BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G03020.1
Length=2007
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg943412 jgi|Araly1|943412|scaffold_603956.1 2556 0.0
> Ahg943412 jgi|Araly1|943412|scaffold_603956.1
Length=1525
Score = 2556 bits (1384), Expect = 0.0
Identities = 1479/1526 (97%), Gaps = 2/1526 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 199 TCAATGGTTGTTATCTGCTATAATGTTTTTTGGACCAAGTGAGTTTGATGCTGATGAAAT 258
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||
Sbjct 1 TCAATGGTGGTTATCTGCTATAATGTTTTTTGGACCAAGTGAGATTGATACTGACGAAAT 60
Query 259 GGGTTATGCAATGAGTAGACTTGAGATAGAATCCGATCTATGTGATACTGGAAAAGACGT 318
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 61 GGGTTATGCAATGAGTAGACTTGAGATAGAATCCGATCTATGTGATACTGGAAAAGACTT 120
Query 319 TTGTGGAGTTGGTAGTAGTAGTGGTAGTCACAGATCAAGTGAACATTTGGCTGATCTAGA 378
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 121 TTGTGGAGTTGGTAGTAGTAGTGCTAGTCACAGATCAAGTGAACATTTGGCTGATTTAGA 180
Query 379 CCATGAAATCAGCCAGGTTACTAAATTGAAATCTAGTCCTCATCAACGGTATAGCCGTGA 438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CCATGAAATCAGCCAGGTTACTAAATTGAAATCTAGTCCTCATCAACGGTATAGCCGTGA 240
Query 439 AGTCCCTGGGAGACATCAGTTACCTGTGTCTACTGTGAGGATGTTGGCAGGTCGAGAAAG 498
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 241 AGTCCCTGGGAGACATCAGTTACCTGTGTCTACTGTGAGGATGTTGGCTGGTCGAGAAAG 300
Query 499 TAATTTCTCTGGAAGAGGAAGGTTTTCAGCCGCTGATTGTTGCCATATGCTAAGCAGATA 558
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 301 TAATTTCTCTGGAAGAGGAAGGTTTTCTGCCGCTGATTGTTGCCATATGTTAAGCAGATA 360
Query 559 TTTGCCTACAAAAGGTCCTTGGCTTGTAGATCAAATGGACAGCCGAGCATATGTCTCTCA 618
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TTTGCCTATAAAAGGTCCTTGGCTTGTAGATCAAATGGACAGCCGAGCATATGTCTCTCA 420
Query 619 GTTTTCAACTGATGGTTCTCTCTTTATTGCGGGGTTTCAGGGTAGCCGTATTCGGATTTA 678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GTTTTCAACTGATGGTTCTCTCTTTATTGCGGGGTTTCAGGGTAGCCGTATTCGGATTTA 480
Query 679 CAATGTAGAGAAGGGTTGGAAAGTTCAAAAGGATATTCTTGCAAAAAGCTTGCGTTGGAC 738
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 481 CAATGTAGAGAAGGGCTGGAAAGTTCAAAAGGATATTCTTGCTAAAAGCTTGCGTTGGAC 540
Query 739 TGTTACTGATACTTCTCTATCCCCTGATCAGCGAAATCTGGTTTACGCAAGCATGTCACC 798
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TGTTACTGATACTTCTCTATCCCCTAATCAGCGAAATCTGGTTTACGCAAGCATGTCACC 600
Query 799 TATTGTTCACATTGTTGATGTTGGATCCGGTTCAACCGAGTCTCATGCAAATGTTACGGA 858
|||||||||||||||||||||||| |||||| || | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TATTGTTCACATTGTTGATGTTGGGTCCGGTACAGCTGAGTCTCATGCAAATGTTACGGA 660
Query 859 GATCCATGATGGCTTAGACTTCTCTTCTGATGAAGATGGAGGGTACTCTTTTGGAATATT 918
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GATCCATGATGGATTAGACTTCTCTTCTGATGAAGATGGAGGGTACTCTTTTGGAATATT 720
Query 919 CTCTGTGAAATTTTCAACAGATGGCCGAGA-AGTTGTTGCTGGGAGCAGTGATGATTCCA 977
|||||||||||||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 CTCTGTGAAATTTTCAACCGATGGACGAGACA-TTGTTGCTGGGAGCAGTGATGATTCCA 779
Query 978 TTTATGTTTATGACCTTGAAGCAAATCGAGTTTCACTCCGGACTGTTGCACACACGTCTG 1037
| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TCTATGTTTATGATCTCGAAGCAAATCGAGTTTCACTCCGGACTGTTGCACACACGTCTG 839
Query 1038 ATGTAAATACTGTGTGCTTTGCTGATGAAAGTGGGAACCTGATTTTATCTGGAAGTGATG 1097
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 ATGTAAATACTGTGTGCTTTGCTGATGAAAGTGGAAACCTGATTTTATCTGGAAGTGATG 899
Query 1098 ATAATCTCTGCAAAGTGTGGGATAGGCGTTGTTTCATTGGGAGAGATAAGCCAGCTGGTG 1157
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 ATAATCTCTGCAAGGTGTGGGATAGGCGTTGTTTCATTGGGAGAGATAAGCCAGCTGGTG 959
Query 1158 TTTTAGTGGGACACCTCGAAGGTGTTACCTTTATCGATAGCCGTGGAGATGGTCGCTATT 1217
||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 960 TTTTAGTGGGACATCTCGAGGGTGTTACTTTTATCGATAGCCGTGGTGATGGTCGCTATT 1019
Query 1218 TCATATCAAATGGTAAAGACCAAACTATCAAATTGTGGGATATCAGAAAAATGTCCTCAA 1277
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 TCATATCAAATGGTAAAGACCAAACTATCAAATTGTGGGATATCAGAAAAATGTCCTCAA 1079
Query 1278 GCGCACCTGCAAGGCATGAGGTGCTAAGAAACTATGAATGGGACTACAGATGGATGGATT 1337
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1080 GCGCACCTGCAAGGCATGAGGTGCTAAGAAACTATGAATGGGATTACAGATGGATGGATT 1139
Query 1338 ATCCTACTGAAGCAAGAGATCTAAAGCACCCACTCGATCAGTCAGTGTCGACATATAAAG 1397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1140 ATCCTACTGAAGCAAGAGATCTAAAGCACCCACTCGATCAGTCAGTGTCAACATATAAAG 1199
Query 1398 GTCACTCAGTTTTGCGTACTCTCATCCGTTGTTACTTCTCTCCAGCGCATAGTACTGGCC 1457
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1200 GTCACTCAGTCTTGCGTACTCTCATCCGTTGTTACTTCTCTCCAGCACATAGTACTGGCC 1259
Query 1458 AAAAGTACATCTACACAGGATCGAACGACAGTTCCGTCTACATATACGACTTGGTAAGTG 1517
|||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 1260 AAAAATACATCTACACAGGATCTAACGACAGTTCCGTCTACATATATGACCTGGTAAGTG 1319
Query 1518 GAGATAAAGTGGCAGTGCTAAAGCACCATAGCTCACCTGTAAGAGACTGTAATTGGCACC 1577
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GAGATAAAGTGGCAGTGCTAAAGCACCATAGCTCACCTGTAAGAGACTGTAATTGGCACC 1379
Query 1578 CATATTACCCAACGCTTATAAGCTCTTCGTGGGACGGAGATCTTGTGAAGTGGGAATTTC 1637
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1380 CGTATTACCCAACCCTTATAAGCTCTTCGTGGGACGGAGATCTTGTGAAATGGGAATTTC 1439
Query 1638 CGGGGAGCGGTGAGGCGCCGATTATGAGTAAGAAGAGGGTTCGAAGGAGACATTTCTACT 1697
| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 CAGGGAGCAGTGAGGCGCCGATTATGAGTAAGAAGAGGGTTCGAAGGAGACATTTCTACT 1499
Query 1698 ACTGATGCGTCTCTCTACACATACAT 1723
|||||||| |||||||||| ||||||
Sbjct 1500 ACTGATGCATCTCTCTACAAATACAT 1525
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 75456775345
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5