BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G04970.1
Length=5827
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg490142 jgi|Araly1|490142|fgenesh2_kg.6__3276__AT4G04970.1 6069 0.0
> Ahg490142 jgi|Araly1|490142|fgenesh2_kg.6__3276__AT4G04970.1
Length=5657
Score = 6069 bits (3286), Expect = 0.0
Identities = 3525/3643 (97%), Gaps = 5/3643 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAGAAGGCAGCGGCCATCGGTAGCCACCGCGCGTGATGCGCCGTCACTAGAGGTATAC 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 1 ATGAGAAGGCAGCGGCCATCGGTAGCCACCGCGCGTGATGCGCCGTCTCTGGAGGTATAC 60
Query 61 AATATCATTCCGATTCATGATTTCTTAACGGAACATCCGTCGCTGCGTTATCCGGAGGTT 120
||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 61 AATATAATTCCAATTCATGATTTTTTAACGGAACATCCGTCGCTGCGTTACCCGGAGGTT 120
Query 121 AGAGCGGCGGCGGCGGCGCTTAGAATAGTCGGAGATCTTCCGAAACCTCCGTTTGCTGAT 180
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 AGAGCGGCGGCCGCGGCGCTTAGAATAGTCGGAGATCTTCCGAAACCTCCGTTTGCTGAT 180
Query 181 TTCACACCTCGCATGGACTTGATGGACTGGCTTGGTCTTCTCTTTGGTTTTCAAATCGAT 240
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TTCACACCACGCATGGACTTGATGGACTGGCTTGGTCTTCTCTTTGGTTTTCAAATCGAT 240
Query 241 AACGTTCGGAATCAGCGAGAGAATCTCGTTCTTCACTTAGCTAACTCTCAAATGCGGCTG 300
|||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 AACGTTCGTAATCAGCGAGAGAATCTCGTCCTCCACTTAGCTAACTCTCAAATGCGGCTT 300
Query 301 CAACCTCCGCCACGTCATCCCGACGGTCTCGATCCGACTGTTCTCCGGAGATTTCGGAAG 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||
Sbjct 301 CAACCTCCGCCACGTCATCCCGACGGTCTCGATCCCACTGTTCTCCGGCGATTTCGGAAG 360
Query 361 AAGCTGCTTCGTAATTATACAAATTGGTGCTCGTTTCTCGGAGTGAGGTGCCACGTCACC 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 AAGCTGCTTCGTAATTATACAAATTGGTGCTCGTTCCTCGGAGTGAGGTGCCACGTCACC 420
Query 421 AGCCCTATCCAAAGCCGTCACCAAACGAACGCCGTTTTGAATCTCCGCCGTGAGCTTCTC 480
||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 421 AGCCCTACCCAAAGCCGTCATCAAACGAACGCCGTTTTGAACCTCCGCCGTGAGCTTCTC 480
Query 481 TATGTTGCTCTCTATCTATTGATTTGGGGAGAATCTGCGAATCTTCGTTTTATGCCTGAG 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 481 TATGTTGCTCTCTATCTATTGATTTGGGGAGAATCTGCGAATCTTCGGTTCATGCCTGAG 540
Query 541 TGTCTGTGTTACATTTTTCATCATATGGCTATGGAACTTAATAAAGTCCTCGCCGGAGAG 600
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||| ||||||
Sbjct 541 TGTCTGTGTTACATTTTTCATCACATGGCTATGGAACTCAATAAAGTTCTCGGTGGAGAG 600
Query 601 TTTGATGATATGACTGGAATGCCTTACTGGCCTTCCTTCTCAGGTGATTGTGCTTTCCTC 660
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 601 TTTGATGATATGACCGGAATGCCTTACTGGCCTTCCTTCTCCGGCGATTGTGCTTTCCTA 660
Query 661 AAGAGTGTGGTCATGCCTATTTACAAGACGGTTAAGACGGAGGTTGAGAGTAGCAACAAT 720
||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 AAGAGCGTGGTCATGCCTATTTATAAGACGATTAAGACGGAGGTTGAGAGTAGCAACAAT 720
Query 721 GGGACGAAGCCACACTCTGCTTGGAGAAATTACGACGACATCAATGAGTATTTCTGGAGT 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 721 GGGACGAAGCCACACTCTGCTTGGAGAAATTACGACGACATTAATGAGTATTTCTGGAGT 780
Query 781 AAGAGAGCCTTGAAGAGCCTTAAATGGCCTCTTGACTACACCAGTAATTTCTTTGATACT 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 AAGAGAGCCTTGAAGAGCCTTAAATGGCCTCTTGATTACACCAGTAATTTCTTTGATACT 840
Query 841 ACACCTAAAAGCAGTAGAGTGGGGAAGACAGGATTTGTGGAGCAGAGATCATTTTGGAAT 900
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 841 ACACCTAAAAGCAGTAGAGTGGGGAAGACTGGATTTGTGGAGCAGAGATCATTCTGGAAT 900
Query 901 GTGTATCGAAGCTTTGATCGGTTATGGATTTTATTGCTTCTGTACTTGCAGGCAGCTATT 960
|| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 901 GTATATCGAAGTTTTGATCGGTTATGGATTTTATTGCTTCTCTACTTGCAGGCAGCTATC 960
Query 961 ATTGTTGCTACTAGTGATGTTAAGTTTCCTTGGCAAGACCGTGATGTAGAGGTTGCTTTG 1020
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 961 ATTGTTGCTACTAGTGATGTTAAGTTTCCTTGGCAAGACCGTGATGTAGAGGTTGCATTG 1020
Query 1021 TTGACTGTTTTCATCTCCTGGGCGGGATTGAGGTTGCTCCAATCTGTGCTCGATGCTAGT 1080
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1021 TTGACTGTTTTCATCTCCTGGGCGGGCTTGAGGTTGCTCCAGTCTGTGCTCGATGCTAGT 1080
Query 1081 ACTCAGTACAGTTTGGTGAGCAGAGAAACTTATTGGCTTTTCATCAGATTGACTTTGAAG 1140
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1081 ACTCAGTACAGTTTGGTGAGCAGAGAAACTTACTGGCTTTTCATCAGATTGATTTTGAAG 1140
Query 1141 TTCGTGGTGGCTGTGGCATGGACAGTTTTGTTTTCGGTCTTCTATGCAAGGATTTGGAGC 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1141 TTCGTGGTGGCTGTGGCATGGACAGTTTTGTTTTCGGTCTTCTATGCGAGGATTTGGAGC 1200
Query 1201 CAGAAAAATAAGGATGGTGTATGGTCTCGGGCTGCAAACGAGAGGGTTGTCACGTTTCTC 1260
|||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1201 CAGAAAAATAAGGATGGTTTATGGTCTCGAGCTGCAAACGAGAGGATTGTCACGTTTCTC 1260
Query 1261 AAGGTTGTGTTCGTTTATGTTATACCTGAGTTATTAGCTCTTGTACTCTTTATTGTTCCT 1320
||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 AAGGTAGTTTTCGTGTATGTTATACCTGAGTTATTAGCTCTTGTACTCTTTATTGTTCCT 1320
Query 1321 TGTATAAGGAACTGGGTTGAGGAGTTGAATCTTGGAGTTGTGTACTTTCTGACATGGTGG 1380
|| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 TGGATAAGGAACTGGGTCGAGGAGCTGAATCTTGGAGTTGTGTACTTTCTGACATGGTGG 1380
Query 1381 TTCTATAGCAAGACTTTTGTTGGTCGTGGGATGAGGGAAGGTTTAGTGGACAATGTTAAG 1440
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1381 TTTTATAGCAAGACTTTTGTTGGTCGTGGGATGAGGGAAGGCCTAGTGGACAATGTTAAG 1440
Query 1441 TATACACTCTTTTGGATTATTGTATTGGCCACTAAATTCATATTTAGTTACTTCTTACAA 1500
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 TATACAATCTTTTGGATTATTGTATTGGCCACTAAATTCATATTTAGTTACTTCTTACAA 1500
Query 1501 ATTAGGCCTCTAATTGCTCCGACCAGGGCACTACTGAACCTTAAGGATGCGACGTACAAT 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 1501 ATTAGGCCTCTAATTGCTCCGACCAGGGCACTACTGAACCTCAAGAATGCGACGTACAAT 1560
Query 1561 TGGCATGAGTTTTTTGGTAGCACTCACAGGATAGCAGTAGGGATGCTCTGGCTCCCTGTT 1620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 TGGCATGAGTTTTTTGGTAGCACTCACAGGATAGCAGTAGGGATGCTCTGGCTCCCTGTT 1620
Query 1621 ATTTTGGTTTACCTGATGGATTTGCAAATTTGGTACTCGATCTACTCATCCCTTGTAGGT 1680
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1621 ATTTTGATTTACCTGATGGATTTGCAAATTTGGTACTCGATCTACTCATCCTTTGTAGGT 1680
Query 1681 GCAACAATTGGTCTGTTTTCTCACTTGGGGGAGATCCGGAACATTGATCAGTTGAGACTT 1740
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 1681 GCAACAATTGGTCTGTTTTCTCACTTGGGGGAGATCCGGAACATTGATCAATTGAGAC-T 1739
Query 1741 A-GATTTCAGTTTTTCTCAAGTGCTATGCAGTTTAATCTTAAACCTGAAGAGCATCTTCT 1799
| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1740 ACGATTTCAGTTTTTTTCAAGTGCTATGCAGTTTAATCTTAAACCTGAAGAGCATCTCCT 1799
Query 1800 GAGCCCTAAAGCAACAATGCTTAAGAAGGCTCGTGATGCTATTCACCGGCTGAAATTGCG 1859
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 1800 GAGTCCTAAAGCAACAATGCTTAAGAAGGCTCGTGATGCTATACACAGGCTGAAATTGCG 1859
Query 1860 ATATGGAATTGGTCAGCCTTTCAACAAGATCGAATCCAGTCAGGTTGAAGCAACTTGGTT 1919
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1860 ATATGGAATTGGTCAGCCTTTCAACAAGATCGAATCCAGTCAGGTCGAAGCAACTTGGTT 1919
Query 1920 TGCCCTGATTTGGAATGAGATAATCCTCACATTTAGGGAGGAAGACCTTATCAGTGATAG 1979
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 TGCCCTGATTTGGAATGAGATAATCCTCACATTTAGGGAGGAAGACCTTATCAGTGATAG 1979
Query 1980 GGAGGTTGAGCTACTCGAGTTGCCGCCTAATTGTTGGAATATTCGGGTTATCCGTTGGCC 2039
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 GGAGGTTGAGCTACTCGAGTTGCCGCCTAATTGTTGGAATATTCGGGTTATCCGTTGGCC 2039
Query 2040 GTGTTTCCTCCTTTGCAATGAGCTCCTACTTGCGCTAAGTCAGGCAAACGAGCTCTGTGA 2099
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 2040 GTGTTTCCTCCTTTGCAATGAGCTTCTACTTGCGCTAAGTCAGGCAAATGAGCTCGGTGA 2099
Query 2100 CGCTCCTGATCACTGGCTTTGGTCAAAAATCTGTAGCAGTGAGTACAGGCGTTGTGCTGT 2159
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 CGCTCCTGATCACTGGCTTTGGTCGAAAATCTGTAGCAGTGAGTACAGGCGTTGTGCTGT 2159
Query 2160 TATGGAAGCTTTTGATAGCATCAAATTTGTGATTCTTAAAATTGTTAAAAATGGCACAGA 2219
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 TATGGAAGCTTTTGATAGCATCAAATTTGTGATTCTTAGAATTGTTAAAAATGGCACAGA 2219
Query 2220 AGAAGAATCCATACTGAACAGGTTGTTTATGGAGATTGATGAAAATGTGGAAAACGAAAA 2279
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2220 GGAAGAATCCATACTGAACAGGTTGTTTATGGAGATTGAGGAAAATGTGGAAAACGAAAA 2279
Query 2280 GATAACTGAAGTATATAAGCTGACAGTACTACTCCGGATTCATGAGAAGCTAATATCACT 2339
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2280 GATAACTGAAGTATATAAGCTGACAGTAGTACTCCGGATTCATGAAAAGCTAATATCACT 2339
Query 2340 TCTTGAGCGTCTGATGGACCCAGAAAAGAAAGTATTCAGGATCGTGAATATACTGCAAGC 2399
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2340 TCTTGAGCGTCTGATGGACCCAGAAAAGAAAGTATTCAGGATCGTGAATTTACTGCAAGC 2399
Query 2400 TCTGTATGAACTTTGTGCATGGGAATTCCCAAAAACTAGGAGGAGCACTCCGCAGTTAAG 2459
|||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2400 TCTGTATGAACTCTGCGCATGGGAATTTCCAAAAACTAGGAGGAGCACTCCGCAGTTAAG 2459
Query 2460 GCAGCTTGGCTTGGCGCCCATTAGTTTGGAAGCAGATACTGAATTGCTGTTTGTCAATGC 2519
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2460 GCAGCTTGGCTTGGCGCCCATTAGTTTGGATGCAGATACTGAATTGCTGTTTGTCAATGC 2519
Query 2520 CATTAATCTCCCTCCTCTTGATGATGTTGTCTTTTATAGGCAGATACGGCGGGTCCATAC 2579
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2520 CATTAATCTCCCTCCTCTTGATGATGTTGTCTTTTATAGGCAGATACGGCGGGTCCATAC 2579
Query 2580 AATTCTTACTTCTAGAGATCCAATGCATAATGTGCCCAAGAATATTGAGGCCAGAGAGCG 2639
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2580 AATTCTTACTTCTAGAGATCCAATGCATAATGTGCCCAAGAATATTGAGGCCAGAGAGCG 2639
Query 2640 TCTTGCTTTCTTTAGCAACTCTCTCTTTATGACTATGCCCCAGGCTCCCAGTGTAGAAAA 2699
|||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2640 TCTTGCTTTCTTTAGCAACTCTCTTTTTATGACCATGCCCCAGGCTCCCAGTGTAGAAAA 2699
Query 2700 GATGATGGCTTTCAGCGTGTTGACTCCTTACTATGACGAAGAAGTGATGTATCGACAAGA 2759
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2700 GATGATGGCTTTCAGCGTGTTGACTCCTTACTATGATGAAGAAGTGATGTATCGACAAGA 2759
Query 2760 AATGCTCCGAGCTGAGAATGAGGATGGAATTTCCACCCTATTCTACCTTCAAAGAATTTA 2819
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2760 AATGCTCCGAGCTGAGAATGAGGATGGAATTTCCACCCTATTCTACCTTCAAAGAATTTA 2819
Query 2820 TGAAGATGAATGGGTGAATTTTCTGGAGCGGATGCGTAGAGAGGGAGCAGAGAATGAGAA 2879
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2820 TGAAGATGAATGGGTGAATTTTGTGGAGCGGATGCGTAGAGAGGGAGCAGAGAATGAGAA 2879
Query 2880 TGATATCTGGTCAAAGAAGGTTAGAGATCTTCGCCTCTGGGCTTCATATAGGGGACAAAC 2939
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2880 TGACATATGGTCAAAGAAGGTTAGAGATCTTCGCCTCTGGGCTTCATATAGGGGACAGAC 2939
Query 2940 ATTGTCCAGAACAGTGCGAGGGATGATGTATTATTATAGTGCCTTGAAGAAACTTGCCTT 2999
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2940 ATTGTCCAGAACAGTGCGAGGGATGATGTATTATTATAGTGCCTTGAAGAAACTTGCCTT 2999
Query 3000 TCTTGATTCTGCTTCTGAAATGGACATCAGGATGGGAACTCAGATTGCCCCTGAGGCACG 3059
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 3000 TCTTGATTCTGCTTCTGAAATGGACATCAGGATGGGAACTCAGATTGCTCCTGAGCCACA 3059
Query 3060 CCGTTCGTACTACACAAATGATGGTGGGGATAACACACTGCAACCAACACCTTCTCAGGA 3119
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3060 ACGTTCTTACTACACAAATGATGGTGGGGATAACACACTGCAACCAACACCTTCTCAGGA 3119
Query 3120 AATTAGCAGAATGGCTAGTGGTATAACCCACTTGCTTAAAGGGTCTGAGTATGGGAGTGC 3179
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3120 AATTAGCAGAATGGCTAGTGGTATAACCCATTTGCTTAAAGGGTCTGAGTATGGGAGTGC 3179
Query 3180 AATGATGAAATTCACATATGTTGTGGCATGCCAAGTTTATGGGCAACATAAAGCAAGAGG 3239
||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 3180 AATGATGAAATTCACATATGTTGTGGCGTGTCAAGTTTATGGACAGCATAAAGCAAGAGG 3239
Query 3240 GGACCATAGAGCTGAGGAGATTCTGTTCCTGATGAAGAATCATGACGCCCTTCGTATTGC 3299
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3240 GGACCATAGAGCTGAGGAGATTCTGTTCCTGATGAAAAATCATGAGGCCCTTCGTATTGC 3299
Query 3300 ATATGTTGATGAGGTTGACCTGGGAAGGGGTGAGGTCGAGTACTATTCAGTTCTTGTGAA 3359
||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 3300 ATATGTTGATGAGGTCGAGTTGGGAAGGG---AGGTCGAGTACTACTCGGTTCTTGTGAA 3356
Query 3360 ATTTGATCAACAACTTCAGAGAGAGGTGGAGATCTATCGTATCAGACTGCCAGGCCCCTT 3419
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3357 ATTTGATCAACAACTTCAAAGAGAGGTGGAGATCTATCGTATCAGACTGCCAGGCCCCTT 3416
Query 3420 GAAGCTTGGTGAGGGAAAACCAGAAAACCAAAACCATGCTCTAATCTTTACACGAGGAGA 3479
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3417 GAAGCTTGGCGAGGGAAAACCAGAAAACCAAAACCATGCTCTAATCTTTACACGAGGAGA 3476
Query 3480 TGCGATTCAGACCATTGATATGAATCAAGATAACCATTTTGAGGAGGCTCTTAAGATGAG 3539
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3477 TGCGATACAGACCATTGATATGAATCAAGATAACCATTTTGAGGAGGCTCTTAAGATGAG 3536
Query 3540 GAACTTGTTGGAATCATTCAAGACTTACTATGGCATTAGGAAGCCTACTATTCTTGGAGT 3599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3537 GAACTTGTTGGAATCATTCAAGACTTACTATGGCATTAGGAAGCCTACTATTCTTGGAGT 3596
Query 3600 CCGTGAGAAAGTTTTCACTGGTTCAGTATCTTCACTCGCATGG 3642
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 3597 CCGTGAGAAAGTTTTCACTGGTTCAGTTTCTTCACTGGCATGG 3639
Score = 3290 bits (1781), Expect = 0.0
Identities = 1954/2035 (96%), Gaps = 22/2035 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 3679 GGACAGCGTGTTCTTGCCAACCCACTGAAAGTGAGGATGCATTATGGTCATCCGGATGTA 3738
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3638 GGA-AGCGTGTTCTTGCCAACCCACTGAAAGTGAGGATGCATTATGGTCATCCGGATGTA 3696
Query 3739 TTTGATCGGTTTTGGTTTGTGCCTCGGGGTGGAATTAGCAAAGCCTCAAGAGTTATAAAC 3798
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3697 TTTGATCGGTTTTGGTTTGTGCCCCGTGGTGGAATTAGCAAGGCCTCAAGAGTTATAAAT 3756
Query 3799 ATCAGTGAGGATATATTTGCTGGATTCAATTGTACTTTAAGAGGTGGGAACGTTACACAC 3858
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3757 ATCAGTGAGGATATATTTGCTGGATTCAATTGCACTTTAAGAGGTGGGAACGTGACACAC 3816
Query 3859 CATGAATACATTCAGGTAGGCAAAGGAAGGGATGTGGGTTTGAATCAGATCTCTATGTTT 3918
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3817 CATGAATACATTCAGGTAGGCAAAGGAAGGGATGTGGGTTTGAATCAGATCTCTATGTTT 3876
Query 3919 GAAGCCAAGGTAGCGAGTGGTAACGGTGAGCAAGCATTGAGCAGAGACGTTTACAGGTTA 3978
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3877 GAAGCCAAGGTAGCTAGTGGTAACGGTGAGCAAGCATTGAGCAGAGACGTTTACAGGTTA 3936
Query 3979 GGTCACAGGCTGGACTTCTTTAGAATGCTCTCTTTCTTCTACACAACGGTTGGCTACTAT 4038
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3937 GGTCACAGGCTGGACTTTTTTAGAATGCTCTCTTTCTTCTACACAACGGTTGGCTACTAT 3996
Query 4039 TTCAACACAATGTTGATAGTATTTACTGTTTATGCATTCTTGTGGGGTCGGCTTTATCTA 4098
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3997 TTCAACACAATGTTGATAGTATTTACTGTTTATGCATTCTTGTGGGGTCGGCTTTATCTA 4056
Query 4099 GCACTTAGTGGTGTTGAGAAAATAGCAAAGGATAGGAGTAGCAGCAATGAAGCTCTTGGT 4158
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4057 GCACTTAGTGGTGTTGAGAAAATAGCAAAGGATAGGAGTAGCAGCAATGAAGCTCTTGGT 4116
Query 4159 GCAATCTTGAATCAGCAATTTATTATTCAGCTAGGACTTTTCACTGCACTTCCAATGATT 4218
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4117 GCAATCTTGAATCAGCAATTTATTATTCAGCTAGGACTTTTCACTGCACTTCCAATGATT 4176
Query 4219 CTTGAAAATTCTCTCGAGCGTGGGTTTCTTCCAGCGGTTTGGGACTTCATAACAATGCAG 4278
||||||||||| || |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 4177 CTTGAAAATTCACTGGAGCGTGGGTTTCTTCCAGCTATATGGGACTTCATAACAATGCAG 4236
Query 4279 CTGCAACTTGCATCGTTTTTCTACAC-TTTCTCCATGGGAACTCGAACCCATTACTTTGG 4337
|||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4237 CTGCAACTTGCATCGTTTTTCTACACGTTT-TCCATGGGAACTCGAACCCATTACTTTGG 4295
Query 4338 CCGGACTATACTCCATGGTGGAGCCAAGTATCGTGCCACTGGAAGAGGGTTCGTGGTGGA 4397
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4296 TCGGACTATACTCCATGGTGGAGCCAAGTATCGTGCCACTGGAAGAGGGTTCGTGGTGGA 4355
Query 4398 GCATAAGAAATTTGCTGAGAACTACAGATTGTATGCTCGAACTCATTTCATTAAAGCTAT 4457
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 4356 GCATAAGAAATTTGCTGAGAACTACAGATTGTATGCTCGAACTCATTTCATCAAGGCTAT 4415
Query 4458 TGAGCTCGCGATTATTCTGTTGGTATATGCGGCTTATAGCCCGTTGGCTAAGAGTTCGT- 4516
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 4416 CGAGCTCGCGATTATTCTGTTGGTATATGCAGCTTATAGCCCGTTGGCTAAGAGTTC-TA 4474
Query 4517 TTGTTTACATACTGATGACGATTTCGAGCTGGTTCCTTATTACATCTTGGATTATTTCTC 4576
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4475 TTGTTTACATACTGATGACGATTTCGAGCTGGTTCCTTATTACATCTTGGATTATTTCTC 4534
Query 4577 CATTTCTGTTTAACCCTTCTGGCTTCGATTGGCTCAAAACAGTAAATGATTTTGATGATT 4636
| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 4535 CCTTTCTGTTTAACCCTTCTGGTTTCGATTGGCTTAAAACAGTGAATGATTTTGACGATT 4594
Query 4637 TCATTGCATGGCTATGGTCTAGAGGCGGGTTGTTTACGAAAGCAGATCAGAGTTGGTTTA 4696
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 4595 TCATTGCATGGCTATGGTCTAGAGGCGGGTTGTTTACAAAAGCAGATCAGAGTTGGTTTA 4654
Query 4697 CGTGGTGGAATGAGGAACAAGAGCATCTGAAAACAACCGGAGTGTGGGGAAAACTGCTTG 4756
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4655 CGTGGTGGAATGAGGAACAAGAGCATCTGAAAACAACCGGAGTGTGGGGAAAACTGCTTG 4714
Query 4757 AGATTATACTTGATCTTCGGTTCTTCTTTTTCCAGTACAGTATTGTGTACCATCTTCGCA 4816
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4715 AGATTATACTTGATCTTCGGTTCTTCTTTTTCCAGTACAGTATTGTGTACCATCTTCGCA 4774
Query 4817 TTGCAGAGAATCGAACCAGCATTGGTGTATACTTAATTTCTTGGGGATGCATCATCGGGA 4876
||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4775 TTGCAGAGAATCGGACCAGCATTGGTGTATACTTGGTTTCTTGGGGATGCATCATCGGGA 4834
Query 4877 TTGTTGCGATATACATCACAACAATCTATGCTCAGAAAAGATATTCTGTCAAGGAGCATA 4936
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4835 TTACTGCGATATACATCACAACAATCTATGCTCAGAAAAGATATTCTGTCAAGGAGCATA 4894
Query 4937 TAAAATATCGATTCATTCAGTTCTTAGTAATTCTCCTTACGGTTCTTGTGGTCGTGATGA 4996
| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4895 TTAAATATCGATTCATTCAGTTCTTAGTAATTGTCCTTACGGTTCTTGTGGTCGTGATGA 4954
Query 4997 TGCTGCAGTTCACTAAACTTACAGTAGTTGATTTGTTGATAAGTCTCTTGGCTTTTGTTC 5056
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4955 TGCTGCAGTTCACTAAACTTACAGTTGTTGATTTGTTGATAAGTCTCTTGGCTTTTGTTC 5014
Query 5057 CCACAGGCTGGGGATTGATTTCTATAGCTCAAGTACTGAAACCGTTTCTGTTATCAACAG 5116
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5015 CCACAGGCTGGGGATTGATTTCCATAGCTCAAGTACTGAAACCGTTTCTGTTATCAACAG 5074
Query 5117 TGGTTTGGGACACAGTAATCTCTGTGGCTCGCTTTTACGACCTTTTCTTTGGGCTGATAG 5176
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5075 TGGTTTGGGACACAGTAATCTCTGTTGCTCGCTTTTACGACCTTTTCTTTGGGCTGATAG 5134
Query 5177 TTATGGCTCCAGTTGCATTGCTTTCATGGTTGCCCGGTTTTCAGAATATGCAAACACGGA 5236
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5135 TTATGGCTCCAGTTGCATTGCTTTCATGGTTGCCCGGTTTTCAGAATATGCAAACACGGA 5194
Query 5237 TTTTGTTCAATGAAGCTTTTAGCAGAGGGTTACAGATTTCTATCATTCTCGCTGGCAAAA 5296
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5195 TTTTGTTCAATGAAGCTTTTAGCAGAGGGTTACAGATTTCTATCATTCTCGCTGGCAAAA 5254
Query 5297 AATCCACTTGAAGCAAATATTGGGGTTCTTAAAGTTT-TTGAA-ATGAGTTGGTCTGAGA 5354
|||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||| || | ||||||||||
Sbjct 5255 AATCCACTTGAAGCAAATATTGGG-TTCTTAAA-TTTGTTGAATATTAACTGGTCTGAGA 5312
Query 5355 AGGTTGGGCGATATCCTTTTCTCTAGCaaaaaaaGTTTTGCTTGAAGCAGCTTATGGTAG 5414
||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| |||||
Sbjct 5313 AGGTTGGACGATATCCTTTTCTCTGGCAAAAAA-GTTTCGCTTGAAGCAGCTTACGGTAG 5371
Query 5415 CCTGGTTTAATATCATCCTCCACCGTTTTGTGGCATTGCTCCAGGTTAAGCCTGGTTTTT 5474
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| || ||||
Sbjct 5372 CCTGGTTTAATATCCTCCTCCACCGTTTTGTGGCACTGCACCAGGTTAAGCCCGGCTTTT 5431
Query 5475 CCTCATGGTGGTTAGCATTTTGGAGTTGATTGTTTGACCTTGGTTTGGCTTGTTTATAAA 5534
||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 5432 CCTCACGGTGGTTGGCATTTTGGAGTTGATTATTTGACCTTGGTTTGGCGTGTTTATAAA 5491
Query 5535 CATA--TAAGGGTTCTTGATTTGTTGAGAGATGGTAATATGAGGGAGCTTAGAAAAATGA 5592
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || | || |||
Sbjct 5492 CATAGGTAAGGGTTCTTGATTTGTTGAGAGATGGTAATATGACGGAGCCTA-ATAA-TGA 5549
Query 5593 CGGTATGCTTCACACTGCACCAGTTGTTT-TGGTCGTGTACAGATTTGACCCTTTTGCAT 5651
||||||||||||||||||||| ||||||| || || |||||||||||||| | | ||||
Sbjct 5550 CGGTATGCTTCACACTGCACCGGTTGTTTGTG-TCTTGTACAGATTTGACTCAT--GCAT 5606
Query 5652 TTGTTAGGAGACTCTTGCTTTTAACAACTCTTATGCACATAGTTTGCTTGTGGAG 5706
||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 5607 TTGTTAGAAGACTCTTGCTTT-AAC---TCTTATGCACATAGTTTGCTTTTGGAG 5657
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 220733923400
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5