BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G04955.1
Length=1809
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg490140 jgi|Araly1|490140|fgenesh2_kg.6__3274__AT4G04955.1 2543 0.0
> Ahg490140 jgi|Araly1|490140|fgenesh2_kg.6__3274__AT4G04955.1
Length=1620
Score = 2543 bits (1377), Expect = 0.0
Identities = 1544/1625 (95%), Gaps = 9/1625 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 16 AGAGATATGGAGAGAACTTTGCTTCAATGGAGACTATTGCCTCTTCTCGCACTCATCGTT 75
||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 1 AGAGAGATGGAGAGGACTTTGCTTCAATGGAGATTATTGCCTCTTCTCGCTCTCATCGCT 60
Query 76 GCTCTTTTCTCCTTCTTCTTCGCTTCTCCTCGCTCTTTACAGGGGAATAATAAGTGTAGT 135
|||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 61 GCTCTTTTCTCCATATTCTTCGCTTCTCCTCGCTCTTTACAGGGGAATAATAGGTGTAGT 120
Query 136 CTTCTTCCTCATGATCATTACTGGATCTCAAGTAAACGCATCGTCACACCTAATGGTCTC 195
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 121 CTTCTTCCTCATGATCATTACTGGATCTCAAGTAAACGCATCGTCACACCTGATGGTCTC 180
Query 196 ATCTCTGGTTCTGTGGAGGTGAAGGGAGGAATTATTGTGTCGGTGGTGAAGGAAGTTGAT 255
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 ATCTCTGGTTCTGTGGAGGTGAAGGGAGGAATTATTGTGTCGGTGGTGAAGGAAGTTGAT 240
Query 256 TGGCATAAGAGTCAAAGGAGTCGAGTGAAAGTGATTGATTATGGAGAAGCTGTCCTCATG 315
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||
Sbjct 241 TGGCATAAGAGCCAAAGGAGTCGAGTGAAAGTGATTGACTATGGAGAAGCTGTCATCATG 300
Query 316 CCTGGTCTCATTGATGTGCATGTTCATCTTGATGATCCTGGAAGAAGTGAATGGGAAGG- 374
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CCTGGTCTCATTGATGTGCATGTTCATCTTGATGATCCTGGAAGAAGTGAATGGGAAGGG 360
Query 375 TTTTCCTTCTGGAACTAAGGCTGCTGCTGCTGGGGGAATAACTACATTGGTTGACATGCC 434
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 361 TTTTC-TTCTGGAACTAAGGCTGCTGCTGCTGGGGGAATAACCACATTGGTTGACATGCC 419
Query 435 CTTAAACAGTTTCCCTTCAACTGTATCTCCTGAAACTTTGAAACTCAAGATTGAAGCTGC 494
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 CTTAAACAGTTTCCCTTCAACTGTATTTCCTGAAACTTTGAAACTCAAGATTGAAGCTGC 479
Query 495 GAAAAACAGAATACATGTTGATGTTGGGTTCTGGGGAGGTCTGGTACCTGACAATGCACT 554
| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 480 GGAAAACAGAATACATGTTGATGTTGGTTTTTGGGGAGGTCTGGTGCCTGATAATGCACT 539
Query 555 CAACTCAAGTGCTCTTGAGTCTCTCTTAGATGCTGGAGTTCTTGGTCTCAAGTCCTTTAT 614
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 CAACTCAAGTGCTCTTGAGTCTCTCTTAGATGCTGGAGTTCTTGGTCTCAAGTCCTTTAT 599
Query 615 GTGCCCTTCAGGAATCAACGATTTTCCAATGACAAACATCACTCATATAAAGGAAGGACT 674
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 600 GTGTCCTTCAGGAATCAACGATTTTCCAATGACAAACATAACTCATATAAAGGAAGGACT 659
Query 675 ATCTGTATTAGCTAAATACAAACGACCATTGCTTGTACACGCAGAGATCGAGAGAGACTT 734
|||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| | || | ||||||
Sbjct 660 ATCTGTATTAGCTAAATATAGACGACCATTGCTTGTACACGCAGAGGTTGAAAAAGACTT 719
Query 735 AGAGATTGAAGATGGTAGTGAAAATGATCCTCGTTCTTATCTGACTTATTTAAAAACCAG 794
||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 720 AGAGATTGAAGATGGCAATGACAATGATCCTCGTTCTTATCTTACTTATTTAAAAACCAG 779
Query 795 GCCTACTTCATGGGAGGAGGGAGCAATCAGAAACCTATTATCGGTTACTGAAAACACAAG 854
|| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 ACCAACTTCATGGGAGGAGGGAGCAATCCGAAACTTATTATCGGTTACTGAAAACACAAG 839
Query 855 AATTGGTGGTTCTGCAGAAGGAGCTCATCTTCATATTGTACATTTATCTGATGCCAGTTC 914
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 GATTGGTGGTTCTGCAGAAGGAGCTCATGTTCATATTGTACATTTATCTGATGCCAGTTC 899
Query 915 TTCCTTGGATTTGATAAAGGAAGCAAAAGGCAAAGGAGACAGTGTTACTGTTGAAACATG 974
|||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 TTCCTTGGATTTGATAAAGGAAGCCAAAGGTAAAGGAGACAGTGTTACTGTTGAAACATG 959
Query 975 TCCACATTACCTAGCTTTCTCAGCCGAAGAGATTCCAGAAGGTGATACTCGTTTCAAATG 1034
|| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 CCCGCATTACCTGGCTTTCTCAGCCGAAGAGATTCCAGAAGGTGATACTCGTTTCAAATG 1019
Query 1035 CTCCCCTCCTATACGTGATGCGGCAAATAGAGAAAAATTGTGGGAAGCTTTGATGGAAGG 1094
|||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1020 CTCCCCACCTATACGTGATGCAGCAAATAGAGAAAAGTTGTGGGAAGCTATGATGGAAGG 1079
Query 1095 AGACATTGATATGCTGAGCTCTGATCATTCACCTACAAAGCCTGAACTCAAACTTATGAG 1154
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1080 AGACATTGATATGCTGAGCTCTGATCATTCACCTACAAAGCCTGAACTCAAACTTCTGAG 1139
Query 1155 TGATGGCAACTTCTTGAAAGCTTGGGGTGGGATATCTTCTTTACAGTTTGTTCTTCCTAT 1214
|||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1140 TGATGGTAACTTCTTGAAAGCATGGGGTGGGATATCATCTTTACAGTTTGTTCTTCCAAT 1199
Query 1215 CACATGGTCTTATGGAAAAAAGTATGGAGTAACGCTCGAGCAGGTAACTTCTTGGTGGAG 1274
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1200 CACATGGTCTTATGGAAAAAAGTATGGAGTGACGCTCGAGAAGGTAGCTTCTTGGTGGAG 1259
Query 1275 TGATAGGCCTTCCAAACTCGCTGGACTACACTCTAAGGGAGCGGTTACGGTTGGAAAACA 1334
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1260 TGATAGGCCTTCTAAACTCGCTGGACTACACTCTAAGGGAGCGATTACGGTTGGAAAACA 1319
Query 1335 CGCAGATCTTGTTGTGTGGGAACCTGAAGCCGAATTTGATGTAGATGAAGATCATCCAAT 1394
||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 1320 CGCAGATTTTGTTGTTTGGGAACCTGAAGCCGAATTTGATCTCGATGAAGATCATCCAAT 1379
Query 1395 TCACTTCAAACACCCTAGTATCTCAGCTTATTTGGGAAGAAGATTATCAGGCAAAGTGGT 1454
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1380 TCACTTCAAACACCCCAGTATCTCAGCTTATTTGGGAAGAAGATTATCAGGCAGAGTGGT 1439
Query 1455 TTCGACATTTGTGAGAGGGAACTTGGTTTTTGGAGAAGGCAAGCATGCTTCTGATGCTTG 1514
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1440 TTCGACATTTGTGAGAGGGAACTTGGTCTTTGGAGAAGGCAAGCATGCTTATGATGCTTG 1499
Query 1515 CGGGTCTCTGCAACTTGCAACTACTTAA-CTTAAAAAGGGATTTAAAAGATCTTGATCTG 1573
||| |||||||||||||| ||| | || || |||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 1500 CGGATCTCTGCAACTTGCGACT--TGAAACT-AAAAAGGGATTTAAAAGATCTTAATCGG 1556
Query 1574 CACCATT-TAAACAAATGTAAATATGCGATTAA-GAGTTGCTCTCATGTTGCAAGATGGT 1631
||||||| ||| |||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1557 CACCATTGTAA-CAAATGTAAATAGGTGATTAAAGAGTTGCTCTCATGTTGCTAGATGGT 1615
Query 1632 TGATG 1636
|||||
Sbjct 1616 TGATG 1620
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 67914906835
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5