BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G10120.1
Length=3457
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg489859 jgi|Araly1|489859|fgenesh2_kg.6__2993__AT4G10120.2 5419 0.0
> Ahg489859 jgi|Araly1|489859|fgenesh2_kg.6__2993__AT4G10120.2
Length=3443
Score = 5419 bits (2934), Expect = 0.0
Identities = 3267/3428 (95%), Gaps = 22/3428 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 34 TAAAGAGAAAAAGGAGGGACCTTTTGTATGAGATTATAAAAT-GCAAAGCTAAGTTGATA 92
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 23 TAAAAAGAAAAAGGAGGGACCTTTTGTATGAGATTATAAAATGGCAAAGCTAAGTTGATA 82
Query 93 TACAAAACTAGG-C-CTCTCTTCCACCCT-ATAGCTGA--AGGAG-ATTC-GTGCAACAA 145
|||||||||||| | |||||||| ||||| | || || |||| ||| |||||||||
Sbjct 83 TACAAAACTAGGCCTCTCTCTTCTACCCTGA-AGGAGATTCGGAGTTTTCAGTGCAACAA 141
Query 146 TCAGAGAGATGGCAAGAAATGATTGGATAAACAGTTACCTGGAAGCTATTCTTGATGTTG 205
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 142 TCAGAGAGATGGCGAGAAATGATTGGATCAACAGTTACCTGGAAGCTATTCTTGATGTTG 201
Query 206 GAACTAGCAAGAAAAAGAGGTTTGAGAGCAACTCCAAGATCGTCCAGAAGCTTGGAGATA 265
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 202 GAACTAGCAACAAAAAGAGGTTTGAGAGCAACTCCAAGATCGTCCAGAAGCTTGGAGATA 261
Query 266 TCAACAGTAAGGATCATCAGGAGAAGGTGTTTGGAGATATGAATGGGAAGG---ATCATC 322
| || || || ||||||| || ||||||||||||||||||||| | |||| ||||||
Sbjct 262 TGAATAGGAATAATCATCAAGACAAGGTGTTTGGAGATATGAATAGCAAGGATCATCATC 321
Query 323 AAGAGAAGGTGTTTAGTCCCATCAAATACTTTGTGGAAGAGGTCGTCAACAGTTTCGATG 382
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 322 AAGAAAAGGTGTTTAGTCCCATCAAATACTTTGTTGAAGAGGTTGTCAACAGTTTCGATG 381
Query 383 AGTCTGACCTGTATAAAACATGGATTAAGGTGATAGCAACAAGGAATACTCGTGAACGCA 442
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 382 AGTCTGACCTGTATAAAACATGGATTAAGGTGATAGCAACAAGGAATACTCGTGAACGCA 441
Query 443 GTAACAGGCTTGAGAATATATGCTGGCGCATTTGGCATCTCGCACGCAAGAAAAAGCAGA 502
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 442 GTAACAGGCTTGAGAATATATGCTGGCGTATTTGGCATCTCGCACGCAAGAAAAAGCAGA 501
Query 503 TTGTGTGGGATGACGGGGTTAGACTTTCCAAACGAAGAATTGAACGTGAACAAGGTCGCA 562
||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 502 TTGTGTGGGATGACGGGATTAGACTTTCCAAACGGAGAATCGAACGTGAACAAGGCCGCA 561
Query 563 ATGATGCAGAAGAGGATCTTCTTTCTGAGCTTTCTGAAGGAGAGAAGGATAAGAATGATG 622
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |
Sbjct 562 ATGATGCGGAAGAGGATCTTCTTTCTGAGCTTTCTGAAGGAGAAAAGGAGAAGAATGACG 621
Query 623 GAGAGAAGGAGAAGAGTGAAGTTGTTACAACTCTCGAACCACCTCGAGATCACATGCCCC 682
||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 622 GAGAGAAAGAGAAGAATGAAGTTGTTACAACTCTCGAACCACCCCGAGATCACATGCCCC 681
Query 683 GTATCCGCTCTGAAATGCAAATTTGGTCAGAAGATGATAAATCAAGTCGAAACCTTTACA 742
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 682 GTATCCGCTCTGAAATGCAAATTTGGTCAGAAGATGATAAATCAAGTCAAAACCTTTATA 741
Query 743 TTGTCTTAATCAGCATGCATGGACTCGTGCGTGGAGAAAACATGGAGCTTGGAAGAGACT 802
||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 742 TTGTCCTAATCAGTATGCATGGACTCGTGCGTGGAGAAAACATGGAGCTTGGAAGAGACT 801
Query 803 CTGATACTGGTGGGCAGGTGAAATATGTTGTTGAGCTTGCTCGTGCGTTGGCCAACACTG 862
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 802 CTGATACTGGTGGACAGGTGAAATATGTTGTTGAGCTTGCTCGTGCCTTGGCCAACACTG 861
Query 863 AAGGTGTCCACAGGGTCGATCTCTTAACACGGCAGATCAGTTCACCAGAGGTTGACTACA 922
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 862 AAGGAGTCCACAGGGTCGATCTCTTAACACGGCAGATCAGTTCACCAGAGGTTGACTACA 921
Query 923 GCTACGGCGAGCCAGTTGAGATGTTATCATGCCCTCCAGAAGGTAGCGACAGCTGTGGCT 982
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 922 GCTACGGCGAGCCAGTTGAGATGTTATCATGCCCTCCAGAAGGTAGCGACAGCTGTGGCT 981
Query 983 CCTACATTATCCGCATCCCCTGTGGTTCTCGGGACAAGTACATACCAAAGGAGTCACTCT 1042
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 982 CCTACATTATTCGCATCCCCTGCGGTTCTCGGGACAAGTACATACCAAAGGAGTCACTCT 1041
Query 1043 GGCCCCATATTCCCGAGTTTGTTGACGGGGCGCTAAATCACATAGTGAGCATAGCAAGGT 1102
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1042 GGCCCCATATTCCCGAGTTTGTTGATGGGGCGCTAAATCACATAGTGAGCATAGCAAGAT 1101
Query 1103 CGCTAGGAGAGCAAGTGAATGGAGGGAAACCAATATGGCCTTATGTAATTCATGGCCACT 1162
| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1102 CTCTGGGAGAGCAAGTGAATGGAGGGAAACCAATCTGGCCTTATGTAATTCATGGCCACT 1161
Query 1163 ATGCTGATGCAGGAGAAGTAGCTGCACATTTGGCAGGAGCGTTAAATGTGCCAATGGTTC 1222
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1162 ATGCTGATGCAGGAGAAGTAGCTGCACATTTGGCAGGAGCGTTAAATGTGCCAATGGTGC 1221
Query 1223 TAACTGGTCACTCTTTGGGAAGGAATAAGTTTGAGCAGTTGCTTCAACAAGGGAGAATTA 1282
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1222 TAACTGGTCATTCTTTGGGAAGGAATAAGTTTGAGCAGTTGCTTCAACAAGGGAGAATTA 1281
Query 1283 CCAGAGAGGATATTGACAGAACATATAAGATCATGAGGAGAATAGAAGCTGAAGAACAGA 1342
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1282 CCAGAGAGGATATTGACAGAACATATAAGATCATGAGGAGGATAGAAGCTGAAGAACAGA 1341
Query 1343 GCCTAGATGCAGCGGAGATGGTGGTGACAAGCACACGACAAGAGATTGACGCGCAGTGGG 1402
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1342 GCCTTGATGCAGCCGAGATGGTGGTGACAAGCACACGACAAGAGATTGAGGCGCAGTGGG 1401
Query 1403 GGCTGTATGATGGTTTTGATATCAAGCTGGAGAGGAAGCTCAGGGTTAGAAGACGGCGTG 1462
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1402 GGCTGTATGATGGTTTTGATATCAAGCTGGAGAGGAAGCTCAGGGTTAGACGACGGCGTG 1461
Query 1463 GAGTCAGCTGCCTTGGTAGATACATGCCACGAATGGTGGTTATACCCCCAGGCATGGATT 1522
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1462 GAGTCAGCTGCCTTGGCCGATACATGCCACGAATGGTGGTTATACCGCCAGGCATGGATT 1521
Query 1523 TCAGCTATGTCTTGACACAAGATTCACAGGAACCCGATGGTGATCTTAAGTCGCTAATTG 1582
||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1522 TCAGCTACGTCTTGACACAGGATTCACAGGTACCTGATGGTGATCTTAAGTCACTAATTG 1581
Query 1583 GCCCTGACCGAAACCAGATAAAAAAGCCTGTGCCTCCAATATGGTCCGAGATAATGAGAT 1642
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 1582 GCCCTGACCGAAACCAGATAAAAAAGCCTGTGCCTCCAATATGGTCTGAGATAATGCGAT 1641
Query 1643 TTTTCTCAAATCCTCATAAACCAACCATACTTGCGCTGTCTCGTCCTGACCACAAGAAAA 1702
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1642 TTTTCTCAAATCCTCATAAACCAACAATACTTGCGCTGTCTCGTCCTGACCACAAGAAAA 1701
Query 1703 ATGTCACCACATTGGTCAAAGCTTTTGGTGAATGTCAGCCTCTTCGAGAACTAGCCAACC 1762
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1702 ATGTCACCACATTGGTCAAAGCTTTTGGTGAATGTCAGCCTCTTCGAGAACTAGCCAACC 1761
Query 1763 TGGTACTTATACTAGGTAACCGAGATGACATCGAAGAGATGCCTAATAGCAGCTCAGTTG 1822
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1762 TGGTACTTATATTAGGTAACAGAGATGACATCGAAGAGATGCCTAATAGCAGCTCAGTTG 1821
Query 1823 TTCTCATGAATGTACTAAAGCTGATAGACCAGTACGACTTGTACGGCCAAGTAGCTTATC 1882
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1822 TTCTCATGAACGTACTAAAGCTGATAGACCAGTATGACTTGTACGGCCAAGTAGCTTATC 1881
Query 1883 CAAAGCATCATAAACAATCTGAAGTTCCAGATATTTACCGCTTAGCAGCCAAAACTAAGG 1942
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||
Sbjct 1882 CCAAGCATCACAAACAATCTGAAGTTCCAGATATTTATCGTTTAGCAGCCAAAACAAAGG 1941
Query 1943 GGGTTTTCATCAATCCAGCTCTGGTGGAGCCGTTTGGTCTCACGCTCATTGAGGCAGCTG 2002
|||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1942 GGGTCTTCATTAATCCAGCTCTTGTGGAGCCGTTTGGTCTCACGCTCATTGAGGCAGCTG 2001
Query 2003 CTTATGGTCTGCCCATTGTTGCCACCAGAAATGGAGGGCCTGTTGATATTGTGAAGGCAC 2062
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2002 CTTATGGTCTGCCCATTGTTGCCACCAGAAATGGAGGGCCTGTTGATATCGTGAAGGCAC 2061
Query 2063 TAAATAATGGTCTCCTAGTCGACCCCCATGACCAACAAGCCATTTCTGATGCCCTTCTAA 2122
|||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||| |||||||||||
Sbjct 2062 TAAATAATGGTCTCCTAGTCGACCCCTATGATCAACAAGCTATTTCTGCTGCCCTTCTAA 2121
Query 2123 AGCTAGTTGCTAACAAACATCTCTGGGCTGAGTGTAGAAAAAACGGACTCAAGAACATCC 2182
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2122 AGCTAGTTGCTAACAAACATCTCTGGGCTGAGTGTAGAAAAAACGGACTCAAGAACATCC 2181
Query 2183 ACCGTTTTTCATGGCCAGAGCACTGCCGTAACTACCTATCCCATGTCGAACATTGCAGAA 2242
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2182 ACCGTTTTTCATGGCCAGAGCACTGCCGTAACTATCTATCCCATGTCGAACACTGCAGAA 2241
Query 2243 ACCGTCACCCTACCAGTAGTCTCGACATCATGAAAGTTCCAGAAGAGCTCACAAGTGATT 2302
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2242 ACCGTCACCCCACCAGTAGTCTCGACATCATGAAAGTTCCAGAAGAGCTCACAAGTGATT 2301
Query 2303 CTCTAC-GAGATGTCGATGACATATCTTTGAGATTCTCCACAGAAGGAGATTTCACTCTC 2361
||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2302 CTCTAATG-GATGTCGACGACATATCTTTGAGATTCTCCACAGAAGGAGATTTCACGCTC 2360
Query 2362 AACGGAGAACTAGATGCAGGTACCAGACAGAAGAAACTAGTCGATGCCATAAGTCAAATG 2421
||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 2361 AACGGGGAACTAGATGCAGGTACTAGACAGAGGAAACTAGTTGATGCTATAAGTCAAATG 2420
Query 2422 AATTCAATGAAAGGTTGCTCAGCTGCTATCTACAGCCCTGGTAGAAGGCAGATGCTCTTT 2481
||||| ||||||||| || || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2421 AATTCTATGAAAGGTCGCCCATCTGTTATCTACAGCCCTGGTAGAAGGCAGATGCTCTTT 2480
Query 2482 GTGGTTGCTGTTGATTCCTATGATGACAACGGAAACATCAAAGCGAATTTGAACGAAATC 2541
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||
Sbjct 2481 GTGGTTGCTGTTGATTCATATGATGACAACGGAAACATCAAAGCAAATTTGGACGATATC 2540
Query 2542 ATCAAGAATATGATAAAAGCTGCAGATTTGACATCGGGTAAAGGAAAAATAGGTTTTGTG 2601
|||||| || |||| |||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 2541 ATCAAGGATGTGATGAAAGTTGCAGATTTGACATCGGGCAAAGGGAAAATAGGTTTTGTG 2600
Query 2602 CTAGCCTCAGGTTCAAGCTTACAAGAAGTTGTGGATATTACGCAGAAAAACCTGATTAAT 2661
|| || ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 2601 CTGGCATCAGGTTCAAGCTTACAAGAAGTTGTGGAGATCACGCAGAAAAACCTGATTAAT 2660
Query 2662 CTGGAAGATTTTGATGCAATAGTTTGCAACAGCGGAAGTGAGATCTACTATCCATGGAGA 2721
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2661 TTGGAAGATTTTGATGCAATAGTTTGCAACAGCGGAAGTGAAATCTACTATCCATGGAGA 2720
Query 2722 GATATGATGGTTGATGCAGACTACGAAACTCATGTGGAATACAAATGGCCTGGTGAAAGT 2781
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2721 GATATGATGGTTGATGCAGACTATGAAACTCATGTGGAATACAAATGGCCTGGTGAAAGT 2780
Query 2782 ATAAGGTCGGTGATTCTGAGACTTATATGTACGGAACCTGCAGCTGAGGATGATATCACA 2841
||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||
Sbjct 2781 ATAAGGTCGGTTATTCTGCGACTTGCATGTACGGAACCTGCAACTGAGGATGACATCACA 2840
Query 2842 GAGTATGCGAGTTCATGCAGTACAAGATGCTATGCAATTTCTGTGAAACAAGGAGTCAAG 2901
|||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2841 GAGTATGCTAGTGCATGCAGTACAAGATGCTATGCAATTTCTGTGAAACAAAGAGTCAAG 2900
Query 2902 ACTCGAAGAGTCGATGACCTTAGGCAGAGGCTTCGGATGAGAGGTTTAAGGTGCAACATT 2961
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2901 ACTCGAAGAGTAGATGACCTTAGGCAGAGGCTTCGGATGCGAGGTTTAAGGTGCAACATT 2960
Query 2962 GTCTATACTCATGCAGCAACAAGGCTAAATGTTATACCACTATGTGCATCAAGAATACAA 3021
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961 GTCTATACGCATGCAGCAACAAGGCTAAATGTTATACCACTATGTGCATCAAGAATACAA 3020
Query 3022 GCACTCAGGTATCTTTCTATAAGGTGGGGAATTGACATGTCGAAGACTGTTTTCTTTTTG 3081
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3021 GCACTCAGGTATCTTTCTATAAGGTGGGGGATTGACATGTCGAAGACTGTTTTCTTTTTG 3080
Query 3082 GGAGAGAAAGG-AGACACAGACTATGAGGACTTACTGGGTGGCCTCCACAAAACCATCAT 3140
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3081 GGAGA-AAAGGGAGACACAGACTATGAGGACTTACTGGGTGGCCTCCACAAAACCATCAT 3139
Query 3141 TCTAAAAGGTGTAGTGGGATCAGACAGTGAGAAGCTTCTTCGCAGTGAAGAAAACTTCAA 3200
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3140 TCTAAAAGGTGTAGTGGGATCTGACAGTGAGAAGCTTCTTCGCAGTGAAGAAAATTTCAA 3199
Query 3201 AAGAGAAGACGCAGTTCCACAAGAGAGCCCTAACATTTCCTATGTCAAAGAGAATGGCGG 3260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3200 AAGAGAAGACGCAGTTCCACAAGAGAGCCCTAACATTTCCTATGTCAAAGAGAATGGCGG 3259
Query 3261 ATCTCAGGAAATTATGTCCACTTTAGAGGCCTATGGGATCAAGTAATAATTTTCTATTTC 3320
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3260 ACCTCAGGAAATTCTGTCCACTTTAGAGGCCTATGGGATCAAGTAATAAGTTTCTATTTC 3319
Query 3321 AGCTTATTATCTCAAGATCATATACTTCAATGGGTTGGTAAACAGTGAAAAAATAACAAG 3380
|||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||
Sbjct 3320 AGCTTATTATCTCA-GATCATATACTTCAATGG-TTCGTAAACAGTGAAAA--TAACAAA 3375
Query 3381 ACTACATACTTTCATATATTGTATACCGAAATAAAAAAG--TTGAATATTAACTTTGCTT 3438
|||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||
Sbjct 3376 ACTACACACTTTCATATATTGTATACCGCAATAAAAAAGAGTTGAATATTAACTTTTCTT 3435
Query 3439 AGTATAGA 3446
|||| |||
Sbjct 3436 AGTACAGA 3443
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 130537475390
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5