BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G08370.1
Length=1053
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg327089 jgi|Araly1|327089|fgenesh1_pm.C_scaffold_6002309 401 4e-111
Ahg921634 jgi|Araly1|921634|scaffold_102915.1 307 9e-83
Ahg942633 jgi|Araly1|942633|scaffold_603177.1 73.1 4e-12
> Ahg327089 jgi|Araly1|327089|fgenesh1_pm.C_scaffold_6002309
Length=888
Score = 401 bits (217), Expect = 4e-111
Identities = 331/384 (86%), Gaps = 15/384 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 515 TCTACAGCTCTCCACCACCA---CCTCCATATGTTTACAACTCTCCACCACCACCTCCAT 571
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Sbjct 296 TCTACAGCTCTCCACCACCACCTCCTCCATACGTCTACAGCTCTCCACCACTACCTCCAT 355
Query 572 ATGTTTA-CGAGTCTGTTCCTCGTATTCCATTCATCTACAGCTCTCCACCACCCCCTCCA 630
||||||| | ||| ||||| | || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 356 ATGTTTATC-TTTCTCCTCCTCCTCTTTCATTCGTCTACAGCTCTCCACCATCCCCTCCA 414
Query 631 TATGTTTA-CAATTCTGCTCCTCGTATTCCATTCATCTATAGCTCTCCACCACCTCCTCC 689
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Sbjct 415 TATGTTTATC-AGTCTCCCCCTCCTTTTCCATTCATCTACAGCTCTCCACCACCGCCTCC 473
Query 690 ATATGTTTACAATTCT-GCTCCTCGT-GTTCCATTTATCTACAGCTCTCCACCACCACCT 747
|||||||||||| ||| || || | | |||||| |||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 474 ATATGTTTACAAGTCTACCT-TTCATCG-TCCATTCATCTACAGCTCTGCACCACCTCCT 531
Query 748 CCATATGTTTACAAGTCTGTTCC-TCGTATTCCATTCATCTACAGCTCTCCACCACCCCC 806
||||||||||||||||||| || || | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 532 CCATATGTTTACAAGTCTG-CCCTTCATCGTCCATTCATCTACAGCTCTCCACCACCCCC 590
Query 807 TCCATATGTTTACAATTCTGCTCCT-CGTATTCCATTCATCTATAGCTCTCTACCACCTC 865
||||||||||||||| ||||| ||| | | |||||||||||||||||||| |||||| |
Sbjct 591 TCCATATGTTTACAAGTCTGC-CCTTCATCGTCCATTCATCTATAGCTCTCCACCACCCC 649
Query 866 CTCCATATGTTTACAATTCTGCTC 889
|||||||||||||||| |||||||
Sbjct 650 CTCCATATGTTTACAAGTCTGCTC 673
Score = 396 bits (214), Expect = 2e-109
Identities = 378/453 (83%), Gaps = 27/453 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 515 TCTACAGCTCTCCACCACCA-C-C-TCCATATGTTTACAACTCTCCACCACCA---CCTC 568
|||||| ||||||||||||| | | |||||| || |||| ||||||||||||| ||||
Sbjct 230 TCTACAACTCTCCACCACCACCTCTTCCATACGTCTACAGCTCTCCACCACCACCTCCTC 289
Query 569 CATATGTTTACGAG-TCT---GTTCCTCGTATTCCATTCATCTACAGCTCTCCACCACCC 624
|||| || ||| || ||| || | | ||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 290 CATACGTCTAC-AGCTCTCCACCACCACCTCCTCCATACGTCTACAGCTCTCCACCACTA 348
Query 625 CCTCCATATGTTTA-CAATTCTGCTCCTCGTATTCCATTCATCTATAGCTCTCCACCA-C 682
|||||||||||||| | |||| |||||| | || ||||| |||| |||||||||||| |
Sbjct 349 CCTCCATATGTTTATC-TTTCTCCTCCTCCTCTTTCATTCGTCTACAGCTCTCCACCATC 407
Query 683 CTCCTCCATATGTTTA-CAATTCTGCTCCTCGTGTTCCATTTATCTACAGCTCTCCACCA 741
| |||||||||||||| | | ||| | |||| | ||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 408 C-CCTCCATATGTTTATC-AGTCTCCCCCTCCTTTTCCATTCATCTACAGCTCTCCACCA 465
Query 742 CCACCTCCATATGTTTACAAGTCTGTTCC--TCGTATTCCATTCATCTACAGCTCTCCAC 799
|| |||||||||||||||||||| | || || | ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 466 CCGCCTCCATATGTTTACAAGTC--TACCTTTCATCGTCCATTCATCTACAGCTCTGCAC 523
Query 800 CACCCCCTCCATATGTTTACAATTCTGCTCC-TCGTATTCCATTCATCTATAGCTCTCTA 858
|||| ||||||||||||||||| ||||| || || | |||||||||||| ||||||| |
Sbjct 524 CACCTCCTCCATATGTTTACAAGTCTGC-CCTTCATCGTCCATTCATCTACAGCTCTCCA 582
Query 859 CCACCTCCTCCATATGTTTACAATTCTGCTCC-TCGT-GTTCCATTCATCTACAGCTCTC 916
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Sbjct 583 CCACCCCCTCCATATGTTTACAAGTCTGC-CCTTCATCG-TCCATTCATCTATAGCTCTC 640
Query 917 CACCACCCCCTCCATATGTTTACAATTCTGCTC 949
||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 641 CACCACCCCCTCCATATGTTTACAAGTCTGCTC 673
Score = 379 bits (205), Expect = 2e-104
Identities = 362/434 (83%), Gaps = 25/434 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 596 TTCCATTCATCTACAGCTCTCCACCA-C-CC-CCTCCATATGTTTACA-AT-T-CTGCTC 649
|||||| | ||||||||||||||||| | || |||||||| || |||| | | | | |
Sbjct 254 TTCCATACGTCTACAGCTCTCCACCACCACCTCCTCCATACGTCTACAGCTCTCCACCAC 313
Query 650 CTCGTATTCCATTCATCTATAGCTCTCCACCACCT-CCTCCATATGTTTA-CAATTCTGC 707
| | | ||||| | |||| |||||||||||| || |||||||||||||| | |||| |
Sbjct 314 CACCTCCTCCATACGTCTACAGCTCTCCACCA-CTACCTCCATATGTTTATC-TTTCTCC 371
Query 708 TCCTCGTGTTCCATTTATCTACAGCTCTCCACCA-CCACCTCCATATGTTTA-CAAGTCT 765
||||| | || |||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| | |||||
Sbjct 372 TCCTCCTCTTTCATTCGTCTACAGCTCTCCACCATCC-CCTCCATATGTTTATC-AGTCT 429
Query 766 GTTCCTCGTATTCCATTCATCTACAGCTCTCCACCACCCCCTCCATATGTTTACAATTCT 825
|||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 430 CCCCCTCCTTTTCCATTCATCTACAGCTCTCCACCACCGCCTCCATATGTTTACAAGTCT 489
Query 826 -GCTCCTCGTATTCCATTCATCTATAGCTCT-CTACCACCTCCTCCATATGTTTACAATT 883
|| || | |||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 490 ACCT-TTCATCGTCCATTCATCTACAGCTCTGC-ACCACCTCCTCCATATGTTTACAAGT 547
Query 884 CTGCTCC-TCGT-GTTCCATTCATCTACAGCTCTCCACCACCCCCTCCATATGTTTACAA 941
|||| || || | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 548 CTGC-CCTTCATCG-TCCATTCATCTACAGCTCTCCACCACCCCCTCCATATGTTTACAA 605
Query 942 TTCTGCTCCT-CGTATTCCATTTATCTATAGTTCTCCACCACCCCA-CCATATGTTTACA 999
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Sbjct 606 GTCTGC-CCTTCATCGTCCATTCATCTATAGCTCTCCACCACCCCCTCCATATGTTTACA 664
Query 1000 AGTTTGTTCCTCAT 1013
||| || || ||||
Sbjct 665 AGTCTGCTCTTCAT 678
Score = 339 bits (183), Expect = 3e-92
Identities = 461/584 (79%), Gaps = 64/584 (11%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGTCAATCCTAGTAATTGGCCATC-TCTTCTAATGTTGGTCTTAGCCTTCTATGTCGT 59
|||| |||| ||||||||| |||||| | |||| ||||||| ||| ||||| ||||||||
Sbjct 1 ATGGCCAATACTAGTAATTTGCCATCAT-TTCTTATGTTGGCCTTGGCCTTGTATGTCGT 59
Query 60 TGTAGTGCCTACAAGTGCTCAGTGCAAATACTCTCCACAATCA-C-C-A-C------C-- 107
|| || | ||||||||||||||||||||||||||||| |||| | | | | |
Sbjct 60 TGCAGCACATACAAGTGCTCAGTGCAAATACTCTCCACCATCACCACTACCGTATGTCTA 119
Query 108 -A-----CCACAACCATATGTCTACAGTCCCCCACTACCATCTCCATATGTTTACAAGTC 161
| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 TAGTTCTCCACCACCATATGTCTACAGTCCCCCACTACCATCTCCATATGTTTACAAGTC 179
Query 162 TCCACCACCATCTCCTTATCTCTATAGCTCCCCACCACCACCTCCATACGTATACAACTC 221
||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||
Sbjct 180 TCCCCCACCGGCTCCTTACCTCTATAGCTCCCCACCACCTCCACCATACGTCTACAACTC 239
Query 222 TCCACCACCACCTCCTCCATACATCTACAACTCTCCACCACGACCTCC---ATATGTTTA 278
|||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| |||||| ||| || ||
Sbjct 240 TCCACCACCACCTCTTCCATACGTCTACAGCTCTCCACCACCACCTCCTCCATACGTCTA 299
Query 279 TAAG-TCTCC-CC-CT-CCTCCTCCATTCGTGTACAGCTCTCCACCACCCCCTACATATA 334
| | ||||| || | |||||||||| ||| |||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 300 CA-GCTCTCCACCACCACCTCCTCCATACGTCTACAGCTCTCCACCACTACCTCCATATG 358
Query 335 TTTACAACTCTCCACCACCACCTCCATATGTTTACAAGTCTGTTCCTCGTATTACATTCA 394
|||| || || || || |||| | | | || || || | | | || |
Sbjct 359 TTTAT--CTTTCT-CCTCCTCCTC--T-T-T---CAT-TC-GT-C-T---A---CAG-C- 396
Query 395 TCTACAGCTCTCCACCACCCCCTCCATATGTTTA-CAATTCTGCTCCTCGTATTCCATTC 453
||| || | | | | ||| |||||||||||| || | || | |||| | ||||||||
Sbjct 397 TCTCCA-C-C---ATC-CCC--TCCATATGTTTATCAGT-CTCCCCCTCCTTTTCCATTC 447
Query 454 ATCTATAGCTCTCCACCACCTCCTCCATATGTTTACAATTCTGCTCCT-CGT-GTTCTAT 511
||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | | | | | || | ||
Sbjct 448 ATCTACAGCTCTCCACCACCGCCTCCATATGTTTACAAGTCTAC-CTTTCATCGTCC-AT 505
Query 512 TTATCTACAGCTCTCCACCACCACCTCCATATGTTTACAACTCT 555
| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 506 TCATCTACAGCTCTGCACCACCTCCTCCATATGTTTACAAGTCT 549
Score = 329 bits (178), Expect = 2e-89
Identities = 366/453 (81%), Gaps = 27/453 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 395 TCTACAGCTCTCCACCACC-CC-C-TCCATATGTTTACA-AT-T-CTGCTCCTCGTATTC 448
|||||| |||||||||||| || | |||||| || |||| | | | | || | | ||
Sbjct 230 TCTACAACTCTCCACCACCACCTCTTCCATACGTCTACAGCTCTCCACCACCACCTCCTC 289
Query 449 CATTCATCTATAGCTCT---CCACCACCTCCTCCATATGTTTACAATTCTGCTCCTCGT- 504
||| | |||| |||||| ||||||||||||||||| || |||| ||| | || | |
Sbjct 290 CATACGTCTACAGCTCTCCACCACCACCTCCTCCATACGTCTACAGCTCTCCACCAC-TA 348
Query 505 GTTCTATTTATCTA-CAGCTCTCCACCACCACCTCCATAT-GTTTACAACTCTCCACCA- 561
|| || | | || | ||||| || || | | ||| | || |||| ||||||||||
Sbjct 349 CCTCCATATGTTTATC-TTTCTCCTCCTCCTCTTTCAT-TCGTCTACAGCTCTCCACCAT 406
Query 562 CCACCTCCATATGTTTA-CGAGTCTGTTCCTCGTATTCCATTCATCTACAGCTCTCCACC 620
|| |||||||||||||| | ||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 407 CC-CCTCCATATGTTTATC-AGTCTCCCCCTCCTTTTCCATTCATCTACAGCTCTCCACC 464
Query 621 ACCCCCTCCATATGTTTACAATTCT-GCTCCTCGTATTCCATTCATCTATAGCTCTCCAC 679
||| ||||||||||||||||| ||| || || | |||||||||||| |||||| |||
Sbjct 465 ACCGCCTCCATATGTTTACAAGTCTACCT-TTCATCGTCCATTCATCTACAGCTCTGCAC 523
Query 680 CACCTCCTCCATATGTTTACAATTCTGCTCC-TCGT-GTTCCATTTATCTACAGCTCTCC 737
|||||||||||||||||||||| ||||| || || | | |||||| ||||||||||||||
Sbjct 524 CACCTCCTCCATATGTTTACAAGTCTGC-CCTTCATCG-TCCATTCATCTACAGCTCTCC 581
Query 738 ACCACCACCTCCATATGTTTACAAGTCTGTTCC-TCGTATTCCATTCATCTACAGCTCTC 796
|||||| |||||||||||||||||||||| || || | |||||||||||| |||||||
Sbjct 582 ACCACCCCCTCCATATGTTTACAAGTCTG-CCCTTCATCGTCCATTCATCTATAGCTCTC 640
Query 797 CACCACCCCCTCCATATGTTTACAATTCTGCTC 829
||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 641 CACCACCCCCTCCATATGTTTACAAGTCTGCTC 673
Score = 305 bits (165), Expect = 3e-82
Identities = 372/468 (79%), Gaps = 29/468 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 605 TCTACAGCT-CTCCACCACCCCCTCCATATGTTTACAATTCTGCTCC-TCGTATTCCATT 662
||||||| | | |||| ||| |||||||||||||||| ||| | || || ||| ||
Sbjct 140 TCTACAG-TCCCCCACTACCATCTCCATATGTTTACAAGTCTCCCCCACCG-GCTCC-TT 196
Query 663 -CATCTATAGCTCTCCACCACCTCCTCCATATGTTTACAA-T-T-CTGCTCCTCGTGTTC 718
| |||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| | | | | || | | |||
Sbjct 197 ACCTCTATAGCTCCCCACCACCTCCACCATACGTCTACAACTCTCCACCACCACCTCTTC 256
Query 719 CATTTATCTACAGCTCTCCACCACCA---CCTCCATATGTTTACAAG-TCT---GTTCCT 771
||| |||||||||||||||||||| |||||||| || ||| || ||| ||
Sbjct 257 CATACGTCTACAGCTCTCCACCACCACCTCCTCCATACGTCTAC-AGCTCTCCACCACCA 315
Query 772 CGTATTCCATTCATCTACAGCTCTCCACCACCCCCTCCATATGTTTA-CAATTCTGCTCC 830
| | ||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||| ||||
Sbjct 316 CCTCCTCCATACGTCTACAGCTCTCCACCACTACCTCCATATGTTTATC-TTTCTCCTCC 374
Query 831 TCGTATTCCATTCATCTATAGCTCTCTACCA-CCTCCTCCATATGTTTA-CAATTCTGCT 888
|| | || ||||| |||| ||||||| |||| || |||||||||||||| | | ||| |
Sbjct 375 TCCTCTTTCATTCGTCTACAGCTCTCCACCATCC-CCTCCATATGTTTATC-AGTCTCCC 432
Query 889 CCTCGTGTTCCATTCATCTACAGCTCTCCACCACCCCCTCCATATGTTTACAATTCTGCT 948
|||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 433 CCTCCTTTTCCATTCATCTACAGCTCTCCACCACCGCCTCCATATGTTTACAAGTCTAC- 491
Query 949 CCT-CGTATTCCATTTATCTATAGTTCTCCACCACC-CCACCATATGTTTACAAGTTTGT 1006
| | | | |||||| ||||| || ||| ||||||| || |||||||||||||||| ||
Sbjct 492 CTTTCATCGTCCATTCATCTACAGCTCTGCACCACCTCCTCCATATGTTTACAAGTCTGC 551
Query 1007 TCCT-CATATTCCAT-CATCTACAACTCTCCACCACCCCCTCCATATG 1052
||| ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 552 -CCTTCATCGTCCATTCATCTACAGCTCTCCACCACCCCCTCCATATG 598
Score = 228 bits (123), Expect = 8e-59
Identities = 322/414 (78%), Gaps = 30/414 (7%)
Strand=Plus/Plus
Query 101 CACCACCACCACAACCATATGTCTACAG-TC-CC-CCACTACCAT-CTCCATATGTTTAC 156
|||||||||| | ||||| |||||||| || || |||| ||| | ||||||| || |||
Sbjct 275 CACCACCACCTCCTCCATACGTCTACAGCTCTCCACCACCACC-TCCTCCATACGTCTAC 333
Query 157 AAG-TCTCCACCACCATCTCCTTATCTCTATAGCTCCCCACCACCACCTCCATACGTATA 215
|| |||||||||| | |||| ||| | ||| || || || || | | ||| ||| ||
Sbjct 334 -AGCTCTCCACCACTACCTCCATATGTTTATCTTTCTCCTCCTCCTCTTTCATTCGTCTA 392
Query 216 CAACTCTCCACCACCACCTCCTCCATACATCTA-CAACTCTCCACCACGACCTCCATATG 274
|| |||||||||| || |||||||| | || | | ||||| || | ||||| |
Sbjct 393 CAGCTCTCCACCA--TCC-CCTCCATATGTTTATC-AGTCTCCCCCTCCTTTTCCAT-T- 446
Query 275 TTTATA-AG-TCTCCCCCTCCTCCTCCAT-TCGTGTAC-AGCTCTCCACC--ACCCCCTA 328
| || || ||||| || || ||||||| | || ||| || ||| ||| | | |
Sbjct 447 CATCTACAGCTCTCCACCACCGCCTCCATAT-GTTTACAAG-TCT--ACCTTTCATCGTC 502
Query 329 CATAT-ATTTACAACTCTCCACCACCACCTCCATATGTTTACAAGTCTGTTCC-TCGTAT 386
||| | || |||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||| || || |
Sbjct 503 CAT-TCATCTACAGCTCTGCACCACCTCCTCCATATGTTTACAAGTCTG-CCCTTCATCG 560
Query 387 TACATTCATCTACAGCTCTCCACCACCCCCTCCATATGTTTACAATTCTGCTCCT-CGTA 445
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | |
Sbjct 561 TCCATTCATCTACAGCTCTCCACCACCCCCTCCATATGTTTACAAGTCTGC-CCTTCATC 619
Query 446 TTCCATTCATCTATAGCTCTCCACCACCTCCTCCATATGTTTACAATTCTGCTC 499
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 620 GTCCATTCATCTATAGCTCTCCACCACCCCCTCCATATGTTTACAAGTCTGCTC 673
Score = 219 bits (118), Expect = 5e-56
Identities = 419/558 (75%), Gaps = 46/558 (8%)
Strand=Plus/Plus
Query 178 TATCTCTATAGCT-CCCCACCACCACCTCCATACGTATACAACTCTCCACCACCACCTCC 236
||| |||| || | |||||| |||| ||||||| || ||||| ||| | || ||||| |
Sbjct 136 TATGTCTACAG-TCCCCCACTACCATCTCCATATGTTTACAAGTCT-C-CC-CCACCGGC 191
Query 237 TCCATACATCTACAACTCTCCACCACGACCTCCATATGTTTATAAGTCT-C-CC-CCTCC 293
||| ||| |||| | ||| ||||||| || ||||| || || || ||| | || || ||
Sbjct 192 TCCTTACCTCTATAGCTCCCCACCACCTCCACCATACGTCTACAACTCTCCACCACCACC 251
Query 294 TCCTCCATTCGTGTACAGCTCTCCACCA-C-CC-CCTACATATATTTACAACTCTCCACC 350
|| ||||| ||| ||||||||||||||| | || ||| |||| | |||| |||||||||
Sbjct 252 TCTTCCATACGTCTACAGCTCTCCACCACCACCTCCTCCATACGTCTACAGCTCTCCACC 311
Query 351 ACCA---CCTCCATATGTTTACAAGTCTGTTCCTCGTATTACATTC--ATCTACAGC--T 403
|||| |||||||| || ||| || || ||| | | ||| | | || | | | |
Sbjct 312 ACCACCTCCTCCATACGTCTAC-AG-CT-CTCCAC-CACTACCTCCATATGTTTATCTTT 367
Query 404 CTCCACCACCCCCTCCATAT-GTTTACAATTCTGCTCC-TCGTATTCCAT-TCATCTAT- 459
|||| || || | | ||| | || |||| ||| | || || ||||| | | |||
Sbjct 368 CTCCTCCTCCTCTTTCAT-TCGTCTACAGCTCTCCACCATC-CCCTCCATAT-GTTTATC 424
Query 460 AGCTCTCCACCACCTCCTCCATAT-GTTTACAATTCTGCTCC-TCGTGTTCTATTTATCT 517
|| ||||| || ||| ||||| | | |||| ||| | || || || || | | |
Sbjct 425 AG-TCTCCCCCTCCTTTTCCAT-TCATCTACAGCTCTCCACCACCG-CCTCCATATGTTT 481
Query 518 AC-AGCTCTCCACC-ACCA-CCTCCATAT-GTTTACAACTCTCCACCACCACCTCCATAT 573
|| || ||| ||| || | ||||| | | |||| |||| ||||||| |||||||||
Sbjct 482 ACAAG-TCT--ACCTTTCATCGTCCAT-TCATCTACAGCTCTGCACCACCTCCTCCATAT 537
Query 574 GTTTACGAGTCTGTTCC-TCGTATTCCATTCATCTACAGCTCTCCACCACCCCCTCCATA 632
|||||| |||||| || || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 GTTTACAAGTCTG-CCCTTCATCGTCCATTCATCTACAGCTCTCCACCACCCCCTCCATA 596
Query 633 TGTTTACAATTCTGCTCCT-CGTATTCCATTCATCTATAGCTCTCCACCACCTCCTCCAT 691
||||||||| ||||| ||| | | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 597 TGTTTACAAGTCTGC-CCTTCATCGTCCATTCATCTATAGCTCTCCACCACCCCCTCCAT 655
Query 692 ATGTTTACAATTCTGCTC 709
|||||||||| |||||||
Sbjct 656 ATGTTTACAAGTCTGCTC 673
Score = 135 bits (73), Expect = 5e-31
Identities = 284/377 (75%), Gaps = 49/377 (13%)
Strand=Plus/Plus
Query 101 CACCACCACCACAACCATATGTCTACAGTC-CCCCACTACCATCTCCATATGTTTA-CAA 158
|||||||||| | ||||| |||||||| | | |||| || | ||||||||||||| |
Sbjct 308 CACCACCACCTCCTCCATACGTCTACAG-CTCTCCACCACTACCTCCATATGTTTATC-T 365
Query 159 GTCTCCACCACCATC-TCCTTATC-TCTATAGCTCCCCACCA-CCACCTCCATACGTATA 215
||||| || || || | | | || |||| ||||| |||||| || |||||||| || ||
Sbjct 366 TTCTCCTCCTCC-TCTTTCAT-TCGTCTACAGCTCTCCACCATCC-CCTCCATATGTTTA 422
Query 216 -CAACTCTCCACCACCACCTCCTCCATACATCTACAACTCTCCACCA-CGACCTCCATAT 273
| | ||| | || || ||| ||||| |||||||| |||||||||| || |||||||||
Sbjct 423 TC-AGTCT-C-CC-CCTCCTTTTCCATTCATCTACAGCTCTCCACCACCG-CCTCCATAT 477
Query 274 GTTTATAAGTCT-CC--CCCTCCTCC-TCCAT-T-C-G---TGTA-CAGCT-CTCC---- 317
||||| |||||| || | || ||| | ||| | | | || | || || ||||
Sbjct 478 GTTTACAAGTCTACCTTTCATCGTCCATTCATCTACAGCTCTGCACCACCTCCTCCATAT 537
Query 318 ----ACCA--C--CCCCT-A-CAT--A-T-ATTTACAACTCTCCACCACCACCTCCATAT 363
|| | | ||| | | | | | | || |||| |||||||||||| |||||||||
Sbjct 538 GTTTACAAGTCTGCCCTTCATCGTCCATTCATCTACAGCTCTCCACCACCCCCTCCATAT 597
Query 364 GTTTACAAGTCTGTTCC-TCGTATTACATTCATCTACAGCTCTCCACCACCCCCTCCATA 422
||||||||||||| || || | | |||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 GTTTACAAGTCTG-CCCTTCATCGTCCATTCATCTATAGCTCTCCACCACCCCCTCCATA 656
Query 423 TGTTTACAATTCTGCTC 439
||||||||| |||||||
Sbjct 657 TGTTTACAAGTCTGCTC 673
Score = 130 bits (70), Expect = 2e-29
Identities = 93/104 (89%), Gaps = 2/104 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 547 TACAACTCTCCACCACCACCTCCATATGTTTACGAGTCTGTTCC-TCGTATTCCATTCAT 605
|||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||| || || | |||||||||
Sbjct 571 TACAGCTCTCCACCACCCCCTCCATATGTTTACAAGTCTG-CCCTTCATCGTCCATTCAT 629
Query 606 CTACAGCTCTCCACCACCCCCTCCATATGTTTACAATTCTGCTC 649
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 630 CTATAGCTCTCCACCACCCCCTCCATATGTTTACAAGTCTGCTC 673
Score = 71.3 bits (38), Expect = 1e-11
Identities = 98/125 (78%), Gaps = 11/125 (9%)
Strand=Plus/Plus
Query 109 CCACAACCATATGTCTACAGTCCCCCACTACCATCTCCATATGTTTACAAGTCTCCACC- 167
|||| |||||| | ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 757 CCACCACCATACGCCTACAGT---CCACCACCATCTCCATATGTTTACAAGTCTCCACCT 813
Query 168 -ACCATCTCCTT-ATC-T-CT-ATAGCTCCCCACCACCACCTCCATACGTATACAACTCT 222
|| ||||| | | | || ||| | ||||| ||| ||||||| || ||||| |||
Sbjct 814 TACT-TCTCCACCACCATACTCATA-CAGTCCACCGCCATCTCCATATGTTTACAAGTCT 871
Query 223 CCACC 227
|||||
Sbjct 872 CCACC 876
Score = 56.5 bits (30), Expect = 4e-07
Identities = 51/60 (85%), Gaps = 5/60 (8%)
Strand=Plus/Plus
Query 109 CCACAACCATATGTC-TACAGTCCCCCACTACCATCTCCATATGTTTACAAGTCTCCACC 167
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Sbjct 821 CCACCACCATA-CTCATACAGT---CCACCGCCATCTCCATATGTTTACAAGTCTCCACC 876
> Ahg921634 jgi|Araly1|921634|scaffold_102915.1
Length=928
Score = 307 bits (166), Expect = 9e-83
Identities = 508/668 (76%), Gaps = 44/668 (7%)
Strand=Plus/Plus
Query 355 CCTCCATATGTTTACAAGTCTGTTCCTCGTATTACATT-CATCTACAGCTCTCCACCACC 413
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Sbjct 14 CCTCCTTATGTCTACAAGTCTCCTCCTC-CACCACCTTACGTCTACAGTTCTCCACCACC 72
Query 414 CCCTCCATATGTTTACAATTCTGCTCCTCGTATTCCATTCA--TCTATAGCTCTCCACCA 471
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Sbjct 73 GCCTCCATATGTCTACAAATCTCCTCCACCTCCTCC-TT-ATGTCTATAGCTCTCCACCA 130
Query 472 CCTCCTCCATATGTTTACAATTCTGCTCCTCGTGTTCTATTTATCTACAGCTCTCCACCA 531
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Sbjct 131 CCTCCTCCATATGTTTACAAGTCTCCTCCACCACCTCCATACGTCTACAGTTCTCCACCA 190
Query 532 CCACCTCCATATGTTTACAACTCTCCACCACCACCTCCATATGTTTACGAG-TCTGTTCC 590
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Sbjct 191 CCACCTCCATATGTCTACAAATCTCCACCACCGCCTCCTTATGTGTAC-AGCTCACCACC 249
Query 591 TCGTATTCCATTCATCT--ACAGCTCTCCACCACCCCCTCCATATGTTTACAATTCTGCT 648
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Sbjct 250 ACCCCCTCC-TT-ATGTTTACAAATCTCCTCCACCACCTCCCTACGTCTATAGCTC-GCC 306
Query 649 -CCTCGTAT-TCCAT-TCATCTATAGCTCTCCACCACCTCCTCCATATGTTTACAATTCT 705
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Sbjct 307 ACCACC-ACCTCCATATG-TCTACAGCTCACCACCGCCTCCTCCATATGTATACAAGTCT 364
Query 706 GCTCCTCGTGTTCCATT-TATCTACAGCTCTCCACCACCACCTCCATATGTTTACAAGTC 764
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Sbjct 365 CCACCACCACCTCC-TTATGTCTACAGCTCGCCACCACCTCCTCCATATGTTTACAAGTC 423
Query 765 TGTTCCTCGTAT-TCCAT-TCATCTACAGCTCTCCACCACCCCCTCCATATGTTTACAAT 822
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Sbjct 424 TCCACCACC-ACCTCCATATG-TCTACAGCTCGCCACCGCCTCCTCCATATGTATACAAG 481
Query 823 TCTGCTCCTCGTAT-TCCATTCAT--CTATAGCTCTCTACCACCTCCTCCATATGTTTAC 879
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Sbjct 482 TCTCCACCACC-ACCTCC-TT-ATGTCTACAGCTCGCCACCACCTCCTCCATATGTTTAC 538
Query 880 AATTCTGCTCCTCGTGTTCCATT-CATCTACAGCT---CTCCACCACCCCCTCCATATGT 935
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Sbjct 539 AAGTCTCCTCCACCACCTCC-TTACGTCGATAGCTATTCTCCACCACCGACTCCATATGT 597
Query 936 TTACAATTCTGCTCCTCGTAT-TCCATTTATCTATAGTTCTCCACCACCC-CACCATATG 993
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Sbjct 598 TTACAAGTCTCCTCCA--TATGTCTAT--AGCTAC--T-CTCCACCGCCGGCTCCATATG 650
Query 994 TTTACAAG 1001
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Sbjct 651 TTTACAAG 658
Score = 233 bits (126), Expect = 2e-60
Identities = 384/505 (76%), Gaps = 32/505 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 565 CCTCCATATGTTTACGAGTCTGTTCCTCGTATTCCA--TT-CATCTACAGCTCTCCACCA 621
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Sbjct 14 CCTCCTTATGTCTACAAGTCTCCTCCTC-CA--CCACCTTACGTCTACAGTTCTCCACCA 70
Query 622 CCCCCTCCATATGTTTACAATTCTGCTCCTCGTATTCCATTCA--TCTATAGCTCTCCAC 679
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Sbjct 71 CCGCCTCCATATGTCTACAAATCTCCTCCACCTCCTCC-TT-ATGTCTATAGCTCTCCAC 128
Query 680 CACCTCCTCCATATGTTTACAATTCTGCTCCTCGTGTTCCATTTATCTACAGCTCTCCAC 739
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Sbjct 129 CACCTCCTCCATATGTTTACAAGTCTCCTCCACCACCTCCATACGTCTACAGTTCTCCAC 188
Query 740 CACCACCTCCATATGTTTACAAGTCTGTTCCTC-GTATTCCATTCATCT--ACAGCTCTC 796
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Sbjct 189 CACCACCTCCATATGTCTACAAATCTCCACCACCGCCT-CC-TT-ATGTGTACAGCTCAC 245
Query 797 CACCACCCCCTCCATATGTTTACAATTCTGCTCCTCGTAT-TCCATTCATCTATAGCTCT 855
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Sbjct 246 CACCACCCCCTCCTTATGTTTACAAATCTCCTCCACC-ACCTCCCTACGTCTATAGCTCG 304
Query 856 CTACCACCTCCTCCATATGTTTACAATTCTGCTCCTCGTGTTCCAT-TCATCTACA-GCT 913
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Sbjct 305 CCACCACCACCTCCATATGTCTACAGCTCACCACCGCCTCCTCCATATG-TATACAAG-T 362
Query 914 CTCCACCACCCCCTCCATATGTTTACAATTCTGCT-CCTCGTATTCCATTTATCTATA-G 971
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Sbjct 363 CTCCACCACCACCTCCTTATGTCTACAGCTC-GCCACCACCTCCTCCATATGTTTACAAG 421
Query 972 TTCTCCACCACC-CCACCATATGTTTACAAGTTTGTT-CCTCATATTCCATCATCTA--C 1027
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Sbjct 422 T-CTCCACCACCACCTCCATATGTCTACA-GCTCGCCACCGCCTCCTCCAT-ATGTATAC 478
Query 1028 AACTCTCCACCACCCCCTCCATATG 1052
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Sbjct 479 AAGTCTCCACCACCACCTCCTTATG 503
Score = 213 bits (115), Expect = 2e-54
Identities = 217/264 (82%), Gaps = 15/264 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 96 ACAA-TCACCACCACCACAACCATATGTCTACAGTC-CCCCACTACCAT-CTCCATATGT 152
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Sbjct 357 ACAAGTCTCCACCACCACCTCCTTATGTCTACAG-CTCGCCACCACC-TCCTCCATATGT 414
Query 153 TTACAAGTCTCCACCACCATCTCCTTATCTCTATAGCTCCCCACCACCACCTCCATACGT 212
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Sbjct 415 TTACAAGTCTCCACCACCACCTCCATATGTCTACAGCTCGCCACCGCCTCCTCCATATGT 474
Query 213 ATACAACTCTCCACCACCACCTCCTCCATACATCTACAACTCTCCACCACGACCTCCATA 272
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Sbjct 475 ATACAAGTCTCCACCACCACCTCCTT-ATG--TCTACAGCTCGCCACCACCTCCTCCATA 531
Query 273 TGTTTATAAGTCTCCCCCTCCTCCTCCATT-CGT-GTACAGCT---CTCCACCACCCCCT 327
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Sbjct 532 TGTTTACAAGTCTCCTCCACCACCTCC-TTACGTCG-ATAGCTATTCTCCACCACCGACT 589
Query 328 ACATATATTTACAACTCTCCACCA 351
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Sbjct 590 CCATATGTTTACAAGTCTCCTCCA 613
> Ahg942633 jgi|Araly1|942633|scaffold_603177.1
Length=1325
Score = 73.1 bits (39), Expect = 4e-12
Identities = 53/59 (90%), Gaps = 3/59 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 109 CCACAACCATATGTCTACAGTCCCCCACTACCATCTCCATATGTTTACAAGTCTCCACC 167
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Sbjct 436 CCACCACCATATGCCTACAGT---CCACCACCATCTCCATATGTTTACAAGTCTCCACC 491
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 39190358676
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5