGGCTCAGCTAAAGGAGTGTTTGGAGGAATATGCAGCTTTGAATGTTTGGC 2209
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 GATACAGTGAGGCTCAGCTAAAGGAGTGTTTGGAGGAATATGCAGCTTTGAATGTTTGGC 2219
Query 2210 AGATTGATCCTCACACCTTTGACATCCGTTTTATCT 2245
|||| |||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2220 AGATCGATCCTAACACCTTTGACATCCGTTTTATCT 2255
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 95758875930
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5