BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G09020.1
Length=2483
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg942557 jgi|Araly1|942557|scaffold_603101.1 3683 0.0
> Ahg942557 jgi|Araly1|942557|scaffold_603101.1
Length=2344
Score = 3683 bits (1994), Expect = 0.0
Identities = 2232/2346 (95%), Gaps = 20/2346 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 5 GATCGTTGAAGCAACGAAGATATGCTTACTTCA----C--CTTCTTCTTCTTCTACATAT 58
|||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |
Sbjct 1 GATCATTGAAGCAACGAAGATATGCTTACTTCACCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTACATTT 60
Query 59 GATCCATTCTCTTCCAATTTCTCTCC-GTCGCTCACTAATGCCTTCTCTAGTAGCTTCAC 117
||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 61 GATTCATTCTCTTCCAATTTCTCTCCGGT-ACTCACTAATGCCTTCTCT-G--GCTTCAC 116
Query 118 CATTCCCATGGGATTGAAATTGAGTAGGAGAGTCACCAGAGCTCGGA-TCTTCTCTCGTA 176
|||||||||||||||||| |||||||||| ||| | | |||||| || | |||||||| |
Sbjct 117 CATTCCCATGGGATTGAATTTGAGTAGGAAAGTGATCGGAGCTC-GAGTTTTCTCTCGGA 175
Query 177 AGATTAAGGATCGTTCAACACTTAAGGTCACTTGTCGTCGCGCACACGAACGTGTGGTTG 236
|| |||||||||||||||| |||||| | |||||||||| ||| | |||||||||||||
Sbjct 176 AGGTTAAGGATCGTTCAACGCTTAAGCTTTCTTGTCGTCGTGCAAAAGAACGTGTGGTTG 235
Query 237 AGGAAGAAGCATCTACAATGACGGAGAC---GAAATTGTTTAAAGTTTCTTCTGGTGAGG 293
|||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||| |||||||||
Sbjct 236 AGGAAGAAGCTTCTACAATGACGGAGACTAAGCAATTGTTCAAAGTTTCTACTGGTGAGG 295
Query 294 TATCTCCTCTTGGTGTGTCACAAGTCGATAAGGGAATCAATTTTGCTTTGTTTTCTCAGA 353
||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 296 TATCTCCTCTTGGTGTGTCTCAAGTCGACAATGGAATCAATTTTGCTTTGTTTTCTCAGA 355
Query 354 ATGCTACTTCTGTCACACTCTGCTTATCACTAT-CCCAGAGTGGTAAGGATGATACGGAT 412
||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||| | ||
Sbjct 356 ATGCTACTTCTGTTACACTCTGCTTATCACT-TCCCCAAAGTGGTAAGGATGATTTGAAT 414
Query 413 GATGATGGTATGATAGAGTTGGTTTTGGATCCCAGTGTAAACAAGACTGGAGATACTTGG 472
|||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 415 GATGATGGTATGATTGAGTTGGTTTTGGATCCAAGTGTAAACAAGACTGGGGATACTTGG 474
Query 473 CACATTTGTGTTGAGGATTTGCCTCTCAATAATGTTCTCTATGGTTACCGTGTTGATGGT 532
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 475 CACATTTGTGTTGAGGAGTTGCCTCTCAATAATGTTCTTTATGGTTACCGTGTTGATGGT 534
Query 533 CCTGGAGAATGGCAACAAGGGCATCGGTTTGATCGTAGTATTTTGCTTTTGGATCCCTAT 592
|||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 535 CCTGGAGAATGGCAACAAGGGCATCGGTTTGACCATAGTATTGTGCTTTTGGATCCCTAT 594
Query 593 GCTAAGCTAGTTAAAGGTCATAGTTCTTTTGGAGATAGTAGTCAGAAGTTTGCTCAATTT 652
|| ||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 595 GCAAAGCTAGTTAAGGGTCGCAGCTCTTTTGGAGATAGTAGTCAAAAGTTTGCTCAATTT 654
Query 653 TATGGAACTTATGACTTTGAGAGCTCGCCATTTGACTGGGGAGATGACTACAAGTTTCCT 712
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 655 TATGGAACTTATGACTTTGAGAGCTCGCCATTTAACTGGGGAGATGACTACAAGTTCCCT 714
Query 713 AACATACCTGAGAAGGATCTTGTTATTTATGAAATGAATGTTCGTGCTTTTACTGCTGAT 772
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 715 AACATACCTGAGAAGGATCTTGTTATTTATGAAATGAATGTTCGTGCTTTTACTGCTGAT 774
Query 773 GAATCCAGTGGGATGGACCCAGCTATAGGAGGCAGTTACCTCGGTTTCATTGAGAAGATC 832
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 775 GAATCCAGTGGGATGGACCCAGCTATAGGGGGCAGTTACCTCGGTCTCATTGAGAAGATC 834
Query 833 CCACACCTTCAAGATCTGGGTATAAATGCAGTGGAATTATTGCCAGTGTTTGAGTTTGAT 892
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 835 CCACACCTTCAAGATCTGGGTATAAATGCAGTGGAGTTATTGCCAGTGTTTGAGTTTGAT 894
Query 893 GAACTGGAGCTTCAGAGGCGTTCTAACCCTAGGGATCACATGGTTAACACATGGGGTTAC 952
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 895 GAACTGGAGCTTCAGAGGCGTCCTAACCCTAGGGATCACATGGTTAACACATGGGGTTAC 954
Query 953 TCGACAGTTAACTTTTTTGCTCCGATGAGCCGATATGCTAGTGGTGAGGGAGACCCTA-T 1011
|||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| | |
Sbjct 955 TCGACAATTAACTTTTTTGCTCCGATGAGCCGTTATGCTAGTGGTGAGGCAGACCC-AGT 1013
Query 1012 TAAAGCTTCGAAAGAGTTTAAAGAAATGGTCAAAGCCTTGCATTCTGCTGGTATAGAGGT 1071
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1014 TAAAGCTTCGAAAGAGCTTAAAGAAATGGTCAAAGCCTTACATTCTGCTGGTATAGAGGT 1073
Query 1072 CATTTTGGACGTAGTTTATAATCACACCAACGAAGCAGATGACAAATACCCTTATACCAC 1131
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1074 CATTTTGGACGTAGTTTATAATCATACCAACGAAGCAGATGACAAATACCCTTATACCAC 1133
Query 1132 TTCATTTCGTGGCATAGACAACAAGGTTTATTACATGCTTGATCCAAACAACCAACTGCT 1191
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1134 TTCATTTCGTGGCATAGACAATAAGGTTTATTACATGCTTGATCCAAACAACCAACTGCT 1193
Query 1192 TAACTTTTCTGGCTGTGGGAATACACTGAACTGTAACCATCCAGTTGTTATGGAACTCAT 1251
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1194 TAACTTTTCTGGCTGTGGGAATACACTGAACTGTAACAATCCCGTTGTTATGGAACTAAT 1253
Query 1252 ACTTGATAGCTTAAGGCACTGGGTCACTGAATATCACGTGGATGGTTTCCGGTTTGATCT 1311
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1254 ACTAGATAGCTTAAGGCACTGGGTCACTGAATATCATGTGGATGGTTTCCGATTTGATCT 1313
Query 1312 TGCTAGTGTGCTTTGCCGAGCAACAGATGGATCTCCACTCAGTGCTCCCCCACTGATAAG 1371
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1314 TGCTAGTGTGCTTTGCCGAGCAACAGATGGATCTCCACTCAGTGCTCCCCCACTCATTAG 1373
Query 1372 GGCAATTGCCAAGGATTCTGTTCTGTCAAGATGTAAAATAATTGCAGAGCCTTGGGATTG 1431
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1374 GGCAATTGCCAAGGATTCCGTTCTGTCAAGATGTAAAATAATTGCAGAGCCTTGGGATTG 1433
Query 1432 TGGAGGATTATATCTAGTCGGGAAGTTTCCAAATTGGGATAGGTGGGCTGAGTGGAATGG 1491
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1434 TGGAGGATTATATCTAGTCGGGAAGTTTCCAAATTGGGATAGGTGGGCTGAGTGGAATGG 1493
Query 1492 GATGTACCGGGATGATGTTAGAAGATTTATCAAGGGTGACAGTGGCATGAAAGGAAGCTT 1551
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 1494 GATGTACCGGGATGATGTTAGAAGATTTATCAAGGGTGACATTGGTATGAAAGGAAGCTT 1553
Query 1552 TGCTACTCGGGTTTCTGGATCTTCCGATCTTTACCAGGTTAACCAGAGGAAGCCTTACCA 1611
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1554 TGCTACTCGGGTTTCAGGATCTTCCGATCTTTACCAGGTTAACCAGCGGAAGCCTTACCA 1613
Query 1612 TGGTGTAAATTTTGTGATCGCACATGATGGATTCACATTGCGAGATCTTGTATCGTACAA 1671
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1614 TGGTGTAAATTTTGTGATCGCACATGATGGATTCACATTGCGAGATCTTGTATCGTACAA 1673
Query 1672 CTTTAAGCACAATGAGGCCAATGGAGAAGGAGGAAATGATGGATGTAATGACAATCATAG 1731
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1674 CTTTAAGCACAATGAGGCCAATGGAGAAGGAGGAAATGATGGATGTAATGACAATCATAG 1733
Query 1732 CTGGAACTGTGGTTTTGAAGGGGAAACTGGTGATGCTCACATCAAATCTTTACGTACTCG 1791
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1734 CTGGAACTGTGGTTTTGAAGGGGAAACTGATGATGCTCACATCAAGTCTTTACGTACTCG 1793
Query 1792 GCAAATGAAGAACTTTCATTTAGCTTTGATGATTTCTCAGGGAACACCAATGATGCTAAT 1851
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1794 GCAAATGAAGAATTTTCATTTAGCTTTGATGATTTCTCAGGGAACACCAATGATGCTAAT 1853
Query 1852 GGGAGACGAATATGGACATACACGGTATGGTAACAACAATAGCTACGGACATGATACCTC 1911
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
Sbjct 1854 GGGAGACGAATATGGACATACGCGGTATGGTAACAACAATAGCTATGGACATGATACCGC 1913
Query 1912 CCTTAACAATTTCCAGTGGAAAGAGCTCGACGCAAAGAAGCAGAACCATTTCAGGTTTTT 1971
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1914 TCTTAATAATTTCCAGTGGAAAGAGCTCGACGCAAAGAAGCAAAACCATTTCAGGTTTTT 1973
Query 1972 CTCGGAGGTGATCAAGTTCCGACATTCACACCATGTACTCAAGCATGAAAATTTCCTCAC 2031
|||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1974 TTCGGAGATGATCAAGTTTCGACATTCACACCATGTACTCAAGCATGAAAATTTCCTCAC 2033
Query 2032 CCAAGGTGAGATTACATGGCATGAAGATAATTGGGACAACAGTGAGAGCAAGTTCCTAGC 2091
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2034 CCAAGGCGAGATTACATGGCATGAAGATAATTGGGACAACACTGAGAGCAAGTTCCTAGC 2093
Query 2092 TTTCACTCTCCATGACGGTATAGGTGGCCGTGACATCTATGTGGCATTCAACGCCCACGA 2151
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2094 TTTCACTCTCCATGACGGTGTAGGTGGCCGTGACATCTATGTGGCATTCAACGCCCACGA 2153
Query 2152 CTACTTTGTCAAGGCTCTGATTCCACAGCCACCACCGGGAAAACAATGGTTCCGTGTGGC 2211
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2154 CTACTTTGTCAAGGCTCTGATTCCACAGCCGCCACCGGAAAAACAATGGTTCCGTGTGGC 2213
Query 2212 TGACACAAACCTCGAGTCGCCGGATGATTTTGTGAGGGAAGGTGTGGCCGGTGTGGCTGA 2271
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2214 TGACACAAACCTCGAGTCGCCGGATGATTTTGTGAGCGAAGGTGTGGCTGGCGTGGCTGA 2273
Query 2272 TACCTACAATGTGGCCCCATTCTCTTCAATCCTTCTCCAGTCCAAGTAAGATAAGCACTC 2331
||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2274 TACCTACAACGTGGCTCCATTTTCTTCAATCCTTCTCCAGTCCAAGTAAGATAAGCACTC 2333
Query 2332 ACACGA 2337
||||||
Sbjct 2334 ACACGA 2339
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 93587731965
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5