BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G10070.1
Length=2255
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg327182 jgi|Araly1|327182|fgenesh1_pm.C_scaffold_6002402 2883 0.0
> Ahg327182 jgi|Araly1|327182|fgenesh1_pm.C_scaffold_6002402
Length=2193
Score = 2883 bits (1561), Expect = 0.0
Identities = 2007/2215 (91%), Gaps = 59/2215 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 78 ATGACGGAGGAAGATTTTGTTGTTATCTCTACGCCGCCTGTCGATCTCAAGCGAAAGCTC 137
||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCGGAGGAAGAGGTTGTTGTTATCTATACGCCGCCTGTAGATCTCAAGCGAAAGCTC 60
Query 138 GAC--G-AAGTTG--AGCT-TAATGGAAATATCGTGGATGATAGCAATCAAACATCTGAT 191
||| | || || | | |||||| ||||||| ||||||||||||| | |||||||
Sbjct 61 GACGAGCAACATGCCGGGTCGAATGGAGATATCGTCGATGATAGCAATCCAGTATCTGAT 120
Query 192 TCTTCTCAGGCTAAACGAGCGAAGCTAGAAGATGAAGCTCAAGATGGTTTAGATTATGGG 251
||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 121 TCTTCGCAGGCTAAGCGAGCGAAGCTCGACGATGAAGCTCAAGATGGTTTAGATCATGGG 180
Query 252 AATACACAAGAAAATGGGTCTTCAATGGAGGTAAAAGAGGAAGAACAGCTTCAGGAACCT 311
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AATACACAAGAAAATGGTTCTTCAATGGAGGTAAAAGAGGAAGAACAGCTTCAGGAACCC 240
Query 312 AAGGAAGAGAATCAAGATTCTGTACCACTTGTTGAGGAAGTTCAGGATCCTATTCATGCT 371
||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 241 AAGTATGAGAATCAAGATTCTGTACCACTTGTTGATGAAGTTCAAGATCCCATTCATGCC 300
Query 372 GATGAGTCTGAAAATAAGATTTGTAG-TGTAGATCA-GCCAACAGATGATCAGGTTAAGC 429
|||| ||||||||||| | |||| | ||||| ||| | || |||||||||| |||||||
Sbjct 301 AATGAATCTGAAAATAACACTTGT-GATGTAGCTCATG-CAGCAGATGATCATGTTAAGC 358
Query 430 CTGAGGATAACCAACA-AG--G--TTG-------T-AT-T----G-A-G---G-ATGTCA 465
|||||||||||||||| | | ||| | || | | | | | ||||||
Sbjct 359 CTGAGGATAACCAACAGGGTTGTATTGAAAATAATAATGTAGAAGAATGTAAGAATGTCA 418
Query 466 ATGGTGGTGAACATCAGAAGGTGATTGATGACGATAGTAAGGAAGTGAATGATGGTAGTT 525
|||||||||||| |||||||| | ||| |||||| ||||||| | |||||||||| | ||
Sbjct 419 ATGGTGGTGAACCTCAGAAGGAGGTTGGTGACGAAAGTAAGGTATTGAATGATGGCAATT 478
Query 526 CTCAAGAGAATGGTAAAGAAGAAAATAAGGAAGTGGATGGTGAAAAATCTCAGAAGGAGG 585
||| | | | |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 479 CTC------A--G---A-AAGAAATTAAGGAAGTGGATGGTGAAAATTCTCAGAAGGAGG 526
Query 586 TTGATGGCACACAGTCGACAACTCGTAGGATAGATGTCCCAAGTTCAAAGGTAGGTGTGT 645
|||||| |||||||| || ||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 527 TTGATGATACACAGTCAACGACTCGCACCATAGATGTCCCAAGTTCGAAGGTAGGTGTGC 586
Query 646 TGATTGGTAAAGGTGGGGAGACTATACGGTATCTTCAGTTTAACTCTGGTGCCAAAATCC 705
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 587 TGATTGGTAAAGGTGGGGAGACTATACGGTATCTTCAGTTTAACTCTGGTGCCAAAATCC 646
Query 706 AAATTTTGAGGGATTCAGAAGCTGATCCGAGCTCAGCGTTAAGACCAGTGGAGATAATTG 765
|||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 647 AAATCTTGAGAGATTCAGAAGCTGATCCGAACTCTGCGTTAAGACCAGTGGAGATAATTG 706
Query 766 GAAGTGTTGCATGCATTGA-AAGTGCTGAGAAGCTTATCAGTGCAGTCATAGCAGAGGCT 824
||| ||||||||| ||||| || ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 707 GAACTGTTGCATGTATTGAGAA-TGCGGAAAAGCTTATCAGTGCAGTCATAGCAGAGGCT 765
Query 825 GAAGCAGGAGGTTCACCTGCCCTAGTTGCTAGGGGCCATCCTTCCACTCATGCGATAGGG 884
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 766 GAAGCAGGAGGTTCACCTGCCCTAGTTGCGAGGGGCCATCCTTCCACTCATGCGATAGGG 825
Query 885 ATCCCAGAACAGATAGAGATTAAAGTTCCAAATGATAAGGTTGGTCTGATTATTGGCCGA 944
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 826 ATTCCAGAACAGATAGAGATTAAAGTTCCAAATGATAAGGTTGGTCTGATTATTGGCCGA 885
Query 945 GGTGGCGAGACAATCAAGAATATGCAGACAAGGTCAGGAGCACGTACTCAGTTAATACCA 1004
||||| |||||||| ||| ||||||||||||| || |||||||| | |||||||||||||
Sbjct 886 GGTGGGGAGACAATTAAGGATATGCAGACAAGATCCGGAGCACGCATTCAGTTAATACCA 945
Query 1005 CAACATGCAGAAGGTGATGGATTGAAGGAGAGGACTGTCCGTATATCTGGAGATAAGATG 1064
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 946 CAACATGCAGAAGGTGATGGATTGAAGGAGAGGACTGTCCGTATATCTGGAGATAAGATG 1005
Query 1065 CAGATTGATATAGCAACTGACATGATAAAAGATGTTATGAACCAGAATGCAAGGCCATCA 1124
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1006 CAGATTGACATAGCAACCGACATGATAAAAGATGTTATGAACCAGAATGCAAGGCCATCA 1065
Query 1125 TCCTATTCCGGTGGCTATAATCAGCCTGCCTACCGTCCCCAAGGGCCAGGCGGTCCACCT 1184
||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||
Sbjct 1066 CCCTATTCCGGTGGTTATAATCAGCCTGCCTACCGACCCCGAGGGCCAGGTGGTCCACCT 1125
Query 1185 CAATGGGGTTCACGAGGTCCTCATGCTCCCCATCCCTATGATTACCACCCTCGTGGACCA 1244
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||
Sbjct 1126 CAATGGGGTTCACGAGGTCCTCATGCTCCCCACCCCTATGCTTACCACCCCCGTGGACCA 1185
Query 1245 TATTCATCTCAAGGTTCATATTACAATTCTCCCGGTTTCGGTGGCTATCCTCCACAGCAT 1304
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1186 TATTCATCTCAAGGTTCACATTACAATTCTCCCAGTTACGGTGGCTATCCTCCACAGCAT 1245
Query 1305 ATGCCTCCTAGAGGTGGATATGGTACTGATTGGGACCAAAGACCTCCGTATTCTGGTCCG 1364
|||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1246 ATGCCTCCTAGAGGTGGATATGGTCCTGGTTGGGACCAAAGACCTCCATATTCTGGTCCG 1305
Query 1365 TACAATTATTATGGAAGACAAGGAGCTCAAAGCGCTGGCCCAGTTCCACCTCCTTCTGGC 1424
|| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 1306 TATAATTATTATGGTAGACAAGGAGCTCAAAGCTCTGGTCCATTTCCACCTCCTTCTGGC 1365
Query 1425 CCTGTACCCTCCCCTGCCTTTGGTGGTCCCCCTCTTTCGCAGGTAAGTTATGGTTACGGT 1484
| ||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1366 CATGTACCCTCCCCTGCGTTGGGTGGTCCCCCTCCTTCGCAGGTAAGTTATGGTTACGGA 1425
Query 1485 CAGAGCCATGGCCCAGAGTATGGACATGCTGCTCCTTACTCCCAGACCGGTTATCAGCAG 1544
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1426 CAGAGCCATGGCCCAGAGTATGGAAATGCTGCTCCTTACTCCCAGACTGGTTATCAGCAG 1485
Query 1545 ACTTACGGGCAGACGTATGAACAGCCTAAGTATGACAGTAATCCTCCGATGCAGCCACCT 1604
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1486 ACTTATGGGCAGACGTATGAACAGCCTAAGTATGAAAATAATCCTCCAATGCAGCCACCT 1545
Query 1605 TATGGAGGTTCATATCCACCAGCAGGTGGTGGTCAGTCAGGCTATTACCAAATGCAGCAA 1664
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1546 TATGGAGGTTCATACCCACCAGCAGGTGGTGGTCAGCCAGGCTATTCCCAAATGCAGCAA 1605
Query 1665 CCTGGTGTTAGGCCTTATGGGATGCAACAAGGTCCTGTCCAGCAAGGATATGGGCCTCCA 1724
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1606 CCTGGTGTTAGGCCTTATGGTATGCAACAAGGTCCTGTCCAGCAAGGGTATGGGCCTCCT 1665
Query 1725 CAGCCTGCAGCAGCAGCTTCTTCCGGTGATGTGCCTTACCAAGGTGCAACTCCAGCAGCA 1784
| ||| | ||||| ||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||| | ||||
Sbjct 1666 C-GCC--CTGCAGC---TTCTTCCGGGGATGTACCTTACGAAGGTGCAACTCCTGTAGCA 1719
Query 1785 CCGTCATATGGCAGTACTAACATGGCTCCACAACAACAACAATATGGCTACACGTCAAGT 1844
| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1720 ACACCATATGGCAGTACCAACATGGCTCCACAACAACAACAATATGGCTACACATCAAGT 1779
Query 1845 GATGGGCCAGTGCAACAGCAAACATATCCTTCCTATAGTTCCGCTCCACCATCTGACGCT 1904
| ||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 1780 GGTGGCCCAGTGCAACAGCAAACATACCCTTCTTATAGTTCTGCTCCACCATCTGACGGT 1839
Query 1905 TACAACAATGGTACACAAACACCTGCAACTGGTCCAGCTTACCAGCAGCAAAGTGTTCAG 1964
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1840 TACAACAATGGTACACAAACACCTGCAACTGGTCCACCTTACCAGCAGCAAAGTGTTCAG 1899
Query 1965 CCAGCTTCTTCCAC-CTATGACCAGACTGGTGCACAGCAGGCTGCAGCAGCTGGGTACGG 2023
||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1900 CCAGCTTCTTCAACTC-ATGACCAGACTGGTGCACAGCAGGCTGCAGCAGCTGGGTATGG 1958
Query 2024 TGGGCAAGTAGCTCCAACCGGTGGATACA---CATATCCAACCTCACAGCCTGCTTATGG 2080
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1959 TGGGCAAGTAGCTCCAACCGGTGGATACAGTTCATATCCAACAACACAGCCTGCTTATGG 2018
Query 2081 AAGCCAAGCCGCTTATTCACAAGCAGCACCTACTCAAACAGGATATGAGCAACAGCCTGC 2140
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2019 AAGCCAAGCCGCTTATTCACAAGCAGCAGCTACTCAAGTAGGATATGAGCAACAGCCTGC 2078
Query 2141 AACTCAAGCTGCAGTGTATGCGACTGCTCCAGGGACCGCACCAGTGAAAACCCAATCACC 2200
||||||| |||||| ||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||
Sbjct 2079 AACTCAACCTGCAGGGTATGCGGCTGCTCCAGGGAGTGCACAAGTGAAAACCCAATCGCC 2138
Query 2201 CCAGTCCGCGTATGCTCAATACGATGCAAGCCAGGTTTACGCAACTCCACGTTAA 2255
| |||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2139 ACTGTCCGCTTATGCTCAGTACGAAGCAAGCCAGGTTTACGCAGCTCCACGTTAA 2193
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 84903156105
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5