BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G04940.1
Length=3058
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg490127 jgi|Araly1|490127|fgenesh2_kg.6__3261__AT4G04940.1 4671 0.0
> Ahg490127 jgi|Araly1|490127|fgenesh2_kg.6__3261__AT4G04940.1
Length=2923
Score = 4671 bits (2529), Expect = 0.0
Identities = 2769/2884 (96%), Gaps = 20/2884 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 111 GAAACCCTAATTTCTTGTTCGAACTCGAAAGATGGGAATTTTCGAACCGTTTAGAGCAAT 170
||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 50 GAAACCCTAATTTCTTG-T-----TCG-AAGATGGGAATTTTCGAACCGTTTAGAGCAAT 102
Query 171 AGGTTACATAACGAGTACGGTTCCGTTCTCCGTCCAGCGATTGGGTACCGAGACTTTCGT 230
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||
Sbjct 103 AGGTTACATCACGAGTACGGTTCCGTTCTCCGTCCAGCGATTAGGAACCGAGACCTTCGT 162
Query 231 CACCGTCAGCGTCGGCAAAGCTTTCCAGATTTATAATTGTGCCAAGCTCAATCTAGTCAT 290
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 163 CACCGTCAGCGTCGGCAAAGCTTTTCAGATTTATAATTGTGCCAAGCTCAATCTAGTCAT 222
Query 291 AATCAGTCCTCAGCTTCCAAAGAAAATTAGAGCTTTAGCTTCTTACCGAGACTACACATT 350
|||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 223 AATCAGTCCTCAACTCCCAAAGAAAATCAGAGCTTTAGCTTCTTACCGCGACTACACATT 282
Query 351 TGTTGCGTTTGGCAATGAAATCGCTGTCTTTAGGCGTGCTCATCAGGTAGCAACTTGGAG 410
|| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 283 TGCTGCTTTTGGCAATGAAATCGCTGTCTTTAAGCGTGCTCATCAGGTAGCAACTTGGAG 342
Query 411 CAAACATGTTGCTAAAGTTGATCTTCTACTGGTGTTTGGAGAACATGTGCTTAGTCTTGA 470
||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 343 CAAACATGTTGCTAAAGTTGACCTGCTACTGTTGTTTGGAGAACATGTGCTAAGTCTTGA 402
Query 471 CGTGGAAGGAAATATGTTCATATGGGCATTCAAAGGAATCGAAGAACATCTAGCTCCAAT 530
||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 403 CGTTGAGGGAAATATGTTCATATGGGCTTTCAAAGGAATCGAAGAACATCTAGCTCCAAT 462
Query 531 TGGAAATCTTCAGCTTACTGGAAAGTTTACCCCTACCTCTATTGTTCACCCAGATACCTA 590
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 463 TGGAAATCTTCAGCTTACTGGAAAGTTTACCCCTAGCTCTATTGTTCACCCAGATACTTA 522
Query 591 TCTCAACAAGGTTCTTGTAGGGAGCCAAGAGGGTCCGCTGCAGCTATGGAATATTAATAC 650
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 523 TCTCAACAAGGTTCTTGTAGGGAGCCAAGAGGGTCCGCTTCAGCTATGGAACATTAATAC 582
Query 651 TAAGAAGATGCTCTATCAGTTTAAGGGTTGGGGTTCATCTGTCACCAGTTGTGTTTCATC 710
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||
Sbjct 583 AAAGAAGATGATCTATGAGTTTAAGGGTTGGGGTTCCTCTGTCTCCAGTTGTGTTTCATC 642
Query 711 CCCTGCCCTGGATGTTGTTGCAATTGGTTGTGCTGATGGAAAGATCCATGTACATAACAT 770
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 643 CCCTGCTCTGGATGTTGTTGCCATTGGTTGTGCTGATGGAAAGATCCATGTGCATAACAT 702
Query 771 AAAATTGGACGAAGAGATCGTAACATTTGAACATGCCTCGCGAGGTGCTGTTACTGCTTT 830
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 703 AAAATTGGACAAAGAGATCGTAACATTTGAACATGCCTCGCGAGGTGCTGTTACTGCTTT 762
Query 831 GTCTTTCAGTACAGATGGACGTCCCCTTCTTGCGTCTGGAGGTTCCTTTGGTGTCATAAG 890
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 763 GTCTTTCAGTACAGATGGACGTCCCCTTCTTGCGTCTGGAGGTTCCTTTGGTGTCATAAG 822
Query 891 CATCTGGAATCTTAACaaaaaaaGGCTTCAGTCAGTCATTAGGGATGCACATGACAGTTC 950
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 823 CATCTGGAATCTTAATAAAAAAAGGCTTCAGTCAGTCATTAGGGATGCACATGACAGTTC 882
Query 951 TATAATCTCATTGAACTTTTTAGCCAATGAGCCGGTGCTAATGAGTGCATCAGCAGATAA 1010
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 883 TATAATCTCATTGAACTTTTTAGCAAATGAGCCGGTGCTAATGAGTGCATCAGCAGATAA 942
Query 1011 CTCACTTAAAATGTGGATTTTTGACACAAATGATGGTGATCCTCGCCTATTACGCTTCCG 1070
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 943 CTCACTCAAAATGTGGATTTTTGACACAAATGATGGTGATCCTCGCCTATTACGCTTCCG 1002
Query 1071 ATCTGGGCATAGTGCTCCTCCTCTATGTATCAGGTTCTACTCTAATGGACGGCACATTTT 1130
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1003 ATCTGGGCATAGTGCTCCTCCTCTGTGTATCAGGTTCTACTCTAATGGACGGCACATTTT 1062
Query 1131 GTCTGCTGGCCAGGATCGTGCCTTCCGCCTGTTCTCTGTCATCCAGGAGCAACAAAGTAG 1190
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1063 GTCTGCTGGCCAGGATCGTGCCTTCCGCCTGTTCTCTGTCATCCAGGAGCAACAAAGTAG 1122
Query 1191 AGAGCTTTCTCAAAGACACATTTCTAGGCGAGCCAAAAAACTCCGACTGAAGGAGGAAGA 1250
||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1123 AGAGCTTTCTCAAAGACACATATCCAGGCGAGCCAAGAAACTCCGACTGAAGGACGAAGA 1182
Query 1251 GTTGAAATTGAAGCCTGTTGTTTCATTTGATTGCGCTGAAATTAGGGAGCGTGATTGGTG 1310
| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1183 GCTAAAATTGAAGCCTGTGGTTTCATTTGATTGCGCTGAAATTAGGGAGCGTGATTGGTG 1242
Query 1311 CAATGTTGTTACTTGCCATATGGATACAGCAGAAGCATATGTATGGAGACTTCAGAACTT 1370
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1243 CAATGTTGTTACTTGCCATATGGATACAGCAGAAGCATATGTATGGAGACTTCAGAACTT 1302
Query 1371 TGTACTTGGAGAGCATATCCTCAAACCATGCCCTGAGAATCCAACACCAATTAAGGCATG 1430
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1303 TGTACTTGGAGAGCATATCCTCAAACCATGCCCTGAGAATCCAACACCAATTAAGGCATG 1362
Query 1431 TGCAATCAGTGCCTGTGGAAACTTTGCAGTAGTCGGAACAGCTGGTGGATGGATTGAGAG 1490
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1363 TGCAATCAGTGCCTGTGGAAACTTTGCAGTAGTCGGAACAGCTGGTGGATGGATTGAGAG 1422
Query 1491 ATTCAACCTCCAATCTGGAATCAGCCGGGGTAGTTACTTCGATATGTCAGAGAAAAGAAG 1550
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1423 ATTTAACCTCCAATCTGGAATCAGCCGGGGTAGTTACTTCGATATGTCAGAAAAAAGAAG 1482
Query 1551 GTACGCCCATGATGGAGAAGTTATTGGAGTTGCTTGCGACTCCACAAACACACTCATGAT 1610
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1483 GTACGCCCATGACGGGGAAGTTATTGGAGTTGCTTGCGACTCCACAAACACACTCATGAT 1542
Query 1611 TAGTGCAGGATATCATGGGGACTTAAAGGTTTGGGATTTCAAAAAGCGGGAATTAAAGTC 1670
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1543 CAGTGCAGGATATCATGGGGACATAAAGGTTTGGGATTTCAAAAAGCGGGAATTAAAGTC 1602
Query 1671 CCAGTGGGATGTCGGATGTTCGTTGGTTAAAATTGTCTACCACCGTGTAAATGGTCTTTT 1730
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1603 CCAGTGGGATGTCGGATGTTCATTGGTTAAAATTGTCTACCACCGTGTAAATGGTCTTTT 1662
Query 1731 GGCTACAGTGGCGGATGATTTTGTTATCCGTTTATATGATGTTGTGACACTAAAGATGGT 1790
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1663 GGCTACGGTGGCGGATGATTTTGTTATCCGTTTATATGATGTTGTGGCACTAAAGGTGGT 1722
Query 1791 TCGTGAATTTAGAGGTCATACAGACCGTATAACGGATTTGTGCTTTAGTGAGGATGGCAA 1850
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1723 TCGTGAATTTAGAGGTCATACAGACCGTGTAACGGATTTGTGCTTTAGTGAGGATGGCAA 1782
Query 1851 ATGGGTCATCTCATCTAGCATGGATGGAAGTCTTAGAATATGGGATGTCATATTGGCTAA 1910
||| || |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1783 GTGGCTCCTCTCGTGTAGCATGGATGGAAGTCTTAGAATATGGGATGTCATATTGGCAAA 1842
Query 1911 GCAGATTGATGGTGTGCATGTCGATGTGCCAATAACAGCATTGTCTTTATCACCAAATAT 1970
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1843 GCAGATTGATGGAGTGCATGTCGATGTGCCAATAACAGCATTGTCTTTATCACCAAATAT 1902
Query 1971 GGACGTTTTGGCAACTGCCCACTCTGATCAGAACGGGGTCTACTTGTGGGTTAACCAATC 2030
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1903 GGACGTTTTGGCAACTGCCCACTCTGATCAGAACGGGGTCTACTTGTGGGTTAACCAATC 1962
Query 2031 CATGTTCTCTGGGCTTCCAAGTGTTGAATCTTATGCTAGTGGGAAAGATGTCGTAAATGT 2090
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1963 CATGTTCTCTGGGCTTCCAAGTGTTGAATCTTATGCTAGTGGGAAAGATGTCGTAAATGT 2022
Query 2091 CAAGTTGCCTTCAGTCTCTGCATTGACATCTTCTGAAGCTGATGATGAT-AT--GGACAG 2147
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||
Sbjct 2023 TAAATTGCCTTCAGTCTCTGCATTGACATCTTCTGAAGCTGATGATGATGATATGGAGAG 2082
Query 2148 GCAAGTGTTAGAAAATTCTGAAGCTCTACAAGCTAGCAGTTTCTCAATTTCCCAAAAGCA 2207
|||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2083 GCAAGTTTTAGAAAATTCTGGAGCTCTACAAGCTAGCAGTTTCTCAATTTCCCATAAGCA 2142
Query 2208 GATCCCAGAACTTGTTACTCTGTCTCTATTGCCAAAAAGCCAATGGCAGAGTTTGATCAA 2267
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2143 GATCCCAGAACTTGTTACTCTGTCTCTATTGCCAAAAAGCCAATGGCAGAGTTTGATCAA 2202
Query 2268 CTTGGATATTATTAAGGCCCGCAATAAACCAATAGAGCCTCCAAAGAAACCTGAAAAGGC 2327
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2203 CTTGGATATTATAAAGGCCCGCAACAAACCAATAGAGCCTCCAAAAAAACCTGAAAAGGC 2262
Query 2328 TCCTTTTTTCTTGCCCTCAATTCCCTCGCTGTCTGGAGATATATTATTCAAGGCAAATGA 2387
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2263 TCCTTTTTTCTTGCCCTCAATTCCCTCGCTTTCTGGAGATATATTATTCAAGTCAAATGA 2322
Query 2388 CTCTGAGGCTGATGGGGAGAATGAGGAAAATAATAAAAAGGACCAGAATAGCATGAAGAA 2447
||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2323 CTCGGAAGCTGATGGGGAGAATGAGGAAAAGAATAAAAAGGACCAGAATAGCATGAAGAA 2382
Query 2448 CTTTGATGCATTGGAATCTCCATTCTCAAAAC-ATCTCAAGTCTTCATGGGATTCAAAAC 2506
||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2383 CTTTGATGCATTGGAATCTCCATTCTCGAAACTA-CTCAAGTCCTCATGGGATTCAAAAC 2441
Query 2507 ACTTTTTAGATTTTACCAACTACATGAAGAGTTTATCCCCGTCAGCTCTCGACATGGAGC 2566
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2442 ACTTTTTAGATTTTACCAACTACATAAAGAGTTTATCCCCGTCAGCTCTCGATATGGAGC 2501
Query 2567 TTCGGATGCTTGAAATCATAGATGAAGATGTTGAAGAAGAGCTTATCAAAAGACCTGAGT 2626
| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2502 TACGGATGCTTGAAATTATAGATGAAGATATTGAAGAAGAGCTTATCAAAAGACCTGAGT 2561
Query 2627 TTATATTGATTGGGCAACTTCTGGATTACTTCATCAACGAGGTCTCTTGCAAAAACGACT 2686
|||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2562 TTATATCAATCGGGCAACTTCTGGATTACTTCATCAATGAGGTCTCTTGCAAAAACGACT 2621
Query 2687 TTGAGTTTATGCAGGCGGTTGTGAAACTATTTCTGAAGATCCACGGTGAGACCATAAGGT 2746
|||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2622 TTGAGTTTATGCAGGCGGTTGTGAGATTATTTCTGAAGATCCACGGTGAGACCATAAGGT 2681
Query 2747 GCCACCCGAGTTTACAAGAGAAGGCGAAGAAGCTTTTAGAAACTCAGAGTTTGGTGTGGC 2806
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2682 GCCACCCGAGTTTACAAGAGAAGGCGAAGAAGCTTTTAGAAACTCAGAGTTTGGTTTGGC 2741
Query 2807 AGAAAATGGAGAAGCTTTTCCAGAGCACAAGATGCATAGTTACCTTCCTTAGCAATTCAC 2866
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2742 AGAAAATGGAGAAGCTTTTCCAGAGCACAAGATGCATAGTTACCTTCCTTAGCAATTCAC 2801
Query 2867 AGTTTTGAAGAAGCTTACTAACT--TATTGCTCTGTTTTTG-ATGTTGCTCTGTTTTTTC 2923
||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 2802 AGTTTTGAAGAAGCTTATTAACAAATATTGCTCTGTTTTTTTATGTTGCTCTGTTTTT-C 2860
Query 2924 ACAAAAATAGCAATTTTGAAGAAGCTTAATATA-T-T-GCCCTGTCTTTTAGCATTAACA 2980
|||||| ||||| |||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||| | |
Sbjct 2861 ACAAAA-TAGCAGTTTTGAAGAAGCTTAATATAATGTTGCCCTGTCTTTTAGCATTGAGA 2919
Query 2981 TGTA 2984
||||
Sbjct 2920 TGTA 2923
Score = 91.6 bits (49), Expect = 3e-17
Identities = 49/49 (100%), Gaps = 0/49 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 20 ATCTCCTCCATCGCTCCTGCGCCGCGTTTTCTCTCTCAAGCTCTTAAAA 68
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATCTCCTCCATCGCTCCTGCGCCGCGTTTTCTCTCTCAAGCTCTTAAAA 49
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 115489622840
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5