BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G10760.1
Length=2227
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg942897 jgi|Araly1|942897|scaffold_603441.1 3378 0.0
> Ahg942897 jgi|Araly1|942897|scaffold_603441.1
Length=2110
Score = 3378 bits (1829), Expect = 0.0
Identities = 2016/2106 (96%), Gaps = 13/2106 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 20 AATTCTTTTGTTTCGAAGCCATGGAAACTGAATCTGATGACGCCACCATTACCGTCGTCA 79
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AATTCTTTTGTTTCGAAGCCATGGAAACTGAATCGGATGACGCCACCATTACCGTCGTCA 60
Query 80 AAGACATGAGAGTTCGATTAGAGAATCGAATTCGAACCCAACACGACGCTCACTTAGATC 139
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AAGACATGAGAGCTCGATTAGAGAATCGAATTCGAACCCAACACGACGCTCACTTAGATC 120
Query 140 TCCTTTCCTCACTCCAATCCATTGTTCCCGATATAGTCCCATCTCTCGATCTCTCACTCA 199
| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TTCTTTCTTCACTCCAATCCATTGTTCCCGACATAGTCCCATCTCTCGATCTCTCACTCA 180
Query 200 AACTCATCTCTTCTTTCACGAATCGACCTTTCGTAGCTACACCACCATTACCAGAACCCA 259
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 181 AACTCATCTCTTCTTTCACCAATCGACCTTTCGTCGCTACACCTCCATTACCCGAACCCA 240
Query 260 AAGTTGAGAAGAAGCATCATCCGATTGTTAAATTAGGAACCCAACTGCAACAATTACATG 319
|||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 241 AAGTGGAGAAGAAGCATCATCCAATTGTTAAATCAGGAACCCAACAACAACAATTACATG 300
Query 320 GGCATGATTCAAAATCGATGCTTGTTGATTCGAATCAGAGAGA---T-G--C------TG 367
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | ||
Sbjct 301 GGCATGATTCAAAATCGATGCTTGTTGATTCGAATCAGAGAGATTCTGGTTCTGGTGTTG 360
Query 368 AAGCTGATGGGTCTAGTGGGAGTCCTATGGCGCTTGTTAGAGCTATGGTTGCTGAGTGTT 427
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 AAGCTGATGGGTCTAGTGGGAGTCCTATGGTGCTTGTTAGAGCTATGGTTGCTGAGTGTT 420
Query 428 TGCTTCAACGTGTACCGTTTTCTCCTACGGATTCTTCTACTGTGCTTAGGAAGCTTGAGA 487
|||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TGCTTCAACGAGTACCGTTTTCGCCTACGGATTCGTCTACTGTGCTTAGGAAGCTTGAGA 480
Query 488 ATGACCAGAATGCTAGACCGGCGGAGAAGGCGGCGTTACGAGATTTAGGCGGTGAATGTG 547
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 481 ATGACCAGAATGCGAGACCGGCGGAGAAGGCGGCGTTACGGGATTTAGGCGGTGAATGCG 540
Query 548 GACCGATTCTTGCGGTGGAGACCGCACTTAAATCGATGGCGGAAGAGAATGGTTCTGTGG 607
| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GGCCGATTCTTGCGGTGGAAACCGCGCTTAAATCGATGGCGGAAGAGAATGGTTCTGTGG 600
Query 608 AATTGGAAGAGTTTGAGGTTAGTGGGAAGCCTAGGATCATGGTTTTAGCTATAGATAGAA 667
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 601 AATTGGAAGAGTTTGAGGTTAGTGGGAAGCCTAGAATCATGGTTTTGGCTATTGATAGAA 660
Query 668 CTAGATTGCTTAAAGAGTTACCAGAGAGTTTCCAAGGGAATAACGAATCGAATCGGGTTG 727
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 CTAGATTGCTTAAAGAGTTACCAGAGAGTTTCCAGGGGAATAACGAATCGAATCGGGTTG 720
Query 728 TCGAAACGCCTAATTCAATTGAGAATGCTACTGTTTCTGGTGGCGGGTTTGGTGTTTCCG 787
||||||||||||||| |||||||| | || ||||||| |||||||||||| |||||||
Sbjct 721 TCGAAACGCCTAATTTGGTTGAGAATTCAACGGTTTCTGCTGGCGGGTTTGGGGTTTCCG 780
Query 788 GGTCGGGTAATTTCCCGAGACCTGAGATGTGGGGAGGTGATCCTAATATGGGGTTTAGGC 847
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 GGTCGGGTAATTTCCCGAGGCCTGAGATGTGGGGAGGTGATCCTAATATGGGGTTTAGGC 840
Query 848 CAATGATGAATGCACCAAGAGGAATGCAAATGATGGGAATGCATCATCCAATGGGGATAA 907
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 CGATGATGAATGCACCAAGAGGAATGCAAATGATGGGAATGCATCATCCAATGGGGATAA 900
Query 908 TGGGTAGACCACCACCATTTCCTTTGCCTTTGCCGTTGCCTGTACCGTCGAATCAGAAGC 967
|||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 TGGGTAGACCACCACCGTTTCCTTTGTCTTTGCCGTTGCCTGTACCGTCGAATCAGAAGC 960
Query 968 TTAGAAGTGAGGAAGAGGATTTGAAAGATGTTGAGGCTCTTTTGAGTAAGAAGTCTTTTA 1027
||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 TTAGAAGCGAAGAAGATGATTTGAAAGACGTTGAAGCTCTTTTGAGTAAGAAGTCTTTTA 1020
Query 1028 AGGAGAAGCAACAGTCTAGGACAGGTGAGGAGTTGCTTGATCTGATTCACCGTCCAACCG 1087
|||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 1021 AGGAGAAGCAACAGTCAAGGACTGGTGAGGAGTTGCTTGACCTTATTCACCGTCCAACCG 1080
Query 1088 CTAAAGAAGCCGCTACTGCTGCTAAGTTTAAAAGCAAAGGAGGATCACAGGTTAAGTATT 1147
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 CTAAAGAAGCCGCTACCGCTGCTAAGTTTAAAAGCAAAGGAGGATCACAGGTTAAGTATT 1140
Query 1148 ACTGTAGGTATTTAACTAAAGAGGATTGCCGTCTTCAGTCTGGTTCTCACATAGCCTGCA 1207
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 ACTGTAGGTATTTAACTAAAGAGGATTGCCGTCTTCAGTCTGGTTCTCACATAGCCTGCA 1200
Query 1208 ACAAGAGACATTTCCGTCGACTAATCGCTTCACATACTGACGTTAGCCTAGGAGATTGTT 1267
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 ACAAGAGACATTTCCGTCGACTAATCGCTTCACATACCGACGTTAGCCTAGGAGATTGTT 1260
Query 1268 CCTTTCTCGATACTTGTCGTCACATGAAGACTTGCAAATACGTGCATTACGAGCTCGACA 1327
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 CCTTTCTCGATACTTGTCGTCACATGAAGACTTGCAAATACGTGCATTACGAGCTCGACA 1320
Query 1328 TGGCTGACGCTATGATGGCTGGTCCAGATAAGGCATTGAAGCCTCTACGTGCTGATTACT 1387
||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 1321 TGGCTGACGCTATGATGACTGGTCCAGACAAAGCATTGAAGCCACTGCGTGCTGATTACT 1380
Query 1388 GTTCTGAAGCTGAACTTGGTGAGGCACAATGGATTAACTGTGACATCCGTTCTTTTCGAA 1447
|||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 1381 GTTCCGAAGCTGAACTTGGTGAAGCACAATGGATAAACTGCGATATCCGTTCTTTTCGAA 1440
Query 1448 TGGACATTTTGGGAACCTTTGGAGTTGTTATGGCGGATCCACCATGGGACATTCACATGG 1507
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 TGGACATTTTGGGAACTTTTGGAGTTGTTATGGCGGATCCACCATGGGACATTCACATGG 1500
Query 1508 AACTTCCATATGGAACAATGGCTGATGACGAAATGCGAACTCTTAATGTTCCCTCGTTAC 1567
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1501 AACTTCCATATGGAACAATGGCTGATGACGAGATGCGCACTCTGAATGTTCCCTCGTTGC 1560
Query 1568 AGACTGACGGTTTGATTTTCCTCTGGGTCACTGGTCGTGCTATGGAACTAGGCCGTGAAT 1627
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1561 AGACTGATGGTTTGATTTTCCTCTGGGTCACTGGTCGTGCAATGGAGCTAGGCCGTGAAT 1620
Query 1628 GTTTGGAGCTTTGGGGATACAAGCGAGTGGAAGAGATCATATGGGTAAAGACAAATCAAC 1687
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 1621 GTTTGGAGCTTTGGGGATACAAGCGAGTGGAAGAGATCATATGGGTAAAGACGAATCAGC 1680
Query 1688 TTCAACGTATTATTCGAACAGGAAGAACAGGTCACTGGCTCAACCATAGCAAAGAGCATT 1747
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1681 TTCAACGTATTATTCGAACAGGAAGAACAGGTCACTGGCTCAACCATAGCAAAGAACATT 1740
Query 1748 GTCTGGTTGGAATCAAAGGAAATCCAGAAGTGAACAGAAACATCGACACAGATGTGATTG 1807
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 GTCTGGTTGGAATCAAAGGAAACCCAGAAGTGAACAGAAACATCGACACAGATGTGATTG 1800
Query 1808 TCGCAGAGGTTAGAGAAACAAGCCGGAAGCCAGACGAGATGTATGCAATGTTAGAGAGGA 1867
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 TTGCAGAGGTTAGAGAAACAAGCCGGAAGCCAGACGAGATGTATGCAATGTTAGAGAGGA 1860
Query 1868 TCATGCCAAGAGCAAGAAAGCTCGAGTTATTCGCCCGTATGCACAATGCTCATGCCGGAT 1927
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 TCATGCCAAGAGCAAGAAAACTCGAGTTATTCGCTCGTATGCACAATGCTCATGCCGGAT 1920
Query 1928 GGCTATCACTTGGGAACCAGCTTAACGGTGTCCGATTAATAAACGAAGGTCTTCGAGCTC 1987
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 GGCTATCACTTGGGAACCAGCTTAACGGTGTCCGATTAATAAACGAAGGTCTTCGAGCTC 1980
Query 1988 GGTTTAAAGCATCATACCCTGAAATAGATGTCCAGCCACCATCACCACCAAGAGCCTCTG 2047
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 GGTTTAAAGCATCATACCCTGAAATAGATGTCCAGCCACCATCACCACCAAGAGCCTCTG 2040
Query 2048 CAATGGAAACAGACAACGAACCAATGGCTATTGACTCAATCACAGCTTAGTTCAATTCCa 2107
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2041 CAATGGAAACAGAAAACGAACCAATGGCTATTGACTCAATCACAGCTTAGTTCAATTC-A 2099
Query 2108 aaaaaa 2113
||||||
Sbjct 2100 AAAAAA 2105
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 83836629245
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5