BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G03080.1
Length=3235
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg943408 jgi|Araly1|943408|scaffold_603952.1 4566 0.0
> Ahg943408 jgi|Araly1|943408|scaffold_603952.1
Length=2688
Score = 4566 bits (2472), Expect = 0.0
Identities = 2618/2690 (97%), Gaps = 3/2690 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 289 ATACCCGTAAAGTGGTTTCCAATGGGCTCGAAGCCTTGGCTACATCCAGCTCCTCAGTAT 348
|||| ||||||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATACGCGTAAAGTGGTTTCC-ATGGGCTCCAAACCGTGGCTACATCCAGCTCCTCAGTAT 59
Query 349 AAAACCCTAGAAACCTTTTGGGATGATGAAGACGATGCTCCTGGTCCTAGATGCGCTCAT 408
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 AAAACCCTAGAAACCTTTTGGGATGATGCAGACGATGCTCCTGGTCCTAGATGCGCTCAT 119
Query 409 ACACTTACGGCTGTTGCAGCTACTAAGACTCACGGTCCTCGTCTTATTCTCTTCGGCGGC 468
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 120 ACACTTACGGCCGTTGCAGCTACTAAGACTCACGGTCCTCGACTTATACTCTTCGGCGGC 179
Query 469 GCCACCGCTATTGAGGGAGGGAGTTCTTCCGTTCCTGGGATCAGGTTAGCTGGTGTTACC 528
||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 GCCACCGCTATTGAGGGCGGGAGTTCTTCAGTTCCTGGGATCAGGTTAGCTGGTGTTACC 239
Query 529 AATACGGTGCATTCTTATGATATTCTCACTAGGAAGTGGACAAGGCTTAAACCGGCTGGT 588
||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 AATTCGGTGCATTCTTATGATGTTCTCACTAGGAAGTGGACAAGGCTTAAACCGGCTGGT 299
Query 589 GAGCCTCCGTCTCCTAGGGCTGCTCACGCCGCAGCTGCAGTTGGCACCATGGTCGTTTTT 648
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GAGCCTCCGTCTCCTAGAGCTGCTCACGCCGCAGCTGCTGTTGGCACCATGGTCGTTTTT 359
Query 649 CAGGGTGGCATTGGACCGGCGGGGCATTCTACTGATGATCTTTACGTTCTTGACATGACT 708
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 CAGGGTGGCATTGGCCCGGCGGGGCATTCTACTGATGATCTTTACGTTCTTGACATGACT 419
Query 709 AATGATAAGTTCAAGTGGCACAGGGTGGTGGTTCAAGGGGATGGTCCAGGCCCTCGCTAT 768
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 AATGATAAGTTCAAGTGGCACAGGGTGGTGGTTCAAGGGGATGGTCCAGGCCCTCGCTAT 479
Query 769 GGCCATGTTATGGATTTAGTTTCTCAGAGGTATCTTGTTACAGTCACCGGAAATGATGGG 828
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 GGCCATGTTATGGATTTAGTTTCTCAGAGGTATCTTGTTACAGTCACCGGAAATGATGGT 539
Query 829 AAACGAGCTCTTTCTGACGCTTGGGCACTGGATACAGCTCAGAAACCATATGTATGGCAG 888
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 AAACGAGCTCTTTCTGACGCTTGGGCCCTGGATACAGCTCAGAAACCATATGTATGGCAG 599
Query 889 AGATTGAACCCAGATGGTGACCGACCAAGTGCTAGAATGTATGCTTCTGGCAGTGCTCGT 948
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 AGATTGAACCCAGATGGTGACCGGCCAAGTGCTAGAATGTATGCTTCTGGCAGTGCTCGT 659
Query 949 TCTGATGGCATGTTTTTGCTCTGCGGGGGAAGAGACACCTTGGGGGCGCCGTTGGGAGAT 1008
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 660 TCTGATGGCATGTTTTTACTCTGCGGGGGAAGAGACACCTTGGGAGCGCCGTTGGGAGAT 719
Query 1009 GCTTATGGGCTACTGATGCATAGAAATGGTCAGTGGGAGTGGACTCTGGCTCCAGGTGTA 1068
||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 GCTTATGGGCTGCTAATGCATAGAAATGGTCAGTGGGAGTGGACTCTGGCTCCAGGTGTA 779
Query 1069 GCTCCTTCTCCAAGATATCAACATGCAGCGGTTTTTGTAGGTGCAAGATTACATGTCAGT 1128
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 GCTCCTTCTCCAAGATATCAACATGCAGCGGTTTTTGTAGGTGCAAGATTACATGTCAGT 839
Query 1129 GGTGGTGTGCTGAGAGGAGGCCGTGTAATAGACGCTGAAGCATCTGTTGCAGTGCTTGAT 1188
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 GGTGGTGTGCTGAGAGGAGGCCGTGTAATAGACGCTGAAGCATCTGTTGCAGTGCTTGAT 899
Query 1189 ACTGCTGCCGGTGTATGGTTGGATAGAAATGGGCAAGTTACTTCTGCACGTGGAAGTAAG 1248
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 900 ACTGCTGCCGGTGTATGGTTGGATAGAAATGGGCAAGTTACTTCTGCACGCGGAATTAAG 959
Query 1249 GGACAAATCGATCAAGATCCGTCTTTTGAACTTATGCGACGCTGTCGCCATGGCGCGGCA 1308
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 960 GGACAAATCGATCAAGATCCGTCTTTTGAACTTATGCGACGCTGTCGCCATGGCGCCGCA 1019
Query 1309 TCAGTTGGTATCCGGATCTATGTGCATGGTGGTCTAAGAGGAGATGTGTTACTTGACGAT 1368
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 TCAGTTGGCATCCGGATCTATGTGCATGGTGGTCTAAGAGGAGATGTGTTACTTGACGAT 1079
Query 1369 TTTCTAGTTGCTGAAAATTCAACATTCCAGTCAGACATCAGTTCTCCTTTGCTAGCATCA 1428
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 TTTCTAGTTGCTGAAAATTCAACATTCCAGTCAGACATCAGTTCTCCTTTGCTAGCATCA 1139
Query 1429 GATAGAACCCAACAAAGTTCTACTCCCAGGTTTTCTTATGCCGCACGACCTCCTTCAGGC 1488
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 GATAGAACCCAACAAAGTTCTACTCCCAGGTTTTCTTATGCCGCACGACCTCCTTCAGGC 1199
Query 1489 TCTGAACCAAGCTTCT-CCATGTCTGAGGGACTGAGCTTGGATGAAAATTCGTTGGAGAA 1547
|||||||||| ||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1200 TCTGAACCAACCTT-TGCCATGTCTGAGGGATTGAGCTTGGATGAAAATTCATTGGAGAA 1258
Query 1548 ATTGACGGAGGCTTCTGCAGCTGAAGCAGAGGTAGCTAGTTCTGTTTGGCGAGCTGCACA 1607
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 ATTGACGGAGGCTTCTGCAGCTGAAGCAGAGGTAGCTAGTTCTGTTTGGCGAGCTGCACA 1318
Query 1608 ACTAGGAGCTGGTACTCTGGATGAAGAACCCTCTACCTCTGATGCCAGCTCGCCAATTGT 1667
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1319 ACTAGGATCTGGTACTCTGGATGAAGAACCCTCTACCTCTGATGCCAGCTCGCCAACTGT 1378
Query 1668 AGAATCTACTACTGATGGTACCGCAAATGAAGGAGATGTCAGGCTTCATCCGAGAGCTGT 1727
|||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 AGAAACTACTACTGATGATACTGCAAATGAAGGAGATGTCAGGCTTCATCCGAGAGCTGT 1438
Query 1728 TGTGGTAGCAAAAGAGACGGTTGGTAGTCTGGGCGGCATGGTAAGACAGCTAAGCTTGGA 1787
|||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 TGTGGTAGCAAAAGAGACGGTTGGCAGTCTGGGTGGCATGGTAAGACAGCTAAGCTTGGA 1498
Query 1788 TCAGTTTCAGAATGAGAGCCGACGGATGGTTCCCATGAACAATAGCGATGTGCCACAACC 1847
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 TCAGTTTCAGAATGAGAGCCGGCGGATGGTTCCCATGAATAATAGCGATGTGCCACAACC 1558
Query 1848 TACCAAGAAGTTCACGAGACAGAAGTCTCCGCAAGGCCTGCATAAAAAGGTCATTGCTGC 1907
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 TACCAAGAAGTTCACGAGACAGAAGTCTCCGCAAGGCCTGCATAAAAAGGTCATTGCTGC 1618
Query 1908 TTTGTTAAGACCTCGAAACTGGAAACCTCCTGGCAATAGGAAATTTTTCTTGGATTCTTA 1967
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1619 TTTGTTGAGACCTCGAAACTGGAAACCTCCTGGCAATAGGAAGTTTTTCTTGGATTCTTA 1678
Query 1968 CGAAGTTGGGGAACTCTGTTATGCTGCCGAACAAATATTTATGCATGAACAAACGGTTCT 2027
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 CGAAGTTGGGGAACTCTGTTATGCAGCCGAACAAATATTTATGCATGAACAAACGGTTCT 1738
Query 2028 TCAGCTAAAGGCTCCTATCAAAGTATTTGGCGATCTCCATGGGCAATTTGGCGATTTAAT 2087
|||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||
Sbjct 1739 TCAGTTAAAAGCTCCTATCAAAGTCTTTGGCGATCTCCATGGGCAATTCGGTGACTTAAT 1798
Query 2088 GCGTTTATTTGATGAATATGGATTTCCCTCAACAGCTGGAGACATCACGTATATTGACTA 2147
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 GCGTTTATTTGATGAATATGGATTTCCCTCAACAGCTGGAGACATCACGTATATTGACTA 1858
Query 2148 TTTATTCTTGGGAGATTACGTTGACCGGGGACAACACAGCCTGGAGACTATAACGTTGCT 2207
|||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1859 TTTATTTTTGGGAGATTACGTTGACCGAGGACAACACAGCCTGGAGACTATAACTTTGCT 1918
Query 2208 GCTTGCATTGAAGATTGAATATCCGGAGAATGTTCACTTGATTCGTGGAAACCACGAGGC 2267
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1919 GCTTGCATTGAAGATTGAATATCCGGAGAATGTTCACTTGATTCGCGGAAATCACGAGGC 1978
Query 2268 TGCTGACATTAATGCACTATTTGGTTTCCGTCTTGAATGCATAGAAAGAATGGGAGAGAA 2327
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 TGCTGACATTAATGCACTATTTGGTTTCCGTCTTGAATGCATAGAAAGAATGGGAGAGAA 2038
Query 2328 TGATGGCATCTGGGCGTGGACAAGATTTAATCAACTTTTTAATTATCTTCCTCTTGCTGC 2387
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2039 TGATGGCATCTGGGCATGGACAAGATTTAATCAACTTTTTAATTATCTTCCTCTCGCTGC 2098
Query 2388 ACTAATCGAGAACAAAATTATATGTATGCATGGTGGAATTGGGAGGTCAATCAGTACAGT 2447
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 ACTAATCGAGAATAAAATTATATGTATGCATGGTGGAATTGGGAGGTCAATCAGTACAGT 2158
Query 2448 GGAACAGATTGAAAAGATTGAAAGACCCATAACAATGGATGCTGGATCCCTTGTTCTAAT 2507
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2159 GGAACAGATTGAGAAGATTGAAAGGCCCATAACAATGGATGCTGGATCCCTTGTTCTTAT 2218
Query 2508 GGATTTATTATGGTCTGATCCTACAGAGAACGATAGTATCGAGGGTTTAAGACCAAACGC 2567
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2219 GGATTTATTATGGTCTGATCCTACAGAGAACGATAGTATCGAGGGTTTAAGACCAAACGC 2278
Query 2568 CAGAGGACCTGGCCTTGTCACGTTTGGGCCTGATAGAGTCACAGAATTCTGTAAGAGGAA 2627
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2279 CAGAGGACCTGGTCTTGTCACGTTTGGGCCTGATAGAGTCACAGAATTCTGTAAGAAGAA 2338
Query 2628 TAAACTACAGCTAATTATCAGGGCCCATGAATGTGTGATGGATGGATTCGAAAGATTTGC 2687
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339 TAAACTACAGTTAATTATCAGGGCCCATGAATGTGTAATGGATGGATTCGAAAGATTTGC 2398
Query 2688 ACAGGGACAGTTGATTACGCTTTTCTCCGCCACAAATTACTGCGGAACTGCGAACAATGC 2747
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2399 ACAGGGACAGTTGATTACGCTTTTCTCCGCCACAAATTACTGCGGAACTGCGAACAATGC 2458
Query 2748 AGGAGCTATATTGGTGGTTGGCAGAGGATTGGTGATTGTTCCCAAGTTAATTCATCCTCT 2807
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 2459 GGGAGCTATATTGGTGGTTGGCAGAGGATTGGTGATTGTTCCTAAGTTGATTCATCCTCT 2518
Query 2808 TCCACCTCCCATCTTATCTCCAGAGAACTCTCCAGAACATTCTGGAGACGACGCTTGGAT 2867
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2519 TCCACCTCCCATCTTATCTCCAGAGAATTCTCCAGAACATTCTGGAGACGACGCTTGGAT 2578
Query 2868 GCAGGAGCTGAATATCCAGAGACCGCCGACTCCAACACGAGGCAGGCCACAACCAGATTT 2927
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2579 GCAGGAGCTGAATATCCAGAGACCGCCGACTCCAACACGAGGCAGGCCACAACCAGATTT 2638
Query 2928 TGACAGAAGCTCGCTTGCATACATCTGAATCTGATTGCATTCCCGGTTTC 2977
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 2639 TGACAGAAGCTCGCTTGCATACATCTGAACCTGATTGCATTCATGGTTTC 2688
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 122088694184
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5