BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G02390.1
Length=2166
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg943494 jgi|Araly1|943494|scaffold_604038.1 3040 0.0
> Ahg943494 jgi|Araly1|943494|scaffold_604038.1
Length=1951
Score = 3040 bits (1646), Expect = 0.0
Identities = 1851/1949 (95%), Gaps = 18/1949 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 134 AGAAGAAGACGAAAATGGCGAACAAGCTCAAAGTCGACGAACTCCGTTTAAAACTCGCCG 193
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 7 AGAAGAAGACGAAAATGGCGAACAAGCTCAAAGTTGACGAACTCCGTTCAAAACTCGCCG 66
Query 194 AGCGTGGACTCAGTACTACTGGAGTCAAAGCCGTTCTGGTGGAGAGGCTTGAAGAGGCTA 253
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 67 AGCGTGGACTCAGTACTACCGGAGTCAAAGCCGTTCTGGTGGAGAGGCTTGAAGAAGCTA 126
Query 254 TCGCAGAAGACACTAAGAAGGAAGAATCAAAGAGCAAGAGGAAAAG-----AA-ATTCTT 307
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||
Sbjct 127 TCGCAGAAGACACTAAGAAGGAAGAATCAAAGAGCAAGGGGAAAAGAAACCAAGATTCTT 186
Query 308 CTAATGATACTTATGAATCGAACAAATTGATTGCAATTGGCGAATTTCGTGGGATGATTG 367
| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 187 CGGATGATACTGAAGAATCGAACAAATTGATTGCAATTGGCGAATTTCGTGGAATGATTG 246
Query 368 TGAAGGAATTGCGTGAGGAAGCTATTAAGAGAGGCTTAGATACAACAGGAACCAAAAAGG 427
||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 247 TGAAGGAGTTGCGTGAAGAAGCTAATAAGAGAGGCTTAGATACAACGGGAACCAAAAAAG 306
Query 428 ATCTTCTTGAGAGGCTTTGCAATGATGCTAATAACGTTTCCAATGCACCAGTCAAATCCA 487
| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 307 AACTTCTTGAGAGGCTTTGCAATGATGCCAATAACGATTCCAGTGCACCAGTCAAATCC- 365
Query 488 GTAATGGGACAGATGAAGCTGAAGATGACAACAATGGCTTTgaagaagaaaagaaagaag 547
|||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 366 -----GGGACAGATGGAGCTGAAGATGACAAAAATGGCTTTGAAGAAGAAAAGAAAGAAG 420
Query 548 agaaaaTCGTAACCGCGACAAAGAAGGGTGCAGCGGTGTTAGATCAGTGGATTCCTGATG 607
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||
Sbjct 421 AGAAAATCGTAACCGCGACAAAGAAGGGTGCTGCGGTATTGGATCAATGGATTCCTGATG 480
Query 608 AGATAAAGAGTCAGTACCATGTTCTACAAAGGGGTGATGATGTTTATGATGCTATCTTAA 667
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 AGATAAAGAGCCAGTACCATGTTCTACAAAGGGGTGATGATGTTTATGATGCTATCTTAA 540
Query 668 ATCAGACAAATGTCAGGGATAATAATAACAAGTTCTTTGTCCTACAAGTCCTAGAGTCGG 727
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 541 ATCAGACAAATGTCAGGGATAATAATAACAAGTTCTTTGTCCTGCAAGTCCTAGAGTCGG 600
Query 728 ATAGTAAAAAGACATACATGGTTTACACCAGATGGGGAAGAGTTGGTGTGAAAGGACAAA 787
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 ATAGTAAAAAGACATACATGGTTTACACCAGATGGGGAAGAGTTGGTGTGAAAGGACAAA 660
Query 788 GTAAGCTAGATGGGCCTTATGACTCATGGGATCGTGCGATAGAGATATTTACCAATAAGT 847
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 661 GTAAGCTAGATGGGCCTTATGACTCATGGGATCGTGCAATAGAAATATTTACCAATAAGT 720
Query 848 TCAATGACAAGACAAAGAATTATTGGTCTGACAGAAAGGAGTTTATCCCACATCCCAAGT 907
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 721 TCTGTGACAAGACAAAGAATTATTGGTCTGACAGAAAGGAGTTTATCCCTCATCCCAAGG 780
Query 908 CCTATACATGGCTCGAAATGGATTACGGAAAAGAGGAAAATGATTCACCGGTCAATAATG 967
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 781 CCTATACATGGCTCGAAATGGATTACGGAAAAGAGGAAAATGATTCACCGGTCAAT---G 837
Query 968 ATATTCCGAGTTCATCTTCCGAAGTTAAACCTGAACAAT-CAAAACTAGATACTCGGGTT 1026
||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||
Sbjct 838 ATATTCCTAGTTCATCTTCCGAAGTTAAACCTGAA-AATTCAAAACTTGATACTCAGGTT 896
Query 1027 GCCAAGTTCATCTCTCTTATATGTAATGTCAGCATGATGGCACAGCATATGATGGAAATA 1086
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 897 GCCAAGTTCATCTCTCTTATATGTAATGTCAGCATGATGGCACAACATATGATGGAAATA 956
Query 1087 GGATATAACGCTAACAAATTGCCACTCGGCAAGATAAGCAAGTCCACAATTTCAAAGGGT 1146
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 957 GGATATAATGCTAACAAATTGCCACTCGGCAAGATAAGCAAGTCGACAATTTCAAAGGGT 1016
Query 1147 TATGAAGTGCTGAAGAGAATATCGGAGGTGATTGATCGGTATGATAGAACGAGGCTTGAG 1206
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1017 TATGAAGTTCTGAAGAGAATATCGGAGGTGATTGACCGGTTTGATAGAACGAGGCTTGAG 1076
Query 1207 GAACTGAGTGGAGAGTTCTACACAGTGATACCTCATGATTTTGGTTTTAAGAAAATGAGC 1266
|||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1077 GAACTGAGTGGAGAGTTCTATACTGTGATACCCCATGATTTTGGTTTTAAAAAAATGAGT 1136
Query 1267 CAGTTTGTTATAGACACTCCTCAAAAGTTGAAACAGAAAATTGAAATGGTTGAAGCATTA 1326
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1137 CAGTTTGTTATAGACACTCCTCAAAAATTGAAACAGAAAATAGAAATGGTTGAAGCATTA 1196
Query 1327 GGTGAGATTGAACTCGCAACAAAGTTGTTGTCCGTCGACCCGGGATTGCAGGATGATCCT 1386
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1197 GGTGAAATTGAACTCGCAACAAAGTTGTTGTCGGTCGACCCGGGATTGCAGGACGATCCT 1256
Query 1387 TTATATTATCACTACCAGCAACTTAATTGTGGTTTGACGCCAGTAGGAAATGATTCAGAG 1446
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1257 TTATATTATCACTACCAGCAACTTAATTGTGGTTTGACGCCAGTAGGAGCCGATTCAGAG 1316
Query 1447 GAGTTCTCTATGGTTGCTAATTACATGGAGAACACTCATGCAAAGACGCATTCGGGATAT 1506
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 GAGTTCTCTATGGTTGCTAGTTACATGGAGAACACTCATGCAAAGACGCATTCGGGATAC 1376
Query 1507 ACGGTTGAGATTGCTCAACTATTTAGAGCTTCGAGAGCTGTTGAAGCTGATCGATTCCAA 1566
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1377 ACGGTTGAGATTGCTCAACTTTTTAGAGCTTCGAGAGCTGTTGAAGCTGATCGGTTCCAA 1436
Query 1567 CAGTTTTCAAGTTCGAAGAACAGGATGCTACTCTGGCACGGTTCACGTCTCACTAACTGG 1626
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| |||
Sbjct 1437 CAGTTTTCAAGTTCGAAGAACAGAATGCTACTCTGGCATGGGTCACGTCTCACTAATTGG 1496
Query 1627 GCTGGTATTTTATCTCAAGGTCTGCGAATAGCTCCTCCTGAAGCGCCTGTAACTGGTTAC 1686
|||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1497 GCTGGTATATTATCTCAAGGCCTGCGAATAGCTCCTCCTGAAGCACCTGTAACTGGTTAC 1556
Query 1687 ATGTTTGGAAAAGGGGTTTACTTTGCGGATATGTTCTCCAAGAGTGCGAACTATTGCTAT 1746
|||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1557 ATGTTTGGAAAAGGTGTTTACTTTGCTGATATGTTCTCCAAGAGCGCGAACTATTGCTAC 1616
Query 1747 GCCAACACTGGCGCTAATGATGGCGTTCTGCTCCTCTGCGAGGTTGCTTTGGGAGACATG 1806
|| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 GCTAACACTGGTGCTAATGATGGCGTTCTGCTCCTCTGCGAGGTTGCTTTGGGAGACATG 1676
Query 1807 AATGAACTTCTGTATTCAGATTATAACGCGGATAATCTACCCCCGGGAAAGCTAAGCACA 1866
|||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1677 AATGAACTTCTGTATTCAGATTATAATGCCGATAATTTACCCCCGGGAAAGCTTAGCACA 1736
Query 1867 AAAGGTGTGGGGAAAACAGCACCAAACCCATCAGAGGCTCAAACACTAGAAGACGGTGTT 1926
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1737 AAAGGTGTGGGGAAAACAGCACCAAACCCATCAGAGGCTCAGACACTAGAAGACGGTGTT 1796
Query 1927 GTTGTTCCACTTGGCAAACCAGTGGAACGTTCATGCTCCAAGGGGATGTTGTTGTACAAC 1986
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 GTTGTTCCACTTGGCAAACCAGTGGAACGTTCATGCTCCAAGGGGATGTTGTTGTACAAC 1856
Query 1987 GAATATATAGTCTACAATGTGGAACAAATCAAGATGCGTTATGTGATCCAAGTCAAATTC 2046
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 GAATATATTGTGTACAATGTGGAACAAATCAAGATGCGTTATGTGATCCAAGTCAAATTC 1916
Query 2047 AACTACAAGCACTAAAACTTATGTATATT 2075
||||||||||| ||||||||||||| |||
Sbjct 1917 AACTACAAGCATTAAAACTTATGTA-ATT 1944
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 81513124300
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5