BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G04885.1
Length=3102
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg490122 jgi|Araly1|490122|fgenesh2_kg.6__3256__AT4G04885.1 4837 0.0
> Ahg490122 jgi|Araly1|490122|fgenesh2_kg.6__3256__AT4G04885.1
Length=3066
Score = 4837 bits (2619), Expect = 0.0
Identities = 2931/3080 (95%), Gaps = 27/3080 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 36 GAGTTTCCATGGTGGAACAGAAACCCTAGAGCCTTTATGCTGCCACTAATTATCACTCTT 95
||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1 GAGTTTCCATGGTGGAACA-AAACCCT--AGCC-TTATGCTGACACTAATTATCACTCTT 56
Query 96 CACTATTGAATTGGGGATGGACTCAGAGAAAATCCTCAATCCAAGACTTGTTTCGATTAA 155
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||
Sbjct 57 CACTATTGAATTGGTGATGGGCTCAGAGAAAATCCTCAATCCAAGGCTTCTTTCGATCAA 116
Query 156 T---AGCACC---AGCCGCAAAGGTATGTCCGTTGAGTTGCCGCAGAAACCGCCGCCACC 209
| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 117 TAGCAGCACCAGTAGCCGCAAAGGTATGTCCGTTGAGTTGCCGCAGAAACCGCCGCCACC 176
Query 210 GCCGTCGTTGTTAGACCGGTTTAAAGCTTTGCTTAATCAGCGTGAAGATGAGTTCGGTGG 269
|||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 177 GCCGTCGTTGCTAGACCGGTTCAAAGCTTTGCTTAATCAGCGTGAAGATGAGTTCGGTGG 236
Query 270 TGGTGAAGAGGTTTTGCCTCCGAGTATGGATGAGATTGTTCAGCTTTATGAGGTTGTTTT 329
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 237 TAGTGAAGAGATTTTGCCTCCGAGTATGGATGAGATTGTTCAGCTTTATGAGGTTGTTTT 296
Query 330 GGGTGAGCTTACTTTCAATTCTAAGCCTATTATCACTGATCTCACTATTATCGCTGGTGA 389
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 GGGAGAGCTTACTTTCAATTCTAAGCCTATTATCACTGATCTCACTATTATCGCTGGTGA 356
Query 390 ACAACGGGAACATGGTGAAGGAATCGCTAATGCTATTTGCACTCGAATCCTTGAGGCTCC 449
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 357 ACAACGGGAACATGGTGAAGGAATCGCTAATGCTATTTGCACTCGAATTCTTGAGGCTCC 416
Query 450 TGTTGAGCAAAAGTTGCCATCTCTGTATCTTTTAGACAGCATTGTTAAGAACATTGGGCG 509
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 417 AGTTGAGCAAAAGTTGCCTTCTCTGTATCTTTTAGACAGCATCGTTAAGAATATTGGGCG 476
Query 510 GGATTATGGTCGCTATTTCTCATCCCGTCTACCCGAGGTCTTCTGCCTTGCATATAGGCA 569
|||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 477 GGATTATGTTCGTTATTTCTCATCCCGTCTACCCGAGGTCTTCTGCCTAGCATACAGGCA 536
Query 570 AGCACATCCGAGTTTACATCCGTCAATGCGTCACCTGTTTGGGACTTGGTCGAGTGTTTT 629
||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 537 AGCGCATCCGAGTTTACATCCGTCAATGCGCCACTTGTTTGGGACTTGGTCAAGTGTTTT 596
Query 630 TCCACCACCTGTACTACGCAAGATTGATATGCAATTGCAACTTTCATCTGCAGCAAACCA 689
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 597 TCCACCACCTGTACTACGCAAGATTGAGATGCAATTGCAACTTTCATCTGCAGCACACCA 656
Query 690 ATCTTCCGTAGGGGCTTCTGAGCCTAGTCAACCAACGAGAGGTATACATGTTAATCCAAA 749
||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 657 ATCTTCCTTGGGGGCTTCCGAGCCTAGTCAACCAACGAGGGGCATACATGTTAATCCAAA 716
Query 750 ATATCTTCGCAGGCTGGAGCCCTCAGCCGCCGAAAATAATTTGAGAGGAATTAATTCCAG 809
||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 717 ATACCTTCGCAGGCTGGAGCCTTCAGCCGCCGAAAATAATCTAAGAGGAATTAATTCCAG 776
Query 810 TGCAAGAGTTTATGGCCAAAATTCACTCGGTGGGTATAATGATTTCGAAGATCAG-TTAG 868
||||||||| ||||||||||||| | |||||||||| ||||||| ||||||| | ||||
Sbjct 777 TGCAAGAGTGTATGGCCAAAATT--C-CGGTGGGTATGATGATTTTGAAGATC-GTTTAG 832
Query 869 AGAGCCCATCTTCACTGTCTAGTACACCAGATGGTTTTACCAGGAGGTCTAATGATGGAG 928
|||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||| ||||||||| |||||||||||
Sbjct 833 AGAGCCCATCTTCACTATCTAGTACAGCAGAGGGTTTTCCCAGGAGGTTTAATGATGGAG 892
Query 929 CTAATCCTTCTAATCAAGCTTTTAACTATGGAATGGGTCGAGCTACTAGCAGAGATGATG 988
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 893 TTAATCCTTCTAATCAAGCCTTTAACTATGGAATGGGTCGAGCTACTAGCAGAGATGATG 952
Query 989 AACATATGGAATGGCGAAGAAAGGAAAACTTAGGCCAAGGAAATGATCACGAAAGACCTA 1048
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 953 AACATATGGAATGGCGAAGAAAGGAAAACTTAGGCCAAGGAAATGATCACGATAGACCCA 1012
Query 1049 GAGCGTTGATAGATGCATATGGAGTTGACACCAGCAAACACGTAACGATCAATAAACCAA 1108
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1013 GAGCGTTGATAGATGCATATGGAGTTGACACCAGCAAACACGTAACAATCAATAAACCAA 1072
Query 1109 TTCGCGATATGAATGGCATGCACAGTAAGATGGTTACACCATGGCAGAACACTGAGGAAG 1168
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1073 TTCGCGATATGAATGGCATACACAGTAAGATGGTTACACCGTGGCAGAACACTGAGGAAG 1132
Query 1169 AAGAGTTTGATTGGGAAGATATGAGCCCTACCCTAGATCGTAGCAGAGCTGGTGAATTTT 1228
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1133 AAGAGTTTGATTGGGAAGATATGAGCCCTACCCTAGATCGTAGCAGAGCTGGTGAATTTT 1192
Query 1229 TGCGATCATCTGTACCAGCATTAGGAAGTGTAAGGGCAAGACCCAGAGTAGGAAACACAA 1288
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1193 TGCGATCATCTGTCCCAGCATTAGGAAGTGTAAGGGCAAGACCCAGAGTAGGAAACACAA 1252
Query 1289 GTGATTTTCATTTAGATTCTGACATTAAGAATGGTGTAAGTCATCAGCTACGAGAAAATT 1348
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1253 GTGATTTTCATTTAGATTCTGACATTAAGAATGGTGTAAGTCATCAGCTACGAGAAAGTT 1312
Query 1349 GGAGTTTGTCACAAAATTATCCACATACATCCAACCGTGTTGATACAAGAGCAGGAAAAG 1408
||| |||||||||||||| ||||||| |||||| || ||| |||| ||||||||||| |
Sbjct 1313 GGAATTTGTCACAAAATTTTCCACATTCATCCAGCCACGTTAATACCAGAGCAGGAAAGG 1372
Query 1409 ACTTGAAAGTATTGGCTTCATCTGTAGGGTTAGTTTCATCAAACAGTGAATTCGGGGCTC 1468
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1373 ACTTGAAAGTATTGGCTTCATCTGTAGGACTAGTTTCATCAAACAGTGATTTCGGGGCTC 1432
Query 1469 CTCCATTTGATAGCATTCAAGATGTTAACTCACGTTTTGGCCGGGCTCTTCCTGATGGGA 1528
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 1433 CTCCATTTGATAGCATTCAAGATGTTAACTCACGTTTTGGTCGGGCTCTTCCTGATGGAA 1492
Query 1529 CATGGCCCCATTTGAGTGCTAGAGGACCCAACTCTCTCCCTGTACCTTCTGCTCATTTGC 1588
||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1493 CATGGTCCCATTTGAATGTTAGAGGACCCAACTCTCTCCCTGTACCTTCTGCTCACTTGC 1552
Query 1589 ATCATTTGGCAAATCCCGGTAATGCGATGTCAAATCGCTTGCAAGGTAAGCCTTTATATA 1648
|||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 1553 ATCATTTGGCAAATCCTGGTAATGCGATATCAAATCGCTTGCATGGTAAGCCGTTATATA 1612
Query 1649 GGCCCGAAAACCAGGTCTCTCAGAGTCATCTTAATGATATGACTCAACAGAATCAGATGC 1708
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1613 GGCCCGAAAACCAGGTCTCTCAGAGTCATCATAATGATATGACTCAACAGAATCAGATGC 1672
Query 1709 TAGTTAATTATTTGCCATCCTCATCTGCTATGGCTCCAAGGCCAATGCAATCGTTGTTAA 1768
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1673 TAGTTAATTATTTGCCATCTTCATCTGCTATGGCTCCAAGGCCAATGCAATCGCTGTTAA 1732
Query 1769 CCCACGTAAGTCATGGGTACCCTCCACATGGGTCAACCATTAGACCATCTTTATCAATCC 1828
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1733 ACCATGTAAGTCATGGGTACCCTCCACATGGGTCAACCATTAGACCATCTTTATCAATCC 1792
Query 1829 AAGGTGGGGAAGCCATGCATCCTCTTTCTTCAGGAGTTTTATCTCAGATAGGAGCCTCTA 1888
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1793 AAGGTGGGGAAGCCATGCATCCTCTTTCTTCAGGGGTTTTATCTCAGATAGGATCCTCTA 1852
Query 1889 ATCAACCACCAGGTGGCGCATTCTCTGGTCTGATTGGCTCTCTCATGGCTCAAGGTTTGA 1948
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1853 ATCAACCACCGGGTGGCGCATTCTCTGGTCTGATTGGCTCTCTCATGGCTCAAGGTTTGA 1912
Query 1949 TCTCATTGAACAATCAGCCTGCTGGTCAGGGACCATTGGGGTTGGAGTTTGATGCAGACA 2008
|||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1913 TCTCGTTGAACAATCAGCCTGCTGGCCAGGGACCATTGGGGTTGGAGTTTGATGCGGACA 1972
Query 2009 TGCTCAAGATACGTAATGAGTCTGCAATCAGTGCTTTATATGGGGATCTCCCGAGGCAAT 2068
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1973 TGCTCAAGATACGTAATGAGTCTGCAATCAGTGCTCTATATGGGGATCTCCCGAGGCAAT 2032
Query 2069 GCACAACCTGTGGTCTACGCTTCAAGTGCCAAGAAGAGCACAGTAAGCACATGGATTGGC 2128
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2033 GCACAACATGTGGTCTACGCTTCAAGTGCCAAGAAGAGCACAGTAAGCACATGGATTGGC 2092
Query 2129 ATGTAACCAAGAACAGGATGTCCAAGAACCATAAGCAGAACCCTTCTCGGAAATGGTTTG 2188
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2093 ATGTAACCAAGAACAGGATGTCCAAGAACCATAAGCAGAACCCTTCTCGGAAATGGTTTG 2152
Query 2189 TAAGTGCTAGCATGTGGCTCAGTGGTGCAGAAGCACTTGGAGCTGAAGCAGTACCAGGGT 2248
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2153 TAAGTGCTAGCATGTGGCTTAGTGGTGCAGAAGCACTTGGAGCTGAAGCAGTTCCAGGGT 2212
Query 2249 TCTTGCCCACGGAGCCAACAACAGAAAAGAAGGATGACGAAGATATGGCAGTTCCTGCAG 2308
|||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2213 TCTTACCCGCAGAGCCAACAACAGAAAAGAAGGATGACGAAGAGATGGCAGTTCCTGCAG 2272
Query 2309 ATGAAGACCAAACTTCATGTGCATTATGTGGTGAGCCATTTGAAGACTTTTATAGTGATG 2368
||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2273 ATGAAGACCAAACTTCATGCGCGTTATGTGGTGAGCCATTTGAAGACTTTTATAGTGATG 2332
Query 2369 AAACCGAGGAATGGATGTACAAAGGTGCGGTATACATGAATGCTCCTGAAGAATCAACAA 2428
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2333 AAACCGAGGAATGGATGTACAAAGGTGCGGTGTACATGAATGCTCCTGACGAATCAACAA 2392
Query 2429 CAGATATGGACAAGTCTCAGTTAGGTCCTATAGTGCATGCAAAGTGCAGGCCAGAGTCCA 2488
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2393 CAGATATGGACAAGTCTCAGTTAGGTCCTATAGTGCATGCAAAGTGCAGGCCAGAGTCCA 2452
Query 2489 ATGGGGGTGATATGGAAGAGGGTAGTCAGAGGAAAAAGATGCGGAGTTAGATCCCTTAGA 2548
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2453 ATGGGGGTGATATGGAAGAGGGTAGTCAGAGAAAAAAGATGCGGAGTTAGATCCCTTAGA 2512
Query 2549 CCGAATTTTAGGTCTTTTTCTTGACTACATTTAAGTTACATTCTTATTTCTTCATCATCT 2608
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2513 CCGAATTTTAGGTCTTTTTCTTGACTACATTTAAGTTACATTCTTATTTCTTCATCATCT 2572
Query 2609 ATATGCACTTAGTCACAGAATACCACCAATGAAGAGAAATGATGGAGAGAGTCTTCTTTC 2668
||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2573 ATATGCACTTAGTCACAAAATACCATTGATGGAGAGAAATGATGGAGAGAGTCTTCTTTC 2632
Query 2669 TCCTAAAACTGTACCATTGaaaaaaa-GAG-G-TTTACACCCACATATATTATCATTCTT 2725
|||| ||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2633 TCCTT----TGTACCATTGAAAAAAAAGAGAGGTTTACACCCACATATCTTATCATTCTT 2688
Query 2726 TATGCCTCTAAATTCCTGTTGTGCCTTAGGACATGGATATCGTGTAACTGTTCTGCATTC 2785
|||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2689 TATGCCTCTAAAATCCGGTTGTGCCTTAGGACATGGATAACGTGTAACTGTTCTGCATTC 2748
Query 2786 TCTGCTACACCTAACCTGGGGTGCTTGTAGTAGTAAAATCAGATGTC-GCAAC-AGTAGT 2843
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | || |||
Sbjct 2749 TCTGCTACACCTAACCTGGGGTGCTTGTAGTAGTAAAATCAGATGTCAG-ATGTAGCAGT 2807
Query 2844 TTCCCCATGTAAATGGAATACAATGTCTCTGTTTCGGATTGTCTTTTTCTTTTTCATCTT 2903
||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2808 TTCCCCATGTATATGGAATACAATGTGTCTGTTTCGGATTGTCTTTTTCTTTTTCATCTT 2867
Query 2904 TAGATATTGCAGGGAAAGCCCGAGAAGACTGATATTCGAATGTGAACAGATTTCTTATGA 2963
|||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2868 TAGATATTGCAGGGAAAGCCCGGGGAGACTGATATGCGAGTGTGAACAGATTTCTTATGA 2927
Query 2964 TGAATGGATCTCATAGATGCTGTTGCTAAGAGAACCAGTTT-CAGGTTTCTTCTTTAGAG 3022
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 2928 TGAATGGATCTCATAGATGCTGTTGCTAAGAGAACCAGTTTTCAGGTTT-TTCTTTAGAG 2986
Query 3023 CTTTCCCTGTCTGAGTTTTACCTTTCTATGTTAGGCTGTTAGCTAAAAATGTTAGTTAAC 3082
|||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2987 CTTTCCCTGTTTGAGTTTTACTTTTTTATGTTAGGCTGTTAGCTAAGAATGTTAGTTAAC 3046
Query 3083 ATAACTCTCTTTAAGCGTAT 3102
|||||||| |||||||||||
Sbjct 3047 ATAACTCTTTTTAAGCGTAT 3066
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 117165593620
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5