BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G03550.1
Length=5835
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg490214 jgi|Araly1|490214|fgenesh2_kg.6__3348__AT4G03550.1 7461 0.0
Ahg490142 jgi|Araly1|490142|fgenesh2_kg.6__3276__AT4G04970.1 209 2e-52
> Ahg490214 jgi|Araly1|490214|fgenesh2_kg.6__3348__AT4G03550.1
Length=5798
Score = 7461 bits (4040), Expect = 0.0
Identities = 4281/4396 (97%), Gaps = 22/4396 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AGAAACTGAAACGCGGAAAGGAGGCAAAATCTTCTCGTCGTCGTTGTCGCCGTCTTCA-G 59
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||
Sbjct 1 AGAAACTGAAACGCGGAAAGGAGGCAAAA-----TCGTC-TC---GTCGCCGTCTTCATC 51
Query 60 AGCTACAAACGAAAAAACTCGCTTCCGTTTCG----ATTTCTCCATTGTTATTGTTTCTT 115
||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 52 AGCTACAAACG--AAAACTCGCTTCCGTTTCGATTTATTTCTCCATTGTTATTG---ATT 106
Query 116 CAGTGAAGCTTTTTTCTTCGAGAAATTTCTAAGATCTACCACATGCTACTATGAGCCTCC 175
|||| |||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 107 CAGTCAAGC-TTTTTCTCCGAGAAATTTCCAAGATCTACCACATGCTACTATGAGCCTCC 165
Query 176 GCCACCGCACCGTCCCGCCGCAAACCGGACGGCCGTTGGCGGCGGAAGCTGTCGGAATCG 235
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 166 GCCACCGCACCGTCCCGCCGCAAACCGGACGGCCGTTGGCGGCGGATGCTGCCGGAATCG 225
Query 236 AAGAGGAGCCGTACAATATCATTCCCGTTAACAATCTCCTCGCCGACCATCCTTCACTCC 295
||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 226 AAGAGGAATCGTACAATATCATTCCCGTTAACAACCTCCTCGCCGACCATCCTTCTCTCC 285
Query 296 GTTTTCCCGAGGTTCGTGCCGCCGCTGCTGCTCTTAAAACCGTTGGAGACCTTCGTCGTC 355
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 286 GTTTTCCTGAGGTTCGTGCCGCCGCTGCTGCTCTTAAAACCGTCGGAGACCTTCGTCGTC 345
Query 356 CGCCGTATGTTCAATGGCGTTCTCACTACGATCTCCTCGACTGGCTCGCCTTGTTCTTCG 415
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 346 CGCCGTATGTTCAATGGCGTTCTCACTACGATCTTCTCGACTGGCTCGCTTTGTTCTTCG 405
Query 416 GTTTCCAGAAAGATAACGTTCGTAACCAGCGTGAGCATATGGTGCTTCATCTCGCAAATG 475
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 406 GTTTCCAGAAAGATAACGTTCGTAACCAGCGTGAGCATATGGTGCTTCATCTCGCGAATG 465
Query 476 CTCAGATGCGTCTCTCTCCGCCGCCGGATAATATTGATTCTCTCGATTCCGCGGTTGTTC 535
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 466 CTCAGATGCGTCTCTCCCCGCCGCCGGATAATATTGATTCTCTCGATTCCGCTGTTGTTC 525
Query 536 GTCGGTTTCGTCGGAAACTTCTCGCTAACTACTCTAGCTGGTGTTCGTATTTGGGGAAAA 595
|||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 526 GTCGGTTTCGCCGGAAACTTCTTGGTAACTACTCTAGCTGGTGTTCGTATTTGGGGAAAA 585
Query 596 AATCAAATATCTGGATCTCAGATCGGAACCCTGATTCGAGACGAGAGCTTCTCTATGTTG 655
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 586 AATCAAATATCTGGATCTCAGATCGGAGCCCTGATTCGAGACGAGAGCTTCTCTATGTGG 645
Query 656 GACTCTATCTTCTCATTTGGGGAGAGGCTGCGAATCTTCGGTTCATGCCTGAATGTATCT 715
|||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 646 GACTGTATCTTCTCATATGGGGAGAGGCTGCGAATCTTCGCTTCATGCCTGAATGTATTT 705
Query 716 GTTACATCTTCCATAACATGGCCTCTGAGCTCAACAAAATCTTAGAGGATTGCCTCGATG 775
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 706 GTTACATCTTCCATAACATGGCCTCGGAGCTCAACAAAATCTTAGAGGATTGCCTCGATG 765
Query 776 AGAACACCGGCCAACCTTACTTGCCTTCTCTCTCAGGCGAAAACGCTTTCTT-AACCGGC 834
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 766 AGAACACCGGCCAACCTTATTTGCCTTCTCTCTCAGGCGAAAACGCTTTCTTGAA-CGGC 824
Query 835 GTCGTTAAACCTATTTACGATACTATCCAAGCTGAGATTGATGAGAGCAAGAACGGTACA 894
|| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 825 GTGGTTAAACCTATTTACGATACAATTCAAGCTGAGATTGATGAGAGCAAGAACGGTACA 884
Query 895 GTTGCGCATTGTAAGTGGAGGAACTACGACGATATCAATGAGTACTTCTGGACTGATCGG 954
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 885 GTTGCGCATTCTAAGTGGAGGAACTACGACGATATCAACGAGTACTTCTGGACGGATCGA 944
Query 955 TGTTTCAGCAAATTGAAATGGCCGCTTGATTTGGGAAGCAATTTCTTTAAGAGTAGAGGC 1014
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 945 TGTTTCAGCAAACTGAAATGGCCGCTTGATTTGGGAAGCAATTTCTTCAAGAGTAGAGGC 1004
Query 1015 AAAAGTGTAGGGAAAACTGGTTTCGTGGAGCGCAGGACGTTCTTCTACCTTTACAGGAGT 1074
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1005 AAAAGTGTAGGGAAAACTGGTTTCGTGGAGCGCAGGACGTTCTTCTACCTTTACAGGAGT 1064
Query 1075 TTTGATCGACTTTGGGTGATGCTAGCTTTGTTCCTTCAAGCCGCCATTATAGTAGCTTGG 1134
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1065 TTTGATCGACTTTGGGTGATGCTAGCTTTGTTCCTTCAAGCCGCCATTATAGTAGCTTGG 1124
Query 1135 GAGGAAAAGCCAGATACCTCGTCGGTAACAAGGCAGCTGTGGAATGCTCTGAAGGCAAGA 1194
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1125 GAGGAAAAGCCAGATAATTCGTCGGTAACAAGGCAGCTGTGGAATGCTTTGAAGGCAAGA 1184
Query 1195 GATGTTCAGGTGAGACTATTGACCGTGTTCTTGACATGGAGTGGTATGCGACTCTTGCAG 1254
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 GATGTTCAGGTGAGACTTTTGACCGTGTTCTTGACATGGAGTGGTATGCGACTCTTGCAG 1244
Query 1255 GCTGTGCTGGACGCGGCTTCACAATATCCCCTCGTTTCCAGAGAGACCAAAAGGCATTTT 1314
||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1245 GCTATGCTGGACGCGGCTTCACAATATCCCCTCATTTCCAGAGAGACCAAAAGGCACTTT 1304
Query 1315 TTCAGAATGCTGATGAAGGTTATAGCTGCCGCAGTTTGGATTGTAGCTTTCACTGTCCTC 1374
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1305 TTCAGAATGCTGATGAAGGTTATAGCTGCCGCAGTTTGGATTGTAGCTTTCACAGTCCTC 1364
Query 1375 TACACTAACATCTGGAAGCAGAAGAGGCAAGACAGGCAGTGGTCCAATGCCGCGACGACT 1434
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1365 TACACTAACATCTGGAAGCAGAAGAGGCAAGACAGGCAGTGGTCCAATACCGCGACGACT 1424
Query 1435 AAGATATACCAATTCCTTTACGCTGTGGGGGCCTTCTTGGTGCCCGAAATCCTGGCTTTG 1494
||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| || ||||||
Sbjct 1425 AAGATCTACCAATTCCTTTACGCTGTGGTGGCCTTCTTGGTGCCTGAAATTCTTGCTTTG 1484
Query 1495 GCTTTGTTTATTATCCCATGGATGAGAAACTTCCTGGAAGAGACCAATTGGAAAATATTC 1554
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1485 GCTTTGTTTATAATCCCATGGATGAGAAACTTCCTGGAAGAGACCAATTGGAAAATATTC 1544
Query 1555 TTTGCTCTAACTTGGTGGTTTCAAGGCAAAAGCTTTGTGGGTCGAGGTTTGAGAGAGGGT 1614
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1545 TTTGCTTTAACTTGGTGGTTTCAAGGCAAAAGCTTTGTGGGTCGAGGTTTGAGAGAGGGT 1604
Query 1615 TTAGTGGACAACATCAAGTACTCGACTTTCTGGATCTTTGTCCTAGCTACAAAGTTTACA 1674
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1605 TTAGTGGACAACATCAAGTACTCGACTTTCTGGATCTTTGTCCTAGCTACGAAGTTTACA 1664
Query 1675 TTTAGTTACTTCCTGCAGGTTAAGCCAATGATTAAACCCTCAAAGCTGCTATGGAACTTA 1734
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1665 TTTAGTTACTTCCTGCAGGTTAAGCCAATGATTAAACCCTCAAAGCTGCTATGGAACTTA 1724
Query 1735 AAGGATGTCGATTATGAGTGGCATCAGTTTTATGGAGACAGCAATAGGTTTTCTGTCGCA 1794
|| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1725 AACGATGTCAAATATGAGTGGCATCAGTTTTATGGAGACAGCAATAGGTTTTCTGTCGCA 1784
Query 1795 TTGTTATGGTTGCCAGTTGTGTTGATATATCTGATGGATATCCAAATTTGGTACGCAATC 1854
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1785 TTGTTATGGTTGCCAGTTGTGTTGATATATCTGATGGATATCCAAATTTGGTACGCAATC 1844
Query 1855 TATTCTTCGATTGTTGGTGCTGTTGTTGGGCTGTTTGATCATCTGGGGGAGATCAGGGAC 1914
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1845 TATTCTTCGATTGTTGGTGCTGTTGTTGGGCTATTTGATCATCTGGGGGAGATCAGGGAC 1904
Query 1915 ATGGGACAGCTGAGGCTAAGGTTTCAATTCTTTGCTAGTGCTATTCAATTCAACCTAATG 1974
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1905 ATGGGACAGCTTAGGCTAAGGTTTCAATTCTTTGCTAGTGCTATTCAGTTCAACCTAATG 1964
Query 1975 CCTGAGGAACAACTCCTGAATGCTAGAGGCTTTGGTAACAAGTTCAAGGACGGCATTCAT 2034
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1965 CCTGAGGAACAACTCCTGAATGCTAGAGGCTTTGGTAACAAGTTCAAGGACGGCATTCAT 2024
Query 2035 AGATTGAAGCTAAGGTATGGATTTGGGAGGCCGTTTAAGAAACTTGAGTCGAATCAGGTC 2094
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2025 AGATTGAAGCTAAGGTATGGATTTGGGAGGCCGTTTAAGAAACTCGAGTCGAATCAGGTC 2084
Query 2095 GAGGCCAACAAGTTTGCGTTGATCTGGAACGAAATCATCTTAGCTTTCAGAGAAGAGGAT 2154
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2085 GAGGCCAACAAGTTTGCGTTGATCTGGAACGAAATCATCTTAGCTTTCAGAGAAGAGGAT 2144
Query 2155 ATAGTTTCTGATCGTGAAGTAGAGCTACTGGAGCTGCCAAAGAATTCCTGGGATGTGACG 2214
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2145 ATAGTTTCTGATCGTGAAGTAGAGCTACTGGAGCTGCCAAAGAATTCCTGGGATGTGACG 2204
Query 2215 GTTATTCGCTGGCCGTGTTTCTTGTTGTGCAATGAGCTTTTGCTTGCACTGAGCCAGGCC 2274
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2205 GTTATTCGCTGGCCGTGTTTCTTGTTGTGCAATGAGCTTTTGCTTGCACTGAGCCAGGCC 2264
Query 2275 AGAGAGCTGATAGACGCACCTGATAAATGGCTGTGGCACAAAATATGCAAGAATGAATAC 2334
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2265 AGAGAGCTGATAGACGCACCTGATAAATGGCTGTGGCACAAAATATGCAAGAATGAATAC 2324
Query 2335 AGGCGTTGTGCTGTAGTTGAGGCATATGACAGCATCAAACATCTATTGCTCTCAATCATC 2394
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2325 AGGCGTTGTGCTGTAGTTGAGGCATATGACAGCATCAAACATCTATTGCTCTCAATCATC 2384
Query 2395 AAAGTTGACACTGAAGAACATTCGATAATTACGGTCTTCTTTCAGATAATTAATCAGTCC 2454
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 2385 AAAGTTGACACTGAAGAACATTCGATAATTACGGTCTTCTTTCAGATGATTAATCAATCC 2444
Query 2455 ATTCAGTCAGAGCAGTTCACCAAGACCTTTAGAGTGGACCTGCTGCCAAAAATTTATGAA 2514
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2445 ATTCAGTCAGAGCAGTTCACCAAGACCTTTAGAGTGGACCTGCTGCCAAAAATTTACGAA 2504
Query 2515 ACACTGCAGAAATTGGTTGGGCTGGTAAATGATGAGGAAACAGATAGTGGGCGGGTGGTG 2574
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2505 ACACTGCAGAAATTGGTTGGGCTGGTAAATGATGAGGAAACAGATAGTGGGCGGGTGGTG 2564
Query 2575 AATGTTCTGCAGTCTCTTTATGAGATTGCAACTCGACAGTTCTTTATAGAGAAGAAGACA 2634
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2565 AATGTTCTGCAGTCTCTTTATGAGATTGCAACTCGACAGTTCTTTATAGAGAAGAAGACA 2624
Query 2635 ACTGAACAGCTATCTAATGAAGGTTTAACTCCTCGAGACCCAGCCTCAAAGTTGCTGTTT 2694
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2625 ACTGAACAGCTATCTAATGAAGGCTTGACTCCTCGAGACCCAGCCTCAAAGTTGCTGTTT 2684
Query 2695 CAAAATGCTATTAGGCTTCCTGATGCAAGCAATGAAGACTTCTACCGGCAGGTTAGGCGT 2754
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2685 CAAAATGCTATTAGGCTTCCTGATGCAAGCAATGAAGACTTCTACCGGCAGGTTAGGCGT 2744
Query 2755 TTACACACGATTCTCACCTCTAGGGACTCTATGCACAGCGTCCCTGTGAATCTAGAGGCG 2814
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2745 TTACACACGATTCTCACCTCTAGGGACTCTATGCACAGCGTCCCTGTGAATCTAGAGGCG 2804
Query 2815 AGACGGCGGATTGCTTTCTTCAGTAATTCGCTTTTCATGAACATGCCTCATGCCCCTCAG 2874
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2805 AGACGGCGGATTGCTTTCTTCAGTAATTCGCTTTTCATGAACATGCCTCATGCCCCTCAG 2864
Query 2875 GTTGAGAAAATGATGGCGTTCAGTGTTCTGACTCCATATTACAGTGAGGAAGTTGTATAC 2934
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2865 GTTGAGAAAATGATGGCGTTCAGTGTTCTGACTCCATATTACAATGAGGAAGTTGTATAC 2924
Query 2935 AGCAAAGAACAGCTCCGAAATGAGACTGAGGATGGGATTTCCACCCTATACTACCTGCAG 2994
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2925 AGCAAAGAACAGCTCCGAAATGAGACTGAGGATGGGATTTCCACCCTATACTACCTGCAG 2984
Query 2995 ACAATTTATGCTGATGAATGGAAAAATTTCAAGGAACGGATGCATAGGGAAGGAATCAAG 3054
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2985 ACAATTTATGCTGATGAATGGAAAAATTTCAAGGAACGGATGCATAGGGAAGGAATCAAG 3044
Query 3055 ACAGATAGTGAGTTGTGGACAACCAAGCTGAGAGACCTCAGGCTTTGGGCTTCCTACAGA 3114
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3045 ACAGATAGTGAGTTGTGGACAACCAAGCTGAGAGACCTCAGGCTTTGGGCTTCCTACAGA 3104
Query 3115 GGTCAGACATTGGCACGTACAGTTCGTGGGATGATGTACTACTACCGGGCTCTTAAGATG 3174
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3105 GGTCAGACATTGGCACGTACAGTTCGTGGGATGATGTACTACTACCGGGCTCTTAAGATG 3164
Query 3175 CTCGCTTTTCTTGACTCTGCGTCTGAAATGGACATTCGGGAGGGTGCTCAGGAGCTTGGT 3234
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3165 CTCGCTTTTCTTGACTCTGCGTCTGAAATGGACATTCGGGAGGGTGCTCAGGAGCTTGGT 3224
Query 3235 TCAGTGAGGAATTTGCAGGGAGAACTGGGTGGTCAATCTGATGGGTTTGTCTCTGAAAAC 3294
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3225 TCAGTGAGGAGTTTGCAGGGAGAACTGGGTGGTCAATCTGATGGGTTTGTCTCTGAAAAC 3284
Query 3295 GACCGATCTTCCTTAAGCAGAGCAAGTAGTTCCGTGAGTACGCTGTATAAAGGCCATGAG 3354
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3285 GACCGATCTTCCTTACGCAGAGCAAGTAGTTCCGTGAGTACGCTGTATAAAGGCCATGAG 3344
Query 3355 TATGGGACTGCATTGATGAAATTCACATATGTTGTGGCGTGTCAGATCTACGGGTCTCAA 3414
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||
Sbjct 3345 TACGGGACTGCATTGATGAAATTCACATATGTTGTGGCGAGCCAGATCTATGGGTCTCAA 3404
Query 3415 AAAGCAAAGAAAGAGCCTCAGGCAGAGGAAATTCTGTATCTGATGAAGCAGAACGAAGCT 3474
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3405 AAAGCAAAGAAAGAGCCTCAGGCAGAGGAAATTCTGTATCTGATGAAGCAGAACGAAGCT 3464
Query 3475 CTCCGTATTGCATATGTGGATGAGGTGCCTGCGGGAAGAGGAGAGACTGATTATTACTCC 3534
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3465 CTCCGTATTGCATATGTGGATGAGGTGCCTGCGGGAAGAGGAGAGACTGATTATTACTCC 3524
Query 3535 GTTCTGGTGAAATACGATCACCAGTTGGAGAAGGAAGTGGAAATATTCCGTGTGAAGCTA 3594
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3525 GTTCTGGTGAAATACGATCACCAGTTGGAAAAGGAAGTGGAGATATTCCGTGTGAAGCTA 3584
Query 3595 CCTGGTCCAGTGAAGCTGGGCGAGGGAAAGCCAGAGAACCAGAATCATGCAATGATCTTT 3654
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3585 CCTGGTCCGGTGAAGCTGGGTGAGGGAAAGCCAGAGAACCAGAATCATGCAATGATCTTT 3644
Query 3655 ACCCGTGGTGATGCTGTTCAGACCATTGATATGAACCAAGACAGTTATTTTGAGGAAGCT 3714
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3645 ACCCGTGGTGATGCTGTTCAGACCATTGATATGAACCAAGACAGCTATTTTGAGGAAGCT 3704
Query 3715 CTCAAGATGAGAAATTTGCTCCAGGAGTACAACCATTATCATGGTATCAGAAAACCAACT 3774
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3705 CTCAAGATGAGAAATTTGCTCCAGGAGTACAAACATTATCATGGTATCAGAAAACCAACT 3764
Query 3775 ATTCTTGGTGTCAGGGAGCATATCTTCACGGGATCAGTCTCGTCACTGGCGTGGTTCATG 3834
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3765 ATTCTTGGTGTCAGGGAGCATATCTTCACGGGATCAGTCTCGTCACTGGCGTGGTTCATG 3824
Query 3835 TCTGCTCAGGAGACAAGTTTTGTCACTCTTGGTCAGCGTGTTCTTGCAAACCCACTGAAG 3894
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3825 TCTGCTCAGGAGACAAGTTTTGTCACTCTTGGTCAGCGTGTTCTTGCAAACCCGCTGAAG 3884
Query 3895 GTCAGAATGCATTATGGCCACCCTGATGTATTTGACAGATTCTGGTTCTTGAGTCGAGGC 3954
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3885 GTCAGAATGCATTATGGCCACCCTGATGTATTTGACAGATTCTGGTTCTTGAGTCGAGGC 3944
Query 3955 GGCATCAGTAAGGCTTCCAGAGTTATAAATATCAGTGAGGACATCTTTGCCGGGTTTAAC 4014
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3945 GGCATCAGCAAGGCTTCCAGAGTTATAAATATCAGTGAGGACATCTTTGCCGGGTTTAAT 4004
Query 4015 TGCACGTTAAgggggggAAACGTCACCCACCACGAGTACATTCAGGTCGGGAAGGGACGG 4074
||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 4005 TGCACATTGAGGGGCGGAAACGTCACCCACCACGAGTACATTCAGGTCGGGAAGGGTCGG 4064
Query 4075 GATGTTGGATTGAATCAGATATCAATGTTTGAGGCTAAGGTAGCCAGTGGGAACGGAGAG 4134
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 4065 GATGTTGGATTGAATCAGATATCAATGTTTGAGGCTAAGGTAGCTAGTGGGAACGGAGAG 4124
Query 4135 CAGGTTCTCAGCCGAGATGTGTACCGGCTCGGGCACAGGCTTGATTTCTTCAGAATGTTA 4194
|||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4125 CAGGTTCTTAGCCGAGACGTGTACCGGCTCGGTCACAGGCTTGATTTCTTCAGAATGTTA 4184
Query 4195 TCATTTTTCTACACAACTGTAGGGTTTTTCTTCAACACAATGATGGTCATTCTTACTGTT 4254
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 4185 TCATTTTTCTACACAACTGTAGGGTTTTTCTTCAACACGATGATGGTCATTCTTACTGTT 4244
Query 4255 TACGCTTTCCTCTGGGGACGGGTTTATCTGGCTCTCAGCGGGGTTGAGAAGTCCGCTCTA 4314
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4245 TACGCTTTCCTCTGGGGACGGGTTTATCTGGCTCTCAGCGGGGTTGAGAAGTCCGCTCTA 4304
Query 4315 GCAGACAGTACGGACACCAACGCCGCGCTTGGGGTGATCCTGAACCAGCAGTTCATCATT 4374
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4305 GCAGACAGTACGGACAGCAACGCCGCGCTTGGGGTGATCCTGAACCAGCAGTTCATCATT 4364
Query 4375 CAGCTCGGTCTGTTCA 4390
||||||||||||||||
Sbjct 4365 CAGCTCGGTCTGTTCA 4380
Score = 2230 bits (1207), Expect = 0.0
Identities = 1361/1430 (95%), Gaps = 32/1430 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 4426 GAGGGTTTCCTTCTAGCGATATGGAATTTCATTCGAATGCAGATTCAGCTTTCAGCTGTC 4485
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4381 GAGGG-TTCCTTCTAGCGATATGGAATTTCATTCGAATGCAGATTCAGCTTTCAGCTGTC 4439
Query 4486 TTCTACACATTCTCAATGGGGACCAGAGCTCACTATTTCGGTCGAACTATTCTCCATGGT 4545
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4440 TTCTACACATTCTCAATGGGGACCAGAGCTCACTATTTCGGTCGAACTATTCTCCATGGT 4499
Query 4546 GGGGCCAAGTATAGAGCCACTGGACGTGGATTTGTTGTCGAGCACAAGGGATTCACTGAG 4605
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4500 GGGGCAAAGTATAGAGCCACTGGACGTGGATTTGTTGTCGAGCACAAGGGATTCACTGAG 4559
Query 4606 AACTACCGACTGTATGCACGCAGTCACTTTGTGAAGGCCATCGAGCTTGGGCTGATCCTC 4665
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4560 AACTACCGACTGTATGCACGCAGTCACTTTGTGAAGGCCATCGAGCTTGGGCTGATCCTC 4619
Query 4666 ATAGTCTACGCTTCGCACAGTCCGATTGCCAAAGACTCGTTGATTTACATAGCCATGACT 4725
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4620 ATAGTCTACGCTTCGCACAGTCCGATTGCCAAAGACTCGTTGATTTACATAGCCATGACT 4679
Query 4726 ATCACCAGCTGGTTTCTTGTGATTTCATGGATAATGGCCCCATTTGTGTTTAACCCATCA 4785
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4680 ATCACCAGCTGGTTCCTTGTGATTTCATGGATAATGGCCCCATTTGTGTTTAACCCATCA 4739
Query 4786 GGATTCGACTGGCTTAAGACAGTCTATGACTTTGAAGACTTCATGAACTGGATCTGGTAC 4845
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 4740 GGATTCGACTGGCTTAAGACAGTCTACGACTTTGAAGACTTTATGAATTGGATCTGGTAC 4799
Query 4846 CAAGGCAGAATCTCAACGAAATCTGAACAAAGCTGGGAAAAATGGTGGTACGAGGAACAG 4905
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4800 CAAGGCAGAATCTCAACGAAATCTGAACAAAGCTGGGAAAAATGGTGGTACGAGGAACAG 4859
Query 4906 GACCACCTGAGAAACACCGGGAAGGC-AGGATTATTTGTGGAGATCATCTTGGTCCTCCG 4964
||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 4860 GACCACCTGAGAAACACCGGGC-GGTTAGGAATATTTGTGGAGATCATCTTGGACCTCCG 4918
Query 4965 GTTTTTCTTCTTCCAGTATGGGATTGTATACCAGCTTAAAATTGCAAACGGATCCACCAG 5024
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4919 GTTTTTCTTCTTTCAGTATGGGATTGTATACCAGCTCAAAATTGCAAACGGATCCACCAG 4978
Query 5025 CCTTTTTGTCTACTTGTTCTCATGGATATACATCTTTGCTATATTTGTGCTCTTCCTAGT 5084
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4979 CTTTTTTGTCTACTTGTTCTCATGGATATACATCTTTGCTATATTTGTGCTCTTCCTAGT 5038
Query 5085 CATCCAATACGCCCGTGACAAGTACTCGGCAAAAGCTCACATACGGTACAGGCTTGTCCA 5144
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5039 AATCCAATACGCCCGTGACAAGTACTCTGCAAAAGCTCACATACGGTACAGGCTTGTCCA 5098
Query 5145 ATTCCTCCTGATCGTGCTTGCTATACTGGTGATTGTTGCTTTGCTCGAGTTCACGCATTT 5204
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 5099 ATTCCTCCTGATCGTGTTTGCTATACTGGTGATTGTTGCTTTGCTTGAGTTCACGCATTT 5158
Query 5205 CAGCTTCATCGATATCTTCACAAGCCTTCTTGCATTCATCCCAACTGGCTGGGGAATTCT 5264
||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5159 CAGCTTCATCGATATCTTCACGAGTCTTCTTGCATTCATCCCAACTGGCTGGGGAATTCT 5218
Query 5265 GCTGATCGCACAGACTCAAAGGAAGT-GGCTGAAGAATTACACTATTTTCTGGAATGCTG 5323
|||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||| |||||||||||||||||
Sbjct 5219 GCTGATCGCACAGACTCAAAGGG-GTTGGCTGAAGAAATACAGTATTTTCTGGAATGCTG 5277
Query 5324 TTGTCTCTGTTGCTCGCATGTATGACATATTGTTTGGGATACTCATAATGGTTCCAGTAG 5383
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5278 TTGTCTCTGTTGCTCGCATGTATGACATATTGTTTGGGATACTCATAATGGTTCCAGTAG 5337
Query 5384 CGTTCTTGTCATGGATGCCTGGATTCCAGTCAATGCAAACGAGGATATTATTCAATGAAG 5443
|||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5338 CGTTCTTGTCGTGGATGCCTGGATTCCAATCAATGCAAACGAGGATATTATTCAATGAAG 5397
Query 5444 CTTTTAGCAGAGGACTTCGCATCATGCAGATTGTCACTGGGAAGAAATCAAAAGGCGATG 5503
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5398 CTTTTAGCAGAGGACTTCGCATCATGCAGATTGTCACTGGGAAGAAATCAAAAGGCGATG 5457
Query 5504 TCTAAGTTTAAAAAACGGTCTTAAGAAGTAAATGGTAGTTCAAATCCTATTGGTATGTGG 5563
||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 5458 TCTAAGTTTAAAAAATGGTCTTAAGAAGTAAATGATAGTTCAAATCCTATTGGTATGCGG 5517
Query 5564 CGAAGGAATCAGTTGGAGGTT-T-TT--GGAGAGTTTGGTTGGATGAGGAATCGGGAAGT 5619
|||||||||| |||||||||| | || |||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 5518 CGAAGGAATCTGTTGGAGGTTGTATTTTGGAGAG---GGT-GGATGAGGAATCGGGAAGT 5573
Query 5620 TGGTTTGATTCGGTTA--GATGGGTTTAG-------G-GAGATATTTGATTGTCAGTGTG 5669
|||||| ||||||||| ||||||||||| | ||||||||| || |||||||||
Sbjct 5574 TGGTTT-ATTCGGTTATAGATGGGTTTAGTCATTTAGTGAGATATTTTATCGTCAGTGTG 5632
Query 5670 TGTGGAGGGAACTCTGATTCTTGTATGGTTTTTGTTCTAAAGGTACAGCAATTTGTGTAG 5729
|||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 5633 TGTGGAGG-AACTCTGATTCTTGTATGGTTTT-GT-CTAAAGGTAGAGCAATTTGTGTAG 5689
Query 5730 TGAGG-CTTT-GTGTATTTGTTCTCCTTCTCTCATTATAGAGCTTTAGAGCATTTTTAGT 5787
| ||| |||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 5690 T-AGGGCTTTTGTGTATTTGTTCTCCTTCTCTCGTTGTAGAGCTTTAGAGCATTTTTAGT 5748
Query 5788 TTAT-ATTC-AGATTGTTATCTAATGTCATCTCGCAGAGCTTTTGTTCAC 5835
|||| |||| || ||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||
Sbjct 5749 TTATTATTCCAGTTTGCCATCTAATGTCATTTCGCAGAGCATTTGTTCAC 5798
> Ahg490142 jgi|Araly1|490142|fgenesh2_kg.6__3276__AT4G04970.1
Length=5657
Score = 209 bits (113), Expect = 2e-52
Identities = 373/494 (76%), Gaps = 35/494 (7%)
Strand=Plus/Plus
Query 3351 TGAGTATGGGACTGCATTGATGAAATTCACATATGTTGTGGCGTGTCA-GATCTACGGGT 3409
||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | | || ||
Sbjct 3165 TGAGTATGGGAGTGCAATGATGAAATTCACATATGTTGTGGCGTGTCAAGTT-TATGGA- 3222
Query 3410 CT-CAAAAAGCAAAGAAAG-AGCC-TCAG-GCAGAGGAAATTCTGTATC-TGATGAAGCA 3464
| || ||||||| || | | || | || || ||||| ||||||| || ||||||| |
Sbjct 3223 CAGCATAAAGCAA-GAGGGGA-CCAT-AGAGCTGAGGAGATTCTGT-TCCTGATGAAAAA 3278
Query 3465 GAACGAAGCTCTCCGTATTGCATATGTGGATGAGGT-GCCTGCGGGAAGAGGAGAGACTG 3523
| || || || |||||||||||||| |||||||| | | |||||| |||| | | |
Sbjct 3279 TCATGAGGCCCTTCGTATTGCATATGTTGATGAGGTCGAGTT-GGGAAG-GGAG-GTC-G 3334
Query 3524 ATTATTACTCCGTTCTGGTGAAATACGATCACCAG-TTGGAGAAG-GAAGTGGAAATAT- 3580
| || ||||| ||||| ||||||| ||||| || || | ||| || ||||| || |
Sbjct 3335 AGTACTACTCGGTTCTTGTGAAATTTGATCAACAACTTC-A-AAGAGAGGTGGAGATCTA 3392
Query 3581 TCCGTGTGA-AGCTACCTGGTCCAGTGAAGCTGGGCGAGGGAAAGCCAGAGAACCAGAAT 3639
|| || | | | || || || || ||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||
Sbjct 3393 TC-GTATCAGA-CTGCCAGGCCCCTTGAAGCTTGGCGAGGGAAAACCAGAAAACCAAAAC 3450
Query 3640 CATGCAATGATCTTTACCCGTGGTGATGCTGTT-CAGACCATTGATATGAACCAAGACAG 3698
||||| | |||||||| || || ||||| | | ||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 3451 CATGCTCTAATCTTTACACGAGGAGATGC-GATACAGACCATTGATATGAATCAAGATAA 3509
Query 3699 TTATTTTGAGGAAGCTCTCAAGATGAGAAATTTGCTCCAGG-AGTACAAC-CATTA-TCA 3755
|||||||||| ||||| |||||||| || ||| | | | | ||| | ||| | |
Sbjct 3510 CCATTTTGAGGAGGCTCTTAAGATGAGGAACTTGTTGGAATCATT-CAAGAC-TTACT-A 3566
Query 3756 TGGTATCAGAAAACCAACTATTCTTGGTGTCAGGGAGCATA-TCTTCACGGGATCAGTCT 3814
||| || || || || ||||||||||| ||| | ||| | | | ||||| || ||||| |
Sbjct 3567 TGGCATTAGGAAGCCTACTATTCTTGGAGTCCGTGAGAA-AGTTTTCACTGGTTCAGTTT 3625
Query 3815 CGTCACTGGCGTGG 3828
| |||||||| |||
Sbjct 3626 CTTCACTGGCATGG 3639
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 221038383984
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5