BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G02560.1
Length=3197
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg943471 jgi|Araly1|943471|scaffold_604015.1 4615 0.0
> Ahg943471 jgi|Araly1|943471|scaffold_604015.1
Length=2902
Score = 4615 bits (2499), Expect = 0.0
Identities = 2770/2901 (95%), Gaps = 18/2901 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 150 CGAGTTTTCCGTCGGCGGCCATGGACGCGTTCAAGGAGGAGATAGAAATCGGGAGCTCGG 209
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CGAGTTTTCCGTCGGCGGCCATGGACGCGTTCAAGGAGGAGATAGAAATCGGGAGCTCGG 60
Query 210 TGGAGTCTTTAATGGAGCTATTGGATTCGCAGAAGGTGCTTTTTCATAGCCAGATCGATC 269
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 61 TGGAGTCTTTAATGGAGCTATTGGATTCACAGAAGGTGCTTTTCCATAGCCAGATCGATC 120
Query 270 AGCTCCAAGATGTCGTCGTTGCGCAATGCAAACTTACCGGCGTTAATCCCCTTGCGCAAG 329
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 121 AGCTCCAAGATGTCGTCGTTACGCAATGCAAACTTACGGGCGTTAATCCCCTTGCACAAG 180
Query 330 AAATGGCTGCTGGTGCTTTGTCCATTAAAATTGGAAAGCGGCCAAGAGACTTGTTGAATC 389
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AAATGGCTGCTGGTGCTTTGTCCATTAAAATTGGAAAGCGGCCAAGAGACTTGTTGAATC 240
Query 390 CTAAGGCTGTTAAGTATCTACAAGCAGTTTTCGCAATTAAAGATGCTATTAGTAAGAGGG 449
| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 241 CAAAAGCTGTTAAGTATCTACAAGCAGTTTTCGCAATTAAAGATGCTATTAGTAAGAGAG 300
Query 450 AATCTCGGGAGATAAGTGCTTTATTTGGCATCACAGTCGCCCAGGTTCGAGAATTTTTTG 509
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 AATCTCGGGAGATAAGTGCTCTATTTGGCATCACAGTCGCCCAGGTTCGAGAATTTTTTG 360
Query 510 TTACTCAAAAGACAAGAGTGAGGAAACAGGTGAGGCTTTCAAGGGAGAAAGTAGTTATGT 569
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 361 TTACTCAAAAGACAAGAGTAAGGAAACAGGTAAGGCTTTCAAGGGAGAAGGTAATTATGT 420
Query 570 CCAATACGCATGCTTTACAAGATGATGGTGTTCCGGAAAATAACAATGCCACAAATCATG 629
|||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 421 CCAATACGCATGCTTTACAAGAAGATGGTGTTCTGGAAAATAGCAATGCCACAAATCATG 480
Query 630 TTGAACCCGTTCCCTTGAACTCTATACATCCGGAGGCATGTTCTATAAGCTGGGGTGAAG 689
|||| |||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 481 TTGATCCCGTTCCTTTGAATTCTACACATCCGGAGGCATGTTCAATAAGTTGGGGTGAAG 540
Query 690 GTGAAACAGTGGCACTTATTCCACCTGAAGATATTCCACCTGACATCAGCGATTCAGACA 749
|||||||||||||| |||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 541 GTGAAACAGTGGCATTTATGCCACCGGAGGATATTCCACCTGACATCAGTGATTCAGACA 600
Query 750 AATACTTTGTTGAGAATATATTTTCTCTGCTGCGTAAAGAGGAAACATTTTCAGGCCAGG 809
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 AATACTTTGTTGAGAATATATTTTCTCTGCTGCGTAAAGAGGAAACATTTTCAGGCCAGG 660
Query 810 TGAAACTAATGGAGTGGATCATGCAGATACAAGATGCTTCTGTGCTGATCTGGTTTTTAT 869
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 TGAAATTAATGGAGTGGATCATGCAGATACAAGATGCTTCTGTGCTGATCTGGTTTTTAT 720
Query 870 CAAAAGGAGGGGTTTTGATACTTACAACATGGTTAAGTCAAGCTGCTAGTGAAGAGCAAA 929
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 CAAAAGGAGGGGTTTTGATACTTACAACATGGTTGAGTCAAGCTGCTAGTGAAGAGCAAA 780
Query 930 CAAGTGTCTTACTTCTTATCCTGAAGGTTCTTTGTCATTTACCTCTCCACAAAGCATCTC 989
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 781 CAAGTGTCTTACTTCTTATCCTGAAGGTTCTCTGTCATTTGCCTCTCCACAAAGCATCTC 840
Query 990 CTGAAAATATGTCTGCCATATTACAAAGCGTTAATGGACTTCGTTTCTATAGGATATCAG 1049
||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 841 CTGAAAATATGTCAGCCATACTACAAAGCGTTAATGGACTTCGTTTCTATAGGACGTCAG 900
Query 1050 ACATATCAAACAGGGCAAAAGGTTTGTTATCAAGGTGGACCAAGTTATTTGCGAAAATCC 1109
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 901 ACATATCAAACAGGGCAAAAGGTTTGTTATCAAGGTGGACTAAGTTATTTGCGAAAATCC 960
Query 1110 AAGCTATGAAGAAACAAAATCGTAACAGTTCGCAAATTGATTCGCAGAGTCAATTGCTTC 1169
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 AAGCTATGAAGAAACAAAATCGTAACAGTTCGCAAATTGATTCGCAGAGTCAATTGCTTC 1020
Query 1170 TGAAACAGAGTATTGCTGAAATCATGGGTGATAGTAGCAATCCTGAAGATATTCTTAGTC 1229
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 TGAAACAGAGTATTGCTGAAATCATGGGTGATAGTAGCAATCCTGAAGATATTCTTAGTC 1080
Query 1230 TCTCAAATGGAAAGTCAGAGAATGTCAGGAGGATTGAATCGTCACAGGGTCCAAAACTGT 1289
|||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 TCTCAAATGGAAGGTCAGAGAATGTCAGGAGGTTTGAATCGTCACAGGGTCCAAAACTGT 1140
Query 1290 TGCTTACTTCTGCAGATGATTCCACCAAGAAACACATGCTTGGTTCAAATCCATCGTATA 1349
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1141 TGCTTACTTCTGCAGATGATTCCACCAAGAAACAAATGCTTGGTTCAAATCCATCATATA 1200
Query 1350 ACAAAGAACGCAGGAAAGTACAGATGGTGGAACAACCAGGCCAAAAAGCTGCTGGAAAGA 1409
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1201 ACAAAGAACGCAGGAAAGTACAGATGGTGGAACAACCAGGTCAAAAAGCTGCTGGAAAGA 1260
Query 1410 GTCCGCAGACAGTAAGAATAGGAACTTCAGGTCGAAGCCGCCCAATGTCTGCTGATGATA 1469
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1261 GTCCTCAGACAGTAAGAATAGGAACTTCAGGTCGAAGCCGCCCTATGTCTGCTGATGATA 1320
Query 1470 TTCAGAAAGCAAAGATGCGTGCCCTTTATATGCAGAGCAAGAACAGTAAAAAGGATCCTT 1529
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 TTCAGAAAGCAAAGATGCGTGCCCTTTATATGCAAAGCAAGAACAGTAAAAAGGATCCTT 1380
Query 1530 TACCAAGTGCCATTGGTGATTCGAAAA-TCGTTGCTCCTGAGAAGCCCTTGGCTCTTCAT 1588
|||||||||| ||||||||||||| | | || | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 TACCAAGTGCTATTGGTGATTCGAGAGCT-GTAGTTCCTGAGAAGCCCTTGGCTCTTCAG 1439
Query 1589 TCAGCCAAGGATTCTCCACCTATTCAGAACAATGAAGCTAAGACTGAAGACACACCTGTA 1648
|| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1440 TCCGCCAAGGATTCTCTACCTAGTCAGAACAATGAAGCTAAGTCTGAAGACACACCTGTA 1499
Query 1649 CTCTC-GACTGTTCAGCCCGTCAATGGAT-TTTCAACTATTCAGCCCGTCAATGGACCTT 1706
|| || | |||||||||||||||||| | ||| || |||| ||||||||||| |||
Sbjct 1500 CTTTCAG-CTGTTCAGCCCGTCAATGAACCTTTGG-CTGGTCAGGCCGTCAATGGAACTT 1557
Query 1707 CAGCTGTTCAGCCCGTCAATGGACCTTTGGCTGTTCAGCCTGTCAATGGACCTTCGGCTC 1766
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 1558 TGGCTGGTCAGCCCGTCAATGGACCTTTGGCTGTTCAGCCCGTCAATGGACCTTCGGGTG 1617
Query 1767 TTCAGCCCGTCAATGGACCTTCGGCCGTAATTGTCCCGGTACAAGCTGATGAAATTAAAA 1826
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1618 GTCAGCCCGTCAATGGACCTTCGGCTGTAATTGTCCCGGTACAAGCTGATGAGATTAAAA 1677
Query 1827 AACCTTCAACACCTCCTAAAAGCATTTCTAGTAAGGTGGGAGTTATGATGAAAATGAGTT 1886
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 AACCTTCAACACCTCCTAAAAGCATTTCTAGTAAGGTGGGAGTTATGATGAAAATGAGTT 1737
Query 1887 CACAAACTATTCTCAAGAATTGCAAGAGAAAACAGATTGATTGGCATGTACCACCAGGAA 1946
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1738 CACAAACTATTCTCAAGAATTGCAAGAGAAAACAGATTGATTGGCATGTACCACTAGGAA 1797
Query 1947 TGGAACTTGACGAACTCTGGAGAGTAGCCGCTGGTGGTAATAGCAAGGAGGCTGATGTTC 2006
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 TGGAACTTGACGAACTCTGGAGAGTGGCCGCTGGTGGTAATAGCAAGGAGGCTGATGTTC 1857
Query 2007 AGAGAAACAGAAACCGGCGAGAAAGAGAAACAACATATCAGTCTCTTCAAACTATACCGT 2066
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 AGAGAAACAGAAACCGGCGAGAAAGAGAAACATTATATCAGTCTCTTCAAACTATACCGT 1917
Query 2067 TGAACCCTAAAGAACCATGGGATAGGGAAATGGACTATGATGACAGTTTGACCCCTGAAA 2126
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1918 TGAACCCTAAGGAACCATGGGACAGGGAAATGGACTATGATGACAGTTTGACCCCTGAAA 1977
Query 2127 TTCCATCTCAACAGCCACCAGAAGAAAGTTTAACGGAACCACAGGATTCACTTGATGAAC 2186
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1978 TTCCATCTCAACAGCCACCAGAAGAAAGTTTAACGGAACCACAGGATTCACTTGATGAAC 2037
Query 2187 GAAGAATTGCTGCTGGTGCTGCCACAACCTCTTCATCTCTAAGCAGTCCTGAACCTGATC 2246
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2038 GAAGAACTGCTGCTGGTGCTGCCACAACCTCTTCATCTCTAAGCAGTCCCGAACCTGATC 2097
Query 2247 TCGAGTTATTAGCTGCGTTACTTAAGAACCCAGATCTTGTTTATGCACTAACTTCGGGAA 2306
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2098 TCGAGTTATTAGCTGCGTTACTTAAGAACCCAGATCTTGTTTATGCACTGACTTCGGGAA 2157
Query 2307 AACCCAGTAATTTAGCCGGCCAAGATATGGTAAAACTGCTTGATGTGATTAAGACTGGTG 2366
| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2158 AGCCCAGTAATTTAGCCGGACAAGATATGATAAAACTTCTTGATGTGATTAAGACTGGTG 2217
Query 2367 CACCAAACTCAAGCAGTAGCTCAAATAAACAGGTTGAAGAAAGGGTCGAAGTTTCCCTTC 2426
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2218 CACCACACTCAAGCAGTAGCTCAAATAAACAGGTTGAAGAAAGGGTCGAAGTTTCTCTTC 2277
Query 2427 CATCTCCCACTCCATCAACTAATCCTGGAATGAGTGGATGGGGACAAGAAGGGATTCGGA 2486
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2278 CATCTCCCACTCCATCAACTAATCCTGGAATGAGTGGATGGGGACAAGAAGGGATTCGGA 2337
Query 2487 ATCCATTTTCAAGGCAAAACCAAGTTGGTACTGCAGTTGCTAGATCGGGTACACAGCTTC 2546
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 2338 ATCCATTTTCAAGGCAAAACCAAGTTGGTGCTGCAGTTGCTAGATCGGGTGCTCAGCTTC 2397
Query 2547 GTGTTGGTTCAATGCAATGGCATCAAACAAATGAACAATCAATCCCACGACATGCTCCAT 2606
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2398 GTGTTGCTTCAATGCAATGGCATCAAACAAATGAACAATCGATCCCACGACATGCTCCAT 2457
Query 2607 CAGCATACAGTAACTCGATCACATTGGCTCACACAGAAAGAGaacagcaacaatatatgc 2666
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2458 CAGCATATAGTAACTCGATCACATTGGCTCACACAGAAAGAGAACAACAACAATATATGC 2517
Query 2667 aaccaaaacttcatcacaatttacattttcaacaacaacaacaacaaccaatctcaacaa 2726
||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| ||| |||||||||
Sbjct 2518 AACCAAAACTTAATCACAATTTACATCTTCAACAACAAGAAC--CAA----TCTCAACAA 2571
Query 2727 cCTCGTATGCAGTTAGGGAACCAGTAGGACAAATGGGAACAGGTACATCGAGTTCATGGA 2786
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || | ||||||| ||| |||||
Sbjct 2572 CCTCGTATGCAGTTAGGGAACCGGTAGGACAAATGGGGACTGCTACATCGGGTTTATGGA 2631
Query 2787 GGAGTCAGCAGAGTCAGAACAGTTACTACTCACATCAAGAAAACGAGATTGCATCGGCTT 2846
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2632 GGTCCCAGCAGAGTCAGAACAGTTACTACTCACATCAAGAAAACGAGATTGCATCAGCTT 2691
Query 2847 CACAAGTTACTTCATACCAAGGGAATAGCCAGTACATGAGTAGCAATCCAGGATATGAAT 2906
|||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2692 CACAAGTTTCTTCATACCAAGGGAATAACCAGTACATGAGTAGTAATCCAGGATATGAAT 2751
Query 2907 CATGGAGTCCTGATAATAGCCCAAGTAGGAACCAGCTTAACATGAGGGGACAACAACAAC 2966
|||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2752 CATGGAGTCCTGATAATAGCCCAAGTAGGAACCATCCTAACATGAGGGGACAACAACAAC 2811
Query 2967 AA---GCA---TCAAGGAAACATGATTCTTCTACTCATCCATATTGGAACCAAAACAAAA 3020
|| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2812 AACAAGCAGCATCAAGGAAACATGATTCTTCTACTCATCCTTATTGGAACCAAAACAAAA 2871
Query 3021 GATGGCGTTAAACCATATATA 3041
|||||||||||||||||||||
Sbjct 2872 GATGGCGTTAAACCATATATA 2892
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 120784166895
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5