BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G03090.1
Length=3233
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg943407 jgi|Araly1|943407|scaffold_603951.1 2824 0.0
> Ahg943407 jgi|Araly1|943407|scaffold_603951.1
Length=2683
Score = 2824 bits (1529), Expect = 0.0
Identities = 1638/1692 (97%), Gaps = 2/1692 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 258 TGTTGC--ATATTAGTGACAGTCATGGTTCGATTGTTGCAGCCTAAACACATGGTACAAG 315
|||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TGTTGCGTATATTAGTGACAATCATGGTTCGATTGTTGCAGCCTAAACACATGGTACAAG 60
Query 316 CTGTGAACGCTTTGCATTGGCGAAACTCTGTGGAATTTCATAAGCTGCTTAAAGATAATG 375
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CTGTGAATGCTTTGCATTGGCGAAACTCTGTGGAATTTCATAAGCTGCTTAAAGATAATG 120
Query 376 GAGATTTCTCTATTTGCTTTAACTCTGAGCAAGTGTTACCACAAAAGATTAGTGTTGAGA 435
|||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GAGATTTCTCTATTTGCTTTAACTCTGATCAAGGGTTACCACAAAAGATTAGTGTTGAGA 180
Query 436 AGATGGTGAAAATGTTACCTCGGCACCTCATTGCGGTGGTTATGACTCCTAATAAAGATG 495
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AAATGGTGAAAATGTTACCTCGGCACCTCATTGCGGTGGTTATGACTCCTAATAAAGATG 240
Query 496 GAAAGTCTCGTTATATACTGTGTGGGATCAGACTGTTGCAGACGTTGTGTGACTTAACAC 555
|||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 241 GAAAGTCTCGATATATATTGTGTGGGATCAGACTGTTGCAGACGTTGTGCGACTTAACAC 300
Query 556 CTCGTAATGCTAAACTCGAGCAGGTCTTGCTTGACGATGTGAAATTATCAGCACAGATGA 615
||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CTCGTAACGCGAAACTCGAGCAGGTCTTGCTTGACGATGTGAAATTATCAGCACAGATGA 360
Query 616 TTGATCTGGTGATCCTTGTGATAATAGCTCTTGGCCGTAACAGAAAGGAAAGCTGTAATT 675
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 361 TTGATCTGGTGATTATTGTGATAATAGCTCTTGGCCGTAACAGAAAGGAAAGCTGCAATT 420
Query 676 CGAATAAAGAATCGTTACTAGAGGCTACATTGGTGGCTTCTTGTCTCCACCTGTTTCACG 735
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 CGAATAAAGAACCGTTACTAGAGGCTACACTGGTGGCTTCTTGTCTCCACCTGTTTCACG 480
Query 736 GGTTTATCTCTCCTAACTCCCAAGATCTTGTTCTCGTCTTGCTTGCACACCCAAGGGTTG 795
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 481 GGTTTATCTCTCCTAACTCCCAAGATCTTGTTCTCGTCTTGCTTGCCCACCCAAGGGTTG 540
Query 796 ATGTGTTTATAGACAGTGCTTTTGGAGCTGTTCTCAATGTTGTGATATCTTTGAAAGCGA 855
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 541 ATGTGTTTATAGACAGTGCTTTTGGAGCTGTCCTCAATGTTGTGATATCTTTGAAAGCAA 600
Query 856 AGTTGCTGTATAGACAAACTGACTCCCCAAAAAAGTTAGGCGCAAGTTCTGTAGAGGAGG 915
||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 601 AGTTGCTGTATCGACAAACTGACTCCCCAAAAAGGTTAGGTGCAAGTTCTGTAGAGGAGG 660
Query 916 TTAACTTCCACTGCCAACAAGCTGAAGCTGCTTTGCAGTTCCTTCATTCTCTATGCCAAC 975
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 661 TCAACTTCCACTGCCAACAAGCTGAAGCTGCTTTGCAGTTCCTTCATTCTCTCTGCCAAC 720
Query 976 ACAAACCCTTTAGAGAACGTGTCGCTAAAAACAAGGAGCTATGTGGAAAAGGTGGCGTTC 1035
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 ACAAACCGTTTAGAGACCGTGTCGCTAAAAACAAGGAGCTATGTGGAAAAGGTGGCGTTC 780
Query 1036 TTAGGCTAGCTCAATCCATACTATCACTAACTATTACACCTGAATTTGTTGGAGCAACCG 1095
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 TTAGGCTAGCTCAATCCATACTATCACTAGCTATTACACCTGAATTTGTTGGAGCAACCA 840
Query 1096 TAACTATAGCTTCCACATCTAGAATGAAAGCAAAAGTTCTTTCAATTTTGCAGCATCTGT 1155
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||
Sbjct 841 TAACTATAGCTTCCACATCTAGAATGAAAGCAAAAGTCCTTTCAATTTTGCAGCATTTGT 900
Query 1156 TTGAAGCGGAAAGTGTCTCATTCCTTGACGAGGTTGCAAATGCAGGAAACTTGCATTTAG 1215
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 901 TTGAGGCGGAAAGTGTCTCATTCCTTGACGAGGTTGCAAATGCAGGAAACTTGCAATTAG 960
Query 1216 CCAAAACTGTTGCCTCAGAGGTTCTTAAATTATTGAGGCTTGGCCTTTCTAAAGCTTCCA 1275
|||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 CCAAAACTATTGCCTCAGAGGTTCTTAAATTACTGAGGCTTGGCCTTTCTAAAGCTTCCA 1020
Query 1276 TGGCTACTGCTTCTCCTGACTACCCGATGGGTTTTGTGCTACTTAACGCTATGCGCTTGG 1335
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 TGGCTACTGCTTCTCCTGACTACCCGATGGGTTTTGTGCTACTTAACGCTATGCGCTTGG 1080
Query 1336 CTGACGTGCTCACTGATGACTCAAATTTTCGATCTTTTTTCACTGAACATTTTAGCATGG 1395
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 CTGACGTGCTCACGGATGACTCAAATTTTCGATCTTTTTTCACTGAACATTTTAGCATGG 1140
Query 1396 TTCTCAGCGCGGTATTTTGTCTCTCTCATGGAGATTTCTTGTCAATGTTGTGCTCTTCTG 1455
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 TTCTCAGTGCGGTATTTTGTCTCTCTCATGGAGATTTCTTGTCAATGTTGTGCTCTTCTG 1200
Query 1456 ATCTTTCTTCAAGGGAGGATGATGCGAATGTTGATTATGATCTGTTTAAGTCAGCTGGAT 1515
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1201 ATCTTTCTTCAAGGGAGGATGATGCGAATGTTGATTACGATCTGTTTAAGTCAGCCGGAT 1260
Query 1516 GGATTCTAAGTGTATTTTCATCTTCTGGGCAATCAGTCACACCTCAATTCAAGCTCAGTT 1575
|| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 GGGTTTTAAGTATATTTTCATCTTCTGGGCAATCAGTCACACCTCAATTCAAGCTCAGTT 1320
Query 1576 TACAAAATAACCTTACCATGTCTTCATATGCACATCAACGAACATCCTTATTTATTAAAA 1635
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 TACAAAATAACCTTACCATGTCTTCATATGCACACCAACGAACATCCTTATTTATTAAAA 1380
Query 1636 TGATTGCGAATCTTCACTGTTTCGTTCCCAACGTGTGCCAAGAACAGGATAGGAACCGTT 1695
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 TGATCGCGAATCTTCACTGTTTCGTTCCCAACGTCTGCGAAGAACAGGATAGGAACCGTT 1440
Query 1696 TCATTCAGAATGTTATGAGTGGATTGCGAAAAGATCCTTCAAGCATATTGATTAAGATGT 1755
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 TCATTCAGAATGTTATGACTGGATTGCGAAAAGATCCTTCAAGCATATTGATTAAGATGT 1500
Query 1756 TACCAGGCTCTTCATATACTCCTGTGGCACAGAGAGGCACTGGTGTTTGCAGAAACCTAG 1815
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 TACCAGGCTCTTCATATACTCCGGTGGCACAGAGAGGCACTGGTGTTTGCAGAAACCTAG 1560
Query 1816 GTTCTCTGTTGCGCCATGCAGAATCCTTGATCCCTAGTTCCCTCAACGAGGAAGATTTTC 1875
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1561 GTTCTCTGTTGCGCCATGCAGAATCCTTGATCCCTAGTTCCCTCAATGAGGAAGATTTCC 1620
Query 1876 TGCTTTTGAGGGTGTTTTGTGACCAGTTACAGCCGTTAATCCATTCCGAGTTTGAGGAAA 1935
|||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1621 TGCTTTTGAGGGTGTTTTGTGACCAGTTGCAACCGCTAATCCATTCCGAATTTGAGGAAA 1680
Query 1936 GTCAAGTACAGG 1947
||||||||||||
Sbjct 1681 GTCAAGTACAGG 1692
Score = 1310 bits (709), Expect = 0.0
Identities = 914/1007 (91%), Gaps = 37/1007 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 2023 TACAAGATATTGAAGGTAGGGGCGGGAATTTATCTGGT-A--AGC---TAAAAGAGCTTC 2076
|||| ||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| | ||| |||||||||||
Sbjct 1687 TACAGGATATTGAAGGTACGGGAGGGAACTTATCTGGTAAGCAGCAGAGAAAAGAGCTTC 1746
Query 2077 TGAATCTTAACAATGAGGAAGCTTCAGAGGATTGTGATGTCCGAGTTGAAGGTGTGATGA 2136
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 1747 TGAATCTTAACAATGAGGAAGCTTCAGAGAATTGTGATGTCCGAGTTGAAGGTATGATAA 1806
Query 2137 CAAAGCAAGGCGTGAACGAGGAGATAGACACAGTTGAAAGGTTGAAAGAGAGCGATGCAG 2196
|||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||| ||||||||||
Sbjct 1807 AAAAGCAAGGCGTGAACGAGGAGGTGGACACAGTTGAACGGTTGAAAGAAAGCGATGCAG 1866
Query 2197 ATGCTAGCAATCTTGAAACCAGTGGTTCAGATACAAGCTCTAACAGAGGGAAGGGTCTGG 2256
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1867 ATGCGAGCAATCTTGAAACCAGTGGTTCAGATACAAGCTCTAACAGAGGGAAGGGTCTGG 1926
Query 2257 TTGAAGAGGGAGAGTTGGTTCAGAATATGAGCAAGCGATTTAAAGGCAGTGCATCAGGAG 2316
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||
Sbjct 1927 TTGAAGATGGAGAGTTGGTTCAGAAAATGAGCAAGCGGTTTAAAGCCAGTGCGTCAGGAG 1986
Query 2317 AGGTGAAGGAGGATGAGAAATCTGAAACCTTCCTTGTCTTTGAGAAGCAGAAGAAGAAAC 2376
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 1987 AGGTGAAGGAGGATGAGAAATCTGAAACCTTACTTGTCTTTGAGAAGCAGAGGACGAAAC 2046
Query 2377 GGAAGCGTAGTATTATGAATGCTGATCAAATGGGGATGATTGAGAAGGCGCTTGCTGAAG 2436
||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||| |||||||| |
Sbjct 2047 GGAAGCGTAGTATTATGAATGATGATCAAACGGGGATGATCGAGAAGGCACTTGCTGATG 2106
Query 2437 AACCTGATTTGCAGCGGAATTCAGCTTCGAGACAGTTATGGGCTGATAAAATAAGTCAAA 2496
|||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| | |
Sbjct 2107 AACCTGATATGCAGCGGAATTCAGCTTCGATACAGTTATGGGCTGAT-AAAT---T---A 2159
Query 2497 AGGGTTCGGAGGTTATTACATCTTCGCAGCTGAAAAACTGGCTGAATAACCGAAAAGCGA 2556
| | || || | | || | || || | |||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 A--G-TCAGAAG-T-TT--A--TT-----CT------CAGGCTGAATAACCGAAAAGCGA 2199
Query 2557 AACTAGCTCGAGCAAACAAGCAAACGGGGCCAGCTCATGATAATAACAGCTCAGGGG-AT 2615
||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2200 AACTAGCTCGAGCAAACAAGCAAACGGGGACAGTTCGTGATAATAACAGCTCAGGGGAAT 2259
Query 2616 CTACCGGAGAGTCCTGGAGATGAAAACACTTGGCAGCAGAAACCATCAACACCAATTAAA 2675
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2260 -TACCGGAGAGCCCTGGAGATGAAAACACTTGGCAGCAGAAACCATCAACACCATTTAAA 2318
Query 2676 GATCAAACTGTAACAGA-AACCCCGAAAACAGGAGAGAATCTGATGAGAACATCGTCATC 2734
||||| |||| | | | ||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 2319 GATCAGACTGCATC-TATAACCCTGAAAACAGGAGAGAATCTGTTGAGATCATCGTCATC 2377
Query 2735 ATCAGAAGAAGGGATAAAGCAAGGGCAACAAGTGAGGCTTATGGATGAGAGAGGAGACGA 2794
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2378 ATCAGAAGAAGGGATAAAGCAAGGGCAACAAGTGAGGCTTATGGACGAGAGAGGAGACGA 2437
Query 2795 GATCGGGAAGGGAACAGTGTTGAGAACAGACGGTGAATGGAACGGTTTAAGCTTGGAGAC 2854
||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 2438 GATCGGGAAAGGAATGGTGTTGAGAACAGACGGTGAATGGTACGGTTTAAGCCTGGAGAC 2497
Query 2855 AAGACAGATATGTGTAGTTGATGTAATGGAGCTTAGTGAGTCATATGATGGGAGCAAAAA 2914
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2498 GAGACAGATTTGTGTAGTTGATGTAATGGAGCTTAGTGAGTCATATGATTGGAGCAAAAA 2557
Query 2915 GATGATCCCTTATGGATCAGATGATGTTGGGAGGACTTTCACAGAGGCGAATTCAAGGTT 2974
|||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2558 GATGATCCCTTATGGATCTGATGATGTTGGTAGGACTTTCACAGAGGCGAATTCGAGGTT 2617
Query 2975 TGGAGTTATGAGAGTGGCTTGGGATGTGAATAAGCTTCAGTATTAGA 3021
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2618 TGGAGTTATGAGAGTGGCTTGGGATGTGAATAAGCTTCAGTATTAGA 2664
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 122012579038
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5