BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT4G02260.1 Length=3190 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg490346 jgi|Araly1|490346|fgenesh2_kg.6__3480__AT4G02260.1 5132 0.0 Ahg895409 jgi|Araly1|895409|Al_scaffold_0006_3405 121 4e-26 > Ahg490346 jgi|Araly1|490346|fgenesh2_kg.6__3480__AT4G02260.1 Length=3157 Score = 5132 bits (2779), Expect = 0.0 Identities = 3047/3175 (96%), Gaps = 23/3175 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 CTTCCTCTGCTTCTTCTTCTTCACATCACTGTGTGCGTCTCTCTATCTCTCTATTCTATC 60 |||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||| Sbjct 1 CTTCTTCTTCTTCTTCCTCTTCACATCACTGTGTGCG----TC--TCTCTCTGTTCTATC 54 Query 61 ATTT-CGAAATCCTCTCTATCCGAATTTGAACTCGTCTCTTCTTCGTAAAGAGTTCTTAA 119 ||| ||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| | Sbjct 55 -TTTCCGAAATCTTCTCTATCCTAATTTGAACTCGCCTCTTCTTCGTAAAGAGTTCTCCA 113 Query 120 TCTCCGTCTCTGTGATTTCGGAATCTGGAGGTTTTGAATTTCTTGTTCGTATCAATCAAA 179 |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 114 TCTCCG----TGTGATTTCGGAATCTGGAGATTTTGAATTTCTTGTTCGAATCAATCAAA 169 Query 180 TGGTGGATCGATTTAGTGAGATTGCTTTACCTCATTAGCAATGACTTCTGCTTCTTCCAT 239 ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 170 TGGTGGATCGATTTAGTTCGATTGCTTTATCTCATTAGCAATGACTTCTGCTTCTTCCAT 229 Query 240 GTCCGTGTCTGTGGAATGTGTGAACATATGTAATCTAACGAAAGGAGATGGGAATGCAAG 299 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 230 GTCCGTGTCTGTGGAATGTGTGAACATATGTAATCTAACGAAAGGAGATGGGAATGCAAG 289 Query 300 AAGCGATTGCAGTGCTCTCTCCTGTGCTTGGAAAGCTCCAAGAGCGTTAACTGGGTTTCT 359 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 290 AAGCGATTGCAATGCTCTCTCCTGTGCTTGGAAAGCACCAAGAGCGTTAACTGGGTTTCT 349 Query 360 AGCTAGCACTGCTCATCCACCTGTGTGTTCTGTGTATTCATGTGGCAGAAATGGAAGAAA 419 ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 350 AGCTACCACTGCTCATCCACCTGTGTGTTCTTTGTACTCATGTGGCAGAAATGGAAGAAA 409 Query 420 GAGCAGAATGAAAGCTTGCGCCTGGCAGAGGTATGAATATGAAGTAGGCTTTTCTGAGGC 479 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 410 GAGCAGAATGAAAGCTTGCGCCTGGCGGAGGTATGAATATGAAGTAGGCTTTTCTGAGGC 469 Query 480 TCCTTACTTTGTAAATGTGAGAAATATCTTGAAGTCCAGATTATCTTGTGGTGGTCATAA 539 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| Sbjct 470 TCCTGACTTTGTAAATGTGAGAAATATCTTGAAGTCCAAATTATCTTGTGGTGGCCATAA 529 Query 540 AAGATGGGAACTGTATTGCGTATCAGCTGAATCTTCTTCTGGTGCATCCAG-TGATGTTA 598 |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| | | |||||||| Sbjct 530 AAGATGGGAACTGTATTGCGTACCAGCTGAA---TCTTCTGGTGCAT-CTGATGATGTTA 585 Query 599 CCGTCGAAACATTGTGGGAGGACCTTTTCCCATCAATATCTTATCTACCCCGTAAAGAAT 658 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| Sbjct 586 CCGTCGAAACATTGTGGGAGGACCTTTTCCCATCAATATCTTACCTACCCTGTAAAGAAT 645 Query 659 TAGAATTTGTTCAAAAGGGCCTTAAGTTAGCGTTTGAGGCACATCATGGTCAAAAGAGAC 718 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 646 TAGAATTTGTTCAAAAGGGCCTTAAGTTAGCGTTTGAGGCACATCACGGTCAAAAGAGAC 705 Query 719 GTAGTGGGGAACCATTCATTATACATCCCGTTGCAGTTGCTCGTATCCTTGGGGAACTTG 778 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 706 GTAGTGGGGAACCATTCATTATACATCCCGTTGCAGTTGCTCGTATCCTTGGGGAACTTG 765 Query 779 AATTGGATTGGGAGTCTATTGTTGCTGGATTACTACATGACACAGTCGAGGATACAAATT 838 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 766 AATTGGATTGGGAGTCTATTGTTGCTGGATTACTACATGACACAGTCGAGGATACAAATT 825 Query 839 TCATTACTTTTGAAAAGATAGAAGAAGAGTTTGGTGCAACTGTGCGTCACATCGTAGAAG 898 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 826 TCATTACTTTTGAAAAGATAGAAGAAGAGTTTGGTGCAACTGTGCGTCACATCGTAGAAG 885 Query 899 GGGAGACCAAGGTGTCAAAACTGGGAAAGTTAAAGTGTAAAACGGAAAGTGAAACAATAC 958 ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||| Sbjct 886 GGGAGACCAAGGTGTCAAAACTGGGGAAGTTAAAGTGTAAAACAGAAAGTGAATCAATAC 945 Query 959 AAGATGTAAAAGCAGATGATTTGCGGCAGATGTTTCTGGCGATGACAGACGAGGTCCGCG 1018 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 946 AAGATGTAAAAGCAGATGATTTGCGGCAGATGTTTCTGGCGATGACAGACGAGGTCCGTG 1005 Query 1019 TCATTATTGTCAAACTAGCTGACCGGTTGCATAATATGCGAACTCTCTGCCACATGCCTC 1078 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1006 TCATTATTGTCAAACTAGCTGACCGGTTGCATAATATGCGAACTCTCTGCCACATGCCTC 1065 Query 1079 CCCATAAGCAGTCCAGCATTGCAGGGGAGACTTTGCAGGTCTTTGCTCCTTTAGCAAAAT 1138 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1066 CCCATAAGCAGTCCAGCATTGCAGGGGAGACTTTGCAGGTCTTTGCTCCTTTAGCGAAAT 1125 Query 1139 TA-TTGGGAATGTATTCAATAAAGTCTGAACTGGAAAATCTGTCTTTCATGTACGTAAGT 1197 | |||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1126 TGCTTGG-AATGTATTCGATAAAGTCGGAACTGGAAAATCTATCTTTCATGTACGTAAGT 1184 Query 1198 GCTGAGGATTATGATAGAGTCACTAGCAGGATTGCTAACCTCTACAAAGAGCATGAAAAA 1257 ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1185 GCTGAGGATTATGATAGAGTCACAAGCAGGATCGCTAACCTCTACAAAGAGCATGAAAAA 1244 Query 1258 GAACTCACTGAGGCAAACAGAATTTTGGTGAAAAAGATTGAAGATGATCAGTTTCTGGAC 1317 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1245 GAACTCACTGAGGCAAACAGAATTTTGGTGAAAAAGATTGAAGATGATCAGTTTCTGGAC 1304 Query 1318 CTTGTGACTGTGAATACTGATGTTCGATCTGTTTGCAAGGAAACTTACAGCATCTACAAA 1377 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1305 CTTGTGACTGTGAATACTGATGTTAGATCTGTTTGCAAGGAAACTTACAGCATCTACAAA 1364 Query 1378 GCTGCTCTCAAATCGAAAGGATCAATTAATGATTACAACCAGATTGCTCAGCAGTTACGG 1437 ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1365 GCTGCGCTCAAATCAAAAGGATCAATTAATGATTACAACCAGATTGCCCAGCAGTTACGG 1424 Query 1438 ATTGTTGTAAAGCCAAAACCATCTGTAGGGGTCGGGCCTTTGTGCAGTCCACAACAGATA 1497 |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1425 ATTGTTGTAAAGCCAAAACCTTCTGTGGGGGTCGGGCCTTTGTGCAGCCCACAACAGATA 1484 Query 1498 TGCTATCACGTTCTGGGGCTTGTTCATGAGATCTGGAAACCTATTCCACGAACAGTAAAA 1557 |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||| Sbjct 1485 TGCTATCACGTTCTTGGGCTAGTTCATGAGATTTGGAAACCAATTCCCCGAACTGTAAAA 1544 Query 1558 GATTACATTGCAACCCCGAAGCCCAATGGATACCAGAGCCTCCATACTACTGTGATTCCA 1617 ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1545 GATTACATTGCAACCCCGAAGCCTAATGGCTACCAGAGCCTCCATACTACTGTGATTCCG 1604 Query 1618 TTCTTGTATGAGAGTATGTTTCGACTGGAGGTTCAGATCAGAACCGAGGAGATGGACTTG 1677 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1605 TTCTTGTATGAGAGTATGTTCCGACTGGAGGTTCAGATCAGAACCGAGGAGATGGACTTA 1664 Query 1678 ATTGCTGAAAGGGGCATTGCTGTTTACTACAATGGCAAGTCTCTATCTACTGGATTAGTT 1737 ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||||||| Sbjct 1665 ATTGCTGAAAGAGGCATTGCTGTTTACTATAATGGCAAGGCTCTTTCTGCTGGATTAGTT 1724 Query 1738 GGAAACGCGGTTCCTTTAGGTAGAAATTCAAGGGGGAAGACGGGTTGCCTCAACAATGCA 1797 | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1725 GCAAATGCGGTTCCTTTAGGTAGAAATTCAAGGGGGAAGACGGGTTGTCTCAACAATGCA 1784 Query 1798 GATTTTGCACTCAGGGTTGGGTGGCTAAATGCAATAAGGGAATGGCAAGAGGAGTTTGTG 1857 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1785 GATTTTGCACTCAGGATTGGGTGGCTAAATGCAATAAGGGAATGGCAAGAGGAGTTTGTG 1844 Query 1858 GGTAACATGAGCTCTAGAGAATTTGTGGATACCATTACGAGGGATCTTTTAGGTAGTCGT 1917 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1845 GGTAACATGAGCTCTAGAGAATTTGTGGATACCATTACGAGGGATCTTTTAGGTAGTCGT 1904 Query 1918 GTGTTTGTATTCACACCTAAAGGAGAGATAAAGAACCTCCCGAAAGGGGCCACCGTTGTT 1977 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1905 GTGTTTGTATTCACACCTAAAGGAGAGATAAAAAACCTTCCGAAAGGGGCCACCGTTGTT 1964 Query 1978 GACTACGCTTATCTGATTCACACCGAAATCGGAAACAAGATGGTAGCAGCAAAGGTCAAT 2037 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1965 GACTACGCTTATCTGATTCACACGGAAATCGGAAACAAGATGGTAGCAGCAAAGGTCAAT 2024 Query 2038 GGTAATCTTGTTTCCCCAACTCACGTTCTTGAGAATGCTGAGGTCGTGGAGATAGTCACC 2097 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2025 GGTAATCTTGTTTCCCCAACTCACGTTCTTGAGAATGCTGAGGTCGTGGAGATAGTCACT 2084 Query 2098 TACAACGCCCTCTCAAGTAAATCTGCTTTCCAAAGACATAAACAGTGGTTGCAACATGCC 2157 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2085 TACAACGCCCTCTCAAGTAAATCTGCTTTCCAGAGACATAAACAGTGGTTGCAACATGCC 2144 Query 2158 AAAACAAGGAGTGCAAGACACAAGATTATGAGGTTCCTAAGGGAGCAAGCTGCACAATGT 2217 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2145 AAAACAAGGAGTGCAAGACACAAGATTATGAGGTTCCTAAGGGAGCAAGCTGCACAATGT 2204 Query 2218 GCTGCCGAAATTACCCAGGATCAAGTGAATGACTTTGTGGCGGACTCTGATAGTGATGTG 2277 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 2205 GCTGCCGAAATTACCCAAGATCAAGTGAATGACTTTGTGGCGGACTCTGATAGTGATTTG 2264 Query 2278 GAAGATCTCACAGAAGATTCAAGAAAGAGCCTACAATGGTGGGAGAAAATCCTCGTCAAT 2337 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2265 GAAGATCTCACAGAAGATTCGAGAAAGAGCCTACAATGGTGGGAGAAAATCCTCGTCAAT 2324 Query 2338 GTTAAGCAATTCCAGTCACAAGACAAAAGTAGAGATACAACACCCGCTCCTCAAAACGGA 2397 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| Sbjct 2325 GTTAAGCAATTCCAGTCACAAGACAAAAGTAGAGATACAACACCCACTCCTCAAAATGGA 2384 Query 2398 AGCGTTTGGGCCCCAAAGGTGAATGGAAAACACAACAAAGCCATAAAGAACTCGAGTTCT 2457 |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | Sbjct 2385 AGCGTTTGGGTCCCAAAGGTAAATGGAAAACACAACAAAGCCATAAAAAACTCGAGTT-T 2443 Query 2458 -GATGAGCCAGAGTTCCTCCTACCTGGAGATGGAATTGCCAGGATTTTACCTGCTAATAT 2516 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| || Sbjct 2444 AGATGAGCCAGAGTTCCTCCTACCCGGAGATGGAATTGCCAAGATTTTACCTGCTAACAT 2503 Query 2517 CCCTGCTTATAAGGAAGTGTTGCCCGGCTTAGACAGTTGGCGAGACAGTAAAATTGCCAC 2576 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2504 CCCTGCTTATAAAGAAGTGTTGCCCGGCTTAGACAGTTGGCGAGACAGTAAAATTGCCAC 2563 Query 2577 ATGGCATCATCTCGAAGGTCAGTCCATCGAATGGTTATGTGTAGTATCCATGGATCGCAA 2636 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2564 ATGGCATCATCTCGAAGGTCACTCCATCGAATGGTTATGTGTAGTATCCATGGATCGCAA 2623 Query 2637 AGGCATAATCGCAGAGGTTACAACAGTCCTCGCAGCTGAAGGCATTGCATTATGTTCTTG 2696 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | |||||||| Sbjct 2624 AGGCATAATCGCAGAGGTTACAACAGTTCTCGCAGCTGAAGGCATCGCAGTGTGTTCTTG 2683 Query 2697 CGTGGCCGAGATTGACAGAGGAAGAGGATTAGCAGTAATGTTATTTCAAATAGAAGCAAA 2756 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2684 CGTGGCCGAGATTGACAGAGGAAGAGGATTAGCAGTAATGTTGTTTCAAATAGAAGCAAA 2743 Query 2757 CATTGAAAGTTTGGTTAGTGTTTGCGCTAAGGTGGATTTAGTCTTGGGTGTGTTGGGATG 2816 |||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | |||||||| |||||||| Sbjct 2744 TTTTGAAAGTTTGGTTAGTGTTTGCGCTAAAGTGGATCTAATATTGGGTGTATTGGGATG 2803 Query 2817 GTCCAGTGGTTGTAGCTGGCCAAGATCAACAGAGAATGCTCAAGTTCTTGAGTGTTAAAG 2876 ||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2804 GTCGAGTGGTTGTAGCTGGCCAAAATCAACAGATAATGCTCAAGTTCTTGAGTGTTAAAG 2863 Query 2877 CCAAAGGACTCACGTTCTTGGCCTTGAAGTTTTGTCATGTTCACTGGAAAAATAAGCGTA 2936 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2864 CCAAAGGACTCACGTTCTTGGCCATGAAGTTTTGTCATGTTCACTGGAAAAATAAGCAAA 2923 Query 2937 CTGAAGAAGAGAGTCTGGTTGCTCCATGTAGAGGTAGAGAGCTCTTATAATATTCTTGAA 2996 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2924 CTGAAGAAGAGAGTCTGGTTGCTCCATGTAGAGGTAGAGAGCACTTATAATATTCTTGAA 2983 Query 2997 AATATATATCACTT-TGTTTTGaaaaacaaaagaaaaaGAGAGTCAAATTCTTTTAGATG 3055 ||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2984 AATATATATCA-TTCTGTTTTGAAAAAAAAAAAAAAAAGAGAGTCAAATTCTTTTAGATG 3042 Query 3056 TGTTATGTTCAATAAATCAAGGTCATTGTATATAAAGACCAAAAGAGTGGGATGAACATA 3115 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3043 TGTTATGTTCAATAAATCAAGGTCATTGTATATAAAGACCAAAAGAGTGGGATGAACATA 3102 Query 3116 CGATGTAATATGTAGATACTCCTGTAAAACATATACTTGCACATAGaaaaaaaaa 3170 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3103 CGATGTAATATGTAGATACTCCTGTAAAACATATACTTGCACATAGAAAAAAAAA 3157 > Ahg895409 jgi|Araly1|895409|Al_scaffold_0006_3405 Length=204 Score = 121 bits (65), Expect = 4e-26 Identities = 86/96 (90%), Gaps = 2/96 (2%) Strand=Plus/Plus Query 1552 GTAAAAGATTACATTGCAACCCCGAAGCCCAATGGATACCAGAGCCTCCATAC-TACTGT 1610 ||||||||||| ||||| |||| |||| ||||| ||||||||||||||||| || ||| Sbjct 1 GTAAAAGATTATATTGCTACCCTAAAGCATAATGGCTACCAGAGCCTCCATACTTA-TGT 59 Query 1611 GATTCCATTCTTGTATGAGAGTATGTTTCGACTGGA 1646 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 60 GATTCCGTTCTTGTATGAGAGTATGTTTCGACTGGA 95 Score = 93.5 bits (50), Expect = 9e-18 Identities = 56/59 (95%), Gaps = 0/59 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1753 TTAGGTAGAAATTCAAGGGGGAAGACGGGTTGCCTCAACAATGCAGATTTTGCACTCAG 1811 |||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 146 TTAGGTCGAAATTCAAGGGGGAAGGCGAGTTGCCTCAACAATGCAGATTTTGCACTCAG 204 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 120517535180 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5