BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G05520.1
Length=1741
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg943189 jgi|Araly1|943189|scaffold_603733.1 2649 0.0
> Ahg943189 jgi|Araly1|943189|scaffold_603733.1
Length=1680
Score = 2649 bits (1434), Expect = 0.0
Identities = 1591/1668 (95%), Gaps = 5/1668 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CTCAGTAATGGAGACTTCATCGACGATCTCGATCGGTTCTTGTTTAAAAGAGCATCAGAA 60
|||||| |||||||| || ||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||
Sbjct 15 CTCAGTTATGGAGACGTCGTCGGCGATCTCGATCGGTACTTGTTTGAAAGAGCATCAGAA 74
Query 61 GATCTACAAGGAATGGTTCAACATCGCCGATTCAGATGGAGATGGTCGTGTTTCGGGTAA 120
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 75 GATCTACAAGGACTGGTTCAACATCGCCGATTCAGATGGAGATGGTCGTGTTTCCGGTAA 134
Query 121 CGATGCTACAAAGTTCTTCGCGATGTCAAAGCTTTCTCGCCAGGAACTCAAACAGGTTTG 180
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 135 CGATGCTACGAAGTTCTTCGCGATGTCAAAGCTTTCTCGCCAGGAACTTAAACAGGTTTG 194
Query 181 GGCAGTTGCGGATTCAAAGCGGCAAGGATTTCTCGGTTTATCGGAGTTCATCACTGCGAT 240
||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 195 GGCAGTTGCGGATTCGAAGCGGCAAGGATTTCTTGGTTTATCGGAGTTCATCACTGCGAT 254
Query 241 GAAGCTCGTCTCATTGGCACAAGAAGGACATGAAATTACTTCAGACCTTCTCAAAGGCTC 300
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 255 GAAGCTCGTCTCATTGGCACAAGAGGGACATGAAATTACTTCAGACCTTCTCAAAGGCTC 314
Query 301 AATTGACATGAAGAGTGTGGAACTTCCAGTGTTGGAAGGACTAGAAAACGTTGTATCAAA 360
| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 315 AGTTGATATGAAGAGTGTGGAACTTCCAGTGTTGGAAGGACTAGAAAACGTGGTATCTAA 374
Query 361 GCAGAAAGTGTCAAAAACAAATGTGGATGTTGAAGACAATGTAGTTACCAAGCCACAAGT 420
|| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 375 GCTGAAAGTGGCAAAAACAAATGTGGATGTTGAAGAAAATGTAGTTACCAAGCCACAAGT 434
Query 421 CACGGCAAAAACTCCTTGGTTCAAATCAAAATCTATTATTAAGCCACAAGTAAATGTGGT 480
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||
Sbjct 435 CACGGCAAAATCTCCTTGGTTCAAATCAAAATCTATTATCAAGCCACAAGTGAATGTTGT 494
Query 481 GACAATTGTTGATGGCTTGAAAAGATTGTACACTGAAAAGCTAAAGCCTTTGGAAGTCAC 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 495 GACAATTGTTGATGGCTTGAAAAGATTGTACACTGAAAAGCTAAAGCCTTTGGAAGTCAC 554
Query 541 ATATCGGTTCAATGATTTTGCATCCCCGGTACTGACTAGTAGCGATTTTGATGCCAAACC 600
|||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||||||
Sbjct 555 ATATCGTTTCAATGATTTTGCATCCCCTGTACTGACTAATAGTGATTTTGACGCCAAACC 614
Query 601 AATGGTAATGCTTTTGGGTCAATATTCCACCGGAAAAACAACATTTATAAAACACTTGCT 660
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 615 AATGGTAATGCTTTTGGGTCAGTATTCCACCGGAAAAACAACATTTATAAAACACTTGCT 674
Query 661 CGGATGTGACTACCCAGGAGCTCATATCGGTCCAGAGCCAACAACAGATAGGTTTGTAGT 720
||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||
Sbjct 675 CGGATGTGATTACCCAGGAGCTCACATTGGTCCAGAGCCAACAACGGATAGATTTGTGGT 734
Query 721 TGCAATGAGTGGACCAGATGAGCGGACTATACCTGGAAATACCATGGCTGTTCAAGCTGA 780
|||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 735 TGCAATGAGTGGACCAGACGAACGCACCATACCTGGAAATACCATGGCTGTTCAAGCTGA 794
Query 781 CATGCCATTTAACGGACTAACAAGCTTTGGAGGTGCTTTCCTCTCAAAGTTCGAGTGTTC 840
|||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 795 CATGCCATTTAATGGGCTAACAAGTTTTGGAGGTGCTTTCCTCTCAAAGTTCGAGTGTTC 854
Query 841 TCAAATGCCGCATCCGGTCTTGGACCAAATTACTCTTGTAGACACTCCTGGAGTTCTTTC 900
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 855 TCAAATGCCGCATCCGGTTTTGGACCAAATTACTCTTGTAGACACACCTGGGGTTCTTTC 914
Query 901 AGGAGAGAAACAAAGGATGCAAAGGAGCTATGACTTCACTGGTGTCATCTCATGGTTTGC 960
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 915 AGGAGAGAAGCAAAGGATGCAAAGGAGCTATGACTTCACTGGTGTCATCTCATGGTTTGC 974
Query 961 ATCTAAATGCGACATGATTCTCCTGCTCTTTGATCCCCACAAGCTTGACATCAGTGATGA 1020
||||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 975 ATCTAAATGTGATATGATTCTTCTTCTCTTTGATCCCCACAAGCTTGACATCAGCGATGA 1034
Query 1021 ATTCAAACGTGTGATAACATCTCTACGTGGTAATGAAGACAAGATCCGTGTTGTCTTAAA 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1035 ATTCAAACGTGTGATAACATCTCTACGTGGTAATGAAGACAAGATCCGTGTTGTCTTAAA 1094
Query 1081 CAAAGCTGACCAAGTTGATACTCAACAACTAATGAGAGTGTATGGAGCATTGATGTGGTC 1140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1095 CAAAGCTGACCAAGTTGATACTCAACAACTAATGAGAGTGTATGGAGCATTAATGTGGTC 1154
Query 1141 GCTTGGTAAAGTCCTGAACACACCAGAGGTCGTACGTGTCTATATTGGGTCCTTCAATGA 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1155 GCTTGGTAAAGTCCTGAACACACCAGAGGTCGTACGTGTCTATATTGGGTCCTTCAACGA 1214
Query 1201 CAAACCCATAAACGAAGTTGCAGTTGGACCGATTGGGAAAGAACTCTTTGAGAAAGAGCA 1260
||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1215 CAAACCCATAAACGAAGATGCAGTTGGACCGATTGGAAAAGAACTTTTTGAGAAAGAGCA 1274
Query 1261 AAATGATCTTCTAGCAGACTTAATGGACGTACCCAAGAAAGCATGTGACAGAAAGATTAA 1320
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1275 AAATGATCTTCTAGCAGACTTAATGGATATACCCAAGAAAGCATGTGACAGAAAGATTAA 1334
Query 1321 TGAGTTTGTGAAGCGAGCTCGATCTGCAAAGATAAATGCATACATAATGAGTCACCTTAA 1380
||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1335 CGAGTTTGTGAAGCGAGCTCGAGCTGCAAAGATCAATGCATACATAATGAGTCACCTTAA 1394
Query 1381 GAAGGAAATGCCAGCAATGATGGGCAAATCCAAAGCTCAGCAACGTCTCATGGACAATCT 1440
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1395 GAAGGAAATGCCAGCAATGATGGGCAAATCAAAAGCTCAGCAACGTCTCATGGACAATCT 1454
Query 1441 CGAAGAAGAATTTGGAAAGGTGCAGCGAGAGTTTCATCTTCCAGCTGGAGACTTTCCAAG 1500
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1455 CGAAGAAGAATTTGGAAAGGTGCAGCGAGAGTTTCATCTTCCGGCTGGAGACTTCCCAAG 1514
Query 1501 TGTGGAACATTTTAGAGAAGTATTGGGAGGCTATAACATTGACAAATTCGAGAAACTGAA 1560
|||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1515 TGTGGAGCATTTCAGAGAAGTATTGGGAGGCTATAACATTGACAAATTCGAGAAATTGAA 1574
Query 1561 GCCTAAGATGATTCAAGCAGTAGATGATATGCTGGGATACGACATTCCAGATCTCTTGAA 1620
|||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1575 GCCTAAGATGATTCAAGCTGTGGATGATATGCTGGGATACGATATTCCAGATCTCTTGAA 1634
Query 1621 GAAATTCAGAAATCCTTATGATAATTAAATAATAATGCTCGG-TACTT 1667
|||||||||||||||||||||| | ||||||||||| || | |||||
Sbjct 1635 GAAATTCAGAAATCCTTATGAT--T-AAATAATAATG-TCAGCTACTT 1678
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 65324770175
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5