BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G04670.1
Length=3251
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg490107 jgi|Araly1|490107|fgenesh2_kg.6__3241__AT4G04670.1 4957 0.0
> Ahg490107 jgi|Araly1|490107|fgenesh2_kg.6__3241__AT4G04670.1
Length=3148
Score = 4957 bits (2684), Expect = 0.0
Identities = 2996/3147 (95%), Gaps = 20/3147 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 31 AACAGAGATGGATTTCGAGAAGAGAAAAGCTGCGACACTTGCTTCAATTCGTTCATCAGT 90
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 19 AACAGAGATGGATTTCGAGAAGAGAAAAGCTGCAACACTAGCTTCAATTCGTTCGTCAGT 78
Query 91 GACTGATAAATCTCCCAAAGGTTTTCTCGACGAACCCATCATCCCTCTCCTCGAAACCAT 150
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 79 GACTGACAAATCTCCCAAAGGTTTTCTCGACGAACCCATCATCCCTCTTCTCGAAACCAT 138
Query 151 CAATCATCACCCATCTTACTTCACTACCAGTTCCTGCTCAGGTCGAATCTCAATCCTTTC 210
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 139 CAATCACCACCCATCTTACTTCACTACCAGTTCCTGCTCAGGTCGAATCTCAATCCTCTC 198
Query 211 TCAACCCAAACCAAAATCGAATGATTCAACTAAGAAGAAAGCTCGTGGCGGTTCATGGCT 270
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 199 TCAACCCAAACCAAAATCGAATGATTCAACGAAGAAGAAAGCTCGTGGCGGTTCATGGCT 258
Query 271 CTATATCACACACGACCCAGCTGATTCGGATTTGGTAATTTCTCTCCTTTTCCCTTCCAA 330
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||
Sbjct 259 CTATATCACACACGACCCAGCTGATTCGGATTTGGTAATTTCTCTGCTTTTTCCTTCGAA 318
Query 331 GTCAAATCAGATTGACCCAATTGACCAACCTAGCGAATTAGTCTTCCGATTCGAGCCGTT 390
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 319 GTCAAATCAGATTGACCCAATTGACCAGCCTAGCGAATTAGTCTTCCGATTCGAGCCGTT 378
Query 391 GATCATTGCTGTCGAATGTAAGGATTTGGGTTCGGCTCAGTTTCTTGTGGCGTTGGCTAT 450
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 379 GATCATTGCTGTCGAATGTAAGGATTTGGGTTCGGCTCAGTTTCTTGTGGCGTTAGCTAT 438
Query 451 ATCAGCTGGGTTTAGAGAGTCTGGTATCACATCTTGTGGTGATGGCAAAAGGGTAATTAT 510
||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 439 CTCAGCTGGGTTTAGAGAATCGGGTATCACATCTTGTGGTGATGGCAAAAGGGTTATTAT 498
Query 511 AGCTATACGATGCTCCATTCGAATGGAGGTTCCTATTGGTGATACAGAGAAGCTTATGGT 570
|||||||||||| || |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 499 AGCTATACGATGTTCGATTCGAATGGAGGTGCCTCTTGGTGATACAGAGAAGCTGATGGT 558
Query 571 GTCACCAGAGTATGTGAAGTTCCTTGTTGATATTGCTAATGAGAAGATGGATGCTAATAG 630
|||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 559 TTCACCAGAGTATGTGAAGTTTCTTGTTGATATTGGAAATGAGAAGATGGATGCTAATAG 618
Query 631 GAAGCGAACCGATGGGTTTAGTGTAGCTTTGGCTAGTAATGGTTTCAAGAATCCAGATGA 690
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 619 GAAGCGAACCGATGGGTTTAGTGTAGCTTTGACTAGTAATGGTTTCAAGAATCCAGATGC 678
Query 691 AAATGATGTTGATGAAGATGATAATTACGAGAATCTAGCTGCAAATCATGACTCAAGTAT 750
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||
Sbjct 679 AAATGATGTTGATGAAGATGATAATTACGAGAATCTAGCTGGAGATCATGATTCAAGTAT 738
Query 751 CAACAACGGAAACTTGTATCCTGGGGTTCAGAAAGAACTTATACCACTCGAGAAATTATC 810
|||||| ||||||||| |||||||| ||||| |||| || ||||| ||| |||||||||
Sbjct 739 CAACAATGGAAACTTGCATCCTGGGCTTCAGCAAGATCTCATACCGCTCTCGAAATTATC 798
Query 811 CATTGTTGGGGAACCTGTTGAGAAGCTTCACCTTTGGGGACACTCAGCTTGTACGATAGA 870
|| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 799 TATAGTCGGGGAACCTGTTGAGAAGCTCCACCTTTGGGGACACTCAGCTTGTACGATAGA 858
Query 871 TGAATCAGACCGGAAAGAGGTTATCGTGTTTGGTGGGTTTGGAGGTTTTGGTAGACATGC 930
| || ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 859 TAAAACAGACCGAAAAGAGGTTATCGTGTTTGGTGGCTTTGGAGGTTTTGGTAGACATGC 918
Query 931 TCGAAGAAACGAGTCTTTGTTGCTCAATCCTTCATGTGGCACCTTAAAGTTGATTGCTGT 990
||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 919 TCGAAGAAATGAGTCTCTGTTGCTCGATCCTTCATGTGGCACCTTAAAGTTGATTGCTGT 978
Query 991 CAATGAATCTCCATCGGCACGACTTGGCCACACAGCTTCAATGGTTGGCGATTTCATGTT 1050
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 979 CAATGAATCTCCATCAGCACGACTTGGCCACACAGCTTCCATGGTTGGTGATTTCATGTT 1038
Query 1051 TGTAATTGGAGGAAGGGCTGATCCCTTGAACATTTTGAATGATGTGTGGAGGCTCGATAT 1110
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1039 TGTGATTGGAGGAAGGGCTGATCCCTTGAACATTTTGAATGATGTGTGGAGGCTCGATAT 1098
Query 1111 ATCCACGGGTGAATGGAGCTCACAGAGGTGTGTTGGAAGTGAATTTCCTCCAAGGCATCG 1170
||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1099 ATCCAAGGGTGAATGGAGCTCACAGAGGTGTATTGGAAGTGAATTTCCTCCAAGGCATCG 1158
Query 1171 ACATGCAGCAGCCAGTGTTGGCACAAAAGTATACATATTCGGTGGGCTTTACAATGATAA 1230
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1159 GCATGCAGCAGCCAGTGTTGGCTCAAAAGTATACATATTCGGTGGGCTTTACAATGATAA 1218
Query 1231 GATAGTTTCCTCTATGCACATTTTGGATACAAAGGACCTTCAGTGGAAAGAAGTTGAGCA 1290
||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1219 GATAGTTTCCTCTTTGCACCTTTTGGATACAAAGGACCTTCAGTGGAAAGAAGTTGAACA 1278
Query 1291 ACAAGGTCAATGGCCCTGTGCGCGCCATTCGCATGCTATGGTTGCATATGGGTCGCAGTC 1350
||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1279 ACAAGGTCAATGGCCCTGTGCGCGCCACTCTCATGCTATGGTTGCATATGGGTCGCAGTT 1338
Query 1351 ATTCATGTTTGGAGGATACAATGGGGAAAATGTACTCAATGATCTATACAGCTTTGATGT 1410
||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1339 ATTCATGTTTGGAGGGTACAGTGGGGAAAATGTACTCAATGATCTATACAGCTTTGATGT 1398
Query 1411 CCAAAGCTGTTCTTGGAAACTTGAAGTGATTTCTGGAAAATGGCCTCATGCCAGGTTTTC 1470
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1399 CCAAAGCTGTTCTTGGAAACTTGAAGTGATTTCTGGAAAATGGCCTCATGCCAGGTTTTC 1458
Query 1471 ACACTCAATGTTTGTTTATAAGCATACCATTGGCATAATTGGAGGTTGTCCTGTCTCACA 1530
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1459 ACACTCAATGTTTGTTTATAAGCATATTATTGGCATAATTGGAGGTTGTCCTGTTTCACA 1518
Query 1531 AAATTGTCAAGAGTTGACTTTGCTAGATCTGAAGCACCGATTGTGGAGGAGTGTGAGATT 1590
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1519 AAATTGTCAAGAGTTGACTTTGCTAGATCTGAAGCACCGATTGTGGAGGAGTGTGAGATT 1578
Query 1591 GGAATTTATGAACAAAGAGTTGTTTGTTAGAAGTACAGCCAGCATTCTTGGTGATGATCT 1650
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1579 GGAATTTATGAACAAAGAGTTGTTTGTTAAAAGTACAGCCAGCGTTCTTGGTGATGATCT 1638
Query 1651 TATCGTCATTGGGGGTGGGGCTGCTTGCTATGCTTTTGGGACAAAGTTTAGTGAACCAGT 1710
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1639 TATCGTCATTGGGGGTGGGGCTGCTTGCTATGCTTTTGGGACAAAGTTTAGTGAACCAGT 1698
Query 1711 GAAAATCAACTTGGTTCAATCTGTGACTATGAGTGAAAATCATCTTCCTCCCCAACCTGA 1770
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||
Sbjct 1699 GAAAATCAACTTGTTTCAATCTGTGACTATGAGTGAAAATAATGTTCCTCTCCAACCTGA 1758
Query 1771 AGATGTTTCTCTAGAATCGAATAAAAACAATGCAGATTTGAAGACTGAGACGTCTCTGTC 1830
|||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||| ||
Sbjct 1759 AGATGTTTCTATAGAATCGAATAAAAACGATGCAGATTTGAAGACTGAAATGTCTCTATC 1818
Query 1831 TCAACCATGGGTGATACAGCTAGAAAGAAAGTATGCAAAGTTCGGCAAGGACATACTTAA 1890
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1819 TCAACCATGGGTGATACAGTTAGAAAGAAAGTATGCAAAGTTTGGCAAGGATATACTTAA 1878
Query 1891 AAGTTTCGGATGGTTAGACCTTGAGAGAAAGGTTTACTCAAACGAAAAAGGTCTTTGTAT 1950
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1879 AAGTTTCGGATGGTTAGACCTTGAGAGGAAGGTTTACTCAAACGAAAAAGGTCTTTGTAT 1938
Query 1951 ATGCTTTCCTGTGACTGAAAACTTTTCTGAACTTTTCCATGAGAAGCAGCTATTGGGCAA 2010
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1939 ATGCTTTCCTGTGACTGAAAAGTTTTCTGAACTTTTCCATGAGAAGCAGCTTTTGGGCAA 1998
Query 2011 GGACTTTGAAAGGTCAGAGGAAAATAATCTA-ACAAAGGGTCTATCGTTAAAAGATATAT 2069
|||||| ||| |||||||||| ||| ||| | |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1999 GGACTTAGAAGGGTCAGAGGATGATAGCCTAGA-AAAGGGTCTATCCTTAAAAGATATAT 2057
Query 2070 CCTGCTCAGCGGCTTTGAATCTATTGAAGGAACATGGTGCCAAAAAACTCATTAATGTAG 2129
|| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2058 CCAGCTCAGCGGCTTTGAATCTTTTGAAGGAACATGGTGCTAAAAAACTCATTAATGTAG 2117
Query 2130 CTTTTGAAGCCAAAAAAGTTGCAAAATCCCCCTTACAGAGAATGAGAGAAGATATCACAT 2189
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2118 CTTTTGAAGCCAAAAAAGTTGCAAAATCCCCCTTACAGAGAATGAGAGAAGATATCACAT 2177
Query 2190 CTATACTTAAACAGAAAGGCCTACCAGAAGAGCTTTTGGATGAGCTCCCACAGAAATGGG 2249
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2178 CTATACTTAAACAGAAAGGCCTACCGGAAGAGCTTTTGGACGAGCTCCCACAGAAATGGG 2237
Query 2250 AACGGCTTGGGGATATTGTTGTGGTTCCTGCAACATCCTTTAAAGATCCAACTTGGAGCT 2309
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2238 AACGGCTTGGGGATATTGTTGTGCTTCCTGCAACATCCTTTAAAGATCCAACTTGGAGCT 2297
Query 2310 CTATCAATGATGAAGTTTGGTGTGCTGTTTCTAAATCGCTTAGTGCCAACCGCCTTGCAC 2369
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2298 CTATCAGTGATGAAGTTTGGTGTGCTGTTTCTAAATCACTTAGTGCCAACCGCCTTGCAC 2357
Query 2370 GCCAAGGACGAGTTGAACCTAATGGTACAAGGGATAGTACATTGGAGATTCTTGTGGGAG 2429
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2358 GCCAGGGACGAGTTGAACCTAATGGTACAAGGGATAGTACATTGGAGATTCTCGTGGGAG 2417
Query 2430 ACAATGGATGGGTTAATCACCGTGAAAATGGGATCTTGTACTCTTTCGATGCTACGAAGT 2489
| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2418 ATAATGGATGGGTTGATCACCGTGAAAATGGGATCTTGTACTCTTTCGATGCTACAAAGT 2477
Query 2490 GTATGTTCTCATGGGGTAATCTCTCAGAAAAGCTTCGTATGGGTAACATGGCCTGTGAAA 2549
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2478 GTATGTTCTCATGGGGTAATCTCTCAGAAAAGCTTCGTATGGGTAACATGGCCTGTGCAA 2537
Query 2550 ATGAAGTTGTCGTGGACCTGTTTGCTGGAATTGGATATTTTGTTCTCCCATTTCTTGTGA 2609
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2538 ATGAAGTTGTGGTGGACCTGTTTGCTGGAATTGGATATTTTGTTCTCCCATTTCTTGTGA 2597
Query 2610 GGGCAAAAGCAAAGCTAGTATATGCTTGTGAGTGGAATCCCCATGCTATTGAAGCTCTTC 2669
|||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2598 GGGCAAAAGCAAGGCTAGTATATGCATGTGAGTGGAATCCCCATGCTATCGAAGCTCTTC 2657
Query 2670 GACGTAATGTTGAAGCAAATTCTGTTTCTGAGCGTTGTATCATTCTTGAAGGGGATAACC 2729
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2658 GACGTAATGTTGAAGCAAATTCTGTTTCTGACCGTTGTATCATTCTTGAAGGGGATAACC 2717
Query 2730 GGATCACCGCACCAAAAGGAGTAGCTGACAGAGTCAATCTTGGTCTCATCCCGAGTAGCG 2789
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2718 GGATCACCGCACCGAAAGGAGTAGCTGACAGAGTCAATCTTGGTCTTATCCCGAGTAGCG 2777
Query 2790 AAGGAAGCTGGGTCACAGCTATTCAGGCATTAAGGCCTGAGGGAGGAATACTCCATGTGC 2849
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2778 AAGGAAGCTGGGTCACAGCTATTCAGGCATTAAGGCCTGAGGGAGGAATACTCCATGTGC 2837
Query 2850 ACGGAAACGTCAAGGACTCAGATGAGAGCAGTTGGGGCGAGCATGTCACCAAAACATTAA 2909
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2838 ACGGAAACGTCAAGGACTCAGATGAGAGCAGTTGGGGCGAGCATGTCACCAAAACATTAA 2897
Query 2910 GTGATATCGCCAGAGCCGAAGGTCGTAGCTGGGAAGTTACAGTGGAACATATAGAGAAGG 2969
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2898 GTGATATCGCCAGAGCCGAAGGTCGTAGCTGGGAAGTTACAGTGGAACATATAGAGAAGG 2957
Query 2970 TGAAATGGTACGCTCCTCGGATTCGCCATCTTGTTGCCGATGTGAGATGCAGATGATGCT 3029
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2958 TGAAATGGTACGCTCCTCGGATTCGCCATCTTGTCGCCGATGTGAGATGCAGATGATG-- 3015
Query 3030 GATTGCTGACAATAACGAGAATGCAGCGGAGAGACTTCCTATAGTATTGTTTAGCTTGTA 3089
| | || ||| |||||| |||||||||| || |||||||||| ||||||
Sbjct 3016 -A---C-GA-------GAG--TGCAGCTCAGAGACTTCCCATTGTATTGTTTAACTTGTA 3061
Query 3090 CGATCTCAATTTCGATACCTGGTTTTTCACTTTTTCA--CTCTTTACCAATCCCAAGTAA 3147
|||||||||||||||| |||||||||||| ||| | |||| ||||| ||||||||||
Sbjct 3062 TGATCTCAATTTCGATAACTGGTTTTTCACCATTTGAGACTCTGTACCATTCCCAAGTAA 3121
Query 3148 TCAGTTCCCCAGTAACAAACCGACAAT 3174
||||||||| |||||||| || |||||
Sbjct 3122 TCAGTTCCCAAGTAACAATCCTACAAT 3148
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 122697615352
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5