BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G02260.1
Length=3190
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg490346 jgi|Araly1|490346|fgenesh2_kg.6__3480__AT4G02260.1 5132 0.0
Ahg895409 jgi|Araly1|895409|Al_scaffold_0006_3405 121 4e-26
> Ahg490346 jgi|Araly1|490346|fgenesh2_kg.6__3480__AT4G02260.1
Length=3157
Score = 5132 bits (2779), Expect = 0.0
Identities = 3047/3175 (96%), Gaps = 23/3175 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CTTCCTCTGCTTCTTCTTCTTCACATCACTGTGTGCGTCTCTCTATCTCTCTATTCTATC 60
|||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||
Sbjct 1 CTTCTTCTTCTTCTTCCTCTTCACATCACTGTGTGCG----TC--TCTCTCTGTTCTATC 54
Query 61 ATTT-CGAAATCCTCTCTATCCGAATTTGAACTCGTCTCTTCTTCGTAAAGAGTTCTTAA 119
||| ||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 55 -TTTCCGAAATCTTCTCTATCCTAATTTGAACTCGCCTCTTCTTCGTAAAGAGTTCTCCA 113
Query 120 TCTCCGTCTCTGTGATTTCGGAATCTGGAGGTTTTGAATTTCTTGTTCGTATCAATCAAA 179
|||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 114 TCTCCG----TGTGATTTCGGAATCTGGAGATTTTGAATTTCTTGTTCGAATCAATCAAA 169
Query 180 TGGTGGATCGATTTAGTGAGATTGCTTTACCTCATTAGCAATGACTTCTGCTTCTTCCAT 239
||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 170 TGGTGGATCGATTTAGTTCGATTGCTTTATCTCATTAGCAATGACTTCTGCTTCTTCCAT 229
Query 240 GTCCGTGTCTGTGGAATGTGTGAACATATGTAATCTAACGAAAGGAGATGGGAATGCAAG 299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 230 GTCCGTGTCTGTGGAATGTGTGAACATATGTAATCTAACGAAAGGAGATGGGAATGCAAG 289
Query 300 AAGCGATTGCAGTGCTCTCTCCTGTGCTTGGAAAGCTCCAAGAGCGTTAACTGGGTTTCT 359
||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 290 AAGCGATTGCAATGCTCTCTCCTGTGCTTGGAAAGCACCAAGAGCGTTAACTGGGTTTCT 349
Query 360 AGCTAGCACTGCTCATCCACCTGTGTGTTCTGTGTATTCATGTGGCAGAAATGGAAGAAA 419
||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 350 AGCTACCACTGCTCATCCACCTGTGTGTTCTTTGTACTCATGTGGCAGAAATGGAAGAAA 409
Query 420 GAGCAGAATGAAAGCTTGCGCCTGGCAGAGGTATGAATATGAAGTAGGCTTTTCTGAGGC 479
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 410 GAGCAGAATGAAAGCTTGCGCCTGGCGGAGGTATGAATATGAAGTAGGCTTTTCTGAGGC 469
Query 480 TCCTTACTTTGTAAATGTGAGAAATATCTTGAAGTCCAGATTATCTTGTGGTGGTCATAA 539
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||
Sbjct 470 TCCTGACTTTGTAAATGTGAGAAATATCTTGAAGTCCAAATTATCTTGTGGTGGCCATAA 529
Query 540 AAGATGGGAACTGTATTGCGTATCAGCTGAATCTTCTTCTGGTGCATCCAG-TGATGTTA 598
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| | | ||||||||
Sbjct 530 AAGATGGGAACTGTATTGCGTACCAGCTGAA---TCTTCTGGTGCAT-CTGATGATGTTA 585
Query 599 CCGTCGAAACATTGTGGGAGGACCTTTTCCCATCAATATCTTATCTACCCCGTAAAGAAT 658
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 586 CCGTCGAAACATTGTGGGAGGACCTTTTCCCATCAATATCTTACCTACCCTGTAAAGAAT 645
Query 659 TAGAATTTGTTCAAAAGGGCCTTAAGTTAGCGTTTGAGGCACATCATGGTCAAAAGAGAC 718
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 646 TAGAATTTGTTCAAAAGGGCCTTAAGTTAGCGTTTGAGGCACATCACGGTCAAAAGAGAC 705
Query 719 GTAGTGGGGAACCATTCATTATACATCCCGTTGCAGTTGCTCGTATCCTTGGGGAACTTG 778
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 706 GTAGTGGGGAACCATTCATTATACATCCCGTTGCAGTTGCTCGTATCCTTGGGGAACTTG 765
Query 779 AATTGGATTGGGAGTCTATTGTTGCTGGATTACTACATGACACAGTCGAGGATACAAATT 838
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 766 AATTGGATTGGGAGTCTATTGTTGCTGGATTACTACATGACACAGTCGAGGATACAAATT 825
Query 839 TCATTACTTTTGAAAAGATAGAAGAAGAGTTTGGTGCAACTGTGCGTCACATCGTAGAAG 898
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 826 TCATTACTTTTGAAAAGATAGAAGAAGAGTTTGGTGCAACTGTGCGTCACATCGTAGAAG 885
Query 899 GGGAGACCAAGGTGTCAAAACTGGGAAAGTTAAAGTGTAAAACGGAAAGTGAAACAATAC 958
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||
Sbjct 886 GGGAGACCAAGGTGTCAAAACTGGGGAAGTTAAAGTGTAAAACAGAAAGTGAATCAATAC 945
Query 959 AAGATGTAAAAGCAGATGATTTGCGGCAGATGTTTCTGGCGATGACAGACGAGGTCCGCG 1018
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 946 AAGATGTAAAAGCAGATGATTTGCGGCAGATGTTTCTGGCGATGACAGACGAGGTCCGTG 1005
Query 1019 TCATTATTGTCAAACTAGCTGACCGGTTGCATAATATGCGAACTCTCTGCCACATGCCTC 1078
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1006 TCATTATTGTCAAACTAGCTGACCGGTTGCATAATATGCGAACTCTCTGCCACATGCCTC 1065
Query 1079 CCCATAAGCAGTCCAGCATTGCAGGGGAGACTTTGCAGGTCTTTGCTCCTTTAGCAAAAT 1138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1066 CCCATAAGCAGTCCAGCATTGCAGGGGAGACTTTGCAGGTCTTTGCTCCTTTAGCGAAAT 1125
Query 1139 TA-TTGGGAATGTATTCAATAAAGTCTGAACTGGAAAATCTGTCTTTCATGTACGTAAGT 1197
| |||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1126 TGCTTGG-AATGTATTCGATAAAGTCGGAACTGGAAAATCTATCTTTCATGTACGTAAGT 1184
Query 1198 GCTGAGGATTATGATAGAGTCACTAGCAGGATTGCTAACCTCTACAAAGAGCATGAAAAA 1257
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 GCTGAGGATTATGATAGAGTCACAAGCAGGATCGCTAACCTCTACAAAGAGCATGAAAAA 1244
Query 1258 GAACTCACTGAGGCAAACAGAATTTTGGTGAAAAAGATTGAAGATGATCAGTTTCTGGAC 1317
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1245 GAACTCACTGAGGCAAACAGAATTTTGGTGAAAAAGATTGAAGATGATCAGTTTCTGGAC 1304
Query 1318 CTTGTGACTGTGAATACTGATGTTCGATCTGTTTGCAAGGAAACTTACAGCATCTACAAA 1377
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1305 CTTGTGACTGTGAATACTGATGTTAGATCTGTTTGCAAGGAAACTTACAGCATCTACAAA 1364
Query 1378 GCTGCTCTCAAATCGAAAGGATCAATTAATGATTACAACCAGATTGCTCAGCAGTTACGG 1437
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1365 GCTGCGCTCAAATCAAAAGGATCAATTAATGATTACAACCAGATTGCCCAGCAGTTACGG 1424
Query 1438 ATTGTTGTAAAGCCAAAACCATCTGTAGGGGTCGGGCCTTTGTGCAGTCCACAACAGATA 1497
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1425 ATTGTTGTAAAGCCAAAACCTTCTGTGGGGGTCGGGCCTTTGTGCAGCCCACAACAGATA 1484
Query 1498 TGCTATCACGTTCTGGGGCTTGTTCATGAGATCTGGAAACCTATTCCACGAACAGTAAAA 1557
|||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||
Sbjct 1485 TGCTATCACGTTCTTGGGCTAGTTCATGAGATTTGGAAACCAATTCCCCGAACTGTAAAA 1544
Query 1558 GATTACATTGCAACCCCGAAGCCCAATGGATACCAGAGCCTCCATACTACTGTGATTCCA 1617
||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1545 GATTACATTGCAACCCCGAAGCCTAATGGCTACCAGAGCCTCCATACTACTGTGATTCCG 1604
Query 1618 TTCTTGTATGAGAGTATGTTTCGACTGGAGGTTCAGATCAGAACCGAGGAGATGGACTTG 1677
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1605 TTCTTGTATGAGAGTATGTTCCGACTGGAGGTTCAGATCAGAACCGAGGAGATGGACTTA 1664
Query 1678 ATTGCTGAAAGGGGCATTGCTGTTTACTACAATGGCAAGTCTCTATCTACTGGATTAGTT 1737
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||| |||||||||||
Sbjct 1665 ATTGCTGAAAGAGGCATTGCTGTTTACTATAATGGCAAGGCTCTTTCTGCTGGATTAGTT 1724
Query 1738 GGAAACGCGGTTCCTTTAGGTAGAAATTCAAGGGGGAAGACGGGTTGCCTCAACAATGCA 1797
| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1725 GCAAATGCGGTTCCTTTAGGTAGAAATTCAAGGGGGAAGACGGGTTGTCTCAACAATGCA 1784
Query 1798 GATTTTGCACTCAGGGTTGGGTGGCTAAATGCAATAAGGGAATGGCAAGAGGAGTTTGTG 1857
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1785 GATTTTGCACTCAGGATTGGGTGGCTAAATGCAATAAGGGAATGGCAAGAGGAGTTTGTG 1844
Query 1858 GGTAACATGAGCTCTAGAGAATTTGTGGATACCATTACGAGGGATCTTTTAGGTAGTCGT 1917
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1845 GGTAACATGAGCTCTAGAGAATTTGTGGATACCATTACGAGGGATCTTTTAGGTAGTCGT 1904
Query 1918 GTGTTTGTATTCACACCTAAAGGAGAGATAAAGAACCTCCCGAAAGGGGCCACCGTTGTT 1977
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1905 GTGTTTGTATTCACACCTAAAGGAGAGATAAAAAACCTTCCGAAAGGGGCCACCGTTGTT 1964
Query 1978 GACTACGCTTATCTGATTCACACCGAAATCGGAAACAAGATGGTAGCAGCAAAGGTCAAT 2037
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1965 GACTACGCTTATCTGATTCACACGGAAATCGGAAACAAGATGGTAGCAGCAAAGGTCAAT 2024
Query 2038 GGTAATCTTGTTTCCCCAACTCACGTTCTTGAGAATGCTGAGGTCGTGGAGATAGTCACC 2097
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2025 GGTAATCTTGTTTCCCCAACTCACGTTCTTGAGAATGCTGAGGTCGTGGAGATAGTCACT 2084
Query 2098 TACAACGCCCTCTCAAGTAAATCTGCTTTCCAAAGACATAAACAGTGGTTGCAACATGCC 2157
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2085 TACAACGCCCTCTCAAGTAAATCTGCTTTCCAGAGACATAAACAGTGGTTGCAACATGCC 2144
Query 2158 AAAACAAGGAGTGCAAGACACAAGATTATGAGGTTCCTAAGGGAGCAAGCTGCACAATGT 2217
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2145 AAAACAAGGAGTGCAAGACACAAGATTATGAGGTTCCTAAGGGAGCAAGCTGCACAATGT 2204
Query 2218 GCTGCCGAAATTACCCAGGATCAAGTGAATGACTTTGTGGCGGACTCTGATAGTGATGTG 2277
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2205 GCTGCCGAAATTACCCAAGATCAAGTGAATGACTTTGTGGCGGACTCTGATAGTGATTTG 2264
Query 2278 GAAGATCTCACAGAAGATTCAAGAAAGAGCCTACAATGGTGGGAGAAAATCCTCGTCAAT 2337
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2265 GAAGATCTCACAGAAGATTCGAGAAAGAGCCTACAATGGTGGGAGAAAATCCTCGTCAAT 2324
Query 2338 GTTAAGCAATTCCAGTCACAAGACAAAAGTAGAGATACAACACCCGCTCCTCAAAACGGA 2397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||
Sbjct 2325 GTTAAGCAATTCCAGTCACAAGACAAAAGTAGAGATACAACACCCACTCCTCAAAATGGA 2384
Query 2398 AGCGTTTGGGCCCCAAAGGTGAATGGAAAACACAACAAAGCCATAAAGAACTCGAGTTCT 2457
|||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
Sbjct 2385 AGCGTTTGGGTCCCAAAGGTAAATGGAAAACACAACAAAGCCATAAAAAACTCGAGTT-T 2443
Query 2458 -GATGAGCCAGAGTTCCTCCTACCTGGAGATGGAATTGCCAGGATTTTACCTGCTAATAT 2516
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||
Sbjct 2444 AGATGAGCCAGAGTTCCTCCTACCCGGAGATGGAATTGCCAAGATTTTACCTGCTAACAT 2503
Query 2517 CCCTGCTTATAAGGAAGTGTTGCCCGGCTTAGACAGTTGGCGAGACAGTAAAATTGCCAC 2576
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2504 CCCTGCTTATAAAGAAGTGTTGCCCGGCTTAGACAGTTGGCGAGACAGTAAAATTGCCAC 2563
Query 2577 ATGGCATCATCTCGAAGGTCAGTCCATCGAATGGTTATGTGTAGTATCCATGGATCGCAA 2636
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2564 ATGGCATCATCTCGAAGGTCACTCCATCGAATGGTTATGTGTAGTATCCATGGATCGCAA 2623
Query 2637 AGGCATAATCGCAGAGGTTACAACAGTCCTCGCAGCTGAAGGCATTGCATTATGTTCTTG 2696
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | ||||||||
Sbjct 2624 AGGCATAATCGCAGAGGTTACAACAGTTCTCGCAGCTGAAGGCATCGCAGTGTGTTCTTG 2683
Query 2697 CGTGGCCGAGATTGACAGAGGAAGAGGATTAGCAGTAATGTTATTTCAAATAGAAGCAAA 2756
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2684 CGTGGCCGAGATTGACAGAGGAAGAGGATTAGCAGTAATGTTGTTTCAAATAGAAGCAAA 2743
Query 2757 CATTGAAAGTTTGGTTAGTGTTTGCGCTAAGGTGGATTTAGTCTTGGGTGTGTTGGGATG 2816
|||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | |||||||| ||||||||
Sbjct 2744 TTTTGAAAGTTTGGTTAGTGTTTGCGCTAAAGTGGATCTAATATTGGGTGTATTGGGATG 2803
Query 2817 GTCCAGTGGTTGTAGCTGGCCAAGATCAACAGAGAATGCTCAAGTTCTTGAGTGTTAAAG 2876
||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2804 GTCGAGTGGTTGTAGCTGGCCAAAATCAACAGATAATGCTCAAGTTCTTGAGTGTTAAAG 2863
Query 2877 CCAAAGGACTCACGTTCTTGGCCTTGAAGTTTTGTCATGTTCACTGGAAAAATAAGCGTA 2936
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2864 CCAAAGGACTCACGTTCTTGGCCATGAAGTTTTGTCATGTTCACTGGAAAAATAAGCAAA 2923
Query 2937 CTGAAGAAGAGAGTCTGGTTGCTCCATGTAGAGGTAGAGAGCTCTTATAATATTCTTGAA 2996
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2924 CTGAAGAAGAGAGTCTGGTTGCTCCATGTAGAGGTAGAGAGCACTTATAATATTCTTGAA 2983
Query 2997 AATATATATCACTT-TGTTTTGaaaaacaaaagaaaaaGAGAGTCAAATTCTTTTAGATG 3055
||||||||||| || |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2984 AATATATATCA-TTCTGTTTTGAAAAAAAAAAAAAAAAGAGAGTCAAATTCTTTTAGATG 3042
Query 3056 TGTTATGTTCAATAAATCAAGGTCATTGTATATAAAGACCAAAAGAGTGGGATGAACATA 3115
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3043 TGTTATGTTCAATAAATCAAGGTCATTGTATATAAAGACCAAAAGAGTGGGATGAACATA 3102
Query 3116 CGATGTAATATGTAGATACTCCTGTAAAACATATACTTGCACATAGaaaaaaaaa 3170
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3103 CGATGTAATATGTAGATACTCCTGTAAAACATATACTTGCACATAGAAAAAAAAA 3157
> Ahg895409 jgi|Araly1|895409|Al_scaffold_0006_3405
Length=204
Score = 121 bits (65), Expect = 4e-26
Identities = 86/96 (90%), Gaps = 2/96 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1552 GTAAAAGATTACATTGCAACCCCGAAGCCCAATGGATACCAGAGCCTCCATAC-TACTGT 1610
||||||||||| ||||| |||| |||| ||||| ||||||||||||||||| || |||
Sbjct 1 GTAAAAGATTATATTGCTACCCTAAAGCATAATGGCTACCAGAGCCTCCATACTTA-TGT 59
Query 1611 GATTCCATTCTTGTATGAGAGTATGTTTCGACTGGA 1646
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 GATTCCGTTCTTGTATGAGAGTATGTTTCGACTGGA 95
Score = 93.5 bits (50), Expect = 9e-18
Identities = 56/59 (95%), Gaps = 0/59 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1753 TTAGGTAGAAATTCAAGGGGGAAGACGGGTTGCCTCAACAATGCAGATTTTGCACTCAG 1811
|||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 146 TTAGGTCGAAATTCAAGGGGGAAGGCGAGTTGCCTCAACAATGCAGATTTTGCACTCAG 204
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 120517535180
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5