BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G02750.1
Length=2346
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg943440 jgi|Araly1|943440|scaffold_603984.1 3668 0.0
> Ahg943440 jgi|Araly1|943440|scaffold_603984.1
Length=2378
Score = 3668 bits (1986), Expect = 0.0
Identities = 2192/2294 (96%), Gaps = 4/2294 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 55 ACATCCTTGAATGGACTTAAACGAAGATGCAACAACGCACACGGTGCAGCTAATTTTCAC 114
||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| || ||||| | ||||| |||
Sbjct 67 ACATCCTTGAATGGACTCAAACGAAGATACAACAACGCAAACAGTGCATCAAATTTCCAC 126
Query 115 TCGTTGAAGAGAGCTACACAAACCCAAATCCAGAAATCGCAGACCAAACCTCTCCTTAAA 174
|| | |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 127 TCCTCGAAGAGCTCTACTCAAACCCAAATCCAGAAATCGCAGACCAAACCTCTCCCTAAA 186
Query 175 TGTGGAGACTCGGATATAAAAGAGTGGAACGTTGCTATAAGCAGCTACATGCGTACTGGA 234
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 187 TCTGGAGACTCGGATATAAAAGAGTGGAACGTTGCTATAAGCAGCTACATGCGTACTGGA 246
Query 235 AGATGCAACGAAGCGCTTCGTGTCTTCAAACGCATGCCTAGGTGGAGTTCCGTTTCTTAT 294
|| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 247 AGGTGCAGCGAAGCGCTTCGTGTCTTCAAACGCATGCCTAGGTGGAGTTCCGTTTCTTAT 306
Query 295 AACGGTATGATTTCTGGTTATTTGAGAAACGGTGAGTTTGAACTCGCCCGGAAGTTGTTC 354
|||| |||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||
Sbjct 307 AACGCTATGATATCTGGGTATTTGAGAAATGGTGAGTTTGAACTCGCACGGATGTTGTTC 366
Query 355 GATGAAATGCCTGAACGAGATTTAGTTTCCTGGAATGTGATGATTAAAGGGTATGTACGG 414
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 367 GATGAAATGCCTGAACGAGATTTAGTTTCATGGAATGTGATGATTAAAGGGTATGTACGG 426
Query 415 AACAGGAATCTTGGGAAAGCGAGGGAATTGTTTGAGATAATGCCTGAGAGAGATGTTTGT 474
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||
Sbjct 427 AACAGGAATCTTGGGAAAGCTAGGGAATTGTTTGAGAGAATGCCTGAGAGGGATGTTTGT 486
Query 475 TCGTGGAATACCATGTTGTCGGGTTACGCTCAGAATGGTTGTGTTGATGATGCAAGGAGT 534
|| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 487 TCCTGGAATACGATTTTGTCGGGTTACGCTCAAAATGGGTGTGTTGATGATGCAAGAAGG 546
Query 535 GTTTTTGATCGAATGCCTGAGAAGAACGATGTATCGTGGAATGCATTGCTCTCTGCTTAT 594
||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 547 GTTTTTGATCGAATGCCTGAGAAGAACGACGTTTCGTGGAATGCGTTGCTCTCTGCTTAT 606
Query 595 GTTCAGAATAGTAAGA-TGGAGGAGGCTTGTATGTTGTTTAAGTCAAGAGAGAATTGGGC 653
|||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 607 GTTCAGAATAGTAA-ATTGGAGGAGGCTTGTGTGTTGTTTGGGTCAAGGGAGAATTGGGC 665
Query 654 GTTGGTTTCGTGGAACTGCTTGCTTGGTGGGTTTGTTAAGAAGAAAAAGATTGTTGAGGC 713
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 666 GTTGGTTTCGTGGAACTGCTTGCTTGGTGGGTTTGTTAAGAAGAAGAAGATTGTTGAGGC 725
Query 714 AAGGCAGTTTTTTGATAGTATGAATGTGAGGGATGTGGTCTCATGGAATACGATCATCAC 773
||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 726 AAGACAGTTTTTTGATAGTATGAAGGTGAGGGATGTGGTCTCATGGAATACGATCATCAC 785
Query 774 TGGTTATGCACAGAGCGGGAAAATCGATGAGGCGCGGCAGCTATTTGATGAGTCTCCTGT 833
| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 786 TTGTTATGCACAGAACGGGAAAATAGATGAGGCGCGGCAACTGTTTGATGAGTCTCCTGT 845
Query 834 TCAAGATGTCTTTACATGGACAGCAATGGTGTCAGGATATATACAAAACCGGATGGTGGA 893
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 846 TCAAGACGTCTTTACATGGACAGCAATAGTGTCAGGATACATACAAAACCGAATGGTGGA 905
Query 894 AGAAGCGAGAGAATTATTCGACAAAATGCCAGAGAGAAACGAAGTGTCATGGAATGCCAT 953
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 906 AGAAGCGAGAGAATTATTCGACAGAATGCCAGAGAGAAACGAAGTGTCATGGAATGCCAT 965
Query 954 GCTTGCAGGATATGTGCA-GGGCGAGAGAATGGAGATGGCAAAGGAATTGTTTGATGTTA 1012
|||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 966 GCTTGCAGGATATGTGCAGGGGC-AGAGAATGGAGATGGCAAAGGAATTGTTTGATGTTA 1024
Query 1013 TGCCTTGTAGAAATGTTAGTACATGGAACACGATGATAACTGGATATGCTCAGTGTGGGA 1072
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 1025 TGCCTTGTAGAAATGTTAGTACATGGAACACGATGATAACTGGATATGCTCAGTGCGGCA 1084
Query 1073 AAATTTCTGAAGCTAAGAACCTTTTTGATAAAATGCCAAAGAGAGATCCGGTCTCTTGGG 1132
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1085 AAATTTCTGAAGCTAAGAACCTTTTTGATAAAATGCCTAAGAGAGATCCGGTCTCTTGGG 1144
Query 1133 CAGCTATGATTGCAGGGTATTCGCAAAGCGGACACAGCTTTGAAGCTCTTCGTTTGTTTG 1192
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||
Sbjct 1145 CAGCTATGATTGCAGGGTACTCGCAAAGCGGACACAGCTATGAAGCTCTGCGTTTGTTTG 1204
Query 1193 TACAAATGGAGAGGGAGGGAGGTAGATTGAATCGGTCTTCGTTTTCATCTGCTCTAAGCA 1252
||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1205 TACTAATGGAGAGAGAGGGAGGGAGATTGAATCGGTCTTCGTTTTCATCTGCTCTAAGCA 1264
Query 1253 CATGTGCAGACGTTGTTGCTCTCGAGCTCGGGAAGCAATTGCATGGACGATTAGTTAAAG 1312
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1265 CATGTGCAGACGTTGTTGCTCTCGAGCTTGGGAAGCAATTGCATGGACGATTGGTTAAAG 1324
Query 1313 GTGGGTATGAGACTGGGTGCTTTGTTGGGAATGCGCTTTTGTTGATGTATTGCAAATGTG 1372
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1325 GCGGGTATGAGACTGGGTGCTTTGTTGGGAATGCGCTTTTGTTGATGTATTGCAAATGTG 1384
Query 1373 GAAGCATAGAAGAAGCTAATGACTTGTTTAAGGAGATGGCTGGGAAGGACATTGTCTCTT 1432
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1385 GAAGCATAGAAGAAGCTAATGACTTGTTTAAGGAGATGGCTGGGAAGGACATTGTCTCTT 1444
Query 1433 GGAACACAATGATTGCAGGTTACTCAAGGCACGGGTTCGGAGAAGTGGCTTTAAGGTTCT 1492
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1445 GGAACACAATGATTGCAGGTTATTCAAGGCACGGGTTTGGAGAAGAGGCTTTAAGGTTCT 1504
Query 1493 TCGAGTCGATGAAGAGAGAAGGACTGAAGCCAGATGATGCTACCATGGTTGCGGTATTAT 1552
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1505 TCGAGTCGATGAAGAGAGAAGGACTGAAGCCAGATGATGCTACCATGGTTGCGGTATTAT 1564
Query 1553 CTGCATGCAGTCACACAGGACTTGTTGACAAAGGCAGGCAATATTTCTATACGATGACTC 1612
|||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1565 CTGCGTGCAGTCACACAGGACTTGTTGATAAAGGCAGGCAATATTTCCATACGATGACTC 1624
Query 1613 AAGACTATGGCGTAATGCCTAACTCACAGCACTATGCTTGCATGGTTGATCTTCTTGGTC 1672
||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1625 AAGACTATGGCGTAACGCCTAACTCACAACACTACGCTTGCATGGTCGATCTTCTCGGTC 1684
Query 1673 GAGCTGGGCTTCTAGAAGATGCTCACAATCTAATGAAGAACATGCCCTTTGAGCCAGACG 1732
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1685 GAGCTGGGCTTCTAGAAGAAGCTCACAATCTAATGAAGAACATGCCCTTTGAGCCAGACG 1744
Query 1733 CTGCAATTTGGGGAACTTTACTTGGTGCAAGCAGAGTTCATGGAAACACAGAGCTAGCCG 1792
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 1745 CTGCAATTTGGGGAACTTTACTCGGTGCAAGCAGAGTCCATGGAAACACAGAGCTAGCTG 1804
Query 1793 AAACAGCTGCAGATAAGATATTTGCAATGGAGCCTGAAAATTCCGGTATGTATGTTCTTC 1852
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1805 AAACAGCTGCAGATAAGATTTTTGCAATGGAGCCTGAAAATTCCGGTATGTATGTTCTTC 1864
Query 1853 TCTCTAATCTATACGCTTCTTCGGGTCGATGGGGAGATGTTGGTAAACTACGAGTGAGAA 1912
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1865 TCTCTAATCTATACGCTTCTTCTGGTCGATGGGGAGATGTAGGTAAACTACGAGTGAGAA 1924
Query 1913 TGCGGGATAAAGGGGTGAAGAAAGTTCCAGGGTACAGTTGGATTGAAATTCAGAACAAGA 1972
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1925 TGCGAGATAAAGGGGTGAAGAAAGTTCCAGGGTACAGTTGGATTGAGATTCAGAACAAGA 1984
Query 1973 CTCATACTTTCTCGGTTGGGGATGAGTTTCATCCTGAGAAAGACGAGATCTTTGCATTTT 2032
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 1985 CTCATACTTTCTCGGTTGGGGATGAGTTTCATCCTGAGAAAGATGAGATCTTTGCGTTTT 2044
Query 2033 TGGAGGAGCTGGATTTGAGAATGAAGAAAGCAGGGTATGTTTCAAAGACGAGTGTGGTTC 2092
||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 2045 TGGAGGATTTAGATTTGAGAATGAAGAAAGCAGGGTATGTTTCCAAGACGAGTGTGGTAC 2104
Query 2093 TTCATGATGTGGAGGAAGAAGAGAAGGAGCGTATGGTTCGGTACCATAGCGAGAGACTGG 2152
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2105 TTCATGATGTGGAAGAAGAAGAGAAGGAGCGTATGGTTCGGTACCATAGCGAGAGACTGG 2164
Query 2153 CTGTAGCTTATGGGATAATGCGTGTGTCTTCAGGGAGACCGATCCGTGTGATAAAGAATC 2212
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2165 CTGTAGCTTATGGGATAATGCGTGTGTCTTCGGGGAGACCGATCCGTGTGATAAAGAATC 2224
Query 2213 TGCGTGTATGTGAGGATTGTCACAACGCCATCAAGTATATGGCCAGAATCACAGGGAGAC 2272
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2225 TGCGTGTGTGTGAGGATTGTCACAATGCCATCAAGTATATGGCCAAAATCACAGGGAGAC 2284
Query 2273 TGATTATCTTGAGGGATAATAACAGGTTTCACCATTTTAAGGATGGTTCATGTTCTTGTG 2332
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2285 TGATTATTTTGAGGGATAATAACAGGTTTCACCATTTTAAGGATGGTTCATGTTCTTGTG 2344
Query 2333 GAGACTACTGGTGA 2346
||||||||||||||
Sbjct 2345 GAGACTACTGGTGA 2358
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 88369368400
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5