BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G02220.1
Length=1713
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg895780 jgi|Araly1|895780|Al_scaffold_0006_3776 1947 0.0
> Ahg895780 jgi|Araly1|895780|Al_scaffold_0006_3776
Length=1260
Score = 1947 bits (1054), Expect = 0.0
Identities = 1192/1260 (95%), Gaps = 3/1260 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 196 ATGAGTAGCTTCAACGGAGACTCCATGGATGATTTCAAAGGCCTCCGAATAACTCAGCTt 255
||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAGGAGCTTCAACAGAGACTCCATGGATGATTTCAAAGGCCTCCGAATAACTCAGCTT 60
Query 256 gatgatgatgacgatgatgaaactgcggtggaacctataaatatggatgaatttgatgat 315
||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 61 GATGATGATGACGATGACGAAACTGCGGTGGAACAGACAAACATGGATGAATTTGATGAT 120
Query 316 gatgatga-g-g-aagatgatgaagattatgaacctgtgatgTTAGGTTTCGTTGAGAGT 372
|||||||| | | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 121 GATGATGATGAGGAAGATGAGGAAGATTATGAACCTGTGATGTTAGGTTTCGTAGAGAGT 180
Query 373 CCTAAATTCGCATGGTCAAATCTTCGTCAACTGTTCCCTAATTTAGCTGGTGGTGTTCCG 432
||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 181 CCTAAGTTCTCATGGTCAAATCTTCGTCAACTGTTCCCTAATCTAGCTGGTGGTGTTCCG 240
Query 433 GCATGGTTGGATCCAGTTAATTTACCATCAGGGAAGTCAATTCTATGTGATCTATGTGAA 492
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 241 GCATGGTTGGATCCAGTTAATTTACCTTCAGGGAAGTCAATTTTATGTGATTTATGTGAA 300
Query 493 GAACCTATGCAATTTGTACTTCAACTTTATGCTCCTTTAACAGACAAGGAATCAGCTTTT 552
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 301 GAACCTATGCAATTTGTACTTCAACTTTATGCTCCTTTAACGGATAAGGAATCAGCTTTT 360
Query 553 CATCGGACATTGTTTCTCTTCATGTGTCCATCTATGTCTTGTCTCCTTCGTGATCAACAT 612
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CATCGGACACTGTTTCTCTTCATGTGTCCATCTATGTCATGTCTCCTTCGTGATCAACAT 420
Query 613 GAACAATGGAAACGTGCCCCAGAGAAGGCTATGCGGAGTACGAAGGTTTTCCGTTGCCAA 672
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GAACAATGGAAACGTGCCCCCGAGAAGGCTATGCGGAGTACGAAGGTTTTCCGTTGCCAA 480
Query 673 TTGCCTCGAGCTAATCCTTTTTACTCGAGTGAGGCTCCAAAGCACGATGGAACAGACAAG 732
|||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 481 TTGCCTCGGGTTAATCCTTTTTACTCGAGTGAGGCCCCAAAGCACAATGGAACAGACAAG 540
Query 733 CCATTGGGTCATGGAGCTCCGCTTTGCACTTGGTGTGGAACATGGAAAGGAGATAAACTA 792
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 541 CCATTGGGAGATGGAGCTCCGCTTTGCACTTGGTGTGGAACGTGGAAAGGAGATAAACTA 600
Query 793 TGTAGCGGCTGCAAAAATGCTCGATACTGTTCACCGAAACACCAGGCCCTGCATTGGCGC 852
||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TGTAGTGGCTGCAAAAGTGCTCGATACTGTTCACAAAAACACCAGGCCCTGCATTGGCGT 660
Query 853 TTGGGTCATAAAACCGAATGCCAACAGCTTCGAACGGTTAGCGAAACATCTGACTCAGGC 912
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 661 TTAGGTCATAAAACCGAATGCCAACAGCTTCGAACGGTTATTGAAACATCTGAATCAGGC 720
Query 913 CCTGTCAATAATGGGGTTGCTCCAACTGAAAAGCAGAAAGTTGCGAGTAAGAGTTTATGG 972
| |||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 721 CGAGTCAATAATGGGATTGCTCTAACTCAAAAGCAGAAAGTTGCGAGTAAGAGTCTATGG 780
Query 973 AAAGAATTTGTATTGATCAATGAGGATGAAAGTGAGTATGATACTGAGATGTCAGGAGAT 1032
|||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 781 AAAGAATTTGTAATGATCAACGAGGATGAAAGTGAGTATGATACAGAGATGTCAGGAGAT 840
Query 1033 GATGAAGTAGCTAAACCTTTGGTCTCAAAGAGAGAAGTTGACGACCAAATGAAATCGCTA 1092
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 841 GATGAAATAGCTAAACCTTTGGTCTCAAAGAGAGAAGTTGATGACCAAATGAAATCGCTA 900
Query 1093 ATGAACGATTTTGAGGGAGATGCTGATAAAAAGAATTGGGTTAATTTCCAGCAACGCGTA 1152
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 901 ATGAACGATTTTGAGGGAGATGCTGATAAAAAGACTTGGGTTAATTTCCAGCAACGTGTA 960
Query 1153 GACAAAGCCCCTGAACAAGTTCTGAGATATTCCCGGAGCTCTGGTGCTAAACCCCTTTGG 1212
| |||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 961 GCCAAAGCACCTGAACAAGTTCTAAGGTATTCCCGGAGCTCTGGTGCTAAACCCCTCTGG 1020
Query 1213 CCAATAGCAAGCGGACGAGTCTCTAAATCTGAGCTTCCCAGTTGCAAATCTTGTGGTGGT 1272
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1021 CCAATATCAAGCGGACGAGTCTCTAAATCTGAGCTTCCCAATTGCAAATCTTGTGGTGGT 1080
Query 1273 CCTCGTTGTTTTGAATTTCAGGTGATGCCGCAGCTACTGTTCTTCTTCGGTGGGAAGAAC 1332
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 1081 CCTCGTTGTTTTGAATTTCAGGTTATGCCGCAGCTACTGTTCTTCTTCGGCGGGAAAAAC 1140
Query 1333 GAGAGGGAATCTCTCGATTGGGCAACAATCGTGGTGTACACTTGTGAGAACTCGTGTGAC 1392
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1141 GATAGGGACTCTCTCGATTGGGCAACAATCGTGGTGTACACGTGTGAGAACTCGTGTGAC 1200
Query 1393 TCGAGCTTAAGTTACAAGGAAGAGTTTGTCTGGGTTCAACTATACAGTCAGACAACTTAG 1452
|||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 TCGAACTTAAGCTACAAGGAAGAATTTGTCTGGGTTCAACTATACAGTCAGACAACTTAG 1260
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 64258243315
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5