BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G04790.1
Length=2625
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg490115 jgi|Araly1|490115|fgenesh2_kg.6__3249__AT4G04790.1 3936 0.0
> Ahg490115 jgi|Araly1|490115|fgenesh2_kg.6__3249__AT4G04790.1
Length=2515
Score = 3936 bits (2131), Expect = 0.0
Identities = 2390/2517 (95%), Gaps = 10/2517 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 26 TCTTCATCTTCTCAATCTCACTTGAAATCCGAACATGGTTGTCTCAAAGGTTAACAAAAG 85
||||| ||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1 TCTTCTTCTTCTCGATATCACTTGAGATTCGAACATGGTTGTCTCAAAGGCTAACAAAAG 60
Query 86 CTTATTAAGTTCAGTCTTCAAATCCCGTATTAGACCCACCGGCGAATCTTCAATTGCTTC 145
||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CTTATTAAGCGCAGTCTTCAAATCCCGTATTAGAAACACCGGCGAATCTTCAATTGCTTC 120
Query 146 CGGCAACAAAGACATCGCCGGAACTTCTCAAGCTGTCAAAGATCTTCTCTCTTCCAAAAA 205
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 121 CGGCAACAAAGACATCGCCGGAACTTCTCAAGCTGTTAAAGATCTTCTCTGTTCCAAATA 180
Query 206 CTCTTCCTCAGATCTTGAGGAAGCATCATTACAAGATCGAGTATCGAAATTGTTACATGT 265
||||| |||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 181 TTCTTCGTCAGATCTTGAGGAAGCACCGTTACAGGATCGAGTATCGAATTTGTTACATGT 240
Query 266 AACAACATCAGATAAAAGCTCTTTGGAGAAGAACTTATTTTTAAAGATACCAAGTTTCAC 325
||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||
Sbjct 241 AACAACATCGGAGAAAAGCTCTTTGGAGAAGAACTTGGTTTTGAAGATACCAAGTTTTAC 300
Query 326 CACTAAGATCCCTTATGATATTTCGTTAAGAACGAAAGAGTTGTCTCGTGAAAGGAAAGA 385
| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 301 CCCTAAGATCCCTTATGATATTTCGTTAAGATCGAAAGAGTTGTCTCCCGAAAGGAAGGA 360
Query 386 GAGACGTGTTTACAAGCAGAAC-GGTCTGTCACGGCGTTTCGCTAAGATATTTAGAGACT 444
|||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 361 GAGACGTGTTTACAAGAAGAACGGGT-TGTCACGGCGTTTCGCAAAGATATTTAGAGACT 419
Query 445 CTGCTCAGAAATTAGGCACTGAGGCTATGTTTGGTGCTTTTGATAGAGTAGCTAAAGAGA 504
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 420 CTGCTCAGAAATTAGGCACTGAGGCTATGTTTGGTGCTTTTGATAGGGTAGCGAAAGAGA 479
Query 505 TGAGTGTGACAGAGTACAATGCAATGATTGGTGTTTACTTAGAGCATGCTGAGAAAAGCA 564
||||||| || || || ||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 480 TGAGTGTAACGGAATATAATGCGATGATTGGAGTTTACTTGGAGCATGCGGAGAAAAGCA 539
Query 565 ATGATCTAGATTATGCTCTTGGCCATATTGAGAAGGCTTTTGAGCTTTTGAAATCTATGA 624
||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 ATGATTTAGATTATGCTCTTGGCCACATTGAGAAGGCTTTTGAGCTTTTGAAATCTATGA 599
Query 625 GAGATCGTGGATTTTTGATTGAAGAAAGAGTTTATGGTCCTCTTCTTGGTTATTTGATTG 684
||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||
Sbjct 600 GAGATCGCGGATTCTTGATTGAAGAAAGAGTTTATGGTCCTATTCTTGGTTATTTAATTG 659
Query 685 GTATGGATATGGTAGATGAGTTTCATAGTTTCAAGGATGTGATTAGGGAGGCTAGTCCCG 744
||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 660 ATATGGATATGGTAGAGGAGTTCCAAAGTTTTAAGGATGTGATTAGGGAGGCCAGTCTTG 719
Query 745 GTTCCGTTGAGAGACTTGGTTACTATGAAATGCTTCTTTGGATCCATCTTGGTGATGGAG 804
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 720 GTTCGGTTGAGAGACTTGGTTACTATGAAATGCTTCTTTGGATCCAACTTGGTGATGGAG 779
Query 805 AGAAGATTGAGGAACTTTGCAG-TACAATTGATGGTGATAA-CGGTGAAAGCTTATCAGT 862
||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||| || |||||||||||| |
Sbjct 780 AGAAGATTGAGGAGCTTTG-TGATACAATTGATGGTGATAATAGG-GAAAGCTTATCAAT 837
Query 863 CTTGCAAGAAAATTATCTGCTTGCACTATGTAAAAAAGACCAAAAGTACCATCTTGAGAG 922
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||
Sbjct 838 CTTACAAGAAAATTATCTGCTTGCACTATGTAAAAAGGACCAAACGTACCATCTTGAGAG 897
Query 923 GCTCTTAGAGATTGTAGACATAACAAAAGTTCGTTCGTCGGACCTATTGG-CAAACATAT 981
|||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 898 GCTCTTAGGGATTGTAGACATAACAAAAGTTCAATCGTCGGACCTA-TGGACAAACATAT 956
Query 982 TTGAATATCTTGGGAGGTTTTCATTGGATTCTGTTGC-GAGTAGATTCCTTTGGGAGCTA 1040
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||| | | || |||||||||||||||
Sbjct 957 TTGAGTACCTTGGGAGGTTTTCATTGGATTCTGTTGCGGGGAAG-TTCCTTTGGGAGCTA 1015
Query 1041 AGAGAAAGTGATGAAGGAGTGAAGAACGTTTCTGATCTCATCTCTATCTATTCTACTTGC 1100
||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1016 AGAGAAAGTGATGGAGGAGTGACGAACGTTTCTGAACTCATCTCTATCTATTCTACTTGC 1075
Query 1101 ACCCCAAATCCAACGGTTGAGGATACAATCTTAAAATTTAACAAGATGCATGAAGAACTT 1160
||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1076 ACCCCAAATCCGACGGTTGAGGATACCATCTTGAAATTTAACAAGATGCATGAAGAACTT 1135
Query 1161 GATGTTATGCCTTCATCTACATCGTACGAAAAGCTTGTTAAGTATAGCTGTGACTCGAAT 1220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1136 GATGTTATGCCTTCATCTACATCGTACGAAAAGCTTGTTAAGTATAGCTGTGACTCGAAT 1195
Query 1221 GAGGTAGTCACTGCTCTTGATGTAGTTGAAAAAATGGGTGAAGCAGGTTTGATGATATCC 1280
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 1196 GAGGTAGTCACTGCTCTTGATATAGTTGAAAAAATGGGTGAAGCAGGTCTGATAATATCC 1255
Query 1281 GCAGATATCCTACATTCATTGTTACATGCCATTGATGAAGTTCTTGAGTTTGATTTGGTG 1340
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 GCAGATATCCTACATTCATTGTTACATGCCATTGATGAAGTTCTTGAGTTTGATTTGGTG 1315
Query 1341 CGAAGAATCCATTCAATTATGTGCACAAAGAGTGTGAAACCTAATACTGAGAACTTCCGG 1400
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1316 CGAAGAATCCATTCAATTATGTGCACAAAAAGTGTGAAACCAAATACTGAGAACTTCCGG 1375
Query 1401 AGCATTATACGTTTGTGCACAAGAATCAAAGATTTTGAAGGTGCATATAATATGCTTGGT 1460
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1376 AGCATTATACGTTTGTGCACAAGAATCAAAGATTTTGAAGGTGCATATACTATGCTTGGT 1435
Query 1461 AATTTAAAGAACTTCAATTTGGAACCAAACTCTAGCATGTTCAATTGTATATTGGCTGGA 1520
|||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1436 AATTTAAAAAACTTCAATTTGGAACCGAACTCTAGCATGTTCAATTGTATATTGGCTGGA 1495
Query 1521 TATTTTAGGGAGAAAAATGTGAGTAGTGCGTTAATGGTCGTCAAGCAAATGAAGGAAGCT 1580
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 TATTTTAGGGAGAAAAATGTGAGTAGGGCGTTAATGGTCGTCAAGCAAATGAAGGAAGCT 1555
Query 1581 GGCGTTAAACCTGATTCCATAACTTTTGGTTATCTAATAAACAACTGTACCCAGGAGGAC 1640
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 1556 GGCGTTAAACCTGATTCCATAACTTTTGGTTATCTAATAAACAACTGTAAACGGGAGGAC 1615
Query 1641 GCTATTACTAAGTACTATGAGGAGATGAAGCAAGCAGGAGTTCAAGCTACTAAGCGAATT 1700
||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 GCTATTACTAAGTACTACGACGAGATGAAGCAAGCAGGAGTTCAAGCTACTAAGCGAATT 1675
Query 1701 TACATGTCCCTGATAGATGCATATGCAGCATCTGGGAAGTTTGAGAAGGCGAAACAGGTG 1760
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 TACATGTCCCTGATAGATGCATATGCAGCATCTGGGAAGTTTGAGAAGGCGAAACAGGTG 1735
Query 1761 CTCGTAGATCCAGATGTTCCGGCTATAAACCAAAATGAACTGAAAAGTGTGCTTATTTCG 1820
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 CTCGTAGATCCAGATGTTCCGGCTATAAACCAAAATGAACTGAAAAGTGTGCTTATTTCG 1795
Query 1821 GCTCTTGCATCACGTGGAAAATGGGCAGATGCCTTACATATATATGAAGAAATGAGGAAA 1880
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1796 GCTCTTGCATCACGTGGAAAATGGGCAGATGCCTTACATATATATGAAGAAATGAGGAAA 1855
Query 1881 GCCGAATGCCACGTAGACCCGAAATCGATTATATCTCTTATAGAATACTCTGATTCAAAG 1940
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1856 GCTGAATGCCACGTAGACCCGAAATCGATTATATCTCTTATAGAATACTCTGATTCAAAT 1915
Query 1941 GGAGAGTTAAGTACGCTAGTTCAACTGGCTGATGACCTACAAGATGATACTAGTTGGATC 2000
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1916 GGAGAGTTAAGTACGCTAGTTCAACTGGCTGATGACCTACAAGATGATACTAGTTGGATA 1975
Query 2001 GACGGTTTCTTCAGAATGATTTTGTTCGCTGTCCGCAATAAAAAGTCAAGCGATATTGTT 2060
|| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||
Sbjct 1976 GATGGTTTCTTCAGAATGATCTTGTTCGCTGTCCGCAATAGAAAGTCTAGCAATATTGTT 2035
Query 2061 GATCTGCTGAAACGGAACAAGGTCCGGTTGTTAAAGAAAGGCATACCTGTGGAAGCTCAT 2120
||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||| |||||
Sbjct 2036 GATTTGCTGAAACAGAACAAGGTCCGGTTGTTAAAGAAAGACTTGCCTGTGGAAACTCAT 2095
Query 2121 TTTGACGAGGTGTTTTGGGCAATCGCAGAGACAGAGCCATCCAAAGTGCATCTAGGAATG 2180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||
Sbjct 2096 TTTGACGAGGTGTTTTGGGCAATCGCAGAGACAGAGCCAACCAAAGTGCAGCTAGGAATG 2155
Query 2181 GATTTGCTAAGATTTATGAAAGATGAGCTCGGGTTTGTTCCTTCAAGAAAATGTCTAGAT 2240
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2156 GATTTGCTAAGATTTATGAAAGATGAGCTTGGGTTTGTTCCTTCAAGAAAATGTCTAGAT 2215
Query 2241 TTTCTCTTACATGCATGTGTTAATGCCAAGGACCTGGAGCACGGTCTATTGGTGTGGAAA 2300
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2216 TTTCTCTTACATGCATGTGTTAATGCCAAGGACCTGGAGCACGGCCTATTGGTGTGGAAA 2275
Query 2301 GAGTACCAATCTGCAGCATTCCCTTGCAACGTCCTGAGCTTTCTGAGGATGTATCAGGTT 2360
|||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2276 GAGTACCAATCTGCAGCACTCCCTTGCAACGTCCTAAGCTTTCTGAGGATGTATCAGGTT 2335
Query 2361 CTACTAGCTGCAGGGGATTCAGAAGGTGCCAAGGCATTGGTGTCAAAAATTCCAAAAGAT 2420
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2336 CTACTAGCTGCAGGGGATTCGGAAGGTGCCAAGGCATTGGTATCAAAAATTCCAAAAGAT 2395
Query 2421 GATAAAGATGTACAACATATCATCGAAGAAAGTCAGTCTGCATTTTCTCAAGCACCCAAC 2480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2396 GATAAAGATGTACAACATATCATCGAAGAAAGTCAGTCTGCATTTTCTCAAGCACCCAAC 2455
Query 2481 AAGAAGAAACCAAAAAAGAAAATGATTGTTTTATCAACAAAGTAGTGATTTTGTACA 2537
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2456 AAGAAGAAACCAAAAAAGAAAACGATTGTTTCATCAAGAAAGTAGTGATTTTGTACA 2512
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 98996546755
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5