BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G04370.1
Length=2190
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg943214 jgi|Araly1|943214|scaffold_603758.1 3330 0.0
> Ahg943214 jgi|Araly1|943214|scaffold_603758.1
Length=2290
Score = 3330 bits (1803), Expect = 0.0
Identities = 2066/2194 (94%), Gaps = 14/2194 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGATCAGAAC-TTCGTCTGTGTTGAACTCCACCAAGTACTTCAACTCTCACATTAACCA 59
|||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 24 ATGATCAG-ACGTTCGTCTGTGTTAAACTCCACCAAGTACTTCAACTCTCACATTAACCA 82
Query 60 TTTATCATCTCATGGCGATCACAAGCAAGTTCTCTCAACATTCTCTTCCATGCTCGCCAA 119
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 83 TTTATCATCTCATGGCGATCACAAGCAAGTTCTCTCCACATTCTCTTCCATGCTCGCTAA 142
Query 120 TAAACTCTTACCTGATACTTTTACTTTCCCTAGTCTTCTCAAAGCTTGTGCTTCTCTTCA 179
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 143 TAAACTCTTACCTGATACTTTTACTTTCCCTAGTCTTCTCAAAGCCTGTACTTCTCTTCA 202
Query 180 GCGCCTCTCTTTTGGTCTCTCGATTCACCAGCAGGTTCTCGTTAATGGGTTCTCTTCAGA 239
|| ||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 203 GCTCCTATCTTTTGGTCTCTCGATTCATCAGAAGGTTCTCGTTAATGGGTTCTCTTCTGA 262
Query 240 TTTC-TACATATCATCTTCATTGGTCAATCTTTATGCGAAATTTGGACTCTTGGCTCATG 298
||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 263 -TTCATACATCTCGTCTTCATTGGTCAATCTTTATGCGAAATTTGGACTCTTGGGTCATG 321
Query 299 CTCGGAAAGTGTTCGAGGAAATGCGTGAGAGAGATGTGGTGCACTGGACTGCGATGATTG 358
|||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 322 CTCGGAAAGTGTTCGACGAAATGCGTGACAGAGATGTGGTACACTGGACTGCGATGATTG 381
Query 359 GGTGTTACTCACGCGCTGGAATTGTTGGAGAAGCTTGTTCGTTGGTGAACGAGATGAGAT 418
||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 382 GGTGTTACTCACGCGCTGGAATTTTTGGAGAAGCGTGCTCGTTGGTGAAAGAGATGAGAT 441
Query 419 TTCAGGGGATCAAACCGGGTCCGGTTACGTTGTTGGAAATGTTGAGTGGGGTTTTAGAGA 478
|||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 442 TTCAGGGGATTAAACCGAGTCCGGTTACGTTTTTGGAAATGTTGAGTGGGATTTCGGAGA 501
Query 479 TTACGCAGTTACAGTGTTTACATGACTTTGCTGTGA-TTTATGGTTTTGATTGTGATATA 537
||| |||||||||||||||||||| |||||| || | ||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 502 TTAAGCAGTTACAGTGTTTACATGCCTTTGC-GTTAGTTTATGGGTTTGAGTGTGATATA 560
Query 538 GCTGTGATGAACTCTATGTTGAATTTGTATTGCAAGTGTGATCATGTTGGAGATGCTAAG 597
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 561 GCTGTGATGAACTCTATGTTGAATTTGTACTGTAAGTGTGATCGTGTTGGAGATGCTAAG 620
Query 598 GATTTATTTGATCAGATGGAGCAACGAGATATGGTTTCATGGAACACAATGATTTCAGGG 657
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 621 GAGTTATTTGATCAGATGGAGCAACGAGATATGGTTTCATGGAACACAATGATTTCAGGG 680
Query 658 TATGCTTCTGTTGGTAATATGTCTGAAATCTTGAAGCTTTTGTACAGAATGAGAGGTGAT 717
| ||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 681 TTTGCTTTTGTTGCTAATATGTCTGAAATATTGAAGCTTTTGTACAGAATGAGAGATGAT 740
Query 718 GGTTTAAGACCTGATCAGCAGACATTTGGAGCATCACTTTCAGTGAGTGGAACAATGTGT 777
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 GGTTTAAGACCTGATCAACAGACATTTGGAGCATCACTTTCAGTGAGTGGAACAATGTGT 800
Query 778 GATCTTGAAATGGGAAGAATGTTGCACTGCCAAATTGTAAAAACTGGTTTTGATGTAGAT 837
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| || | |||
Sbjct 801 GATCTTGAAATGGGAAGAATGTTGCACTGCCAAATTGTTAGAACTGGTTTCGACGGAGAC 860
Query 838 ATGCATCTCAAGA-CGGCATTGATAACAATGTACTTGAAGTGTGGAAAGGAGGAAGCTTC 896
|||||||||| || |||| |||||||| |||||||| || |||||| |||||||||||||
Sbjct 861 ATGCATCTCA-GAACGGCGTTGATAACTATGTACTTAAAATGTGGAGAGGAGGAAGCTTC 919
Query 897 ATATCGGGTACTCGAAACGATTCCCAATAAGGATGTTGTTTGCTGGACAGTCATGATATC 956
|||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 920 ATATCGAGTACTCGAAACCATTCCTGATAAGGATGTTGTTTGCTGGACAGTCATGATATC 979
Query 957 AGGACTTATGCGGTTGGGTAGAGCAGAAAAGGCACTGATTGTTTTCTCGGAAATGTTACA 1016
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 980 AGGACTTATGCGGTTGGGTAGAGCGGAAAAGGCACTGATTATTTTCTCGGAAATGTTACA 1039
Query 1017 ATCAGGATCAGACCTGTCGAGTGAAGCAATAGCTAGTGTTGTAGCATCTTGTGCTCAATT 1076
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1040 TTCAGGATCAGACCTATCGAGTGAAGCAATAGCTAGTGTTGTAGCATCTTGTGCTCAATT 1099
Query 1077 GGGTTCCTTTGATCTTGGCGCTTCAGTCCATGGCTATGTACTGAGGCATGGATATACACT 1136
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1100 GGGTTCCTTTGATCTTGGCGCTTCAGTCCATGGTTATGTACTGAGGCAAGGATATACACT 1159
Query 1137 AGACACTCCTGCGTTGAACTCTTTGATCACAATGTATGCAAAGTGCGGTCATTTGGATAA 1196
|||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1160 AGACACTCCTGCTTTAAACTCTTTTATCACAATGTATGCAAAGTGTGGCCATTTGGATAA 1219
Query 1197 AAGTTTAGTTATCTTTGAACGGATGAATGAAAGAGACTTAGTTTCGTGGAATGCGATTAT 1256
||||||| || | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1220 AAGTTTAATTCTTTTTGATCGGATGAATGAAAGAGACTTAGTTTCGTGGAATGCAATTAT 1279
Query 1257 CTCCGGATATGCCCAGAACGTAGATCTGTGTAAGGCCTTGTTATTGTTTGAAGAAATGAA 1316
|||||| |||||||| ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1280 ATCCGGACATGCCCAGCACGGAGATCTGTGTAAGGCATTGTTGTTGTTTGAAGAAATGAA 1339
Query 1317 GTTCAAAACCGTGCAACAAGTTGATTCATTTACTGTTGTCTCACTTTTACAAGCCTGTTC 1376
|||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1340 GTTCAAAACCGTGCAACAAGTTGATTCATTGACAGTTGTCTCGCTTTTACAAGCCTGTTC 1399
Query 1377 ATCTGCTGGAGCTCTCCCTGTAGGGA-AACTGATCCACTGTATTGTAATCAGAAGCTTTA 1435
|||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1400 ATCTGCTGGAGCTCTCCCAGTAGGGAGAA-TGATCCACTGTATTGTAATCAGAAGCTTCA 1458
Query 1436 TCAGGCCATGTTCCTTGGTTGATACAGCTCTAGTTGATATGTATTCGAAATGTGGCTACT 1495
||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1459 TCAGGCCATGTACCTTGGTTGATACGGCTCTGGTTGATATGTATTCGAAATGTGGCTACT 1518
Query 1496 TAGAAGCTGCACAGAGGTGTTTCGATTCGATCTCGTGGAAAGATGTTGTTTCATGGGGCA 1555
||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1519 TAGAAGCTGCACAGAGGTGTTTCAATTCGATCACATGGAAAGATGTTGTTTCATGGGGAA 1578
Query 1556 TACTCATTGCAGGGTATGGTTTTCATGGTAAAGGGGATATTGCTTTGGAAATTTACTCAG 1615
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1579 CACTCATTGCAGGGTATGGTTTTCATGGTAAAGGGGATATTGCTTTGGAAATTTACTCAG 1638
Query 1616 AGTTTCTTCACTCTGGAATGGAGCCGAACCACGTGATATTTCTTGCAGTTCTCTCATCTT 1675
|||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 1639 AGTTTCTTCACTTTGGAATGAAGCCGAACCACGTGATTTTTCTTGCGGTTCTCTCATCTT 1698
Query 1676 GCAGCCATAATGGAATGGTTCAACAAGGTTTGAAAATATTCAGTTCAATGGTCAGAGATT 1735
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1699 GCAGCCATAATGGAATGGTTCAGCAAGGTTTGAAAATATTCAGTTCAATGGTTAGAGATT 1758
Query 1736 TTGGTGTTGAACCGAATCACGAACACCTTGCTTGTGTGGTTGATCTTCTATGTAGAGCTA 1795
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1759 TTGGTGTTGAACCGAATCACGAACACCTTGCTTGTGTGGTTGATCTTCTATGTAGAGCTA 1818
Query 1796 AAAGAATAGAAGACGCATTCAAGTTCTACAAAGAGAACTTTACCAGACCTTCGATTGATG 1855
| ||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 1819 AGAGAGTAGAAGATGCGTTCAAGTTCTACAAAGAGAACTTTACGAGACCTTCAATTGATG 1878
Query 1856 TCTTGGGTATAATACTCGATGCTTGCCGTGCAAATGGGAAAACAGAGGTCGAAGATATAA 1915
||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1879 TCTTGGGTATAATACTCGATGCTAGCCATGCAAATGGGAAAACAGAGGTCGAAGATATAA 1938
Query 1916 TTTGT-GAGGATATGATCGAGTTGAAGCCAGGGGACGCTGGACATTACGTAAAACTAGGA 1974
||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || | ||| |||
Sbjct 1939 TTTGTCG-GGATATGATCGAGTTGAAGCCAGTGGACGCTGGACATTATGTTAGACTTGGA 1997
Query 1975 CATTCTTTTGCTGCGATGAAGAGATGGGACGATGTGAGTGAATCATGGAATCAGATGAGG 2034
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1998 CATTCTTTTGCTGCGATGAAGAGATGGGACGATGTGAGTGAATCATGGAATCAGATGAGG 2057
Query 2035 TCTCTCGGC-TTGAAAAAGCTCCCGGGATGGAGCAAAATCGAGATGAACGGGAAAACCAC 2093
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2058 TCTCTCGGCCTT-AAAAAGCTCCCGGGATGGAGCAAAATCGAGATAAACGGGAAAACCAC 2116
Query 2094 AACATTTTTCATGAATCATACATCACATTCAGATGATACAGTGTCTCTATTAAAACTTCT 2153
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2117 AACATTTTTCATGAATCATACATCACATTCAGATGAAACAGTGTCTCTGTTAAAACTTCT 2176
Query 2154 TAGCAGGGAAATGATGCAGTTTGGTTCAAATAAT 2187
|||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2177 TAGCAGGGAAATGATGCAGTTTGGTTCAAAGAAT 2210
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 82427290180
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5